Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004454.3
Sequence Length
4082 nt
GC Content
0.4838
AGAGUCCAGCCGCUGGUGCGCGGAGCGGUUCACCGUCUUCGGAGCGGUUCGGCCCAGCCUUUCGCCCAGGCGCCCAGGCCCGCUGCGCGCGUGCGUGAGCGCGCCUGCGCCGCCGGGGCCGCUGCAAGGGGAGGAGAGAGGCCGCCUCAGGAGGAUCCCUUUUCCCCCAGAAAUUACUCAAUGCUGAAACCUCUCAAAGUGGUAUUAGAGACGCUGAAAGCACCAUGGACGGGUUUUAUGAUCAGCAAGUCCCUUUUAUGGUCCCAGGGAAAUCUCGAUCUGAGGAAUGCAGAGGGCGGCCUGUGAUUGACAGAAAGAGGAAGUUUUUGGACACAGAUCUGGCUCACGAUUCUGAAGAGCUAUUUCAGGAUCUCAGUCAACUUCAAGAGGCUUGGUUAGCUGAAGCACAAGUUCCUGAUGAUGAACAGUUUGUCCCAGAUUUUCAGUCUGAUAACCUGGUGCUUCAUGCCCCACCUCCAACCAAGAUCAAACGGGAGCUGCACAGCCCCUCCUCUGAGCUGUCGUCUUGUAGCCAUGAGCAGGCUCUUGGUGCUAACUAUGGAGAAAAGUGCCUCUACAACUAUUGUGCCUAUGAUAGGAAGCCUCCCUCUGGGUUCAAGCCAUUAACCCCUCCUACAACCCCCCUCUCACCCACCCAUCAGAAUCCCCUAUUUCCCCCACCUCAGGCAACUCUGCCCACCUCAGGGCAUGCCCCUGCAGCUGGCCCAGUUCAAGGUGUGGGCCCCGCCCCCGCCCCCCAUUCGCUUCCAGAGCCUGGACCACAGCAGCAAACAUUUGCGGUCCCCCGACCACCACAUCAGCCCCUGCAGAUGCCAAAGAUGAUGCCUGAAAACCAGUAUCCAUCAGAACAGAGAUUUCAGAGACAACUGUCUGAACCCUGCCACCCCUUCCCUCCUCAGCCAGGAGUUCCUGGAGAUAAUCGCCCCAGUUACCAUCGGCAAAUGUCAGAACCUAUUGUCCCUGCAGCUCCCCCGCCCCCUCAGGGAUUCAAACAAGAAUACCAUGACCCACUCUAUGAACAUGGGGUCCCGGGCAUGCCAGGGCCCCCAGCACACGGGUUCCAGUCACCAAUGGGAAUCAAGCAGGAGCCUCGGGAUUACUGCGUCGAUUCAGAAGUGCCUAACUGCCAGUCAUCCUACAUGAGAGGGGGUUAUUUCUCCAGCAGCCAUGAAGGUUUUUCAUAUGAAAAAGAUCCCCGAUUAUACUUUGACGACACUUGUGUUGUGCCUGAGAGACUGGAAGGCAAAGUCAAACAGGAGCCUACCAUGUAUCGAGAGGGGCCCCCUUACCAGAGGCGAGGUUCCCUUCAGCUGUGGCAGUUCCUGGUCACCCUUCUUGAUGACCCAGCCAAUGCCCACUUCAUUGCCUGGACAGGUCGAGGCAUGGAGUUCAAGCUGAUAGAACCGGAAGAGGUUGCUCGGCGCUGGGGCAUCCAGAAGAACCGGCCAGCCAUGAACUAUGACAAGCUGAGCCGCUCUCUCCGCUAUUACUAUGAAAAGGGCAUCAUGCAGAAGGUGGCUGGAGAGCGAUACGUCUACAAAUUUGUCUGUGACCCAGAUGCCCUCUUCUCCAUGGCUUUCCCGGAUAACCAGCGUCCGUUCCUGAAGGCAGAGUCCGAGUGCCACCUCAGCGAGGAGGACACCCUGCCGCUGACCCACUUUGAAGACAGCCCCGCUUACCUCCUGGACAUGGACCGCUGCAGCAGCCUCCCCUAUGCCGAAGGCUUUGCUUACUAAGUUUCUGAGUGGCGGAGUGGCCAAACCCUAGAGCUAGCAGUUCCCAUUCAGGCAAACAAGGGCAGUGGUUUUGUUUGUGUUUUUGGUUGUUCCUAAAGCUUGCCCUUUGAGUAUUAUCUGGAGAACCCAAGCUGUCUCUGGAUUGGCACCCUUAAAGACAGAUACAUUGGCUGGGGAGUGGGAACAGGGAGGGGCAGAAAACCACCAAAAGGCCAGUGCCUCAACUCUUGAUUCUGAUGAGGUUUCUGGGAAGAGAUCAAAAUGGAGUCUCCUUACCAUGGACAAUACAUGCAAAGCAAUAUCUUGUUCAGGUUAGUACCCGCAAAACGGGACAUAGUAUGUGACAAUCUGCAUCGAUCAUGGACUACUAAAUGCCUUUACAUAGAAGGGCUCUGAUUUGCACAAUUUGUUGAAAAAUCACAAACCCAUAGAAAAGUAAGUAGGCUAAGUUGGGGAGGCUCAAACCAUUAAGGGUUAAAAAUACAUCUUAAACAUUGGAAAGCUCUUCUAGCUGAAUCUGAAAUAUUACCCCUUGUCUAGAAAAAGGGGGGCAGUCAGAACAGCUGUUCCCCACUCCGUGGUUCUCAAAAUCAUAAACCAUGGCUACUCUUGGGAACCACCCGGCCAUGUGGUCGCCAAGUAGAGCAAGCCCCCUUUCUCUUCCCAAUCACGUGGCUGAGUGUGGAUGACUUUUAUUUUAGGAGAAGGGCGAUUAACACUUUUGACAGUAUUUUGUUUUGCCCUGAUUUGGGGGAUUGUUUUGUUUUGGUGGUUGUUUUGGAAAAACAGUUUAUAAACUGAUUUUUGUAGUUUUGGUAUUUAAAGCAAAAAAACGAAAAACAAAAAACAAAAACAAACCUUUUGGUAACUGUGCACUGUGUCCUUUAGCCAGGGCCGUGCCAACUUAUGAAGACACUGCAGCUUGAGAGGGGCUUUGCUGAGGCUUCCCCUUGGCCAUGUGAAAGCCCGCCUUGUUGCCUGCUUUGUGCUUUCUGCACCAGACAACCUGAUGGAACAUUUGCACCUGAGUUGUACAUUUUUGAAGUGUGCAGGGCAGCCUGGACACAAGCUUAGAUUCUCUAUGUAUAGUUCCCCGUGUUCACUAACAUGCCCUCUCUGGAAAGCAUAUGUAUAUAACAUGUGUCAUGUCCUUUGGAAACCUGGUCACCUGGUGAAAACCCUUGGGAUUCUUCCCUGGGCAUGACUGAUGACAAUUUCCAUUUCAUCAGUUUGUUUUGUUUUCCUUUUUCUUUAAAUCUUGGACUUUAAACCCUACCUGUGUGAUUCAGUAGGGUUUGAGACUUACGUGUGAUACUGACAGGUAAGCAACAGUGCUAGCAUUCUAGAUUCCUGCCUUUUUUUAAAAAGAAAUUAUUCUCAUUGCUGUAUUAUAUUGGAAAAGUUUUAAACAACCAAGCUAAAGCUAUGUGAAAGUUGAGCUCAAAGUAGAGGAAAAGUUACUGGUGGUACCUUGCUGCCUGCUCUGCUGGUAGAAUUCUGUGCUCCCCGUGACACUUAGUACAUUAAGAAUGACUACACUGUUCCUCGUAUGUGAAGGAGGCAGUGCUGACUCCGUGAGUGUGAGACACGUGCUUUGAACUGCUUUUCUAUUCAUGGAGCACUCCAUAGUCUCAAACUGUCCCCCUUAUGACCAACAGCACAUUUGUGAAGAGGUUCGCAGGGAUAAGGGGUGCACUUUAUAGCUAUGGAAACAUGAGAUUCUCCUCUAUUGGAAGCUAAUUAGCCCACAAAGGUGGUAAACCUGUAGAUUGGGCCUUAAUUAGCAUUGUACUCUAAUCAAAGGACUCUUUCUAAACCAUAUUUAUAGCUUUCUUAACCUACACAUAGUCUAUACAUAGAUGCAUAUUUUACCCCCAGCUGGCUAGAGAUUUAUUUGUUGUAAAUGCUGUAUAGAUUUGGUUUUCCUUUCUUUACUUACCCUGGUUUGGAUUUUUUUUUUUUUUCUUUUGAAUGGAUUUAUGCUGUCUUAGCAAUAUGACAAUAAUCCUCUGUAGCUUGAGCUACCCCUCCCCUGCUGUAACUUACGUGACCUGUGCUGUCACUGGGCAUAGGACAGCGGCAUCACGGUUGCAUUCCCAUUGGACUCAUGCACCUCCCGGAUGGUUUUUGUUUUUUUCGGGGGUUCUUUGGGGUUUGUUUGUUUGCUUCUUUUCCAGAGUGUGGAAAGUCUACAGUGCAGAAAGGCUUGAACCUGCCAGCUGAUUUGAAAUACUUUCCCCUGCGCAGGGCCGUAUGCAUCCUGCCAAGCUGCGUUAUAUUCUGUACUGUGUACAAUAAAGAAGUUUGCUUUUCGUUUACCAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1313.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1388.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 1071.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.....((((((....((((..((((((.(((..(((.((((((((.((((.....((((.(((((.(((((.((((((((....)))).)))).))))).).)))).)))).))))...(((((((((.((..((.((...)).)).)).)))))))))...............)))).)))).))).)))))))....))..))))....))))))))))).(((...((((..(((((.(((((...........)))))...(((.....)))((((.(((((((.((((((((.....((((((.......))))))..)))))...(((((...((((((((((.....))))))))))..)))))......((((((.(((...((((((((((..(((...(((..((((.((((((...)))))))))))))....)))...)))))))).)).))).((((((((((((.(((((((.((((.((.((......)).)))))).)))).)))..(((.......))))))))))........)))))......))))))....(((((((....)))))))...))).))))))).))))((((....((((((......(((((((.(((....((.