Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006408.4
Sequence Length
1697 nt
GC Content
0.4113
ACUCAGAAGCUUGGACCGCAUCCUAGCCGCCGACUCACACAAGGCAGGUGGGUGAGGAAAUCCAGAGUUGCCAUGGAGAAAAUUCCAGUGUCAGCAUUCUUGCUCCUUGUGGCCCUCUCCUACACUCUGGCCAGAGAUACCACAGUCAAACCUGGAGCCAAAAAGGACACAAAGGACUCUCGACCCAAACUGCCCCAGACCCUCUCCAGAGGUUGGGGUGACCAACUCAUCUGGACUCAGACAUAUGAAGAAGCUCUAUAUAAAUCCAAGACAAGCAACAAACCCUUGAUGAUUAUUCAUCACUUGGAUGAGUGCCCACACAGUCAAGCUUUAAAGAAAGUGUUUGCUGAAAAUAAAGAAAUCCAGAAAUUGGCAGAGCAGUUUGUCCUCCUCAAUCUGGUUUAUGAAACAACUGACAAACACCUUUCUCCUGAUGGCCAGUAUGUCCCCAGGAUUAUGUUUGUUGACCCAUCUCUGACAGUUAGAGCCGAUAUCACUGGAAGAUAUUCAAAUCGUCUCUAUGCUUACGAACCUGCAGAUACAGCUCUGUUGCUUGACAACAUGAAGAAAGCUCUCAAGUUGCUGAAGACUGAAUUGUAAAGAAAAAAAAUCUCCAAGCCCUUCUGUCUGUCAGGCCUUGAGACUUGAAACCAGAAGAAGUGUGAGAAGACUGGCUAGUGUGGAAGCAUAGUGAACACACUGAUUAGGUUAUGGUUUAAUGUUACAACAACUAUUUUUUAAGAAAAACAAGUUUUAGAAAUUUGGUUUCAAGUGUACAUGUGUGAAAACAAUAUUGUAUACUACCAUAGUGAGCCAUGAUUUUCUAAAAAAAAAAAUAAAUGUUUUGGGGGUGUUCUGUUUUCUCCAACUUGGUCUUUCACAGUGGUUCGUUUACCAAAUAGGAUUAAACACACACAAAAUGCUCAAGGAAGGGACAAGACAAAACCAAAACUAGUUCAAAUGAUGAAGACCAAAGACCAAGUUAUCAUCUCACCACACCACAGGUUCUCACUAGAUGACUGUAAGUAGACACGAGCUUAAUCAACAGAAGUAUCAAGCCAUGUGCUUUAGCAUAAAAGAAUAUUUAGAAAAACAUCCCAAGAAAAUCACAUCACUACCUAGAGUCAACUCUGGCCAGGAACUCUAAGGUACACACUUUCAUUUAGUAAUUAAAUUUUAGUCAGAUUUUGCCCAACCUAAUGCUCUCAGGGAAAGCCUCUGGCAAGUAGCUUUCUCCUUCAGAGGUCUAAUUUAGUAGAAAGGUCAUCCAAAGAACAUCUGCACUCCUGAACACACCCUGAAGAAAUCCUGGGAAUUGACCUUGUAAUCGAUUUGUCUGUCAAGGUCCUAAAGUACUGGAGUGAAAUAAAUUCAGCCAACAUGUGACUAAUUGGAAGAAGAGCAAAGGGUGGUGACGUGUUGAUGAGGCAGAUGGAGAUCAGAGGUUACUAGGGUUUAGGAAACGUGAAAGGCUGUGGCAUCAGGGUAGGGGAGCAUUCUGCCUAACAGAAAUUAGAAUUGUGUGUUAAUGUCUUCACUCUAUACUUAAUCUCACAUUCAUUAAUAUAUGGAAUUCCUCUACUGCCCAGCCCCUCCUGAUUUCUUUGGCCCCUGGACUAUGGUGCUGUAUAUAAUGCUUUGCAGUAUCUGUUGCUUGUCUUGAUUAACUUUUUUGGAUAAAACCUUUUUUGAACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-434.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -469.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 529.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((..((((((.(((((..((((((...........))).)))))))).))...))))((((((.....((((....(((.(((((.........(((((((((((..((((((........))..))))...))))))........))))).......)))))...))).))))..........(((((((..((((....)))))))))))...)))))).((((....))))..((((.(((...))).))))....((((((((((((((...((.((((((....))))))...)).(((.((......)).)))........(((((((((((((...........(((.(((((....((.((.(((...))).))))....))))))))...........).)))))).))))))((....((((((........(((((((((((((.((((((((((((((.....(((((.(((((((.......))))......))).)))))(((..........)))..(((((.((.(((....(.((((.(((.((....))))).)))))....))).)).)))))..........(((((((.((((((((((..((.(((((.((..(((((....(((.......(((((((..(((....((((((.....(((((....)))))...