Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005891.3
Sequence Length
1520 nt
GC Content
0.4553
AGCUUGCAGGCAGCGCAGGGCAGACGGCGGCAGGAGAAGCAAGAUGAAUGCAGGCUCAGAUCCUGUGGUCAUCGUCUCGGCGGCGCGGACCAUCAUAGGUUCCUUCAAUGGUGCCUUAGCUGCUGUUCCUGUCCAGGACCUGGGCUCCACUGUCAUCAAAGAAGUCUUGAAGAGGGCCACUGUGGCUCCGGAAGAUGUGUCUGAGGUCAUCUUUGGACAUGUCUUGGCAGCAGGCUGUGGGCAGAAUCCUGUUAGACAAGCCAGUGUGGGUGCAGGAAUUCCCUACUCUGUUCCAGCAUGGAGCUGCCAGAUGAUCUGUGGGUCAGGCCUAAAAGCUGUGUGCCUUGCAGUCCAGUCAAUAGGGAUAGGAGACUCCAGCAUUGUGGUUGCAGGAGGCAUGGAAAAUAUGAGCAAGGCUCCUCACUUGGCUUACUUGAGAACAGGAGUAAAGAUAGGUGAGAUGCCACUGACUGACAGUAUACUCUGUGAUGGUCUUACAGAUGCAUUUCACAACUGUCAUAUGGGUAUUACAGCUGAAAAUGUAGCCAAAAAAUGGCAAGUGAGUAGAGAAGAUCAGGACAAGGUUGCAGUUCUGUCCCAGAACAGGACAGAGAAUGCACAGAAAGCUGGCCAUUUUGACAAAGAGAUUGUACCAGUUUUGGUGUCAACUAGAAAAGGUCUUAUUGAAGUUAAAACAGAUGAGUUUCCUCGCCAUGGGAGCAACAUAGAAGCCAUGUCCAAGCUAAAGCCUUACUUUCUUACUGAUGGAACGGGAACAGUCACCCCAGCCAAUGCUUCAGGAAUAAAUGAUGGUGCUGCAGCUGUCGUUCUUAUGAAGAAGUCAGAAGCUGAUAAACGUGGGCUUACACCUUUAGCACGGAUAGUUUCCUGGUCCCAAGUGGGUGUGGAGCCUUCCAUUAUGGGAAUAGGACCAAUUCCAGCCAUAAAGCAAGCUGUUACAAAAGCAGGUUGGUCACUGGAAGAUGUUGACAUAUUUGAAAUCAAUGAAGCCUUUGCAGCUGUCUCUGCUGCAAUAGUUAAAGAACUUGGAUUAAACCCAGAGAAGGUCAAUAUUGAAGGAGGGGCUAUAGCCUUGGGCCACCCUCUUGGAGCAUCUGGCUGUCGAAUUCUUGUGACCCUGUUACACACACUGGAGAGAAUGGGCAGAAGUCGUGGUGUUGCAGCCCUGUGCAUUGGGGGUGGGAUGGGAAUAGCAAUGUGUGUUCAGAGAGAAUGAAUUGCUUAAACUUUGAACAACCUCAAUUUCUUUUUAAACUAAUAAAGUACUAGGUUGCAAUAUGUGAAAUCAGAGGACCAAAGUACAGAUGGAAACCAUUUCCUACAUCACAAAAACCCAAGUUUACAGCUUGUACUUUACUUUAAUGUGUAAUACUCAACUCAAGGUACAAGACAAUUGCAUUUAACAUUGUUAUAAAUAAAAGGAACAUCAGAUCAAUCAUUAAGGGCUCCAGAGUGAACAGCAUCUUCAUAACUUCCAUGUUUAUCAUCUUUACUUUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-473.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -502.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 349.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.((((((((((((.(((((((((((((......(((((.((((((.......)))))).)))))....(((((((..(((((((...((....))...))))).))...))))))))))))))).(((.(((((.(.((((.((((((.(((....))).....((((((...))))))...(((((((((((((((....)))))))))))))))((((((..((((.(((((((.((((((...(((......)))....)))))).........))))))))))).....)))))).))))))..)))))))))))))....))))).)))))))).((((.........)))).(((...))).))....)).)))))))((((((((((..(((((....(((..((((((((..((((((........))))))...))))))))..)))...((((.((((......))))...))))....((((((..(((((..((((.((.(((((..((((........))))((((.....))))..((((((((.((.(.((((......((.(((.((((((((.......))))))))..)))))......)))).)...((((((..(((((((...)))))))..))))))........((((((.((((..(((..........((((((.......)))))).........((((((.....(((...((((..((((((...((.((..(((((....(((((..(((((((((((((((((...(((((((((......)))))))))....((..((((....(((((.((....)).)))))....))))..)).(((.....)))(((.(((((..((.(((((..((((((....(((........))).((((((......(.(((.(((((.....))))).))).)..))))))(((((((((...((((..........(((..(((((((.......)))))))..))).........((......))))))....)))))))))...)))))).))))).))))))))))...))))))))))).))))))..........))))))))))..))))....))))))...))))...)))))))))(((((((((..(((((((((((.((....((....((((((....((((.....))))..))))))....)).....)).)))))))...................))))..)))))))))...)))..))))))))))........(((((...))))))))))).))))....))))).))..))))((((((((((........(((...))).......))))))))))......(((........)))...........(((.(....(((.....)))....).)))...)))))..)))))))))))..)))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(({(({(,{{{{((((((((.(((((((((((({.(({,.(((((.,(((((.......)))))}.))))),,|.(({{{{{,.{|||{,,...{({{.||,...,,))}})),..}})))),}))))))).(((.((((({(.((((.((((((.,{{....}}}...,.((((({...})))))}..{((((((((((((((....))))))))))))))|((((((..((((.(((((((.((((((...{{,.,|,..,}},,,.)))))}.........))))))))))).....)))))),))))))..)))))))))))))....))))).)))))))).|{{(.{,,...,,|||}.{{{,.{|||.{{{...,,.,))),))||((((((((..(((((....(((..((((((((.(((((((........)))))),).})))))))..)))...((((,((((......))))...})))....{(((((..(((((..((((.{,.(((((..((((........))))((((.....))))..((((((((.((,,....(((((.(((((((.((((((((.......))))))))..)))}{{{....))){,{.{{((((((..(((((((...)))))))..)))))}...,,,..||||{{.{{,,.,,,......,|||.((((((.......))))))..,.....,))).)))))..,{,...((((..((((((...{(.((.,(((((....(((((..(((((((((((((((((....,,,,,,(({{{{.,||||}|,||{{,..,,}||||.,,|{{{|{,{{....}},}}}}}.,,,}},)}}))}(((.....)))(((.(((((,.((.(((((..((((((.,,.{((........))}.{(((((..,...,.(((.(((((.....))))).))).}..)))))}(((((((((...,{({....},,...(((..(((((((.......)))))))..)))......,{{((.......)))),....)))))))))...)))))).))))).))}))))))}...))))))))))).))))))..........)))))))))),.))}}....))))))...)))).{,,,|||,,{((((((((((..((((,((({{(,({.,,.(((,{,{{{{,{,..{(((({{{{.},},,.,,},}}....)))}}}})).)}})}))}}}}.|||...,}..}}}.))))..))))))))))).}}}..)),.,||}||........{((((...))))))))))).))))....))))).}}..))))((((((((((,,......{{|,..,}}.......}))))))))),,,{,.{,,.....,,})))...........{((.,.,,.,,........}..}},.)))...)))))..)))))))))))..))))))))},....,,,,,..,..,,.
Back