((((((((((........(((((((..(((((((.((((((((......))))..((..((((((..(((.........((((.((((...)))).))))........((((((((...)))))....))).((((....))))((((....)))).........))).))))))..))...))).).)))))))...((((.(((((((((((..((((.((((((........))))))..(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((..(((....(((((((((....(((((..(((..(((((((.((((..((((.........((((((((.((..(((......)))..))..(((((......((.....(((((((.((.....)).)))))))))......)))))(((........)))(((((..((((...((...))....))))...)))))...(((.....))).....((((.....))))))))))))..........))))..))))))))))).)))........((((...))))........((((((....))))))))).))..))))))..)))...)))...)))))))...))(((((((..((((((((......(((((((((.(((((..(((((((((.(.(((((((((((...(((((.((((.((((((........(((((((.((((.((....)).)))))))))))....(((((...((((......))))..))))))))))).)))).)))))....))))))....))))).).)).))))))).(((((((((((((.((..(((((........)))))..)).)))))..))))))))....(((.(((........))))))(((((((..(((........((((((...((((((((((((((((((((.(.(((....(((.(((((.....((((((.(.(((....))).)))))))..)))))....)))(((...)))..))).).))).))))).))))((((.(((((.(........).)))))))))...........((((((((.(((.(((((........).))...)).)))))))))))((((((((((.(...).))))))))))......))))))))..))))))........)))...))))))).))))).....)))))))))...))).))))).......)))))))))))))))))).)))...)))).).)))))............((((....))))....))))..)))))))).)))..))))((((((.....(((((((((((((((((.(((((((....(((...))).....))))))))))..((.((((.....)))))).((((..((((...((......))))))..))))......((((((((......(((...((((((...(((....)))..))))))....)))........))))..))))......)))))))))).((((......))))................))))......))))))((((((..(((((.......((((((.........)))))).....))))).))))))(((((....((((((((............))))))))........)))))(((((((((((((((((........((((.(((....))).)))).....)))))))))))).).))))....((((((...)))))).(((((((...........(((((....))))))))))))....))))))).......)))))))))).))....)))....(((((....))))).(((((((..(((((.(......).)))))..)))))))..(((((((((((((..(((....)))......(((((((.(((((((.....(((...))).......((((.((..(((((..(((..((((((((((((((.....)))))))......)))))))..)))))))).))))))((((.....))))(((.....)))..((((((.......(((((((...((....))..((((.((((....)))).)))).))))))).((((((((....(((((......(((((...((((((((((..(((..((((((((.....))))))))....)))...))).(((.((...)).)))..........((((....)))).)))))))((((((((...........))))))))((((((..((((((....(((.........))).((((((((((((.((.......)))))))))))))).(((((.(((.......))).)))))....(((((.((((....(((.......(((((....))))).......)))...))))))))).....)))))).....))))))