Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004344.3
Sequence Length
1413 nt
GC Content
0.4105
AGUGUACACGUCGGUUGCCUAACAACCGGCAGCGGACUCCUUUGGCUAUGGCCUCCAACUUUAAGAAGGCAAACAUGGCAUCAAGUUCUCAGCGAAAAAGAAUGAGCCCUAAGCCUGAGCUUACUGAAGAGCAAAAGCAGGAGAUCCGGGAAGCUUUUGAUCUUUUCGAUGCGGAUGGAACUGGCACCAUAGAUGUUAAAGAACUGAAGGUGGCAAUGAGGGCCCUGGGCUUUGAACCCAAGAAAGAAGAAAUUAAGAAAAUGAUAAGUGAAAUUGAUAAGGAAGGGACAGGAAAAAUGAACUUUGGUGACUUUUUAACUGUGAUGACCCAGAAAAUGUCUGAGAAAGAUACUAAAGAAGAAAUCCUGAAAGCUUUCAAGCUCUUUGAUGAUGAUGAAACUGGGAAGAUUUCGUUCAAAAAUCUGAAACGCGUGGCCAAGGAGUUGGGUGAGAACCUGACUGAUGAGGAGCUGCAGGAAAUGAUUGAUGAAGCUGAUCGAGAUGGAGAUGGAGAGGUCAGUGAGCAAGAGUUCCUGCGCAUCAUGAAAAAGACCAGCCUCUAUUAAGAUCAGUGUCUUCUUUUUCUACUGCAAGCACAUGUAACUAGAUUUAGUGCCUGCCAUGGUGUGAAAUCUGGCUUUUGAGAACACAAACUUUUCCCCCACGGACCUCCCUUUAUCACUUUAAUAGUGACCUUGAGCCUAUUUUAGCCGUUUGGAAGUGUUCUUUGAUAUUACAGUUCUUUGUAAAAUGACCUGCGAAUUACCCUAAUUCUCAAAAGCAAAACAAGAGCACACAAGCGUGAAGAAAAGGAUCUUAAAGCUUUGAGCACCUGCCAUUUUGCCUUGCAUCGUUUCCCUCGUCAUGCAUUUCCACAUAUCCACAAACACAGAACGACUUUAGACAAGCACAUGUUACACCUGUGUUGCCACAAGCAGUCAUUCUUGACGGCUCCAGUUUUUAUUUGACACUUGAGUUUAGUUUUCUCUUUUAUAAACCCAGUGAACUCCUGCACUGGCAUUUGGAUGUGUGUUAAUGCUAUUUGUUUUGUCUUAAAAGUAAAACCUUUCUCAGUUUGAACUUGUAUUCUCUAAGGAUGAGUUCUUUAGCUUUGCUUAUGAGUUCCUCUUCUCAAUUAUUGUGUUGAAGGCAGCCUAUUAGAUACAAAACUCCUUACCAGCCUAUGGACAGAAAAUGAAUAAUCCUUUGCUACUUUCCUGGCAUGAAUUGCUUUUUGCCUUGGAAGGCUGCUGGUUUGUAAAACUAGCAGAAUUUUUAUAUCACCUAAGCCUAAAUGAUGCUCUAAAAAUAGUUUUGGCAAAGCUAAGACUGGAAAAGAGUCUUGUUAGUAAUUUGUGCUUGAAUAAAAUGGGGAGAGCCAGGCUAACGCAACACUAGGAUGGAUUCAGCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-365.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -393.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 367.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((.....))))))))..(((((((((...((((((((((.(........).))))...)))))).....((((((((..........(((((.(.......).)))))))).)))))......))))).))))....(((.((.(((((...(.((((..(((..(((((...............((((((((((((((.......))).((((.......))))(((.((((.((((.......(((((.((.(((((((.(((((...((.((((.........((((((((.((((((....((....)).((((.....)))))))))).))))))))........((.((((((((.(((.((((((((..((((((((((....)).))))).)))...)))..........((((((((((((((((....))))))))...((((.(((((((.....((..((.((.(((((((..(((((((.(((.....((((((.(((........))).)))..)))......)))..)))))))..))))))).)).))..))....)))).)))........((((((((..((((......))))..))))))))..((((......))))....(((.....)))))))......(((((.....)))))))))).)))...(((..(((((((...(((((((((((.((((..((..((((((........))))))..))..))))..)))..........)))))))).)))))).)..)))))))).))))))))))).))..))))))......)))))))..))))).)).)))))(((((..((((((((((..(((((((...(((...............)))....)))))))((.....)).((((....))))(((((.(((.((.....)).))).)))))..((((..........))))((((((........))))))....))))))))))..))))).)))).)))).)))..........))))...)))))))(((((((((....(((((((.....))))))).......))))))))).((((((((....((((.....(((((....((((...((((.((((.((.(((((....(((..............)))...))).((((((.((((.(((....))).))))..))))))((((((((((...)))))))))).((((((((((((..((....))..)))))...)))))))(((((((((...))))))))))).)).)))).))))...))))...)))))..))))..))))))))))))).))).)))).)...))))).))...)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((....(((.((((((........)))))).)))....,,,((((((((((,(........}.})))...))))))..,.|{,,(({{.,......}..)))),.,,.((({{{.||||..,((((({(((((((.{{....}}.....))))))).,))))}}|.,{,({{.(((((({{{,.,.,,({.(((((((((((.{.,{,(((......,|}},{(((.......)))}...............{((.{({.((((((.(((((({..,(((((({.(((((....,...((((((((.((((((....,,....,,.((((.....)))))))))).))))))))......}}}}},.((((....}))}.,,..,,,(((((((,,,.(((({{.,,,|,{{{{,,...{||{{{,,...((((((((((((((((....))))))))...((((.(((((((.....((..((.((.(((((((..(((((((.(((.....((((((,(({.,....,,))}.)})}.)))......)))..)))))))..))))))).)).))..))....))))},))........((((((((..{(((......)))}..))))))))..,,{(,,....,,,.....{{(.....))}))))......(((((.....)))))))))).)))..}|||,},{{||||},.(((((((({,,..((((((....}))))}..,....{(.((((({...)))))).))....,.....)))))))).||||}|{|{{|,..{((..((({{....)))))..))),...}}}}}))))),,.,,}))))))))))))(((((..((((((((((..{((((((...(((...............)))....))))))}{{.....}},((((....)))){((((.(((.({.....)).))).))))}..{,,,..........,},,((((((........))))))....))))))))))..))))).,|||,||||,.,...,,}}}}},.))))))))))))).,})))))}}}.}}}.,,,,}.))))))))))),}}},,..},))))))|||||{{,.,..{({((((.,((({,.},,,{{{,,,||||.,(((,{{.((({{...,||{,{.....,,.....))},,,))}.((((((.((((.{({....})).))))..))))))((((((((({...}))))))))).,{{{{{{{,{({..,{,,,.||,,|||}|{{{|,,,,,|(((((((((...)))))))))),...})))).)))),,,},}),,}})))),}})},},}))))))})))))))),..,,.))))).{{.(({...,,.)),.
Back