Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004460.5
Sequence Length
2696 nt
GC Content
0.3884
GUCCUGGCUUCAGCUUCCAACUACAAAGACAGACUUGGUCCUUUUCAACGGUUUUCACAGAUCCAGUGACCCACGCUCUGAAGACAGAAUUAGCUAACUUUCAAAAACAUCUGGAAAAAUGAAGACUUGGGUAAAAAUCGUAUUUGGAGUUGCCACCUCUGCUGUGCUUGCCUUAUUGGUGAUGUGCAUUGUCUUACGCCCUUCAAGAGUUCAUAACUCUGAAGAAAAUACAAUGAGAGCACUCACACUGAAGGAUAUUUUAAAUGGAACAUUUUCUUAUAAAACAUUUUUUCCAAACUGGAUUUCAGGACAAGAAUAUCUUCAUCAAUCUGCAGAUAACAAUAUAGUACUUUAUAAUAUUGAAACAGGACAAUCAUAUACCAUUUUGAGUAAUAGAACCAUGAAAAGUGUGAAUGCUUCAAAUUACGGCUUAUCACCUGAUCGGCAAUUUGUAUAUCUAGAAAGUGAUUAUUCAAAGCUUUGGAGAUACUCUUACACAGCAACAUAUUACAUCUAUGACCUUAGCAAUGGAGAAUUUGUAAGAGGAAAUGAGCUUCCUCGUCCAAUUCAGUAUUUAUGCUGGUCGCCUGUUGGGAGUAAAUUAGCAUAUGUCUAUCAAAACAAUAUCUAUUUGAAACAAAGACCAGGAGAUCCACCUUUUCAAAUAACAUUUAAUGGAAGAGAAAAUAAAAUAUUUAAUGGAAUCCCAGACUGGGUUUAUGAAGAGGAAAUGCUUGCUACAAAAUAUGCUCUCUGGUGGUCUCCUAAUGGAAAAUUUUUGGCAUAUGCGGAAUUUAAUGAUACGGAUAUACCAGUUAUUGCCUAUUCCUAUUAUGGCGAUGAACAAUAUCCUAGAACAAUAAAUAUUCCAUACCCAAAGGCUGGAGCUAAGAAUCCCGUUGUUCGGAUAUUUAUUAUCGAUACCACUUACCCUGCGUAUGUAGGUCCCCAGGAAGUGCCUGUUCCAGCAAUGAUAGCCUCAAGUGAUUAUUAUUUCAGUUGGCUCACGUGGGUUACUGAUGAACGAGUAUGUUUGCAGUGGCUAAAAAGAGUCCAGAAUGUUUCGGUCCUGUCUAUAUGUGACUUCAGGGAAGACUGGCAGACAUGGGAUUGUCCAAAGACCCAGGAGCAUAUAGAAGAAAGCAGAACUGGAUGGGCUGGUGGAUUCUUUGUUUCAACACCAGUUUUCAGCUAUGAUGCCAUUUCGUACUACAAAAUAUUUAGUGACAAGGAUGGCUACAAACAUAUUCACUAUAUCAAAGACACUGUGGAAAAUGCUAUUCAAAUUACAAGUGGCAAGUGGGAGGCCAUAAAUAUAUUCAGAGUAACACAGGAUUCACUGUUUUAUUCUAGCAAUGAAUUUGAAGAAUACCCUGGAAGAAGAAACAUCUACAGAAUUAGCAUUGGAAGCUAUCCUCCAAGCAAGAAGUGUGUUACUUGCCAUCUAAGGAAAGAAAGGUGCCAAUAUUACACAGCAAGUUUCAGCGACUACGCCAAGUACUAUGCACUUGUCUGCUACGGCCCAGGCAUCCCCAUUUCCACCCUUCAUGAUGGACGCACUGAUCAAGAAAUUAAAAUCCUGGAAGAAAACAAGGAAUUGGAAAAUGCUUUGAAAAAUAUCCAGCUGCCUAAAGAGGAAAUUAAGAAACUUGAAGUAGAUGAAAUUACUUUAUGGUACAAGAUGAUUCUUCCUCCUCAAUUUGACAGAUCAAAGAAGUAUCCCUUGCUAAUUCAAGUGUAUGGUGGUCCCUGCAGUCAGAGUGUAAGGUCUGUAUUUGCUGUUAAUUGGAUAUCUUAUCUUGCAAGUAAGGAAGGGAUGGUCAUUGCCUUGGUGGAUGGUCGAGGAACAGCUUUCCAAGGUGACAAACUCCUCUAUGCAGUGUAUCGAAAGCUGGGUGUUUAUGAAGUUGAAGACCAGAUUACAGCUGUCAGAAAAUUCAUAGAAAUGGGUUUCAUUGAUGAAAAAAGAAUAGCCAUAUGGGGCUGGUCCUAUGGAGGAUACGUUUCAUCACUGGCCCUUGCAUCUGGAACUGGUCUUUUCAAAUGUGGUAUAGCAGUGGCUCCAGUCUCCAGCUGGGAAUAUUACGCGUCUGUCUACACAGAGAGAUUCAUGGGUCUCCCAACAAAGGAUGAUAAUCUUGAGCACUAUAAGAAUUCAACUGUGAUGGCAAGAGCAGAAUAUUUCAGAAAUGUAGACUAUCUUCUCAUCCACGGAACAGCAGAUGAUAAUGUGCACUUUCAAAACUCAGCACAGAUUGCUAAAGCUCUGGUUAAUGCACAAGUGGAUUUCCAGGCAAUGUGGUACUCUGACCAGAACCACGGCUUAUCCGGCCUGUCCACGAACCACUUAUACACCCACAUGACCCACUUCCUAAAGCAGUGUUUCUCUUUGUCAGACUAAAAACGAUGCAGAUGCAAGCCUGUAUCAGAAUCUGAAAACCUUAUAUAAACCCCUCAGACAGUUUGCUUAUUUUAUUUUUUAUGUUGUAAAAUGCUAGUAUAAACAAACAAAUUAAUGUUGUUCUAAAGGCUGUUAAAAAAAAGAUGAGGACUCAGAAGUUCAAGCUAAAUAUUGUUUACAUUUUCUGGUACUCUGUGAAAGAAGAGAAAAGGGAGUCAUGCAUUUUGCUUUGGACACAGUGUUUUAUCACCUGUUCAUUUGAAGAAAAAUAAUAAAGUCAGAAGUUCAAGUGCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-674.