Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004707.4
Sequence Length
4040 nt
GC Content
0.3609
GUCUCCAAGCAAGAUGGCGGAGGAGCCGCAGUCUGUGUUGCAGCUUCCUACUUCAAUUGCUGCUGGAGGGGAAGGACUUACGGAUGUCUCCCCAGAAACAACCACCCCGGAGCCCCCGUCUUCCGCUGCAGUUUCCCCGGGAACAGAGGAACCUGCUGGCGACACCAAGAAAAAAAUUGACAUUUUGCUAAAGGCUGUGGGAGACACUCCUAUUAUGAAAACAAAGAAGUGGGCAGUAGAGCGAACACGAACCAUCCAAGGACUCAUUGACUUCAUCAAAAAGUUUCUUAAACUUGUGGCCUCAGAACAGUUGUUUAUUUAUGUGAAUCAGUCCUUUGCUCCUUCCCCAGACCAAGAAGUUGGAACUCUCUAUGAGUGUUUUGGCAGUGAUGGUAAACUGGUUUUACAUUACUGCAAGUCUCAGGCGUGGGGAUGAACCACAAAGAAAAUCAACUUGCUACUACAUGAAAUGGAUUUUCACGGAAGAGACAGCUCUGAAAAGUUUUGAUGCUUGUGGCAAGAGACUUAACAGAUGUGAUCUAUUUAGUAUGUGUCUACUCUAUGUUUAUGCAUAAGAAAACAUCCAUAGCAUGAAUGGACUCAGAAAAAUGUGAUUUGUAUUAAUGCACCAGUCAUCAUAAAAGAUGGUCAUGAUAGUACACCCAUUGCUCCUACUUGUUACUAUUAUUGCUGCAGAUCUGCCUCCAAGGUUGAAAAGGAGACUAAGACUGUAUAAACAUCUUCAUUGUCAGUUCUCAAAAUGACUGAAAUUGUUUUCAUGGUAAAAGUUAAUAUACUAAAGGGUUCCUUUUUUUUUAAUGUUUACAUUUAUCUCUAUGUUUACCUUUUUAGUCACAUUGACCUGCUGGCUGAAUACCUCAAAUAGUCCAGUAGAGGGCAGUCCACCAGGCAGAAAAGGUUAGGCGUUUUGGUUUCACAUCUUUGCUGGGGAAUAAUAGGGGAAAUGGCUGUUUUUGCUAAUUUUUAGCUAAUAUCUAGCCAGGAGAGCAAGCACAUAGGACAGACUGAAAGACUGUAAUUUUACACAAUACACAUGGCUUAAUUAUUUUAUUGGGAUACAGAAAAAUAUAAAUUCUGGACAAAUAAGUCAUAUACCUGUUUUCAGUCCUAACAUUUAAGGAUUCUUGAGUCCCAAUCACAUAACUGUGGUGUUACUCUGUCAUUUAUAUGGUGUCAAAAGCACUUGAUGAGUAAACCCAGUAGCAUCUUUUUGAGUGUUUCAUAAUGCAUUUUCCAACUUGAAAACAAUAAUUGAAAAAUAGCCUUAUUGUAUAUUUUAUGCCAUGACUAAAAGUGCCAUUUUUACUGAUGCUAUUAGACUGAUAAUUUCUUGAAGUGAAAUUUAACCUUUUUUUCUCUUUAGUAUUAUGUUUAUAAUGCCAUAUUUUUAGAAAGCAUUCCAGAUCAGGCAUGGUGGCUUACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGAAGGCUGAGGUGUGGGGAUUGCGUGAAGCCACAAGUUUGAGACCAGCCUGGUUAGCAAGGCAAGAUCCCCAACUCUACAAAAAAAUAAAAAUUAAAAAAAAAUUAUUAGGCUGCAGAGGCAAGAGGAUCCCCUGAGCCCAGAAGUUCAAGGGUAUAGUGAGUCGUGAUUGUACCACUGCAUUCCUGCUGAGCAACAGAGUGAGACCCCAUCUCAAAAAAGAAAAAAAAAGGCAUUCUAGUAAAUCGAAUGUAAUGUGAAUGGAAUUUCAAAACAGGAUCUAAGAUGGUAUGUAGUAGAAUUCAAAGUAAUAUCAUUUUAAAGUUAAAUGAGUAUGGAAAAGGUCUGUUCUCUAGUUUUGUCCAGUUCAGUUUACUGAAGGAAUAUAUUUAAUUAUAUUCAUAUAUUUAACAAAUAAAAAUAUGUUGAAUUUUCGUAUUGUUUGCCACUGAGGGUUCAGAUGAUAGACCUCAAAAAAUCGAAAAUACUGGUUGAAAUUUGUAGCAUCCAUUUAGUUAUUCUUUUUGACCUAAAUAACUUAAUAGUUUAUUAAAUCUAAGGUUAGCUAAAUAUGUAGCUAACCUUAUUUGUUUUCUUUCCUAACAACUCUGAAGAAUACAUAGGACUUUGCACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAGAGACAGCGUUUCGGUCUUGUUGCCCAGGCUGGACUGUAAUGGCACAAUCUUGGCUCAUUGCAACCUCUACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCUGCCACCACACCCGCCUAAUUUUUUGUUAUUUUUAGUGGAGACAGGGUUUUACCAUUUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUGACCUCAGGUGAUCCACCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGUGUGAGCCACCGUGCCGGGCCUGGACUUUGUACUUUUUCAAAUCAUAUUUAAUUAUUUCUUGAUCUUUACUCAAAGAAUUAUUCUGCGCUAAAUUUGCAACAUUAAACAAUAAUUAAGCCUGGAUCCGAUAAGUUAUUGGGUGACUAGAACCUACAACACAAUUUAUUUUUAAUUUAAACUCUCAAGUCUGAUUAAACUUGGGGGAAAAACUGAACAUUCAGGUGAUAUUUUAAAUUUUCUUUGUGACUAAAUAGAUGUCAUUAAUAUCAUGCUUCAUCUUACUGUGCAUAGAUGACCCAUGGCACACAAAGUAUAUGUAUAAUAUUGCAAUAUUGUACUUCCAUCUUUAAAAGUAUGCCAAAGACUUCAUAAUGAAUUCACCAUAUUUAAGGAAUAAGGCAAAUUAAUGUUUAUCCGAAAUCAAAAUGAGAUUGGAUAAUUCCUGGAAUCUGAUUUCUGUAAGUUUCAGUCCUAAAGGGACCUUAAAUAUCUACUAGAACGAAGUACAGUGUAUUUCUCAGAUUACAUGACAUUAGUCAACCAAUUUAGUUGUAACACAAAGUGAGAAAGCCUUAGGUGUUGAAGGAGUGUGAAAAUAAAAAUCUCUUUUCAUGCAGUUUCUGCUUCAUUUUCCAAGGAUUAUAAUAUGCUGAGUAAACUUUUGGCACUAAGGAAGCCAGCUACAGGCCACGUAAUGAAAACUAUUCAGAAAACAGUUCAGCAAAUACUACUAUUUGAAUACAGUUCAAAUCGUAUUUAUAUAAAUACUCUGCCUACAUUAUUUAACCCAAACUGGAUUAUUCACCAUUCUUUGAAGAUGCCUUGUGUUUUCUGUUAUCUACUUCUGCUCGUGCAGUUUACUUACACCUUCACCCUUUCAAAUCCUAACUCUUCUUCAAGGCCUGAUUCAGAUUUUAACUUUUUAAAGGCUAUCUGAAUCAUUCAAGGAGAAGAUACCCUUUCUCUCAUAAAAACACUUAGAGCAAACUACCACUAUUAAAUCACUUAUUGCAUACUGCCUCAGAGCCAUGUGUCCAGUUAUUCUGGUUUUUAUCUGGUACCCACACACACAUAAUACUUAGUACAUUUCCUUAUAUGUAAAUAAUUAGUAAUGUAACACAUCGAGUGAAUGAAAUUGUGAUUAGCAAAGUAUGACAGCUAAAAACAAAGGAAAUUUUGUAUAGUUUAAGUUUUUGUACAGCAGAAGGUAAUGGAAAAUAUUUGCAACAUAUGACAGUGUUUUUAAUGUCUUAAGUAUAUGAAGAAUUUGUUUCAAUUGGUAAGAAAAGACCAACUGAAAAAUAGGCAAAACAUACCAAAUUUCGAUUCACAAAAAGAUACAAAUGGCCAACAAAACAUGAAACACCUUGAACCCCAUUGGUUACAAAAAAUACAAAUAAAAACAAUGCUGACUGACAAUAAAAAUAAUGUACAUCUUGCUAUUAGCAGAGUUGUGGGGAAAUCCUGUCAUAUUUUGGUGAAUAGAAUAUGAGUUGGUAUAUCACUUUUAGGGGGCCAUUUGGCAAUAUCAAAAACCUUGAAACGUAAGUAUAAACUUCAGUUUGUUCGUAUAACCUGUCAUUCACAUAUUGAGUGCCUACUAUGUCCUAAAUAUUGGAAUAACACUAAUAAAGCUCAUAAGAGACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1083.62 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1159.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 1089.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((((((((((((.....)))).(((((((((((((((((((.(((((........))))))))))).......((((((((((((((............(((.....))).....((((((((.((((.(.......).)))).)))).))))...((......(((((....)))))......))))).)))))))).)))...........(((((((((((((((.((.((((((.....((......)).....((((.....)))).((((((...))))))(((((((..........(((((((((((((....(((((((.((((((((...(.((((((((((((((((((.....))))......(((((((((..(((....)))..)))))))))(((((((....((((.......)))).............(((((((..(((.(((....((((((.....(((....)))))))))..))).)))...))))))))))))))....(((((..(((......(((((((..