Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004336.5
Sequence Length
3762 nt
GC Content
0.4211
AUUCGAAUCGGCGGCGGCUUCUAGUUUGCGGUUCAGGUUUGGCCGCUGCCGGCCAGCGUCCUCUGGCCAUGGACACCCCGGAAAAUGUCCUUCAGAUGCUUGAAGCCCACAUGCAGAGCUACAAGGGCAAUGACCCUCUUGGUGAAUGGGAAAGAUACAUACAGUGGGUAGAAGAGAAUUUUCCUGAGAAUAAAGAAUACUUGAUAACUUUACUAGAACAUUUAAUGAAGGAAUUUUUAGAUAAGAAGAAAUACCACAAUGACCCAAGAUUCAUCAGUUAUUGUUUAAAAUUUGCUGAGUACAACAGUGACCUCCAUCAAUUUUUUGAGUUUCUGUACAACCAUGGGAUUGGAACCCUGUCAUCCCCUCUGUACAUUGCCUGGGCGGGGCAUCUGGAAGCCCAAGGAGAGCUGCAGCAUGCCAGUGCUGUCCUUCAGAGAGGAAUUCAAAACCAGGCUGAACCCAGAGAGUUCCUGCAACAACAAUACAGGUUAUUUCAGACACGCCUCACUGAAACCCAUUUGCCAGCUCAAGCUAGAACCUCAGAACCUCUGCAUAAUGUUCAGGUUUUAAAUCAAAUGAUAACAUCAAAAUCAAAUCCAGGAAAUAACAUGGCCUGCAUUUCUAAGAAUCAGGGUUCAGAGCUUUCUGGAGUGAUAUCUUCAGCUUGUGAUAAAGAGUCAAAUAUGGAACGAAGAGUGAUCACGAUUUCUAAAUCAGAAUAUUCUGUGCACUCAUCUUUGGCAUCCAAAGUUGAUGUUGAGCAGGUUGUUAUGUAUUGCAAGGAGAAGCUUAUUCGUGGGGAAUCAGAAUUUUCCUUUGAAGAAUUGAGAGCCCAGAAAUACAAUCAACGGAGAAAGCAUGAGCAAUGGGUAAAUGAAGACAGACAUUAUAUGAAAAGGAAAGAAGCAAAUGCUUUUGAAGAACAGCUAUUAAAACAGAAAAUGGAUGAACUUCAUAAGAAGUUGCAUCAGGUGGUGGAGACAUCCCAUGAGGAUCUGCCCGCUUCCCAGGAAAGGUCCGAGGUUAAUCCAGCACGUAUGGGGCCAAGUGUAGGCUCCCAGCAGGAACUGAGAGCGCCAUGUCUUCCAGUAACCUAUCAGCAGACACCAGUGAACAUGGAAAAGAACCCAAGAGAGGCACCUCCUGUUGUUCCUCCUUUGGCAAAUGCUAUUUCUGCAGCUUUGGUGUCCCCAGCCACCAGCCAGAGCAUUGCUCCUCCUGUUCCUUUGAAAGCCCAGACAGUAACAGACUCCAUGUUUGCAGUGGCCAGCAAAGAUGCUGGAUGUGUGAAUAAGAGUACUCAUGAAUUCAAGCCACAGAGUGGAGCAGAGAUCAAAGAAGGGUGUGAAACACAUAAGGUUGCCAACACAAGUUCUUUUCACACAACUCCAAACACAUCACUGGGAAUGGUUCAGGCAACGCCAUCCAAAGUGCAGCCAUCACCCACCGUGCACACAAAAGAAGCAUUAGGUUUCAUCAUGAAUAUGUUUCAGGCUCCUACACUUCCUGAUAUUUCUGAUGACAAAGAUGAAUGGCAAUCUCUAGAUCAAAAUGAAGAUGCAUUUGAAGCCCAGUUUCAAAAAAAUGUAAGGUCAUCUGGGGCUUGGGGAGUCAAUAAGAUCAUCUCUUCUUUGUCAUCUGCUUUUCAUGUGUUUGAAGAUGGAAACAAAGAAAAUUAUGGAUUACCACAGCCUAAAAAUAAACCCACAGGAGCCAGGACCUUUGGAGAACGCUCUGUCAGCAGACUUCCUUCAAAACCAAAGGAGGAAGUGCCUCAUGCUGAAGAGUUUUUGGAUGACUCAACUGUAUGGGGUAUUCGCUGCAACAAAACCCUGGCACCCAGUCCUAAGAGCCCAGGAGACUUCACAUCUGCUGCACAACUUGCGUCUACACCAUUCCACAAGCUUCCAGUGGAGUCAGUGCACAUUUUAGAAGAUAAAGAAAAUGUGGUAGCAAAACAGUGUACCCAGGCGACUUUGGAUUCUUGUGAGGAAAACAUGGUGGUGCCUUCAAGGGAUGGAAAAUUCAGUCCAAUUCAAGAGAAAAGCCCAAAACAGGCCUUGUCGUCUCACAUGUAUUCAGCAUCCUUACUUCGUCUGAGCCAGCCUGCUGCAGGUGGGGUACUUACCUGUGAGGCAGAGUUGGGCGUUGAGGCUUGCAGACUCACAGACACUGACGCUGCCAUUGCAGAAGAUCCACCAGAUGCUAUUGCUGGGCUCCAAGCAGAAUGGAUGCAGAUGAGUUCACUUGGGACUGUUGAUGCUCCAAACUUCAUUGUUGGGAACCCAUGGGAUGAUAAGCUGAUUUUCAAACUUUUAUCUGGGCUUUCUAAACCAGUGAGUUCCUAUCCAAAUACUUUUGAAUGGCAAUGUAAACUUCCAGCCAUCAAGCCCAAGACUGAAUUUCAAUUGGGUUCUAAGCUGGUCUAUGUCCAUCACCUUCUUGGAGAAGGAGCCUUUGCCCAGGUGUACGAAGCUACCCAGGGAGAUCUGAAUGAUGCUAAAAAUAAACAGAAAUUUGUUUUAAAGGUCCAAAAGCCUGCCAACCCCUGGGAAUUCUACAUUGGGACCCAGUUGAUGGAAAGACUAAAGCCAUCUAUGCAGCACAUGUUUAUGAAGUUCUAUUCUGCCCACUUAUUCCAGAAUGGCAGUGUAUUAGUAGGAGAGCUCUACAGCUAUGGAACAUUAUUAAAUGCCAUUAACCUCUAUAAAAAUACCCCUGAAAAAGUGAUGCCUCAAGGUCUUGUCAUCUCUUUUGCUAUGAGAAUGCUUUACAUGAUUGAGCAAGUGCAUGACUGUGAAAUCAUUCAUGGAGACAUUAAACCAGACAAUUUCAUACUUGGAAACGGAUUUUUGGAACAGGAUGAUGAAGAUGAUUUAUCUGCUGGCUUGGCACUGAUUGACCUGGGUCAGAGUAUAGAUAUGAAACUUUUUCCAAAAGGAACUAUAUUCACAGCAAAGUGUGAAACAUCUGGUUUUCAGUGUGUUGAGAUGCUCAGCAACAAACCAUGGAACUACCAGAUCGAUUACUUUGGGGUUGCUGCAACAGUAUAUUGCAUGCUCUUUGGCACUUACAUGAAAGUGAAAAAUGAAGGAGGAGAGUGUAAGCCUGAAGGUCUUUUUAGAAGGCUUCCUCAUUUGGAUAUGUGGAAUGAAUUUUUUCAUGUUAUGUUGAAUAUUCCAGAUUGUCAUCAUCUUCCAUCUUUGGAUUUGUUAAGGCAAAAGCUGAAGAAAGUAUUUCAACAACACUAUACUAACAAGAUUAGGGCCCUACGUAAUAGGCUAAUUGUACUGCUCUUAGAAUGUAAGCGUUCACGAAAAUAAAAUUUGGAUAUAGACAGUCCUUAAAAAUCACACUGUAAAUAUGAAUCUGCUCACUUUAAACCUGUUUUUUUUUCAUUUAUUGUUUAUGUAAAUGUUUGUUAAAAAUAAAUCCCAUGGAAUAUUUCCAUGUAACUUAGUUGUUAUAAAUAUUUCAACAAAAUAUACAACCCCAUAAGGUCCCUAUAUAGCAGGCUGAUUGGGCUGCUUCUGGGAUGCAAGCAUUUGUGAGAAUAAUUCAGACAUGAGCAUUCUCUAGAAAUCACUUUUUAAACACUGACCUGUUUAAGCCAAAAAAGGGCCAAGACAGCUAUUUUCCAAAUUUGAAGUUUGGUGUCUGUGUAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACUUCCCUAACAUUUCCAAGGGACUUCAAGUUUUUAUGAAUAAAGCUUGCCUGUCCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1038.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1116.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 960.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((((((.....((((.....))))...))))))))))((((((......))))))..((.....))((((((((.....((((((((((...((((...((((.((((..((((......))))..))))...((((..((((.((((((((((((((((((((......((........))......(((((((((((.((((...)))).))))).....(((((((((((((.......((((((((.............))))))))........(((((((((((((((.(((.....((((....))))))).)))).........((((((((......((((((((((((......((((((...((((........)))).((.....))(((((((....)))))))((((....)))).........))))))......)))))(((((((((............((((...((((..........))))))))((((((((.(((((.(((....((..(((((((..(((...)))..)))))))........((((...))))..((((..((((((((.......(.((((.((((....)))))))).).......)))))))).))))...((((.....((((.....))))....))))..((.(((((..((.(((((((.....)))).))).))..))))).))(((((...)))))((((((((......((((.(((....((..((((((((.((.((((.....)))).))..))))))))..))....))).)))).......)).))))))))....))).)))))....)))))))).........................((((((....))))))..................((.....))((((((((((....)))))).))))(.(((.((((.....((.....((((((..((........))..))))))..))....)))).))).).(((((((.......))).)))))))))))))(..(.((((((((.((((...................(((((((...(((((((((((........(((((((..(((.((((((.(((((((...(((.......)))((((((((..............))))))))..((((((.(((((...((((((....((...(((.....((((..((((((((....((((((....))))))...)))))))).)))))))..))..))))))..)))).).))))))..).)))))).))))......)))))..))).)))).......))))))))).))..............)))))))(((((((..((...((((........(((((((((((....(((((((...........))))..))).((((((.(((((....(((((...........)))))))))).))))))....))))....(((.(((.((........)).)))))).((((((((...))))))))...((((.(((((.((((((.(((((((((.............)))((((((((..((((.((((((......)))))))))).)))))))).....(((....))).....................((.((((((...(((((((....)))((.((((..