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -730.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 566.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((((((..(((.........(((((...(((((((.....((((((((((..((((((((((((.((((....))))...((((((((.............((((.(((((..((((((((....(((((..((((((..(.(((...(((((((.(((((.....(((((((.((.............(((((.(((((...)))))))))).........(((.((((.(((((((.((((((.(((((...((((....))))..))))).))))))((((...))))(((((((.......(((((.((......)).)))))....(((((....))))).((((.(((..((...........))..))).))))......)).)))))))))))).))))))).......)).))))))).....)))))...((((.((((((...(((....)))....)))))).)))).....)))))))...............((((..(((((((..(((((.(...((((((......))))))..).)))))..)))...)))))))).((((..((((........((((((((....(((((.....((((((.............((((((.(((((...........((((.((((...............)))).))))((((((......))))))....(((((..(((.((......)).)))..))))))))))))))))))))))....)))))))))))))(((((.(((((((..((.....)).)))))))...))))).....(((((((((..(((((((..(((((((....((((....((((.....))).)....))))...))))))))))))))..))))))...))).....(((((....)))))))))))))..))).)..))))))..))))).))).)))))..))))).))))))))))))..))))))))))))......(((((((((((..((((((.......((((((..(((((...((...(((((((((..((...(((....((....((((......))))...)).)))))..))))))))).)))))))...))))))(((((((((...............)))))))))..))))))...(((((((..(((((.........)))))....)))))))..))))))))))).......((((((((((((((((..............((.((((((...((((((((((..........((((((((.(((((((((((.((((.......)))).)))))))........((.((((((((((....((((((......((.(((((........)))))))..((((((((((.(((((((((...(((((....((((((.........((((((((....(((..(((.....)))...)))))))).)))..........))))))....))))).........(((((((((..(((((...(((((......(((((......(((((.(((....))).))))).......))))).........(((((....(((((((((((((((........))))))).))).........)))))..))))))))))....)))))......((((((((.((.(((((((.(((.((((.(((..(((((((((.(....).)))).....))))).....))))))).)))))))..))).)).))))))))((((((((..((.((.((....(((((.(((..(((((.((((.(((.....((((((.(((...((((.((((((((.((((......)))).)))......))))).)).))..)))))))))...((((..((.((((((((......(((((......)))))(((((....)))))...)))))))).))))))))))))))))))))).)))))....)).)).))..))))))))((((((.....))))))........)))))))))...((((...(((((((((..(((.......(((((....))))))))..))))..)))))...)))))))))))))))))...)))))).....))))))...))))))..)))).))....(((.((....)).))).............((((.....))))...((.((((..(((.((....)).))).))))))..)))).))))))))((........)).......))))).)))))...)))))).))................))))....))))))....))))))(((((........(((((((........)))))))....)))))................((((((((((((((((((((((((..........))))))))..)))...(((((.((......)))))))....))))))))..........)))))((.((((((...((((........))))....))))))))..))))))))))....))))))))))))