Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004456.5
Sequence Length
2654 nt
GC Content
0.4491
GUUUGGCGCUCGGUCCGGUCGCGUCCGACACCCGGUGGGACUCAGAAGGCAGUGGAGCCCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCGCGGGGGCGACGCGCGGGAACAACGCGAGUCGGCGCGCGGGACGAAGAAUAAUCAUGGGCCAGACUGGGAAGAAAUCUGAGAAGGGACCAGUUUGUUGGCGGAAGCGUGUAAAAUCAGAGUACAUGCGACUGAGACAGCUCAAGAGGUUCAGACGAGCUGAUGAAGUAAAGAGUAUGUUUAGUUCCAAUCGUCAGAAAAUUUUGGAAAGAACGGAAAUCUUAAACCAAGAAUGGAAACAGCGAAGGAUACAGCCUGUGCACAUCCUGACUUCUGUGAGCUCAUUGCGCGGGACUAGGGAGUGUUCGGUGACCAGUGACUUGGAUUUUCCAACACAAGUCAUCCCAUUAAAGACUCUGAAUGCAGUUGCUUCAGUACCCAUAAUGUAUUCUUGGUCUCCCCUACAGCAGAAUUUUAUGGUGGAAGAUGAAACUGUUUUACAUAACAUUCCUUAUAUGGGAGAUGAAGUUUUAGAUCAGGAUGGUACUUUCAUUGAAGAACUAAUAAAAAAUUAUGAUGGGAAAGUACACGGGGAUAGAGAAUGUGGGUUUAUAAAUGAUGAAAUUUUUGUGGAGUUGGUGAAUGCCCUUGGUCAAUAUAAUGAUGAUGACGAUGAUGAUGAUGGAGACGAUCCUGAAGAAAGAGAAGAAAAGCAGAAAGAUCUGGAGGAUCACCGAGAUGAUAAAGAAAGCCGCCCACCUCGGAAAUUUCCUUCUGAUAAAAUUUUUGAAGCCAUUUCCUCAAUGUUUCCAGAUAAGGGCACAGCAGAAGAACUAAAGGAAAAAUAUAAAGAACUCACCGAACAGCAGCUCCCAGGCGCACUUCCUCCUGAAUGUACCCCCAACAUAGAUGGACCAAAUGCUAAAUCUGUUCAGAGAGAGCAAAGCUUACACUCCUUUCAUACGCUUUUCUGUAGGCGAUGUUUUAAAUAUGACUGCUUCCUACAUCGUAAGUGCAAUUAUUCUUUUCAUGCAACACCCAACACUUAUAAGCGGAAGAACACAGAAACAGCUCUAGACAACAAACCUUGUGGACCACAGUGUUACCAGCAUUUGGAGGGAGCAAAGGAGUUUGCUGCUGCUCUCACCGCUGAGCGGAUAAAGACCCCACCAAAACGUCCAGGAGGCCGCAGAAGAGGACGGCUUCCCAAUAACAGUAGCAGGCCCAGCACCCCCACCAUUAAUGUGCUGGAAUCAAAGGAUACAGACAGUGAUAGGGAAGCAGGGACUGAAACGGGGGGAGAGAACAAUGAUAAAGAAGAAGAAGAGAAGAAAGAUGAAACUUCGAGCUCCUCUGAAGCAAAUUCUCGGUGUCAAACACCAAUAAAGAUGAAGCCAAAUAUUGAACCUCCUGAGAAUGUGGAGUGGAGUGGUGCUGAAGCCUCAAUGUUUAGAGUCCUCAUUGGCACUUACUAUGACAAUUUCUGUGCCAUUGCUAGGUUAAUUGGGACCAAAACAUGUAGACAGGUGUAUGAGUUUAGAGUCAAAGAAUCUAGCAUCAUAGCUCCAGCUCCCGCUGAGGAUGUGGAUACUCCUCCAAGGAAAAAGAAGAGGAAACACCGGUUGUGGGCUGCACACUGCAGAAAGAUACAGCUGAAAAAGGACGGCUCCUCUAACCAUGUUUACAACUAUCAACCCUGUGAUCAUCCACGGCAGCCUUGUGACAGUUCGUGCCCUUGUGUGAUAGCACAAAAUUUUUGUGAAAAGUUUUGUCAAUGUAGUUCAGAGUGUCAAAACCGCUUUCCGGGAUGCCGCUGCAAAGCACAGUGCAACACCAAGCAGUGCCCGUGCUACCUGGCUGUCCGAGAGUGUGACCCUGACCUCUGUCUUACUUGUGGAGCCGCUGACCAUUGGGACAGUAAAAAUGUGUCCUGCAAGAACUGCAGUAUUCAGCGGGGCUCCAAAAAGCAUCUAUUGCUGGCACCAUCUGACGUGGCAGGCUGGGGGAUUUUUAUCAAAGAUCCUGUGCAGAAAAAUGAAUUCAUCUCAGAAUACUGUGGAGAGAUUAUUUCUCAAGAUGAAGCUGACAGAAGAGGGAAAGUGUAUGAUAAAUACAUGUGCAGCUUUCUGUUCAACUUGAACAAUGAUUUUGUGGUGGAUGCAACCCGCAAGGGUAACAAAAUUCGUUUUGCAAAUCAUUCGGUAAAUCCAAACUGCUAUGCAAAAGUUAUGAUGGUUAACGGUGAUCACAGGAUAGGUAUUUUUGCCAAGAGAGCCAUCCAGACUGGCGAAGAGCUGUUUUUUGAUUACAGAUACAGCCAGGCUGAUGCCCUGAAGUAUGUCGGCAUCGAAAGAGAAAUGGAAAUCCCUUGACAUCUGCUACCUCCUCCCCCCUCCUCUGAAACAGCUGCCUUAGCUUCAGGAACCUCGAGUACUGUGGGCAAUUUAGAAAAAGAACAUGCAGUUUGAAAUUCUGAAUUUGCAAAGUACUGUAAGAAUAAUUUAUAGUAAUGAGUUUAAAAAUCAACUUUUUAUUGCCUUCUCACCAGCUGCAAAGUGUUUUGUACCAGUGAAUUUUUGCAAUAAUGCAGUAUGGUACAUUUUUCAACUUUGAAUAAAGAAUACUUGAACUUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-766.