Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005602.6
Sequence Length
2758 nt
GC Content
0.4645
AGCGCUGCUGUCCCCGCCGUGCGCCCUUCGCCGCUGAGCUCGCAGCCUCCGGCGCCCACCUCCACCUCCAGUGUCCCGCCUCGGGCCGUCGCCCUCCAGCGGCUCGCGAGCGUGGGAGACGUACCUGGGCAGGCACUGUCCAGCCCAGGCCCAGGCACAGCCGUGAGGGGCGAGGCACGGGGACAUCCUGGCGGCCACCAUGGUGGCCACGUGCCUGCAGGUGGUGGGCUUCGUCACGAGCUUCGUGGGCUGGAUCGGGGUCAUCGUGACCACCUCCACCAAUGACUGGGUGGUGACCUGCGGCUACACCAUCCCCACCUGCCGCAAGCUGGAUGAGCUGGGCUCCAAGGGGCUGUGGGCCGACUGCGUCAUGGCCACGGGGCUGUACCACUGCAAGCCCCUGGUGGACAUCCUCAUCCUGCCGGGCUACGUGCAGGCCUGCCGCGCCCUGAUGAUUGCUGCCUCGGUCCUGGGUCUGCCGGCCAUUUUACUGCUGCUGACUGUUCUUCCCUGCAUCCGGAUGGGCCAGGAGCCCGGUGUGGCUAAGUACAGGCGGGCCCAGCUGGCUGGUGUUUUGCUCAUUCUGCUGGCUCUCUGCGCCCUUGUUGCCACCAUCUGGUUCCCUGUGUGCGCCCACCGUGAGACCACCAUCGUGAGCUUUGGCUACUCCCUGUAUGCAGGCUGGAUUGGUGCUGUGCUGUGCCUCGUGGGUGGCUGUGUCAUCCUCUGCUGCGCUGGAGAUGCCCAGGCCUUUGGUGAAAACCGUUUCUACUACACUGCGGGCUCUAGCUCCCCGACUCAUGCGAAGAGUGCCCACGUAUAAGAGGGCUGCCCGGCUGCCCACAGAGGUGCUGUAGAUGCUGGGCCCAGGGCCCUAGGUUUGCUCGUCACAGUGUGGGGAAGCCCAUUCCUCUGCCAGGCUCUAAAGCCAAAGGUCUAGAAAAGCAUCCUGUCUGGCAUUUUGUAGUCUUAACUUCUCCCCAUUUCCCCCAUCUUUUGGUUGCCUUAAAAGAAAUCUCUAGCUCAGAUAAUGCCCAGACAUUUUUUUCCCUUGGUGUUGCCCCUAUUAGCUCUUUUCUUGGGCAUUCUUUUGCUGUUUAUUAAAAAUAUAUUAUAUAUAUUUUGUUUCUUUAAAUUUCAAAUGUUUUGCAAACAUCACUGAGUUAGGUGGGGGUGGGGAAGAGAAAUACAAGAUACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAUAGGGCCUCACUCUGUUGCUCAGGCUGGAGUGCGGUGGUGUGAUCUCGGCUCAUGUAGCCUCAACCUCCCCGGCUCAAGUGAUCCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGUUCACUACUACACCCAGCUAAUUUUUAAGUUUUUUAUAGAGAUGAGGGCUCCCUAUGUUGCCCAGGUUGGUCUCGAACUCCUGGACUCAAAGUAUCCUCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGUUGGGAUUAUAGGAGUGAGCCACCACACCGGCCAAGAUGCUUUUCAAACUGAUACAGAUGACAAUGGGAGCCUCAUAAAGAUGGCUUUUGUUUCUUCCCUUCAAGGUCAUUUACUUGUACGAGACAGAAAAAGAUAGCAUUGGGGACAUGGGAUGGGGGAGGGAGGGCAAUAGUGGAACGAACUUUCCAUGGGAAACUUUCCCUUUUGUAAGUUGAGGGCCAGGGGUAGGGAUAUUUUUUAGUUUGUGAUUUUACAUUUAUCUGUACAUACUUUUUCAAGAUUGAUCAUUUUUAUAACCAUGGUUUUCCUGAAAUCCUCAAUUCAUCAAUAUGAAGGAAAUGAACCACAUAGACUUUAUGCAAUAAAUAACAGUGCAAGUGAGUAUAACUCUAACUGAUGUUCCACAAAACAUUUUUGAUUUCAGGUUUGUAUGAUGUAGUUUUUAAUCGUACAUUUUCAUAUGCUUCAAACUAACACAUUUUUAAAGCUUUCCCCCACUUUUCUCUCUAUUUGUAUUGUUAGCCAUCUUGAAGUGAUGUUGUUUAACAUAAAUUGUACUGUUGAAUUUGGCUUUACGGGUGUAAACACUGAUGGUAUAUCAGUAUCUGAGACCCCAAACUCUCCAAAUACUGAUGGUGCAUUUUAUUCUUGAAGUGAAAUCUGUGCAAUAAAAUAACAGACUGUCUGCAAAACUGGCCUUCAAUCUUCUGUUGUAUCCAGAGGUAUCAUUAUUGAUUUAAAAAAAUCUCAUUAAUCUCUACUGGUAAUUUAUAGGGAAUCUGAUCAGUGAUUCAAGAACAAGUAAUUCUGCAUUGCCUUGAAUAAUUAAAAAGUUAUAUUUUAUUCACGGUAUUGCAGUGGUAAUUUGUGGUCAUGAAAGCAUAACCUCAGUGCUCUCUAGGUUUCUUAAGUGGGGUGACUUUAUGGCAUCUUUAAUCAUCGAUCAAUGGGCAGCAAUCAGAAACAAAGUUCUCAGCAUUAUGCAGUUAAUGUCCUUCAUCUACUUCUAACACUUAGUAAAGGAAUUGAUUGGCUAGGUAUAAAAAGAGAAUUAACGAAACCUAUUUUAUUGGAUCUUUAAGUAAUAAUAUCUAAAUACAUUUCGUUCAAACAUACAUAUGUAGCUGUUUGGACAUUUUGGACAAAGACACAUUGAGUUGAUUUUUAUUUGUUUUUCUGUUCCAGAAACUUCAUCAAGUUACGGGCCUGGUCUAAGAAAACACAUUGCAAUCUAUUUUGGCAGACUUCUUUCAAAUAAAAUACUAAUUUCAUUAGCUGAUAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-894.