Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004316.4
Sequence Length
2481 nt
GC Content
0.5204
AGCACUCUCUCACUUCUGGCCAGGGAACGUGGAAGGCGCACCGACAGGGAUCCGGCCAGGGAGGGCGAGUGAAAGAAGGAAAUCAGAAAGGAAGGGAGUUAACAAAAUAAUAAAAACAGCCUGAGCCACGGCUGGAGAGACCGAGACCCGGCGCAAGAGAGCGCAGCCUUAGUAGGAGAGGAACGCGAGACGCGGCAGAGCGCGUUCAGCACUGACUUUUGCUGCUGCUUCUGCUUUUUUUUUUCUUAGAAACAAGAAGGCGCCAGCGGCAGCCUCACACGCGAGCGCCACGCGAGGCUCCCGAAGCCAACCCGCGAAGGGAGGAGGGGAGGGAGGAGGAGGCGGCGUGCAGGGAGGAGAAAAAGCAUUUUCACUUUUUUUGCUCCCACUCUAAGAAGUCUCCCGGGGAUUUUGUAUAUAUUUUUUAACUUCCGUCAGGGCUCCCGCUUCAUAUUUCCUUUUCUUUCCCUCUCUGUUCCUGCACCCAAGUUCUCUCUGUGUCCCCCUCGCGGGCCCCGCACCUCGCGUCCCGGAUCGCUCUGAUUCCGCGACUCCUUGGCCGCCGCUGCGCAUGGAAAGCUCUGCCAAGAUGGAGAGCGGCGGCGCCGGCCAGCAGCCCCAGCCGCAGCCCCAGCAGCCCUUCCUGCCGCCCGCAGCCUGUUUCUUUGCCACGGCCGCAGCCGCGGCGGCCGCAGCCGCCGCAGCGGCAGCGCAGAGCGCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGCGCCGCAGCUGAGACCGGCGGCCGACGGCCAGCCCUCAGGGGGCGGUCACAAGUCAGCGCCCAAGCAAGUCAAGCGACAGCGCUCGUCUUCGCCCGAACUGAUGCGCUGCAAACGCCGGCUCAACUUCAGCGGCUUUGGCUACAGCCUGCCGCAGCAGCAGCCGGCCGCCGUGGCGCGCCGCAACGAGCGCGAGCGCAACCGCGUCAAGUUGGUCAACCUGGGCUUUGCCACCCUUCGGGAGCACGUCCCCAACGGCGCGGCCAACAAGAAGAUGAGUAAGGUGGAGACACUGCGCUCGGCGGUCGAGUACAUCCGCGCGCUGCAGCAGCUGCUGGACGAGCAUGACGCGGUGAGCGCCGCCUUCCAGGCAGGCGUCCUGUCGCCCACCAUCUCCCCCAACUACUCCAACGACUUGAACUCCAUGGCCGGCUCGCCGGUCUCAUCCUACUCGUCGGACGAGGGCUCUUACGACCCGCUCAGCCCCGAGGAGCAGGAGCUUCUCGACUUCACCAACUGGUUCUGAGGGGCUCGGCCUGGUCAGGCCCUGGUGCGAAUGGACUUUGGAAGCAGGGUGAUCGCACAACCUGCAUCUUUAGUGCUUUCUUGUCAGUGGCGUUGGGAGGGGGAGAAAAGGAAAAGAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAGAAGAAGAAAAAAACGAAAACAGUCAACCAACCCCAUCGCCAACUAAGCGAGGCAUGCCUGAGAGACAUGGCUUUCAGAAAACGGGAAGCGCUCAGAACAGUAUCUUUGCACUCCAAUCAUUCACGGAGAUAUGAAGAGCAACUGGGACCUGAGUCAAUGCGCAAAAUGCAGCUUGUGUGCAAAAGCAGUGGGCUCCUGGCAGAAGGGAGCAGCACACGCGUUAUAGUAACUCCCAUCACCUCUAACACGCACAGCUGAAAGUUCUUGCUCGGGUCCCUUCACCUCCUCGCCCUUUCUUAAAGUGCAGUUCUUAGCCCUCUAGAAACGAGUUGGUGUCUUUCGUCUCAGUAGCCCCCACCCCAAUAAGCUGUAGACAUUGGUUUACAGUGAAACUAUGCUAUUCUCAGCCCUUUGAAACUCUGCUUCUCCUCCAGGGCCCGAUUCCCAAACCCCAUGGCUUCCCUCACACUGUCUUUUCUACCAUUUUCAUUAUAGAAUGCUUCCAAUCUUUUGUGAAUUUUUUAUUAUAAAAAAUCUAUUUGUAUCUAUCCUAACCAGUUCGGGGAUAUAUUAAGAUAUUUUUGUACAUAAGAGAGAAAGAGAGAGAAAAAUUUAUAGAAGUUUUGUACAAAUGGUUUAAAAUGUGUAUAUCUUGAUACUUUAACAUGUAAUGCUAUUACCUCUGCAUAUUUUAGAUGUGUAGUUCACCUUACAACUGCAAUUUUCCCUAUGUGGUUUUGUAAAGAACUCUCCUCAUAGGUGAGAUCAAGAGGCCACCAGUUGUACUUCAGCACCAAUGUGUCUUACUUUAUAGAAAUGUUGUUAAUGUAUUAAUGAUGUUAUUAAAUACUGUUCAAGAAGAACAAAGUUUAUGCAGCUACUGUCCAAACUCAAAGUGGCAGCCAGUUGGUUUUGAUAGGUUGCCUUUUGGAGAUUUCUAUUACUGCCUUUUUUUUUCUUACUGUUUUAUUACAAACUUACAAAAAUAUGUAUAACCCUGUUUUAUACAAACUAGUUUCGUAAUAAAACUUUUUCCUUUUUUUAAAAUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-874.