Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004452.4
Sequence Length
3090 nt
GC Content
0.5502
GCUAGCAGUCUGCUGACCAUCACUCAGGGAUAUAACUCCACACCCCCAAAUUCAAGCAUGUAAGAAGACAGCAGGUCCGCAGAGAGGUGUGGUCAGGGACAUUUCCCCUGGCCGGGAGCCCAUGGAGCACUGUCCUCAGAGAUGCGCAGGUUAGGCUCACUGUCUAGGCCAGGCCCACCUUAGUCACUGUGGACUGGCAAUGGAAGCUCUUCCUGGACACACCUGCCCUAGCCCUCACCCUGGGGUGGAAGAGAAAUGAGCUUGGCUUGCAACUCAGACCAUUCCACGGAGGCAUCCUCCCCUUCCUGGGCUGGUGAAUAAAAGUUUCCUGAGGUCAAGGACUUCCUUUUCCCUGCCAAAAUGGUGUCCAGAACUUUGAGGCCAGAGGUGAUCCAGUGAUUUGGGAGCUGCAGGUCACACAGGCUGCUCAGAGGGCUGCUGAACAGGAUGUCCUCGGACGACAGGCACCUGGGCUCCAGCUGCGGCUCCUUCAUCAAGACUGAGCCGUCCAGCCCGUCCUCGGGCAUCGAUGCCCUCAGCCACCACAGCCCCAGUGGCUCGUCCGACGCCAGCGGCGGCUUUGGCCUGGCCCUGGGCACCCACGCCAACGGUCUGGACUCGCCACCCAUGUUUGCAGGCGCCGGGCUGGGAGGCACCCCAUGCCGCAAGAGCUACGAGGACUGUGCCAGCGGCAUCAUGGAGGACUCGGCCAUCAAGUGCGAGUACAUGCUCAACGCCAUCCCCAAGCGCCUGUGCCUCGUGUGCGGGGACAUUGCCUCUGGCUACCACUACGGCGUGGCCUCCUGCGAGGCUUGCAAGGCCUUCUUCAAGAGGACUAUCCAAGGGAACAUUGAGUACAGCUGCCCGGCCACCAACGAGUGCGAGAUCACCAAACGGAGGCGCAAGUCCUGCCAGGCCUGCCGCUUCAUGAAAUGCCUCAAAGUGGGGAUGCUGAAGGAAGGUGUGCGCCUUGAUCGAGUGCGUGGAGGCCGUCAGAAAUACAAGCGACGGCUGGACUCAGAGAGCAGCCCAUACCUGAGCUUACAAAUUUCUCCACCUGCUAAAAAGCCAUUGACCAAGAUUGUCUCAUACCUACUGGUGGCUGAGCCGGACAAGCUCUAUGCCAUGCCUCCCCCUGGUAUGCCUGAGGGGGACAUCAAGGCCCUGACCACUCUCUGUGACCUGGCAGACCGAGAGCUUGUGGUCAUCAUUGGCUGGGCCAAGCACAUCCCAGGCUUCUCAAGCCUCUCCCUGGGGGACCAGAUGAGCCUGCUGCAGAGUGCCUGGAUGGAAAUCCUCAUCCUGGGCAUCGUGUACCGCUCGCUGCCCUAUGACGACAAGCUGGUGUACGCUGAGGACUACAUCAUGGAUGAGGAGCACUCCCGCCUCGCGGGGCUGCUGGAGCUCUACCGGGCCAUCCUGCAGCUGGUACGCAGGUACAAGAAGCUCAAGGUGGAGAAGGAGGAGUUUGUGACGCUCAAGGCCCUGGCCCUCGCCAACUCCGAUUCCAUGUACAUCGAGGAUCUAGAGGCUGUCCAGAAGCUGCAGGACCUGCUGCACGAGGCACUGCAGGACUACGAGCUGAGCCAGCGCCAUGAGGAGCCCUGGAGGACGGGCAAGCUGCUGCUGACACUGCCGCUGCUGCGGCAGACGGCCGCCAAGGCCGUGCAGCACUUCUAUAGCGUCAAACUGCAGGGCAAAGUGCCCAUGCACAAACUCUUCCUGGAGAUGCUGGAGGCCAAGGUUGGCCAAGAGCAGCUUAGAGGAUCUCCCAAGGAUGAAAGAAUGUCAAGCCAUGAUGGAAAAUGCCCCUUCCAAUCAGCUGCCUUCACAAGCAGGGAUCAGAGCAACUCCCCGGGGAUCCCCAAUCCACGCCCUUCUAGUCCAACCCCCCUCAAUGAGAGAGGCAGGCAGAUCUCACCCAGCACUAGGACACCAGGAGGCCAGGGAAAGCAUCUCUGGCUCACCAUGUAACAUCUGGCUUGGAGCAAGUGGGUGUUCUGCACACCAGGCAGCUGCACCUCACUGGAUCUAGUGUUGCUGCGAGUGACCUCACUUCAGAGCCCCUCUAGCAGAGUGGGGCGGAAGUCCUGAUGGUUGGUGUCCAUGAGGUGGAAGCUGCUUUUAUACUUAAAACUCAGAUCACAACAGGAAAUGUGUCAGUAACAAUGGAACUCCAUCCAAUGGGAAAGUUCCUGGUACUGAAGGGGUCCAUUGGACACUCAGAAAAGAAGUUCAGGGGCCAACUUCUUAGCUGGAAUCCUGGCCAGAUGAGGACCCUCUCCGGGGAAGGGAGAGGACUGACUUAGUGGAAGGUGGUGAAGUGAGGAGAGUUUAGGGGAACCUUCCCCCAGUGGAACAGAUCUCAAGUUUACCCUAAACCUGCCAUUUCUGGAAAAUCUGUAAAGAGGAAACAGCCUGUCUCAGCUGUACUCUCAUGAUACAGGUCAUUUGAAAUGAACCAAGAAAUAAAACAUGAAAAUCCAACCAUGGAGAAGGUGGUAUGGCUGGGUUUUGUUUGGUCCCCUUGUCCUUAUACGUUCUAAAGUUUCCAGACUGGCUUUGUCACUUUGUGAACUCGUCAUGUGUGAAAACCAAUCUUUGCAUAUAGGGAACUUCCUCGGGCCACACUUUAAGAACCAAGUAAGAGGCUCUCAAGACUCCAGCAGAGUCGGGAGGCCAUGGCAGCGCCUUAGAGGAGCUGGAACCUGCACCCACCUGUGUCGGUGGGGGGGGCCUCCUUUCCCCAUAGACUCUGCCCUCCCUCUGUGCAGAUGGAAGUGGCAGGGGAGGGUGACCAGCUUGUGACAAGAAGACUGAAGGGUCCAGAGUCCAUGCUCACGGAACAGCACCAAAGAAAAGCACUAUGUGGAAAGAUUGUUUUAUUUUCUAAUAAUGAUAAUAUGGCUGGAAUGGCUUCUUAAGAUGUAUAUAUUUUUUAAAAUGGCAGUUCCCCAUUGCAGCAUCACCUACUUGUAUGUCUUUCUGCCUCUGUAUAUGUUCUCCCAGAAACCCCCAUGUAAAUCAAAUGCCCUAGGAUGCUUCCAUCCUGGUCCCAUGUAUCUGGAAUCUAAUAAAUAAGGAAAGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1162.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1216.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 990.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((.((((.......)))))))).....(((...((..............((.((((((.(.((((((((((((.((((..(((((((((.......)))))))))((((((((.((.((.((((((((((.((.((((((((((((((((...((((.(((((..((((..........)))).)))))..))))..(((((((.((.....)).(((((((........))))))))))))))...)))))))))))))).......((((.((((.(((((........))))).)))).))))........)).)))))))(((.(((((.((((.(((...((((...))))...(((..((((((((((....((((((((((.........))))..))))))...)))..)))))))..)))..))).)))).)))))..)))))))))).))))))))))....(((((((..((.....))..)))))))...(((((....))))).....(((((...(((((((.((((((..((((((....)).))))..)).)))).)))..))))...))))).....((((..(((.((..((((((((....((..((((((((.(((.((((.(((((((((((((((..(.((.(((.....)))))).))))))...))).))(((((..(.....)..)))))...))))...).))).)))...))))))))))...))).)))))..))..)))..))))..((((......))))))))))))).)))))))...).))))))))...(((...)))..((((((((...((((((..((.((........)).))((..((((.((....((((((...(((((((((((((((((.(((((.((....(((((.(((.(.(.(((((.......))))).).))))..((((((((((((((((((((............)))))))(((......(((..(((....(((((((((((((((((((((((((((.....(((((.(((((.....((.((((((((....))))..)))).)).(((((((((..(((.((..(((((((.(......).)))))))...)).))).(((.(((.((.....))..))))))....))))))))))))))....)))))(((..........)))((((((...))))))....((((....))))....(((.(((((((.((((((((.((((...((((((((.(((((.((.((...)).)).))))).............(((((((..(....)..))))))).))))))))((((.((((((...)))))).)))).....))))))))).))).))))))).)))