...(((....)))..)))))....)))))....))))))))...(((((.((.(((((....(((((.((...)).)))))......))))).)).)))))...((((.((((...))))))))...)))))).......))))))).)))))))((.(((((((((((.((((((.((.......)))).)))).)))))))))))))...............((((((....((((.(((((((((((...((.(.(((((((((((((...(((((((..(((...(((((((((............(((......))).(((((((((((((...((((.....))))......)))))..))))))))............((((((((.....(((((((((......(((((..((.............(((((....)))))...............))..))))).((((((((.....)))))).))(((.(((...((....))..))).)))......))))))))).............))))))))..(((((.....((((.((....)).))))..)))))))))))))).))).))))))).)))))).).))))).).).)).))))))))...))).))))))))))...((((.(((.((((((((....)))...)))))....))))))))))))))))))))..)))))))....)))))).....))))((((((((((((.....))))).((.((((((((((((.(((.....((((((((..((............))..))).))))))))..(((((..((....)).)))))....)))))))))))).))....))))))))))))..))))..))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((({..(((((.((.(((({((,(,,.{((....}))}|)||)))|))))))).....((((.(((((.(((((.((((((((....)))).)))).))))).),}))).)))).,..((,,(((((((.{(,(((((((({,.((.(({.,.,,,,}}}|}|,,,.....,{,..{{(((({((({,({...{{|,|.{{{|.....})}}.},)))|,||}|.}||}},.....}}}}}},,||||,}},.,}},...})})}...|||,.||}}}}|,.,.,{|||||}||}}}.|((((.,.(((((((((({({{..(((((({.(({{(((((...((((((((({.....})))))))))..)))),.......((((..(((...((((((((((..({(,.......,||||((,((({,.||||||.,,})))}),,}}.}}.)))))))).)).)))))))...,,.}))})....((((((((.(((........(((((((({{.({((.({.(((..((({((((,{.,(((({,.....{((((........))))},,,,,.,{||{({.,.{...(((((((((.....(((({.{{....,,}))))......{((..(((((((({.,{,,((({((((((,....,..(({{{{{..(((((((..,,(((((......))))},{{,.{{{{{(,,({{,,,|,....((((.((((...)))).))))........((((((((,,.))))}....})).((((....})))((((....)))).,,,{,{{,|||.}}}}}},.}|,...,,.|{||||||,...{|||,|||((((((((,{(((,.((((((.,....,.))))))..(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((..(((....(((((((((....({(((,.{{(..(((((((.((((..((((.,.......((((((((.{(,{(((......)))}.))..({{{{......{{....,(((({((,((.....)).)))))))}}......|||||(({,,......}))|{{{{..{|{|,}}||..,||,|.,|||},,.}}}}}.,.,{{.....}}}}}},,|{||,,...}}}}))))))))..........))))..)))}))))))}.|}}..,,.,..{{{{...}}},.....,,,{(((({....))))))))).)),.))))))..)))...)))...))))))),,.))(((((((..((((((((......(((((((((.(((((..{((((((((.(.(((((((((((...(((((.((((.((((((........((((((,{((((.((....)).)))))))))))....(((((...((((......))))..))))))))))).)))).)))))....))))))....))))).).)),})))))}.(((((((((((((.{(..(((((........)))))..}}.)))))..))))))))....(((.