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -910.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 773.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((..((((((((.(((..(.((...((....))..)).)..))))))))))).))).)))))((((((((((((((.((((((.((((((.......(((((.....(((((........)))))(((((((.(.....((((.((((.((((((.(..((((.((((..((.(((((((..(((((((.((.......)).)))......(((((((((..(((((((((.((((...)))).)))))))))..)))))))))(((......))).(((.((((((((((((...((......))...)))))((((((((((((((((((((((.(.((.(((((.((((((((........)))))))).))))).......((((((((...))))))))..................((....)))).)))))).......)))))))))))))).))).......((((...((....))..))))...)))))))))).))))..))))))).))...)).))))))..).))).)))))))))))..((((((((.((((.(..((((.....(((.(.((.(((((...(((.....)))...))))).))))))))))..)))))))).....)))))).))))))).((((((((....((.((((((((....)))))))).)).((((((((..((((((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).))..))).)))..(((((...(((((((...)))).)))))))).((((((.....((.((((((....((.......))....))))).).)))))))).......))))))))....(((((((...((.(.(((((...(((....))).))))).).)).))))))).))))))))(((((((.......))).))))..(((((((..(((((.......((((..(((..((....))..))).)))))))))))))))).......(((((((.((..(((((.((((..(((((((.((((((.((.(.((((.((((((...)))).)))))).).)).)))).)).)))))))(((((.......)))))...))))..))))).((((((((..((((.(((..(((..(((......((((((....))))))............(((.((.(((((.((...((((.(((.(((((((((((((....)))))))......(((....))).....)))))).)))..))))))))))).)).)))..(.(((..(((.((((((((....)))..))))).)))..))).).)))..)))..))).).)))..))))))))...((((((((.........((((.((.(((((...((((..((((.............................((((.......))))(((.(((.(((((((....((((((........))))))((((......(((((((((...............)))))))))...))))....((((((((((.(((.(.((......(((((((((((....((..((((((((((.......)))))).((....))((((...))))..))))...))....)))))).)))))...)).))))))))))))))..((((..((((...(((((...((.((........)).))..)))))))))..))))....)).))))))))))).............(((((((((....)))))))))........(((......))).))))....)))).))))).))((((((..............))).)))))))..........)))))))))))))))))))))).....))))))..)))))).)))...((((((((((((((((((...(((((((..((..........)))))))))...)))).)))))))).))))))(((((((((((((........((((((((((((((((.((........)).)))))((((((((((.((((((.......((((.....(((((((((...))))))))).......((((((((.............((((((((.....((.(((.(((...))).))).))..)))))))))))))))).....((((....))))........))))......)))))).))))))).)))............(((((.....))))).(((((..((((...))))..)))))(((((.(((((((.(((......))).)))))))))))))))))))))))