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -941.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.((((((((.(((...(((.(.((.((((((((((((.((.(((((.(((....(((((((((((....((.(((.(((((((...((((((.(...((.((((.......(((((((.((......)).))))))))))).)).)))))))..)))))))))).)))))))....((((.((((...)))).))))..(((..((((((((..(((((......)))))((((.((.((((..(((((((...))))).)))))))).))))..((((((((.((...))...)))))))))))))))).))).)))))).))).))))).))..)))))))))))))).).)))....))))))(((((((((....))).)))))).)))))..........(((((((.....)).)))))...((((.((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((((.(((...((((.(((........))).))))))).)))..))))))))).......)))))))))))..))))).......((.......))..((.....))((((((.((.((.((((((.(((((((..(((((((..(.(((((.(..((((.((((.((((((((....((((...(((((..(((.(((.(((.....((((((((((((((((((.((..((((((..((((((((......))))((...((((((((....)))).))))....))((((....((((..((.(....)))..)))))))).))))..))))))..)).))))))))))).))))))).((((((...(((((...)))))...))))))((.((((...)))).)))))))).))))))))))))......)))))))).))..((((((((((.((.((((.((((((((.......(((.((((((...((((((((((((((.....)))))))......(((((((((..((((((((((..............(((...)))..............)).))))))))...(((..(((((...(((((((((...))))))))).......)))))..)))((((((...))))))..)))))))))))))))))))))).)))...))))))))..................................(((((((((((((((((......((((((.(((.(((((((.......((.((((..((((...........))))...)))).))...(((((.....(((((......)))))....)))))..))))))).)))))))))................)))))).)))))...))))))........(((.((.(((..(((((((((.........)))....((....)).((((((....))))))....))))))))))))))...)))).)).))))))))))...(((...)))...)).))))..).)))))...)..)))(((((((((.......((((........))))...))))))))).......)))).))))).)).)))))))).)).))))))....((((((......))))))(((((...)))))........((((((((((((..(((((.........((((((((.((((((........((((((.....((((((((.................((.((....))))...((((....((((....))))))))..(((((.((((..((((((.........((((((((((((((((...........((((.((....(((((...))))))).))))...((((((((..........)))))))).........((((.(((..........))).))))................))).))))))))))))).......)))))).)))).)))))..(((((.((((((((((.((((((......((((.(....(((((((...))))))).....).))))........)))))).).))))))))).))))))))))))).......)))))).)))))).)))))))))))))....))))))))))))((((((.......))))))..........(((((....))))).......((((((.(((....)))))))))...(((((.((((((.((((((((((.((((((((.((((.(((((((...............))))))).)))).))))).))).)))))).((((((((..(...((((((.(.................).)))))))..)))))))).)))).)))))).)))))..)))))))))))).......(((((((....(((((((((((((.(((((....((((..........)))))))))....)))))))..))))))...)))))))(((((((..((((....(((((.((........)).)))))))))..))))))).............((((((...((((..(((((((((((((((...((((......))))..))))))..)).)))))))..))))...)))))))))).))))