((.....))..))))))))))..)))))....((((..(((((((((((((.((((((((((((((((((.((((.((.........)))))))))..))))))).(((((.((((((.(((((.........(((((...(((((((((...........)))).....((((((.........((((..((((((..((((..(((((((((..((...(((((((((.((.(((((...(((((...))))).......))))).)).))))...)))))...))..)))))))))..))))...))))))))))........))))))..)))))..)))))((.((((.((((....((.((((......)))).))...))))))))))))))))))))).))))).(((.((((((..(((((.((((.....)))).))))))))))).)))..((((.(((((((((...(((....................((((((......))))))...(((((.........)))))(((......)))...)))...))))))))).......(((((....))))))))).)))))))).((((.(((.((((((.((((.......(((((.....))))))))))))))))))))))......)))))))))...)))).))))....))))))))....((((((((((.......(((((((((((((((((.(((((((.(((((((((.((((...((((((((((..(((.....((((((.......)))))).............))).)))))))).))....))))...)))))))))..((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.((..((((((((((((((((((((((...((.(((((((....(((((((((((((((((((..............(((((..((.((((((.(((((((.(.(((((((.(.((....(((...((((((((((.((((((.(((.((((.(((.((((.((((((((.((((((.(..(((((((((((((((((((((((((((((...........((((..((((((((....((((((......(((((((((((..................))))))))))).........(((.(((((.....))))).)))..)))))))))).))))..)))).....(((((((......)))))))....((((((((.((....)).))))))))....(((((.((((....(((((..((....))....)))))......))))))))).((((((((...(((((.........)))))...))))))))(((..((((....))))..)))....((((((((((((......))))))))))))..(((.((((((............)))))).))))))))...))).)))))))))))))))))..........))))..).)))))).)).)))))).)).)).))).)))).))).)))))).))))))))))...)))....)).).))))))).).))))))).)))))).))..))))).(((.((((......(((....)))......)))).)))..)))))))).))))).))))))...))))))).))...))))))))))))))))))))))..)).))....))).))))))).))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))).((((........)))).....((((((((((..(((((((((....))))).......((((.......))))...))))..)))))))))).((((((((((((...))))))))..))))...............................(((((((((........))))))))).....((((....))))(((((((((.......((.....))......))))))))).......)))))((((((..........))))))..)))))))...)))))))))(((((((((....)))))))))......((((((..(((((.....((.((((...)))).))..)))))))))))))))))))..........((((((((..(((...)))..))))))))....((..((((((.(((((((.((((..(((((...)))))...))))...))).)))).(((((((...)))))))))))))..))((((....))))..)))))..)))))..(((...))).......))).))).).))))))))(((((((..........)))))))((((...))))..........)))))))....)))).)))))))))..(((((.........)))))....)))))))....