Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005180.9
Sequence Length
3540 nt
GC Content
0.4011
AGUUUCCACUCUGCCUUCAGCGGUGCAUUUUUUUCCACCCUCCCCUCCCCCUCCUCCCCUCCCCCCGCUCGCACGCACACACACGGCGCCCCCCGCCCGCCCGCCUCCCCCACAGCAACUAUGAAAUAAUCGUAGUAUGAGAGGCAGAGAUCGGGGCGAGACAAUGGGGAUGUGGGCGCGGGAGCCCCGUUCCGGCUUAGCAGCACCUCCCAGCCCCGCAGAAUAAAACCGAUCGCGCCCCCUCCGCGCGCGCCCUCCCCCGAGUGCGGAGCGGGAGGAGGCGGCGGCGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCCCCGGAGGAGGAGGCGUUGGAGGUCGAGGCGGAGGCGGAGGAGGAGGAGGCCGAGGCGCCGGAGGAGGCCGAGGCGCCGGAGCAGGAGGAGGCCGGCCGGAGGCGGCAUGAGACGAGCGUGGCGGCCGCGGCUGCUCGGGGCCGCGCUGGUUGCCCAUUGACAGCGGCGUCUGCAGCUCGCUUCAAGAUGGCCGCUUGGCUCGCAUUCAUUUUCUGCUGAACGACUUUUAACUUUCAUUGUCUUUUCCGCCCGCUUCGAUCGCCUCGCGCCGGCUGCUCUUUCCGGGAUUUUUUAUCAAGCAGAAAUGCAUCGAACAACGAGAAUCAAGAUCACUGAGCUAAAUCCCCACCUGAUGUGUGUGCUUUGUGGAGGGUACUUCAUUGAUGCCACAACCAUAAUAGAAUGUCUACAUUCCUUCUGUAAAACGUGUAUUGUUCGUUACCUGGAGACCAGCAAGUAUUGUCCUAUUUGUGAUGUCCAAGUUCACAAGACCAGACCACUACUGAAUAUAAGGUCAGAUAAAACUCUCCAAGAUAUUGUAUACAAAUUAGUUCCAGGGCUUUUCAAAAAUGAAAUGAAGAGAAGAAGGGAUUUUUAUGCAGCUCAUCCUUCUGCUGAUGCUGCCAAUGGCUCUAAUGAAGAUAGAGGAGAGGUUGCAGAUGAAGAUAAGAGAAUUAUAACUGAUGAUGAGAUAAUAAGCUUAUCCAUUGAAUUCUUUGACCAGAACAGAUUGGAUCGGAAAGUAAACAAAGACAAAGAGAAAUCUAAGGAGGAGGUGAAUGAUAAAAGAUACUUACGAUGCCCAGCAGCAAUGACUGUGAUGCACUUAAGAAAGUUUCUCAGAAGUAAAAUGGACAUACCUAAUACUUUCCAGAUUGAUGUCAUGUAUGAGGAGGAACCUUUAAAGGAUUAUUAUACACUAAUGGAUAUUGCCUACAUUUAUACCUGGAGAAGGAAUGGUCCACUUCCAUUGAAAUACAGAGUUCGACCUACUUGUAAAAGAAUGAAGAUCAGUCACCAGAGAGAUGGACUGACAAAUGCUGGAGAACUGGAAAGUGACUCUGGGAGUGACAAGGCCAACAGCCCAGCAGGAGGUAUUCCCUCCACCUCUUCUUGUUUGCCUAGCCCCAGUACUCCAGUGCAGUCUCCUCAUCCACAGUUUCCUCACAUUUCCAGUACUAUGAAUGGAACCAGCAACAGCCCCAGCGGUAACCACCAAUCUUCUUUUGCCAAUAGACCUCGAAAAUCAUCAGUAAAUGGGUCAUCAGCAACUUCUUCUGGUUGAUACCUGAGACUGUUAAGGAAAAAAAUUUUAAACCCCUGAUUUAUAUAGAUAUCUUCAUGCCAUUACAGCUUUCUAGAUGCUAAUACAUGUGACUAUCGUCCAAUUUGCUUUCUUUUGUAGUGACAUUAAAUUUGGCUAUAAAAGAUGGACUACAUGUGAUACUCCUAUGGACGUUAAUUGAAAAGAAAGAUUGUUGUUAUAAAGAAUUGGUUUCUUGGAAAGCAGGCAAGACUUUUUCUCUGUGUUAGGAAAGAUGGGAAAUGGUUUCUGUAACCAUUGUUUGGAUUUGGAAGUACUCUGCAGUGGACAUAAGCAUUGGGCCAUAGUUUGUUAAUCUCAACUAACGCCUACAUUACAUUCUCCUUGAUCGUUCUUGUUAUUACGCUGUUUUGUGAACCUGUAGAAAACAAGUGCUUUUUAUCUUGAAAUUCAACCAACGGAAAGAAUAUGCAUAGAAUAAUGCAUUCUAUGUAGCCAUGUCACUGUGAAUAACGAUUUCUUGCAUAUUUAGCCAUUUUGAUUCCUGUUUGAUUUAUACUUCUCUGUUGCUACGCAAAACCGAUCAAAGAAAAGUGAACUUCAGUUUUACAAUCUGUAUGCCUAAAAGCGGGUACUACCGUUUAUUUUACUGACUUGUUUAAAUGAUUCGCUUUUGUAAGAAUCAGAUGGCAUUAUGCUUGUUGUACAAUGCCAUAUUGGUAUAUGACAUAACAGGAAACAGUAUUGUAUGAUAUAUUUAUAAAUGCUAUAAAGAAAUAUUGUGUUUCAUGCAUUCAGAAAUGAUUGUUAAAAUUCUCCCAACUGGUUCGACCUUUGCAGAUACCCAUAACCUAUGUUGAGCCUUGCUUACCAGCAAAGAAUAUUUUUAAUGUGGAUAUCUAAUUCUAAAGUCUGUUCCAUUAGAAGCAAUUGGCACAUCUUUCUAUACUUUAUAUACUUUUCUCCAGUAAUACAUGUUUACUUUAAAGAUUGUUGCAGUGAAGAAAAACCUUUAACUGAGAAAUAUGGAAACCGUCUUAAUUUUCCAUUGGCUAUGAUGGAAUUAAUAUUGUAUUUUAAAAAUGCAUAUUGAUCACUAUAAUUCUAAAACAAUUUUUUAAAUAAACCAGCAGGUUGCUAAAAGAAGGCAUUUUAUCUAAAGUUAUUUUAAUAGGUGGUAUAGCAGUAAUUUUAAAUUUAAGAGUUGCUUUUACAGUUAACAAUGGAAUAUGCCUUCUCUGCUAUGUCUGAAAAUAGAAGCUAUUUAUUAUGAGCUUCUACAGGUAUUUUUAAAUAGAGCAAGCAUGUUGAAUUUAAAAUAUGAAUAACCCCACCCAACAAUUUUCAGUUUAUUUUUUGCUUUGGUCGAACUUGGUGUGUGUUCAUCACCCAUCAGUUAUUUGUGAGGGUGUUUAUUCUAUAUGAAUAUUGUUUCAUGUUUGUAUGGGAAAAUUGUAGCUAAACAUUUCAUUGUCCCCAGUCUGCAAAAGAAGCACAAUUCUAUUGCUUUGUCUUGCUUAUAGUCAUUAAAUCAUUACUUUUACAUAUAUUGCUGUUACUUCUGCUUUCUUUAAAAAUAUAGUAAAGGAUGUUUUAUGAAGUCACAAGAUACAUAUAUUUUUAUUUUGACCUAAAUUUGUACAGUCCCAUUGUAAGUGUUGUUUCUAAUUAUAGAUGUAAAAUGAAAUUUCAUUUGUAAUUGGAAAAAAUCCAAUAAAAAGGAUAUUCAUUUAGAAAAUAGCUAAGAUCUUUAAUAAAAAUUUGAUAUGAAAAGCACAAUGUGCAGAAGUUAUGGAAAACCUAUAGAGGAUUACAACAGGUAAACGUUAAAGAGAAUACAUUGCUGACUUAUAGUGAUGUGGCUAAGAAGUACAUGCUUUGUUGUAAAAUUGCUUGAAAGCCCAUUGAAAGAUGUAUCUGUUUAUUUACAGUCUUUGAAGUAAAAGUUACCAAUGUUUGCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-964.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1035.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 866.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(((.(((((((((((((.(......).)))((((((((((.(((((((((((((((.((.((((.(((........((((.....))))....((((((((((......(((((((.....)))))))....((........))((((((.((...(((...((((((.(((((((....(((.(......).)))..))))).))))))))........))).)).))))))((((((((.((........)).)))))))).))).)))))))))))))).)).)).))))).))))))))....))))).))))))))))))))).)))..))))))(((((((.((..((((((((((((......)))(((((((.((((((((((((((((.(((((..((((((.((((.(((((...((((.(((.(((((...((((.((....)).))))...).)))).))).)))).))))).)))).....))))))))))).)).)))..))))))))....(((..............)))....)))..)))))))...)))))).)))..)).))))))).(((.(((....((((((((...((((.((((.(((((((((...(((((..(((...............(((((((.((...((((((....))))))....))))))..))).((((((.(........).)))))).....(((((.(((.(((((....((((..(((((((((.((((....(((.((((((((.(((.((((.((((((.....((((........))))..................(((((((......((((((....(((((((.........))))))).....))))))..)))))))((((((.(((..(((((((((((((((((....(((((((((.((((((((((((.(((((..((((.....)))).(((((((((..(((((.....)))))..((((..((((((..(((((.(((((((...((.................(((....)))...((((((((((.((((...(((.((((.(..(((...((((......))))...))).....).)))).)))..(((((.....((((((.(((.....(((((((...(((((..(((((((.......(((....)))....))))))).....((......)).))))).....)))))))))).)).)))))))))((((....((((.(((.......)))))))....))))...)))).))))).(((((..((((((.(....(((((((.(((((...((.((((...)))).)).((((.(((((...((..(((((.....)))))..))....))))).))))....))))).)))))))))))))).))).)).......))))).....((((..........))))(((.((..........)))))..)).)))))))..))))).))).)))..))))..))))))))).......))))).))))))))))))(((....)))...........