(((((((((.........)))))))))(((((((((.(..(((((.......)))))..).)))))))))....)))))).))))..)))))).))....))))))..)))))).))))).))))..))))))).....))))))..)))))))((((((..(((((.(..(((.((((((..((((.....)))).....(((....))).....))))))...)))..).)))))..)))))).)))).)))))))).)..).....)))))))....))))))))......(((((.(((.((......)).))).)).)))....)))))))))))..))).))).)))))))(((((((((((((((((((...)))))))))..))))).)))))((.(((((((((((...(((....((....(((((((((((((((.(((((.....))).)).))))((((......((((((((((((((((((((((((((((((.((..(((((((........(((((((((((((.(((((..((..((((((((............)))..)))))..))..))).)).)))))))..((((....))))....)))))).........)).)))))))))))))..))))))((((((((((((((..((((.(....(((.((.((.....)).)).)))......).))))(((((.(((....((((((((((((.....))).)).((((((((......))))))))..((((......))))......)))))))..))))))))))))))))))))))...............))))..)))).................))))))))))........)))).)))))))))))....))..)))((((....))))((((..((((....))))))))............................)))).))))))).)).)))))))))))))))))....((((((((.((((....(((((.(((((...(((((((....))))))).......((((((((...((((((((((......(((((((((((((((.(.((((((.....))))))).))).((..((.((((((......)))))).))..))............))))))))........))))......))))))))))..))))))))..(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((........)))))))))(((((((.......))))).))(((((..(((((......)))))..))).)).(((((((((.(.((((((.....(((....))))))))))))).....(((((.(((((((......((((........))))))))))).).))))....))))))..)).))).)))))).........))))).....)))))))))).)))))...((((.....))))((((..........))))...)))))))))).....))))))))))))...............((((.......))))..........)))))))....)).)))).)))).........(((((((....(((((((.......)))))))......))))))).....(((((((...))))))).......(((((.....((((((.....)))))))))))((((...((((.((....))..))))...))))))))...))))...)))))))))).((((((..((((....)))).))))))((((((....)))))).........((((((..(((.......)))..)))))).))))))))..)))))))((.((((((.(((((......))))).)))).)).))...............................(((((((..((((((((.......))))))))...))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{(({,.((((((((((....,,{,{.....}))}...))))))))))((((((......))))))..((,,...},((({{{{{,,,..((((((((((...((((...((((.,{{{..((((......))))..))||((((((((((((.(((...(((((((((((.((((((((((((.{{....,{....,|{{{,..{{{{{,({((,.,||},.}},}|{.{{{(((........}}}}}}.,,((((((((..........,..)))))))).......,{({{({{,,,.,|||}||,.,,.,{{{{....|||||||{||{{{{{.....(((((,((.....,.}}))))),,.||}}},..(({(((((,,((({..(({.{{{|{..,,.}.}}}(((((((....))))))},{(({{{.{{((,.,{{.......{|,.,...,},|{|(,,,((((...........}}))...}|||,|.....}}}}.))))),.)||,,||||.|||||.||{{|||{{|,|((((,|..,,,...,))}}))))))}..,,,...{({{...,}},..,,,,..||||||||,.,{{{{(.{((({((,,....|,||..||{{...((((({,((||.(((((((...((((((((..({{...(((((...((((.(((((((((..((.(({((((.....)))).}}).))..))))}.,}))))...))))...))))).})}.))))))))....))))))){{(({{{{.{{.((((..,,,}}}}.}}..}))))))}..,,.....{{{{{||{{{{.......,,......,..