Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006516.4
Sequence Length
3384 nt
GC Content
0.5334
AAGAGGCAAGAGGUAGCAACAGCGAGCGUGCCGGUCGCUAGUCGCGGGUCCCCGAGUGAGCACGCCAGGGAGCAGGAGACCAAACGACGGGGGUCGGAGUCAGAGUCGCAGUGGGAGUCCCCGGACCGGAGCACGAGCCUGAGCGGGAGAGCGCCGCUCGCACGCCCGUCGCCACCCGCGUACCCGGCGCAGCCAGAGCCACCAGCGCAGCGCUGCCAUGGAGCCCAGCAGCAAGAAGCUGACGGGUCGCCUCAUGCUGGCCGUGGGAGGAGCAGUGCUUGGCUCCCUGCAGUUUGGCUACAACACUGGAGUCAUCAAUGCCCCCCAGAAGGUGAUCGAGGAGUUCUACAACCAGACAUGGGUCCACCGCUAUGGGGAGAGCAUCCUGCCCACCACGCUCACCACGCUCUGGUCCCUCUCAGUGGCCAUCUUUUCUGUUGGGGGCAUGAUUGGCUCCUUCUCUGUGGGCCUUUUCGUUAACCGCUUUGGCCGGCGGAAUUCAAUGCUGAUGAUGAACCUGCUGGCCUUCGUGUCCGCCGUGCUCAUGGGCUUCUCGAAACUGGGCAAGUCCUUUGAGAUGCUGAUCCUGGGCCGCUUCAUCAUCGGUGUGUACUGCGGCCUGACCACAGGCUUCGUGCCCAUGUAUGUGGGUGAAGUGUCACCCACAGCCCUUCGUGGGGCCCUGGGCACCCUGCACCAGCUGGGCAUCGUCGUCGGCAUCCUCAUCGCCCAGGUGUUCGGCCUGGACUCCAUCAUGGGCAACAAGGACCUGUGGCCCCUGCUGCUGAGCAUCAUCUUCAUCCCGGCCCUGCUGCAGUGCAUCGUGCUGCCCUUCUGCCCCGAGAGUCCCCGCUUCCUGCUCAUCAACCGCAACGAGGAGAACCGGGCCAAGAGUGUGCUAAAGAAGCUGCGCGGGACAGCUGACGUGACCCAUGACCUGCAGGAGAUGAAGGAAGAGAGUCGGCAGAUGAUGCGGGAGAAGAAGGUCACCAUCCUGGAGCUGUUCCGCUCCCCCGCCUACCGCCAGCCCAUCCUCAUCGCUGUGGUGCUGCAGCUGUCCCAGCAGCUGUCUGGCAUCAACGCUGUCUUCUAUUACUCCACGAGCAUCUUCGAGAAGGCGGGGGUGCAGCAGCCUGUGUAUGCCACCAUUGGCUCCGGUAUCGUCAACACGGCCUUCACUGUCGUGUCGCUGUUUGUGGUGGAGCGAGCAGGCCGGCGGACCCUGCACCUCAUAGGCCUCGCUGGCAUGGCGGGUUGUGCCAUACUCAUGACCAUCGCGCUAGCACUGCUGGAGCAGCUACCCUGGAUGUCCUAUCUGAGCAUCGUGGCCAUCUUUGGCUUUGUGGCCUUCUUUGAAGUGGGUCCUGGCCCCAUCCCAUGGUUCAUCGUGGCUGAACUCUUCAGCCAGGGUCCACGUCCAGCUGCCAUUGCCGUUGCAGGCUUCUCCAACUGGACCUCAAAUUUCAUUGUGGGCAUGUGCUUCCAGUAUGUGGAGCAACUGUGUGGUCCCUACGUCUUCAUCAUCUUCACUGUGCUCCUGGUUCUGUUCUUCAUCUUCACCUACUUCAAAGUUCCUGAGACUAAAGGCCGGACCUUCGAUGAGAUCGCUUCCGGCUUCCGGCAGGGGGGAGCCAGCCAAAGUGACAAGACACCCGAGGAGCUGUUCCAUCCCCUGGGGGCUGAUUCCCAAGUGUGAGUCGCCCCAGAUCACCAGCCCGGCCUGCUCCCAGCAGCCCUAAGGAUCUCUCAGGAGCACAGGCAGCUGGAUGAGACUUCCAAACCUGACAGAUGUCAGCCGAGCCGGGCCUGGGGCUCCUUUCUCCAGCCAGCAAUGAUGUCCAGAAGAAUAUUCAGGACUUAACGGCUCCAGGAUUUUAACAAAAGCAAGACUGUUGCUCAAAUCUAUUCAGACAAGCAACAGGUUUUAUAAUUUUUUUAUUACUGAUUUUGUUAUUUUUAUAUCAGCCUGAGUCUCCUGUGCCCACAUCCCAGGCUUCACCCUGAAUGGUUCCAUGCCUGAGGGUGGAGACUAAGCCCUGUCGAGACACUUGCCUUCUUCACCCAGCUAAUCUGUAGGGCUGGACCUAUGUCCUAAGGACACACUAAUCGAACUAUGAACUACAAAGCUUCUAUCCCAGGAGGUGGCUAUGGCCACCCGUUCUGCUGGCCUGGAUCUCCCCACUCUAGGGGUCAGGCUCCAUUAGGAUUUGCCCCUUCCCAUCUCUUCCUACCCAACCACUCAAAUUAAUCUUUCUUUACCUGAGACCAGUUGGGAGCACUGGAGUGCAGGGAGGAGAGGGGAAGGGCCAGUCUGGGCUGCCGGGUUCUAGUCUCCUUUGCACUGAGGGCCACACUAUUACCAUGAGAAGAGGGCCUGUGGGAGCCUGCAAACUCACUGCUCAAGAAGACAUGGAGACUCCUGCCCUGUUGUGUAUAGAUGCAAGAUAUUUAUAUAUAUUUUUGGUUGUCAAUAUUAAAUACAGACACUAAGUUAUAGUAUAUCUGGACAAGCCAACUUGUAAAUACACCACCUCACUCCUGUUACUUACCUAAACAGAUAUAAAUGGCUGGUUUUUAGAAACAUGGUUUUGAAAUGCUUGUGGAUUGAGGGUAGGAGGUUUGGAUGGGAGUGAGACAGAAGUAAGUGGGGUUGCAACCACUGCAACGGCUUAGACUUCGACUCAGGAUCCAGUCCCUUACACGUACCUCUCAUCAGUGUCCUCUUGCUCAAAAAUCUGUUUGAUCCCUGUUACCCAGAGAAUAUAUACAUUCUUUAUCUUGACAUUCAAGGCAUUUCUAUCACAUAUUUGAUAGUUGGUGUUCAAAAAAACACUAGUUUUGUGCCAGCCGUGAUGCUCAGGCUUGAAAUGCAUUAUUUUGAAUGUGAAGUAAAUACUGUACCUUUAUUGGACAGGCUCAAAGAGGUUAUGUGCCUGAAGUCGCACAGUGAAUAAGCUAAAACACCUGCUUUUAACAAUGGUACCAUACAACCACUACUCCAUUAACUCCACCCACCUCCUGCACCCCUCCCCACACACACAAAAUGAACCACGUUCUUUGUAUGGGCCCAAUGAGCUGUCAAGCUGCCCUGUGUUCAUUUCAUUUGGAAUUGCCCCCUCUGGUUCCUCUGUAUACUACUGCUUCAUCUCUAAAGACAGCUCAUCCUCCUCCUUCACCCCUGAAUUUCCAGAGCACUUCAUCUGCUCCUUCAUCACAAGUCCAGUUUUCUGCCACUAGUCUGAAUUUCAUGAGAAGAUGCCGAUUUGGUUCCUGUGGGUCCUCAGCACUAUUCAGUACAGUGCUUGAUGCACAGCAGGCACUCAGAAAAUACUGGAGGAAAUAAAACACCAAAGAUAUUUGUCUCUAGAGGCUCAGCUGACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1227.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1288.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 668.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((..(((((.((((((((((.((...)).))))).))...(((((((((((((.(.((.(..(((.(((((((...........((((((((.(((((.((((((((((((.(((((((.(((((((((((((..((((((.......))))))))..(((.(((((.....))).))..)))((((...((((((..(((((.((.((.(((((..((((..((((.....))))..)))).(((.......)))))))).))..)).))))))))))).)))).....(((((((.....(((((((...(((((((((((((((((.(((..(((.......(((((((.(((......((...((((.((......)).))))...))....))).).))))))....)))..))).)))))..))))..))))))))...))))))).....))).))))...)))).....))))))))))).))).))).((((((((((((((...((.(((((..(.(((.((.((.((((.((((((((((....)))).))))))..)))))))).))).).))))))))))))))))))))).))))))))))))))(((((((((.(((((((((..(((((((((....)))))))))(((((....)))))(((((((.(((.((....)).)))....(((...))).........))))))).((((.....)))).....))))))).)).))).)))))).....((((....))))...........))))))))...(((((((...))))))).))))))))))..).)).).)))).(((((((.((.(((((((.((.((..((((((((((..(((.((...(((((((((..((((((((((.((..(((........((((..(((((.(((.(.(.((.(((.......(((((......(((.......)))(((((......)))))))))).....))).)))).)))))))).)))))))..)))))))))))).)))))).))).(((((..((((.((((......(((...))).......)))).))))..))))).(((.....)))..)))))..))))).))))).)).)).(((((((.......)))))))......))))))).))..))))))).))).))))))))))))))....)))))((((((.(((..(((((((.......))))))).))).))))))..(.(((((((......(((((((((.((.((((.((((((((((((....))))).((((((.......((((.((((((((((((........(((((..(.((((((((...)))))))).)(((..((((((((((((...(((......))).......((((((((.(((......))).))((....)).))))))....((((((.(.(((.((..................)).))).))))))).(((...