Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006368.5
Sequence Length
1496 nt
GC Content
0.5455
GUAGAGGGACAGUGGAUAGGUGCCCGAGGCCUACAGCUGGCCUGGGGCUCGUGUCUGGGCUUCGGACGUUGGGGCCCGGUGGCCCACCCUUUCCGUAGUUGUCCCAAAUGGAGCUGGAAUUGGAUGCUGGUGACCAAGACCUGCUGGCCUUCCUGCUAGAGGAAAGUGGAGAUUUGGGGACGGCACCCGAUGAGGCCGUGAGGGCCCCACUGGACUGGGCGCUGCCGCUUUCUGAGGUACCGAGCGACUGGGAAGUAGAUGAUUUGCUGUGCUCCCUGCUGAGUCCCCCAGCGUCGUUGAACAUUCUCAGCUCCUCCAACCCCUGCCUUGUCCACCAUGACCACACCUACUCCCUCCCACGGGAAACUGUCUCUAUGGAUCUAGAGAGUGAGAGCUGUAGAAAAGAGGGGACCCAGAUGACUCCACAGCAUAUGGAGGAGCUGGCAGAGCAGGAGAUUGCUAGGCUAGUACUGACAGAUGAGGAGAAGAGUCUAUUGGAGAAGGAGGGGCUUAUUCUGCCUGAGACACUUCCUCUCACUAAGACAGAGGAACAAAUUCUGAAACGUGUGCGGAGGAAGAUUCGAAAUAAAAGAUCUGCUCAAGAGAGCCGCAGGAAAAAGAAGGUGUAUGUUGGGGGUUUAGAGAGCAGGGUCUUGAAAUACACAGCCCAGAAUAUGGAGCUUCAGAACAAAGUACAGCUUCUGGAGGAACAGAAUUUGUCCCUUCUAGAUCAACUGAGGAAACUCCAGGCCAUGGUGAUUGAGAUAUCAAACAAAACCAGCAGCAGCAGCACCUGCAUCUUGGUCCUACUAGUCUCCUUCUGCCUCCUCCUUGUACCUGCUAUGUACUCCUCUGACACAAGGGGGAGCCUGCCAGCUGAGCAUGGAGUGUUGUCCCGCCAGCUUCGUGCCCUCCCCAGUGAGGACCCUUACCAGCUGGAGCUGCCUGCCCUGCAGUCAGAAGUGCCGAAAGACAGCACACACCAGUGGUUGGACGGCUCAGACUGUGUACUCCAGGCCCCUGGCAACACUUCCUGCCUGCUGCAUUACAUGCCUCAGGCUCCCAGUGCAGAGCCUCCCCUGGAGUGGCCAUUCCCUGACCUCUUCUCAGAGCCUCUCUGCCGAGGUCCCAUCCUCCCCCUGCAGGCAAAUCUCACAAGGAAGGGAGGAUGGCUUCCUACUGGUAGCCCCUCUGUCAUUUUGCAGGACAGAUACUCAGGCUAGAUAUGAGGAUAUGUGGGGGGUCUCAGCAGGAGCCUGGGGGGCUCCCCAUCUGUGUCCAAAUAAAAAGCGGUGGGCAAGGGCUGGCCGCAGCUCCUGUGCCCUGUCAGGACGACUGAGGGCUCAAACACACCACACUUAAUGGCUUUCUGGGUCUUUUAUUUGUACCCAUGUGUCUGUCACACCAUGAAUGUACCUGGGGAAAUCAACUGACCUCCCUGAACAUUUCACGCAGUCAGGGAACAGGUGAGGAAAGAAAUAAAUAAGUGAUUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-561.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -586.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 304.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.......(((((.(.((((.(((((.......))))).)))).).)))))((((((((.....))))))))(((((((((((((((.((((((.....(((..((((..((....(((.((((((((((((((.(((((((..(((((.....)))))(((((....(((((.......)))))...((((.....)))))))))((((.(((((.((((.(.....).))))..(((.(((((((((((.((((((..((((.((((......))))....))))))))))..)).))))))).))))).......))))).))))((((((.((........((((......))))....((((((.....((((.((........)).)))).....))))))((((..(((((..(..(((.((..((.((((((..(((((....)))))..)))))).))..)).)))..)....)))))..))))...(((((((((..(((((((((..((..(((((((((((.....(((((.......)))))......))).))))))))..)).......(((((((((((...(((.((.(((.(.............).))).)).)))...))))).)))))).........((((((.....))).)))(((((((........).)))))))))..))))))..))))))))).........(((....)))..)).))))))..((((....))))......)))))))..((((...)))).))))))))..)))))).))).....))..))))))).....)))))).........((((((..(((((((((((.(((.(.(((.(((((((((((...((((((..(((.((((......)))).....))).))))))((..(((((....((((((.((...((((.....((((.(((....)))))))..)))))).))))))......)))))..))))))))))))).)))).)))))).......(((((((((((...(((.(((.((((((.(((((....)))))..((((((....(((((...)))))..))))))(((((((((((((..((......))....)))..))))))))))..((((.....(((((..((((((.........))))))......)))))......)))).....)))))).))).))))))))))))))))))))))...)))))).......)))).)))))))..((((((....)))))).((.((((..((((.....)))))))).))....)))).((((((((..(((((((((((........).)))))((((.....))))(((.(......).))).........((.((((((((((.............)))))))...))).)))))))..))...)))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((({{.,,.,(((((.(.((((.(((((.......))))).)))).).))))}((((((((,....))))))))(((((((((((((({.((((((.{|..{{,..((((.,(({,..(((.((((((((((((((.(((((((,.(((((.....))))}{((((....(((((.......)))))...((((.....))))))))),,,({{(({((((..((((((((((((.(((.....(((((..((..,{.....(((.(((((..,.(((((.((((((((((,{{{{{....,.})}||,,{,,,..(((((.((((.((((....{{{.........((((,,..,,||}}..,,,{{(((({,,.{{||,||,...,,,.))))))}...})))))..,{{,..{{((({.{..((,.((..((.((((((..(((((....)))))..)))))).))..)).,)).,),}..)})))...)))}.}})))))))||,.((((((.,{,(,..(((((((((((.....(((((.......)))))......))).)))))))).,))..............((((....)))).))))))...,}..,,,}.))))))))))))))).))))).)))......,).,}}..)))))....))).))))))))}..,))).)))).((((((((.(((,...,))).))}})))))....{{(((....)))}))})).|}}|{.((((....)))).}....)))))))..((((...)))).))))))))..)))))).))),}},|}),,),|||}}..,,.)))))).........((((((..((((((((((,{(((.(.(((.(((((((((((...((((((..{,(.((((......)))).....,}}.)))))){(..(((((...,((((((.((...((((.....((((.(((....)))))))..)))))).))))))}.....)))))..}}))))))))))).)))).)))))).......(((((((((((...(((.((({((((((.(((((....)))))..((((((....(((((...)))))..))))))(((((((((((((..,(,.....}),...)))..))))))))))..((((...,.(((((..((((((.........))))))......)))))......)))).....)))))).))).))))))))))))))))))))))...)))))).......}))).))))))).|((((((....))))})}|(.((((,.{(((.....)))))))).)}....)))).{{{{{{,{..||{|||(((((..,,,,,,|,,||||,(((.,..,||},,,,,|}..,|,}.}))}.....,..((.((((((((({,{..........}))))))}..}))).)))}}})..)),,,))))}).}))}}.
Back