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -819.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 553.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((.(((..((((.((.(((.....))))).)))).((((((((((((((((((.(((((.((....)).)).))).)))))(((.((((.......)))).))).((.(((((...............(((.((...((.(((.....))).))...)).)))...((((..(((..(((((((.........)))))))..))).))))((((..(((((((....(((((.(((((((.((((...(((((..((((((.............)))))).)))))....))))...(((....))).....(((.(((......))).)))........))))).)).))))).....((((((....(((((....((((((..(((..(((((...))))))))..))))))........(((((((((((..(..(((((((((((...........(((.(((((((........((((.(((((.(((((.(......).)))))))))).)))).......))))))).)))..((((.((..(((((.....)))))...)).))))........((((.((((...(((((((((...((.(((.(((.((..................(((.(((((((.((..((((((((((((.(((....))).))))...........((((((((....(((.((((..(..(((((........(((.((((((...(((((.((...............)).))))).....)))))).)))....)))))....)..)))).))).))))))))..))))))))................((..................))...)).)))))))))))).))))))))))))..))))).)))).)))).............((..((((((((((.(((((((.(((....(((((((.(((.(((((......)))))))).............((((((((.(....(((((((........(((((.(((..................))))))))....(((......)))........(((.(((((...))))).)))....)))))))))))))))))))))))..)))..)))))))....))))))))))..))((.((((....((((((((((((((........))..((((((((.......((..(((.(((.((..(((...(((...(((.(((..(((....))).)))))))))...)))..)).))).)))..))...))))(((((...((....(((.((.(....((((..........))))...))).)))....))..)))))(((((...)))))...........))))..........))))))).).))))...)))).)))))))))))))..)..))))))))))).....((((((.................)))))).(((((((((......((((.((((.((((........)))).)))).).)))....))))))))).....)))))...)))))).(((((.((((....(((((.............))))).....((((((((..(((((...))))).....)))))))).....(((.(((((.(((......................(((((((((((...((..(((((((((((......((((((((((.(.....(((((((((((...)))))))))))(((.((((..(((((.((((...((((((((.(((..((((..(((..((((..(((........)))))))...)))....))))..)))))))))).)....)))))))))..)))))))((((((((((((.....((((((.........))))))(((.....))).....)))))..)))))))....(((((((((.(((.(((........))).)))((.(.(((((((((...))))))))).)))....((((((.(((.((.(((....))).)).))).)))))).(((((.(((.....(((((((...(...((((((.....))))))...)...)))))))))).)))))((((.....)))))))))))))...)))))))))))..........(((((((...((((.((.....)).)).))...)))))))))))))).))))..)))))))))))))...((((....)))).)))))))).)))...(((((......((((.........)))).....)))))..(((((((..((......)))))))))..(((.....((.....))......))).)))).))))).........((((...(((((...)))))))))))))))))))).))))).))(((((((((...((((.....))))....))))))))).......(((((((((.....)))))))))..(((((........)))))))))))))))))).)))))).)).