(........)...))).........(((((((((.((..((((((((....((((...))))..))))))))..))(((((((((((.((((...(((......))).....).))))))))..))))))(((((.(((((........))))))))))(((((...((...(((.((((...)))))))))...))))))))))))))...)))))))))))).)))........(((((....)))))..)))))))))).))))))))))).....)))).))))))))).)))))).)))))))))........))))))).)...((((((((.((...((((((((....(((....)))..))))))))......((((......)))).)).))))))))........(((((.((((((((..(((((...(((((((((...(((......))).....))))).))))(((((((((((((.(((.((((...............((((((.........)))))).....(((((...)))))........(((((.((.....)).)).))).....(((((((((((....))))))..)))))...((((((....((((......))))))))))(((....)))..((.((((((((.(((((((((.((((((..((((..................))))....)))))).((((....)))).))))))))).)))))))).)))))).)))....))))).))))))))......(((((((((.(((....((((((((((.(((((....(((((.((.((......((.....))......)).)).)))))))))).))((((((...((((((................(((((((((...........((((.((((.....))))...))))))).)))))))))))).))))))...))))...(((((.........)))))........((((.((....((((.(.((((((.....((..(((((...(((((((((((((.((((..((((((....(((((((.(((..((((((.....))))))((((((.(((.(((((((((.............(((((((((((......(((((......(((((......)))))((.(((.....))).)).....((((...((((.(((.(((((((((((((((((((((......))))).((((((((......)))))))).........((((.(((...))))))).))))))).....))))))))).)))))))...))))........))))).......))))).)))))))))).)))))...)))...))))))....))).))))))).....((((........)))).))))))......))))...))))))))...))))).)))))..))......)))))).)))))....)).))))..((((((((((((((......((((.((........(((...(((......))))))..)).))))....))))..........))))))))))...............(((......))).(((((((.((......((((..((.(((.(((....)))..))).)).))))......)))))).))).....))))....)))))))))))).(((....)))...((((.....))))....)))))...........(((((((((((............))))).))))))))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((..(((((.(({{{(((((.((...)).))))).}}...(((((((((((((.(.((.{..(((.(((((((..,.......|{(((((((.{((((.(((((((((,((,(((((((.((((((((((((,.,((((((.......))))))}...(((.(((((.....))).))..)))((((...((((((..(((((.((.((.((((((.{(((..((((.....))))..)))).{({....,,.)))))))).))..)).))))))))))).)))).....(((((((.....(((((((((,{((((((((((((((((.{((,{(((.......{(((({..{((,,....|{...{|{{.{(,,,..,)).)}))...})...,)),.}.}))))},.,,)}}.,})),)),,,.}))))..)))))))))),})))))).....)))})}))...)))).....))))))))))).))).))).((((((((((((((...((.(((((..{.(((.({,((.((((.((((((((({....}))).))))))..)))))))).))).,.))))))))))))))))))))).)))))))))))))|(((((((((.(((((((((..(((((((((....)))))))))(((((....))))),((((((,...,||.}}}}|{|||{.,,{....,||,.........)))}||||||||,}},})),,.....)))))))