(((........))))))(((((((..(((........((((((...((((((((((((((((((((.(.(((..,.(((.(((((.....((((((.(.(((....))).)))))))..))))).),.,,,,{{...))),.))).}.))).)))))},))}((((.(((((.{........).)))))))))...........((((((((.(((.(((({........}.))...)).)))))))))))((((((((((.(...}.)))))))))).....,)))))))),.))))))........)))...))))))).))))).....}))))))))...))).))))).......)))))))))))))))))).)))}..,))).),)))))............((((....))))...,)))),.)))))))).)))..))||(((((({....{{{{(((((({(({(((.(((((((....(((...))).....)))))))))}.,({.((((.....))))}}.((((,,(({,..,{{......)})}})}.}})}|,,...((((((,,....}}|||}..{(((((.,{{{...}}}}}..})))))....}}}........}}}},.})))}..,,}}|))})))}}.,,((.,,,,{|||,......,,.}}}},,.,,,}|},..,||||}|((((((..(((((.......((((((.........)))))).....))))).)))))},||{||{,,{{((((((,,,,........}}}})))}.,...,||||}}|||||.,{{{{{{|||||.,,,|||.{{||,,{{....))}}))))},,}.}}))))})))))})))}))....(({{{{...}))))).{((((({...,.,.....{{{{|....})))))))))))}}..))))))),,.,..,)}}}}))))){||{{{{|,.....(((((....))))).{((((((..(((((.(......).)))))..))))))}..,.,,,,|||,,||,.(((....)))...,|{(((..(((({{((((....,(((...)))......}))))))))}))}|,.}))))))))..}))..)))))))))...,)))},.,,...})),}}})..}..))}))))}.((((.....)))){((.,,..|}}.,||..,,..,||,|,.,,,|{((((((({...})))))))}||}}.,).,)})))).}))))))}.......))).)))))))).)))))))..}}}{{{{((,,,..(((..((((((((.....))))))))....)))...|||.{{{.((,,.}}.|}}.....||...((((....)))).))))))|((((((((.,,,....,}}))))))))}........,)))))))))))...))))......{(((((((((({,((.......)))))))))))))}.(((((.(((.......))).))))),.,{(({{({(({{..}}||{...,|,.(((((....}))))..,...,||,{{,,|||,,,||...{{((....{,....,},..}}}},,|},})),|}}.}}},|||,(({({,,{((((((((...(((((.((.(((((....(((((.((...)).)))))......))))).)).)))))...((((.((({...})))))))(((((((((((,....,),})))}}))))).{(.(((((((((((.(((({{.((.......}}}),,)))}))))))))))))}.((((((((...{{{.(((.((((((((..((...........((((({....)))))))),)))))))).))).}}}...))))))))......,,....|||}},,,,}}}.(((((((((((((...((((.....))))......)))))..)))))))).......{{{{.((((((((.....(((((((((.,..,,.{{.......||,,....,,.{((((((((({{,,{({{,.{{(({.{,......)).}}))},,.|||,,},,))),,}},))))))))},.||},..,,...}}.,},.,,...))))))))).............)))))))).}}}|.,,,{,,((({.{|,,..}}.)))),,,,))))))|||||)}})))),},)))))))))){(((((,..{((((..{{(((((((.(((....)))))))))},}}))))))))))}......,})))))).,||{{(.((((((.{{........}}.)))))))))..,{(((....{{...{{..((((((((((((.....))))),((.((((((((((((.(((,,,..((((((((..((............))..))).)))))}}},.,,(({..,|,,,,))}))}},....)))))))))))).))....}))))))..))....))....))))),.
Back