(((((((((((((.(((......(((((.(((((((((........)))))))))..)))))...((((((((..(((....)))....))))))))...))).)))))))))))))...................(((((((...((((.((((((.(((...((((((((......((((......))))...)))))))).....((.....)).....))).)))))).))))...)))))))..........(((((.(((..........))).)))))...))))))..))).))))))).......))))))))...)).).)))).))..)))))))..(((..(((.(((((((((........................(((((.((..............((((((((......(((.(((((.(((((((((....(((.......)))......)))))))..)).))))).))).......))))).)))((((((..((....))..))))))..((((((.(((....(((((.((..((((..((....))..))))...)).)))))...)))))))))...)).)))))...(((((((................)))))))))))))))))))..))).......(((..((((((((.((((.(((.........)))....)))).)))))))).))))))...)))))))))))))).....))).)))).))))))))..(((((.((((.....(((((((((..(((((.....))))).........(((((((((((...........................)))))))))))....))))))))))))))))))..)))))......))))))...)).....(((((((((..........)))))))))))))))))))))))............((......)).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((,{{(({({.({{{{..||{{{{...........|||,|}||||||,||...||||{{((((...(((({.....}))}{{({{,,,.,,.,,(((((((((((..((((((........))..))))...))))))........))))).,..,.,))}}}...))}.}))}.,}}},..,}|||((({..{{{{,,,,||||||||}}}..,))))}}.||||,,..|}},..,{||,{{,...})}.},,.,{{.((((((((((((((...,,.((((((....)))))),{{{|{({{{((..,,||||{|||,,,.....{((((((((((((...........{({.(((((....((.((.(({...})).))))....)))))}))...........).))))))},))))|((,{..((((({...|||..|{{{{(({{((({,((({{{{{{{(((({,{{{(((((.((((,{,..,,,,.,,,.},,..}))).))))).||}.......,,|||{{,.,{{,|||||{{{{{,,{{{{,{{,.,.,{{.|{|||{|,,}{{{{{|((.{{{,,||..,{{.......|||{,,.||.,|||,}}}}.||||{.}}}}})}))}|,...||}},}.,||{{{{|||,.{|||||,||||||..||.,{{{{..,,))))},{{{((((,{((({,{.{,{......|{{{{.{((((((((........)))))))))..||||}...((((((((,{(((....))},}}.)))))))),,,,,{{|||,,,,|||{{{{{{.......,,,,,....|||||,({{{((((,(({{(({(,.{{((((((((({....((({{..(((({((.....))..))))),,.)}}.....|{{{,.,...}))|}}.|,,,...},,,,,}..,|||....,,|||.|||.}}}))))})))).|||||{..||,,||,...)}),,,.,,.}})))},{{{{{{{...,,.,.}}}|.,,,.,},}..||,|,|.,|,.{((((||,,|}}},..,,,,....}}}}...}}}}}}}.}}}}}}}}}..}}}}|{((((((((...|{||....,)},})))),,))},...|||...{{{{||,...,}}}}...,}}.},}},,.}},.}}}},,,}.{{{{.{((((((((..((....))..)))))),){{{{{{.{{(.,..{{{{{.||..{{{{,.||,...)}..|})),,.||.}}}}}...}})))))))...,}}}))),...(((((((.,..,,....,..,,.))))))),,,,,}},|||||.||,......}|||..((((((((.((({.{{{.........),..,,.)))).)))))))).})))))),})))}},}}))})))..,,,|||||,||{|||||,||..(((((.(((,....,(((((((({..(((((.....))))}....,...{(((((((((((...............,,..........))))))))))))},.})))))))))))))))))..))})).}}}}})})))),,,)),....(((((((((..........)))))))))))))))))))))))}}}......,,,||......,,.,)))))).....
Back