((((.....)))).......)))).))......(((.((((((((...)))))))).)))............))))))))))................(((........))))))))))(((....)))((((((((((((((((...((((((.((((((...(((((.((..((((..(((((.........((((((((..((..((((((((((.....(((....)))...)))))))))).))..))))))))..........(((.(((......)))))).....(((((.....((((((...((((.((((.((......))...)))).)))).....)))))).....))))).........((((..((((...(((((........))))).......))))))))..(((.....)))..)))))..))))(((((...........)))))..((((((....))))))...)).)))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))..((((((((.((((...(((((.......((((((((((.(((((........))))).)))).....(((.......................................)))..................(((((((.....)))).))).....)))))).......)))))....)))).)))))))).....)))))))))....((((.((((((.(((....(((.(((((((((.....)))))))))((((.((((...((((((((((.(((....)))...........)))))))).))..)))).)))).)))....))).))))))))))((((((.....)))))).....((((..((...((((((.......)))))).))..)))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..(((((((((((((.....)))).(((((((((((({((((((.(((((........)))))}))))).......((((((((((((((............{((,,...}})...,,((((((((.((((,,,....,.).)))).)))).))))....({{........}}}...}}}},}}...}}))).)))))))).)))...........(((((({((((((((.,{.{{({{{..,........,,{|{{{..((((.....)))).,|||||,,,.,,,,|(((((((.....(((((((({..{((((((,,.(((((,{((.((((((((((((.((((....}))).((((.....)))}......(((((((((..(({....,))..))))))))){((((((....((((.......))))...,,...,,...{((({{{..({(,{{{..,,{||||,..,.,{((....}||||,,||{{|||.,||{|.}})))),)))))))..,|||{{(({{{{{{{{{,{{(({((.,,.({{((((..,,))))},)}..,.}}.)))},),)))})))),{{{......},})}..((((((((((.((({.{(.,.......)))))))))..))))))}.,,{,,((,(((({{,,..{{{{{{.{{{{(({{(.{(({{(({{.....,.....||||,|..|||||||}.,,,,,..{{{{..(((({{..{{{{..{{{{(((((..{{...{{{((((((.((.(((({...(((((,..,}})),,,,,,,))))).)).)))),,.}})))...))..))))))))}..}))).{{||||||{||........,,))),}}))))).))))))}||.,||}}}}},|,,}}}}}})}})..))),,))))}))),.,))))))).....)))))}}}.)))))..{(((((..{((({.((((.....)))).))))}))))),))))))))}}}}})))......{(({....}}}}{{,{{{.,,.(((((,,(((((,,((((((((.(((((.........)))))(((......))).......,,...,|||((((........))))),..,},)))))))).,,...{{{{.(((,((((((.((((.......(((((.....)))))}}))))))}}))}})))|||||,....,{{({{{,,,{....|},{{{{{.....,}}}}|||{,,,|||,,,,...{{{{(({,((((({{{|,{||{|||.{{{{{((((.(({{,..((({({((((.,({{..{{,{{,,{{,{{{{{.||||,}.........|,},,}}.))||||||,}}..,,)))),..},,}}}})),|{{{{.(((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.((..((((((((((((((((((((((.,.((.(((({((,...