(((................)))............)))))))))))))))...((((((((((.(((((((((((((......(((((........(((((((((((.(.........).)))))))))))))))))))))))............((((.(((((.........))))).)))).......)))))).)).)))))))).))))(((.......))))))))))))).)))))).(((((((.....))))))))))))).))))))).).........)))))))..)))..)))).))).))))))..))))...)))))...))).))))).)))..)))))))))))))).......((((((.((......)).)))))).((((((((((((((.................))))...((((((((((.....))))))))))(((((((((((((((....(((((((((.........(((((((.(((((...(((((((............((((...))))....))))))).(((((((((..(((.((..((((((.(((.......((((((......))))))....))).)).))))..)).))))))))))))....))))))))))))....(((((((((((..((((((...))))))(((((((((((((....((((((.(((((.....)))))))))))((((((.(((((((((((((.((((....((((((.((((((.((((.(((((((.(((((((((...(((((.............(((((....(((((....)))))........(((((((.(((((.((........))..))))))))))))(((((((.((....................((((.......))))......(((((.((.((((((((((.((((((((......)))).))))((((.(((((...............(((((((....)))))))((((((((.((((((...))))))))))))))..))))).))))..)))))))))).)).)))))..)).)))))))...(((((((((....((((..((((........(.((..(.(((((...(((((....))))).))))).)..)).)))))..))))..))))))))).((((.(((.((((((((((((((..(....)..))))))))......)))))).))).))))..((((((........))))))............)))))...............)))))...))))))))).((((......))))((((.(((........))))))).........(((((((......)))))))..)).))))).)))).)))).)).))))))((((....)))).))))...)))))))))...)))).)))))))))).)))).))))).....(((.((((((.(((((..((((((.(((((.((.(((((((.........))))))).)).....))))).))......((((((((((((((..((.((.(((...((((((...))))))...))).((((((((((((((((.(((......)))))))))))))))))))..((((........)))).(((.....)))........)).))...)))))))))...)))))...))))..))))).)))))).))).....(((....)))..))))))))))).........)))))...)))).....)))))))))))))))))))))))))....)))).))))...)))))))))))))).((.(((((((((..........)))).))))).))(((((.(((...))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{((((.(((.(((((((((((((.,......|.}}}((((((((((.(((((((((((((,({((.,(((.((,.......,||||....,||||{({{((((((((((....,,(((((((.....))))))).}}.{.{{,...,,||(({{{{.{,...((((,.(({(((.(({{(((,,..,,...}||},.,.,)).,)))}).})))))}}........)))})).))))}}((((((((.((........)).)))))))).))).)))))))))))))).)).)).))))).))))))))....))))).)))))}))))))))).)))..))))))(((((((,((..((((((((((((.,.,,.|||(((((((.((((((((((((({((.(((({..((((((,((((.(((((...((((.(((.((((,{{,((((.((....)).))))..,)})))).))).)))).))))).)))}...,.))))))))))).)).)))..}))))))),,,.(((..............))).,,})))..)))))))...)))))),))),,)).)))}}})}(((.{{{....((((((((...((((.((({.(((((((((...(((((..(((..............,{{{((((.((,{.((((((....)))))).}}.)))))}..,,,.{{{((({(....,}}}).}}}}}}.....(((((.(((.(((((..,.((((..(((((((({.((((....(((.(((((((,.