..(((...)))..((((((..(((......))).))))))..................)))..)))))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,((((.((((((..(((..,,,,.{{(((({..,(((((((.....((((((((((..((((((((((((.((((....))))...(((((((,............{((((.(((((..((((((((....(((((..((((((..{.{((...(((((((.(((((.....(((((((.((..,{{........((((,,(((((...)))))))))).......,,{{,{((((.(((((((,((((((.(((({...((({....}))}..}}})}.}}))}}|(({...|)),,{{|||,....,,,{{{{{.{{......}).})))}.((((((.({{...})).}))))).....,,....,,...,,||..,.}}.}},...,..}}.}}},.))))))).)))))),.......)).))))))).....)))))...((((.((((((...(((....)))....)))))).)))).....)))))))...............((((..(((((((..(((((,(...((((((......))))))...})))))..}}),..)))))))){(((,,{(((,........(((((((({..,{(((......,,,,||}},........,,((((((.((((({((((...,..,,....,}}}}}},,.,,,,....,,,},.,,,(({.(((,...,)))))).,..(((({..{{{.{{......,,.}}}.,)))))))))))))))),,})),....}}}})))))))))((((({((,((,{..((({{{....,{{{{{{{{.|,,,,......}}||||||..,||||||..,,,||,|,,..||||}...}||},}))},||{,....,.,),}.||,||}}}||||,,..,))))}..,},},....(((((....))))),}},||})..))),).,))))))..))))).))).)))))..))))).))))))))))))..))))))))))))......(((((((((((..{(((((..,...,((((({..{((((,,,(,,{,(((((((((..((,,.(((.....{(({{(,{,.....,))}),,....)))}),.))))))))).)},}))),.,)))))},{(((((((,,.............))))))))},.))))}),..(((((((.,(((((.........))))).,..)))))))..))))))))))).......{(((((((((((((((...,..........,,.((((((...((((((((((..........,.(((((((.((((......)))).))))))}{|{|{||,,|{{({{,....{(,((((((((((....((((((......((.(((((........)))))))..((((((((((.(((((((((..,(((({....((((((.........{{((((((....(((,.{,|,,...)}},,.})}}}})),|||,....|,..,))))}}....}||||....,,,.,((({({{{{..|.,|,,.},........(((((........),}))).,},,,.,,,{{{({,..((((((((((((..,....(((((....,....{({(((((((,......,))))))).)}}..,,{,...,)))),,))}|}..(((((....)))))....,(((((((.((.{((((((.(((.(((,{(((..(((((((((.{....}.)))).....))))).....))))))).))))))).,}}}.)).)))))))|{{((((((..(((.(((,.((({.(({{.....}}))..,.))))....))).))).)))))).}}},..)))))))))))).}}))}}.(((((((((.(..(((.(({,{(..,,{{{,,....,,|||||,((.((((((({......{((((......))))}(((({....}))))...)))))))).))))))},))).)))..}))))))))),},...{{|||{|||{..,,))|(((((.....))))),.,}}}}}}}}||||}||,..{{||,.}|||{{.{{({.{{|,,.....{((((....))))))}),,)),,..}}})),..))}}))))))))))))}..,)))))).....))))))...))))))..)))).))....(((.((....)).)))..,}}},,,..,,||{{...,,))))...((.((((..(((.({....}).))).))))))..,(((((.{({|....)),)))))||.....,,))))).)))))...)))))).,,........,}......))))....))))))},..,}})))(((((.,......(((((((........))))))).,..)))))................((((((((((((((({((((((((..........))))))))..})),..((({{{((......)))))))....,)))))))..........))))){{.((((((...((((........))))....)))))))}..))))))))))....)))))))))))).}},,||||,{{{(((({(,,(((......))).)))}},,||,}}}..}},,.....)))..)))))).}))},,..
Back