(((((({((((((((((((,,,...........(((((..((.((((((.(((((((.(.(((((((.(,,(,...{((,,.((((((((((.((((((.(((.((((.(((.((((.((((((((.((((((.(..((((((((((((((((((((((((((((({{{..{{,,..{{..,,({,,,(((,..,{((((({{,...(((((((((((....,.,....,......)))))))))))..,,,,,,,(((,{{{{(..,{{|||||,,||.,||}||,}|||,||||{...,)))},.(((((((......))))))).,,,{(((({{{.,,....}),)))))}||(((((,{{{,{{{{....{({{{..||,,..},,,}})))}}...,,,)))}}}}}},|{{|||||,,.|{{||,.,,.,,}.)}))),,.}))))))}..{,,((((....)))},})),....((((((((((((......))))))))))))..|||,||{,||},..,,,.....}}})),,)),)))))...))).)))))))))))))))))..........))))..).)))))).))}}))))).)})}).))).)))).))).)))))).))))))))))..,)))..},,),,.))))))).).))))))).)))))).))..))))).,,(,,(((......(((....)))......))))}}))}})))))))).))))).))))))...))))))).)).,.))))))))))))))))))))))..)).))....))).))))))).))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))).,{||,......,}}},......,,{{,{{{{..{|||,.,,,..}}))))),......{{((,......}))}......,..}))))))))}}|{{{((((((((...}))))))}..,}}}..,||.,,,,,,...,,,.............(((((((((........))))))))).....((((....))))((((((((,.......,{,,,{{||......,},|}}}}}..,||||||||.{(((((..........)))))}..))))))).,,))))}}}}}(((((((({....})))))))).....,(({{{,,,(((((.....((.((({...}))).))..}}}}}|||||}}}}}}}||..,,,,.,|,{(((((((..(({...}))..)))))))}...,((.{((((((.{((((((.((({.{(((((...))))),}.))))...))).)))}.(((((((...)))))))}))))),.}}{(((....)))}...,,,,..}}))}.....,}})))),,))}}}.,..)))))).|||.({(((((({........,.))))))))),{|,.||||{||,,,.{{|,|||},,,|....,{||{||},,.,.}})))}}.....}}})}}}},..,))))))),...((((...,.||||,,....,|}}}.}}....,,|...{{{((({|...}))))}}}.|||{{{....,}}}}),))))))))..........{{,...|||........,,,})))))){{{....}},(((((((((((((({,.,{((((((.((((((...(((((.((..((((..(((((.........((((((((..{(..((((((((((.....(({....)))...)))))))))).,)..)))))))).....,,,{{((,..,.......,,)))).,,..,,,,,.....,,,((({{{,{(({((({,({......}}.,,|||}{|||,....}))),,,.....})}},.........{{{{..{{{{,,.(((((........)))))..,,...)))}})))..,,|...}})))}.)))))..)))){((((...........))))}..((((((....))))))...)).)))))..)))))))))))))))))))))))))))),))))))))).)||,.((((((((.((((...(((((.,,....((((((((((.(((((........))))).)))),....({{.........,...,,,....,........,,.....,||}}}.........,,.......{((((((.....)))).))}.....,))))}.....,,)))))....)))).)))))))).....)))))))))....{(((.((((((.(({...,{{{{(((((((((.....)))))))))){{{}||{|.,.|{{{{{{(({.{{{....))}....,,,,...))))))}}.}},,}}}},}})},}}),,},))).))))))))))((((({.....)))))).....{(((..({...((((((.......)))))).))..)))).)))))...
Back