(((.((({.((((((.,,,,{((,{{{{,,.{||||,......}|}....}},.||||||,,|...,|||(((....(((((({.........}}}||||,{|{{|}}}},..,,,|||{((((,{.,,,.,,|||{|||||{((((((....(((((((((.((((((((((((.(((((..{{,,.....}}}}.((((((((({.(((((.....)))))}.((((..((({((..(((((.(((((((...((...,,.........,..(((....)))..,((((((((((.((((...{({.{(((.,,.(((...((((......))))...))),.,..).}})).))}..{{{{,....{(((({{.(((.....(((((((.,.(((({..{((((((,,,....(({....}}).,,.}})}})}.....|{......)),})))).,,..)))))))))).}},}))))|||}((((....(((({(((.......)))))))....)))),,,)))).))))).{{({(..((((((.{....(((((((.(((((...((.((((...)))).)).((((.(((((...((..(((((.....)))))..))....))))).))))....))))).)))))))))))))).))).}}.......))))).,..|((((..........))))|{{.((....,,....)))))..)).)))))))..))))).}}}.)))..))))..))))))))).......))))).))))))))))))(((....))).....,,,{,,{{(................}}},,,......,,.)))))))))))))))...((((((((((.(((((((((((((......(((((........(((((((((((.{.,.......).))))))))))))))))))))))),....,,.,,,,{(((.(((((.........))))).)))),,,..,.)))))).))}}))))))).)}}},,,,,,}}}})}}}}}))}))))})}}))),(((((((.....))))))))))))).})))))).},,,......)))))))..))).,)))}.))}.})))))..))))...)))))...))).))))).)))..)))))))))))))).......((((((.((......)).)))))).((((((((({.,{{,,...||.......,},}}},...{(((((((((.....)))))))))|(((((((((((((((....(((((((({{{,,,....(((({{{((((((.,.{(((({{............((((...)))}....))}}}}|.(((((((((..(((.,(..((((((.(((.......((((((......))))))....))).)).))))..),.)))))))))))).,..))))))))))))..,.{((((((((({..((((({...}))))){{{{{{{{|{{{{{...((((((.(((((.....))))})))))),(((((.,{{((((((((((.((((..,.((((((.,{((((.((((.(((((,{.(((((((((...(((((.....,,,..,,.{({((.{{,{((({....))))},}.....{(((((((.(((((.((........))..))))))))))))}|{,,{{|||.........,.,,....,,,{{{{.......)))},.....(((((.((,((((((((((.((((((((......)))),})))((((.(((((..............,(((((({....})))))){((((((,{((((({...}))))))))))))}..))))).))))..)))))))))),)),))))),||||}}}}}},...(((((((((....((((..((({.......,{.((..{.(((((,.,(((({....}}))),))))).},,)).}))))..))))..))))))))).||||.{{{{(({{{{((((((((..{....)..)))))))}..,|||||||||{||,.||||..,,||||..}}}}}}))}}}}............,,,,..,,,,,}}.......)))))...))))))))).|||(,{....}},(((((.(((........))))))))....,...(((((((,.....}))))))..}},))))).)))}.)))).,,.)))))),{{{....})),.))))...)))))))))}..}}},.))))}}}}}).)))).)}))}.....(({.{(((((.({(((,.({({{{.{{{((,{{.{{(((((..,,,,,..))))))),)},,.,,))})}.,||{|{{{,{,{{{{{|{||||,,|,....,{{...((((((...))))))...}}}.((((((((((((((((.{({......})}))))))))))))))))..((((........)))).,,,,,,{{|,......}},},.,,.,.,,,,,,,,},,,},}}},..})))..))))),)))))).}))}....(({....)))..}}))))))))}...||,...}}}},...}))}.},..)))))))))))))))))))))))))..}.)))).))))...}))))))))))))).{(.((((({{{{.,,,,.....})))}))))).)}{{{{,.,||,,.,,,.}}})),..
Back