....((((.....((((((......)).)))).....))))..........(((((...)))))..)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{((((((.((((((((.(((...(((.(.((.((((((((((((.((.(((((.(((....(((((((((((.,..((.(((.(((((((.,.((((((.{...((.((((.......(((((((.((......)).))))))))))).)).))))))),.)))))))))).)))))))....{(((.((((...,))),)))}.,{((..((((((((.,(((({,{...|)))))((((.((.((((..(((((({...})))).)))))))).)))}..((((((((,{(...})...)))))))))))))))).))}.)))))).))).))))).))..)))))))))))))).).)))....))))))(((((((((....))),}))))).)))))..........(((((((.....)).)))))...((((.((((,..((((((((((((((((((((((((((((((((((...{({(((.(((...((((.(((........))).))))))).)))..})})))))).......)))))))))))..))))}{,,....({.,.....}},|||.....}}((((((.((.((.((((((.(((((((,.(((((((..,.(((((.(..((((.((((.((((((((....((((...(((((..(((.(((.(((.....((((((((((((((((((.(,{{((((((..((((,((({{{.{{||,|({...((((((({....}))).))))....}}||||}}}.((((..((.(....)))..)))),,))}))))..)))))).})).))))))))))).))))))).((((((...(((((...)))))...))))))((.((((...)))).)))))))).))))))))))))......)))))))).))..((((((((((.((.((((.((((((((.{{{,..{{{.((((((...((((((((((((((.....}))))))}....,(((((((((..((((((((((.,............((|,..|}}..............}},})))))))...{((..(((((...(((((((((...))))))))).......)))))..}}}{(((({...}))))}..)))))))))))))))))))))),)))}..))))))))..................................(((((((((((((((((.,....((((((.(((.(((((((.,.....((.((((..((((...........))))...)))).))...,((((.,,..(((((......)))))....))))}..))))))).)))))))))........,,,.....)))))).)))))...))))))........(({,((.(((..{(((((({{......}..}}}....((....)).((((({....})))))....))))))))))))))...)))).)).))))))))))...(((...)))...)).))))..).)))))...}..)))(((((((((.......((((........))))...))))))))).......)))).))))).)).)))))))).)).))))))....((((((......))))))(((({...}))))........((((((((((((..(((((.........((((((((.((((({......,.((((((...,,((((((((..{({{{{..........|}||}}.,|||}...{{{{,..,{{{,....}))}))))..(((((.((((..((((((.,.......((((((((((((((((....,,,,...,,(({(({......|}}}}},,}},..,}}},..((((((((..........)))))))).........((((.{{{..........}},.))))................}}}.))))))))))))).....,.)))))).)))).)))))..(((((.((((((((((.((((((......((((.(....(((((({...})))))).....).))))........)))))).}.))))))))).))))))))))))).,.....)))))),)))))).)))))))))))))....)))))))))))}((((((.......)))))).,,,,....,(({{{....,}}}}.......{{{{{{.|||....,})))))))...(((((.((((((.((((((((((.((,(((((.((((.(((((((...............))))))).)))).))))).})).)))))).((((((((,{{...((((((.{.......,|,...,...).))))))}.})))))))).)))).)))))).)))))..)))))))))))).......(((((((....(((((((((((((.(((((....((((..........))))))))),...)))))))..)))))}...))))))){((((((..((((,..,(((((.{(.......,)).)))))))))..))))))}.............((((((...((((..(((((((((((((((.{.{(((......))})..)))))),.)),}))))))..))))...)))))))))).))))....({{,.....,{{({{......}}}}))}.....}}))..........((({{...}))))..)))))),
Back