(((((((((((((((........(((((....)))))..))))))....((((....))))...))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.(({,((((.(.((((.(((((.,{(,.,}}}.{{,....,{,.(((..(((((.(((((.((....)).)).))).)))))..))|(((.......)))}.)))))))))).))))},........,..).))))))){{(.........((((((((..{{{{.,,{||,,(((..(((((((.........)))))))..))).|||||}||..(((((((....(((((.({(((((.((((...(((((..((((((,,...........)))))).}))))....))))...{{{.,..|||...,.({{.(((......))),))}.,.}}}|.))))).)).))))).....((((((,,..(((((..,.((((((..(((..(((((...))))))))..))))))........(((((((((({..{..(((((((((((,......,,..(((.(((((((.{,.....((((.(((({,(((((.(......).)))))))))).)))).,..,,.))))))).)))..{{{{.{{,,{{(((,.,,,|}}}},,,),,))}........,((((.((((...((((({((({..,(.(((.(((.(({,...,,,......,,,,{{(.(((((((.((..((((((({((({.{{{....||}.}}}}.,,.,,.,,..((((((({....(((.((((..{..,,{{{.,,,,,..(((.((((((...(((((.((...............)).))))).....)))))).)))....})))),...}..)))).))).))))))))..))))))))...........,,...{,...............,,.,,...)).)))))))))))).)))))))))))}..))))).)))).))))}.,,,........||..((((((((((.(((((((.(((....(((((((,{{{.(((((......)))))}}|,,........,,.{(((((({.,...,(((((({........{{{,,.,{{.........,,,,,,,..}})))))}...,{{{....,,|||........,,,.|||||..,||,|||||}...,)))))))))))))))))))))))..)))..)))))))....))))))))))..,,,{.((((....{(((((((((((((,,......}).,||(((({{.......((..(((.(((.((..(((...,(({..(((.(((..(((....))).))))))})),}.)))..)).))).)))..)),,}})),(((({...{{....(({.(.,(....((((..........))))...))},)))....}}..)))))(((((...))))).........,,}}})..........))))))).),,)))...)))).)})))))))))))..}..})))))))))).....((((((.....,,..........)))))).(((((((((..{{,.((((.((((.((((......,.)))).)))).).))).,..)))))))))..,..))))),}.)))))).(((((.({{{..,,|||||..{{{{....,..|||||.....((((((((..(((({...})))).....)))))))).....(((.(((({{(((......,...............(((((((((((,..{(..(((((((((((.....(((((,{((((,....}}||(((((((({...}))))))))}}{{{.((((..(((((.((((...{(((((((,(((..((((..(((..((((..(((........)))))))...)))....))))..)))))))))).)....)))))))))..))))}}}((((((((((((.....{(((((.........)))))|(((.....)))},...)))))..)))))))...{(((,,,,,}}|||}|||....{{.{|||{|||.,{({(((((((({...})))))))).|{|{{,.,,{(((,((({((.(((,,,.}}},}|{|{{{,,,}))}||,,{.{{({{.{((((((((..,....((((((.....)))))).,.)..)))))))}})).)))})|||,.,}}}))),))))))}}}.{{{|,,,,))))..,....,,,,|||||||.,,{,...||,....))}..)))})})))),,.))))))).))))..)))))))))))))...((((....)))).)))))))).))),,.(((((......((((.........)))).....))))).,|((((((..,,......,,)))))),..(((,..,.((.....)},}....))).},,},))))).....}}}}((((...{((({...)))))))))))))))).{|{{||.,..(((((((((((...((((.....))))....))))))))))))..}}||||{{{{,.....,}}}}||||{.(((((........))))).))))),))))))))}}},...{,(((((((((((((((........(((((....)))))..))))))}...{(({....)))}...,)))))))).........
Back