..))))))........(((......)))..)))))))))))))).)))).)))....))).)))......)))...))))))))).)))).......)))))....))))))).))))).)))).(((.....)))..))))))))...((((((.(((((((((.(((((((((((.((((((((.(((.((((((.....(((((((....)))))))((((((.....)))))))))))))))))....))))...)).))))))...((((....))))....))))).)))...)))))).(((((....))))).......((((.((.(.(((..((....))..))).).)))))).....(((((........))))).)))))))))))).......))))))...))...(((((((((((((.((.((...(((......((((((((((.(((.....))).((...(((((...((((((((.(((((...(((((.(((((((((.....)))))))))............)))))))))).))...)))))).)))))...))((((((((.(((((((.(((((((((.....(((.(((((....)))))))).(((((.((.....)).)))))((....))......)))).))))))))))))..))))))))...................((((........))))((((((.((..((((((...(((....))).)))))))).)))))).)))))....)))))..((((..((((((((........))))))))..))))......)))..)))).)))...))))))))))(((.(((((((..((..(((((..((((.((.((((.((((.((((((((((((.((((......))))..........)))).))))))))(((((((((.((((((((.((((...((((...((((..((.((((((((...((((......(((((((...)))).)))..(((((((((((......((((..(((((.(....((((...((((((((((((.((((((.....((((((((.((......((((.((.((((((....((((...))))....)))).)).)).))))........)).))))))))........)))))).))....))))))........(((.(((..(((((.....)))))..))))))..(((...)))......((((((((..(((.((((....(.(((.((((((((((....)))))))))).))).).((((((((.((((.((........))))))))))))))...((((((.(....).))).)))..)))).)))..)))).))))......))))))))........).))))))))).....)))))))))))......))))...))))))))))..))))))))......)))).))))))))))))))))))))).)))).)).))))..))))).))..))).)))).)))))))))))))))))(((((.((...............(((..((((((((....))))))))...))))).)))))..............))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{,,,{{{((||{((({.....{{,((({......,,.....,||,........{(,({{,,({,(|{|(|,(|((({||{.({(({.{((((((((.......))))))))}((((((((.((.((.((((((((((.{{.|{((((((((((((((,{.((((.(((((..((((..........)))).)))))..)))},}(((((((,{|.....,|.(((((((........))))))))))))))...)))))))))))))).......{(((.((((.(((((........))))).)))).)))),.......)),)))))))(((.(((((.((((.(((..,(((,...})))...(((..((((((((((.{.,((((((((((..{......}))}..)))))).,.))),.}))))))..)))..))}.)))).)))))..)))))))))).)))))))))).,,.(((((((..((.....))..)))))))...((((({{{{|||||...,.(((((...(((((((.((((((..((((((....)).))))..)).)))).)))..))))...))))).,,,,{{(...((({(({.((((({,,....{{,{((((((((.{((.{(({.(((,(((((((((((..{.((.(({.....}))))}.)))))),..})).))(((((,{,.....},.)))))...,}}}....})),,))),..)))))}||||{{{|||{|||||,.|,.,((|{{((||,.|{{{{.,|,,||||||||}||,|{|||||,,..})})))},,}}.}}||{...}}}..(((..,.{((,,,.|||{{{}||||||}|,..|},}||,.,|,,{,,,...,})|||||,,.|||||}|((((((({(,(((({.((,...{{{{|.|||,||{.{{{||...,,..}}}}),),)))}||||,,(((((((({|((((((............))))))}({{,,,.|.{{(..(((....((((((((((((((((((((({{((((,....|||{{.{((({.....,{,(((,{(((....}}||{{|,||{||{(((((((((..(((.((,,(((((((,(....,,,.)))))))...}}.))).,{{.,((,,,...}|),..}))))}....)))))))))}}}},...,))))){||,,........}}}{(((((...,))))|....((((....))))..|,(((.(((((((.((((((((.((((..,((((((((.(((((.((.((...}).)).))))).............{((((((,,{....}..))))))).))))))))((((.((((((...)))))).)))).....)))))))))},)).))))))).))}.,}})))).......,|||.,,,,,)))..)))))))))))))).))))},))...,))).}}}.},...}))|.,}))}))))),}))}||,,,..)))))..}.}}))})).}}})}.))))..}}}}}))))}),))))},},..,.|||}}}})}},}||,||{||.}}}}|,}|))|}}))){((|(((({(,....(((((((....)))))))((((((.....))))))}|||||}|||,..||,,|.....(((((((({...})))).))))....|{||,,.,})}}.|}))},,|{||{.}}.}))))..}})))))}}.{.||||||||,..|||,|,..,,..{||,{{{..((((((((........))))},)))}}|||.}},....}},((({..,{{{{,..|||{{{((|||||.{.,{{...{{{,.,,,.(((({{{{{{{(((...,.,,||||.,{((((,...(((({{,(,{{{((,{{(({((.(((((((((.....))))))))),.}}..|,..{,||||||||||{||.,{||(((({,||||.,.,,.{||||{{,||||{||,|{{{{||||,|||||{{.{|||{,,,,||||||,,.(((((.((.....)).))))).}}})}||.,,.))}))),))))}))})))),.,})))))|,,,....,,,.........((((........))))((((({.({..((((((,,.(({...,))}.))))))}).}))))).)))||,,.,}))))..{(((..((((((((........))))))))..)))}...,,.))),,)))).))}.,,|||||}}}}}{{|,|||||((..((..{((((..((((.((.,(((.(({{.((((((((((({.((((......)))}..........)))}.))))))))(((((((((.((((((((.((((...((({...((((..((.((((((((.,.((((......(((((({...}))),,)).{(((((((((({..,,,,((((.{((((,.....,,{,}}}||{||||||||||.{(({{|,|..|{|{(((({,((.....,((((.((,({((((...,{(({..,)})),,..}}}),)),)),}}}}.,,,,{{{}|{|||||||,.,.,,...||||},.||{{,,||,,,,.,}}..,.(((.(((..(((((.....)))))..))))))..{|{.,,,|||,.,}}(((({(({.,(({.{(((,,,...{{{,||||||{{||....)}}}))})}}.)}),|{((((((((.((((.({.......,))))))))))))))}..((((((.{....).))).)))..)))),))).,)))).))))..,,....}}.}}.........,.)))))))})}))}})))))))))))}}....)))).,.))))))))))..))))))))......)))).)))))))))))))))))}))),)))}.)).)))),,))))).))..)))}}})),))),,.,,,,|}}}}},||,||......|,||,........,|,.|{{(((((....))))))))}}}}},)},)})))}.,},........,))},,)),.
Back