},).))).))))))}....((((....))))...........))))))))...(((((((...))))))).))))))))))..}.)).).)))).(((((((.((.(((((((,((.((..((((((((((..(((.((,..{{{((((((..((((((((((..({,{{{.....{{,((((..((((,,(((.{.{.((.(((.,.,...(((((......{{(,..,...)}}(((((......)))))))))),|.,.))).})}}.)))))))).)))))))||||)))))))))).)))))),)}}}|||||..{{(({((({,,....,,,..,|||....,,}))))}))))),))|||,|||,,...)}}..)))))..))))).))))).)).)).(((((((.......)))))))....},))))))).))..))))))).))).))))))))))))))....)))))((((((.(((..(((((((.......))))))).))).))))))..{.(((((((.,.{{.(((((((((.((.((((.((((((((((((....))))).((((((.......((((.((((((((((((........(((((..{.((((((({...}))))))),|({(..((((((((((((...(((......)))...{{{,,|||||((.(({......})).))(({..{{{,||||,,...)))))}}.,}}|{|||...,,..,....,........,.|(((((((((((....,.......,{{{({...(((....)))...)))),{{..((((((((....((({...))))..))))))))..)}(((((((((({,((((...(((......))).....).))))))))..))))))(((((.(((((.,....}.)))))))))){((((...{{...((,{((((...)))))))}}..,))))).})))))))))))))))))))))).)))........(((((....)))))..)))))))))).)))))))}))),....)))).))))))))).)))))).)))))))))...}}.,.))))))).}...((((((((.(({{,((((((((....(((....)))..)))))))).,,,.,{{{,....,,)}.,.}).))))))))........(((({,((((((((..(((({..,(((((((((...{{(,.....))}.....))))).))))|((((((((((((.(((.((((...............((((((.........)))))).....{((((...))))}........({{{{.{(.....}}.)).))).....(((({((((((....))))))..}))))..{((((((....((((......))))))))))}||..,,))},.{(.((((((((.(((((((((.((((((..((((...,{{.......},,..))))....)))))).((((....)))).))))))))).)))))))).)))))).)))....))))).)))))))}...,,.{((((((((.(((....{(((,(((({.{((((..,,(((((.{(.({......{{,,,,.}|.,|,,.}),}}.})))))))}},||((((((,,,(({{{{,|||,,,,}}))}...(((((((((...........({((,|{{{.....))))...)}}}}}||||))},)))))}.}}}}}}.,,.......(((((.........)))))........((((.((....(({{{(.((((((.....((..(((((...(((((((((((((.{((,.,(((((,.,...({((((,((({.((((((.....))))))((((((.(((.(((((((((.............(((((((((((....{{({,.,....,.{{{{,......}}|}|...(((,....}}}{{(({...,,,|,},|(((.(((.(((((((((((((((((((((......)))))},(((((((......)))))))}......,|,((((.(({...}}})))}.))))))).....))))))))).))))))}..,|||,{{......)))))),.,...)))))}}))))))))),,))))...)))...))))))....,||,}}}},,......,|||........,)))}))))),....}})))}.},)))))))),..})))).)))))..)}......)))))).)))))....)).))))..((((((((((((((......((((.{{........((({,,{,,......))))))..}}.))))....))))..........))))))))))........{{{,....||},....,,|{(((.....,,}}}}}.{{{,.,{,,{{|,|{{,,,,)}}..}}}.}}}}},,,}}},,)}}}}}.,||,,...})))....)))))))))))),{{,....,||,.|(((({,{..,}}}.,)}))))),,,|......}|||{({{{{{{..........,.}}))),))))},))))))))))))).....
Back