......)))))))))))))...(((((((((((((((..........(((((((.......)))))))....))))).))))))))))..)))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((.(((.{{(((((((.(((..(.((...((....))..)).)..))))))))))).))).)))))((((((((((((((.((((((.((((((........,,,,.....(((((........))))){{({({(,(.,...|||{(({{({(((({{.,,,,.,(((((({,{{...((..((((((......))))))..)).{{{.{{.{{(((((((((.((((({{{{{.(((({{.}}}}.}))))}((({,{(((({,({(....,{((({(,(({.((((((((((((...((......))...))))}((((((((((((((((((((((.(.((.(((((.((((((((........)))))))).)))))....,..((((((((...))))))))..,...............((....)))).)))))),,....,)))))))))))))),)}}.......{(((...((....,,.,)))}...)))))))))}..,}}..}))))||,.,((((({{...},..,,)})),}}}..))}.||}||||}||..(({{,({,(({(.....{||,|,|(.(((((...(((.....)))...))))).))}}}}}}}}..,}}})|{{{{{..((.{{{|{{..,..,||,.,|||.||.{,.((((((((....)))))))).)))))|((((...||))||,||,|{,||,||}||}}.,)),)},||.||.||..}}}},}}.}}|((({(((((((((,..((((,(((((...}))))||,,.,,{({(,(({{....||..{,{..|||||.{||||{|,,}}|||.||...||.,|||||||....(((((((...((.,.(((((...(((....))).))))).).}).))))))).|||)))))||||||,..,}.},))),))))..(((((((..(((((,,.....((((..(((..((....)),.))).))))))))}})))}))....{..{..,.,(((({.((,({{{{,,,,{{||||{.((({{(.{{.{.{||||||{{{{,.,}})),))}))),,,)).)))),)),)}})))),((({...)))).((((......)))).....}}}}},}}...}}}}|,,.,||))))....}}.}))})))).)))))))))).}}},,}|{{(((.((.(((((.((...((((.(((.(((((((((((((....))))))),.,,,.(((....)))...},)))))).)))..))))))))))).)).))}.}},{{{..(((.((((({((....}})..))))).)))..}))))))))))))},|||},},||||,||||||||{..||{.,.,..........,..,.,,..,.,,....((({.{,{{,......,,,.....,,,........{{.((((.......))))||{,{{.{({{{{|.|,,,((((((.,......))))))((((......(((((((((...............))))))))),..))))....((((((((((.(((.(.{{......(((((((((((....,{..((({((((((.......)))))).{|,,..}}((({...}}}}..,,,,...,,.,..)})))),)))))...)).})))))))))))))..{{{{..{{{(...(((({.,.|{.((........)).}}..)))))))))..)))),}}}}},))))||||||..............(((((((((....)))))))))........)))})},|||,,.,,,}},...})).,))))))))}.{{{,......}}}...,,,..,})}}})})},...,,}))))))},...,||||.,,,,,,}},,))))))..)))))).)))..,((((((((((((((((((...(((((({..((..........)))))))))...)))).)))))))).))))))|((((((((((((........(((((((((((,,,,,..,.{({{{{{{{(((((,,,,,((((((.{{{,,,.,|||.,.}}))}...,|||||||}}}}))),|((((({........|}))))}..{{{{{{{{{(,(({{{{,,...||}|,,.||.}}}))).)))}}|{{|||||,|||}||||}}...,|{{({,,,{||}|{{........)),,||||||||||.|||})))|))}}}}.,|||||..(((((.....))))).,||||..(({(,,,||}}..}}}},{{{||}|||{||{.|||}},...))}.))),)))))))))))))))))))......)))))))))))))...(((((((((((((((..........(((((((.......)))))))....))))).))))))))))..)))))))))))...........
Back