|||,|,,}}.,,,,||,||||........}}}}...,..........{((((....))))}|(((((.(((((.,.....{{.....},((((((((((....)))))).))))..{{,.||,,..(((((({({.((((((..((........))..))))))..(({,..||||{{,,,,.(((((((.......))),))}})),||,((((.((({{,...}}})),))))..)}|((((((((.,.(((((((((.{((.......,||,.{,{(((((((.((((((.(((((((((((((...{((,......}})||..(((((........))))))))))))|.{((((((.(((((..{((((({....{{,..{{{,...,((((..((((((((....((((((....))))))...)))))))).))))})}..}}..))))))..)))).).))))))}.}..,..,{.,{.((((({{{,||...,{{{{{,,.,,.,..,}},,})))}}}}..|||,,..........}}((((((((..(({,.{{((........(((((((((((....{{{((((...........))))..))).((((((.((({(....(((((...........)))))))))),))))))....))))....((,,(((,,,........}).)))))).{(((((((...)))))))}...((((.(((((.((((((.((((((({{{,.....}},...,,.((((((((..((((.((((((......)))))))))).)))))))).....{((....))}.....................((.((((((...,,{((((....)))|{.{{((,{(((((((((.........))))))))|(((((((((.{..(((((.......)))))..,.))))))))),...}))))..,,,...)))))).})...}))))))..)))))).))))).))))..)))))))....,))))))..)))))))){((((..((((,.{,,(((.{{{(((.{(((......,,,,.,,..|||,,,.||,.....))))))...)))..).)))))..))))))))))))))).)).))))))))}..}||{({((....,,..))),.,,,..(({{.{{({(,......))}})}.||.})},........{|.((((((...{{,{,,.,((((((((..,,.(((((((((,..(({..(((((((((((.((((({{.,((((.,,...,,.))))..}.).))))).))))).))))))})),}))}))...)))....)))}}})))...),}),,.)))))),}}}},))))))},))}.))))))))}.{{{.,{{.....,)))}))},}}))))))))),..})))).)))))},.,,,...)))))))))))....)))).)))))),.}}}}..,....,|||,{((((..,{........,|)))))}}|((((((...{{{...})}.))))))}....||{(((((...(((((({((((({...)))))),||,...,((({|{((((.(((....((((((({((((.....))).}}.,{{{{(((,,....,))))))}..((((......))))......)))))))..)))))))))))).,..,)}))))))).)))))..,))..,,,}))))),.}})))),,,,})))))).))))))))))}.....,,.,,,||(({{{{{,{{{{{({{{((({....}))}{(((..((({....})))))))....,,,,.............,,....,({((({,...{{||,,,||||||||}|||||,,.,,.((((((({{((((....((((,,(((((...(((((({....})))))).......((((((((...((((((((((,{,...{{,(((((((({,((,,.{(({{{.....|||||||.(((((({(({,,....|}.,}.})))))),},|}}},,......}},.}))))))))...,...,)))....,.})))))))))..))))))))..(((((((((((((((((((((((((((((.((((({.(((((........)))))}))}(((((((.......})))).))(((((..(((((......)))))..))}.}}.(((((({{(,(.((((((...,.,,,....,,,))))))}}})....,({{((.(((((((......{{((,.......))))))))))).)},})),...)))))).,)}.))).)))))).........))))}....,)))))))))),,))))...((({.....})))((((,{{.....}}))))...)))))))))).....)))))))))))).},....,,,,,...||||...,}}})})),,....,},))}}))}..,..||,...,,.})}...,.....))).))))))))))))}|((({{.(({((((((((((...,,.({{....(((((({...}))))))....}}}.,}...)))))))))),,))}},}}}......((((...((((.{{....,}..))))...))))))))...))))...)))))))))).((((((..((((....)))).)))))){{(({,....,}))}}.........((((((..(((.......)))..)))))).}}}}}}}}..}}}}|||((.((((((.(((((......,,},},},,},,,,,.,,,,.............,,............{((((((..((((((((.......))))))))...))))))).
Back