Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006587.4
Sequence Length
4967 nt
GC Content
0.4333
AGUUUGUCUCUCUUGAGCUUGGAGAAAAUCAUCCGUAGUGCCUCCCCGGGGGACACGUAGAGGAGAGAAAAGCGACCAAGAUAAAAGUGGACAGAAGAAUAAGCGAGACUUUUUAUCCAUGAAACAGUCUCCUGCCCUCGCUCCGGAAGAGCGCUGCCGCAGAGCCGGGUCCCCAAAGCCGGUCUUGAGAGCUGAUGACAAUAACAUGGGCAAUGGCUGCUCUCAGAAGCUGGCGACUGCUAACCUCCUCCGGUUCCUAUUGCUGGUCCUGAUUCCAUGUAUCUGUGCUCUCGUUCUCUUGCUGGUGAUCCUGCUUUCCUAUGUUGGAACAUUACAAAAGGUCUAUUUUAAAUCAAAUGGGAGUGAACCUUUGGUCACUGAUGGUGAAAUCCAAGGGUCCGAUGUUAUUCUUACAAAUACAAUUUAUAACCAGAGCACUGUGGUGUCUACUGCACAUCCCGACCAACACGUUCCAGCCUGGACUACGGAUGCUUCUCUCCCAGGGGACCAAAGUCACAGGAAUACAAGUGCCUGUAUGAACAUCACCCACAGCCAGUGUCAGAUGCUGCCCUACCACGCCACGCUGACACCUCUCCUCUCAGUUGUCAGAAACAUGGAAAUGGAAAAGUUCCUCAAGUUUUUCACAUAUCUCCAUCGCCUCAGUUGCUAUCAACAUAUCAUGCUGUUUGGCUGUACCCUCGCCUUCCCUGAGUGCAUCAUUGAUGGCGAUGACAGUCAUGGACUCCUGCCCUGUAGGUCCUUCUGUGAGGCUGCAAAAGAAGGCUGUGAAUCAGUCCUGGGGAUGGUGAAUUACUCCUGGCCGGAUUUCCUCAGAUGCUCCCAGUUUAGAAACCAAACUGAAAGCAGCAAUGUCAGCAGAAUUUGCUUCUCACCUCAGCAGGAAAACGGAAAGCAAUUGCUCUGUGGAAGGGGUGAGAACUUUCUGUGUGCCAGUGGAAUCUGCAUCCCCGGGAAACUGCAAUGUAAUGGCUACAACGACUGUGACGACUGGAGUGACGAGGCUCAUUGCAACUGCAGCGAGAAUCUGUUUCACUGUCACACAGGCAAGUGCCUUAAUUACAGCCUUGUGUGUGAUGGAUAUGAUGACUGUGGGGAUUUGAGUGAUGAGCAAAACUGUGAUUGCAAUCCCACAACAGAGCAUCGCUGCGGGGACGGGCGCUGCAUCGCCAUGGAGUGGGUGUGUGAUGGUGACCACGACUGUGUGGAUAAGUCUGACGAGGUCAACUGCUCCUGUCACAGCCAGGGUCUGGUGGAAUGCAGAAAUGGACAAUGUAUCCCCAGCACGUUUCAAUGUGAUGGUGACGAGGACUGCAAGGAUGGGAGUGAUGAGGAGAACUGCAGCGUCAUUCAGACUUCAUGUCAAGAAGGAGACCAAAGAUGCCUCUACAAUCCCUGCCUUGAUUCAUGUGGUGGUAGCUCUCUCUGUGACCCGAACAACAGUCUGAAUAACUGUAGUCAAUGUGAACCAAUUACAUUGGAACUCUGCAUGAAUUUGCCCUACAACAGUACAAGUUAUCCAAAUUAUUUUGGCCACAGGACUCAAAAGGAAGCAUCCAUCAGCUGGGAGUCUUCUCUUUUCCCUGCACUUGUUCAAACCAACUGUUAUAAAUACCUCAUGUUCUUUUCUUGCACCAUUUUGGUACCAAAAUGUGAUGUGAAUACAGGCGAGCAUAUCCCUCCUUGCAGGGCAUUGUGUGAACACUCUAAAGAACGCUGUGAGUCUGUUCUUGGGAUUGUGGGCCUACAGUGGCCUGAAGACACAGAUUGCAGUCAAUUUCCAGAGGAAAAUUCAGACAAUCAAACCUGCCUGAUGCCUGAUGAAUAUGUGGAAGAAUGCUCACCUAGUCAUUUCAAGUGCCGCUCAGGACAGUGUGUUCUGGCUUCCAGAAGAUGUGAUGGCCAGGCCGACUGUGACGAUGACAGUGAUGAGGAAAACUGUGGUUGUAAAGAGAGAGAUCUUUGGGAAUGUCCAUCCAAUAAACAAUGUUUGAAGCACACAGUGAUCUGCGAUGGGUUCCCAGACUGCCCUGAUUACAUGGACGAGAAAAACUGCUCAUUUUGCCAAGAUGAUGAGCUGGAAUGUGCAAACCAUGCGUGUGUGUCACGUGACCUGUGGUGUGAUGGUGAAGCCGACUGCUCAGACAGUUCAGAUGAAUGGGACUGUGUGACCCUCUCUAUAAAUGUGAACUCCUCUUCCUUUCUGAUGGUUCACAGAGCUGCCACAGAACACCAUGUGUGUGCAGAUGGCUGGCAGGAGAUAUUGAGUCAGCUGGCCUGCAAGCAGAUGGGUUUAGGAGAACCAUCUGUGACCAAAUUGAUACAGGAACAGGAGAAAGAGCCGCGGUGGCUGACAUUACACUCCAACUGGGAGAGCCUCAAUGGGACCACUUUACAUGAACUUCUAGUAAAUGGGCAGUCUUGUGAGAGCAGAAGUAAAAUUUCUCUUCUGUGUACUAAACAAGACUGUGGGCGCCGCCCUGCUGCCCGAAUGAACAAAAGGAUCCUUGGAGGUCGGACGAGUCGCCCUGGAAGGUGGCCAUGGCAGUGUUCUCUGCAGAGUGAACCCAGUGGACAUAUCUGUGGCUGUGUCCUCAUUGCCAAGAAGUGGGUUCUGACAGUUGCCCACUGCUUCGAGGGGAGAGAGAAUGCUGCAGUUUGGAAAGUGGUGCUUGGCAUCAACAAUCUAGACCAUCCAUCAGUGUUCAUGCAGACACGCUUUGUGAAGACCAUCAUCCUGCAUCCCCGCUACAGUCGAGCAGUGGUGGACUAUGACAUCAGCAUCGUUGAGCUGAGUGAAGACAUCAGUGAGACUGGCUACGUCCGGCCUGUCUGCUUGCCCAACCCGGAGCAGUGGCUAGAGCCUGACACGUACUGCUAUAUCACAGGCUGGGGCCACAUGGGCAAUAAAAUGCCAUUUAAGCUGCAAGAGGGAGAGGUCCGCAUUAUUUCUCUGGAACAUUGUCAGUCCUACUUUGACAUGAAGACCAUCACCACUCGGAUGAUAUGUGCUGGCUAUGAGUCUGGCACAGUUGAUUCAUGCAUGGGUGACAGCGGUGGGCCUCUUGUUUGUGAGAAGCCUGGAGGACGGUGGACAUUAUUUGGAUUAACUUCAUGGGGCUCCGUCUGCUUUUCCAAAGUCCUGGGGCCUGGCGUUUAUAGUAAUGUGUCAUAUUUCGUCGAAUGGAUUAAAAGACAGAUUUACAUCCAGACCUUUCUCCUAAACUAAUUAUAAGGAUGAUCAGAGACUUUUGCCAGCUACACUAAAAGAAAAUGGCCUUCUUGACUGUGAAGAGCUGCCUGCAGAGAGCUGUACAGAAGCACUUUUCAUGGACAGAAAUGCUCAAUCGUGCACUGCAAAUUUGCAUGUUUGUUUUGGACUAAUUUUUUUCAAUUUAUUUUUUCACCUUCAUUUUUCUCUUAUUUCAAGUUCAAUGAAAGACUUUACAAAAGCAAACAAAGCAGACUUUGUCCUUUUGCCAGGCCUAACCAUGACUGCAGCACAAAAUUAUCGACUCUGGCGAGAUUUAAAAUCAGGUGCUACAGUAACAGGUUAUGGAAUGGUCUCUUUUAUCCUAUCACAAAAAAAGACAUAGAUAUUUAGGCUGAUUAAUUAUCUCUACCAGUUUUUGUUUCUCAAGCUCAGUGCAUAGUGGUAAAUUUCAGUGUUAACAUUGGAGACUUGCUUUUCUUUUUCUUUUUUUAUACCCCACAAUUCUUUUUUAUUACACUUCGAAUUUUAGGGUACACGAGCACAACGUGCAGGUUAGUUACAUAUGUAUACAUGUGCCAUGUUGGUGUGCUGAACCCAGUAACUCGUCAUUUGAUUUAUUAAAAGCCAAGAUAAUUUACAUGUUUAAAGUAUUUACUAUUACCCCCUUCUAAUGUUUGCAUAAUUCUGAGAACUGAUAAAAGACAGCAAUAAAAGACCAGUGUCAUCCAUUUAGGUAGCAAGACAUAUUGAAUGCAAAGUUCUUUAGAUAUCAAUAUUAACACUUGACAUUAUUGGACCCCCCAUUCUGGAUGUAUAUCAAGAUCAUAAUUUUAUAGAAGAGUCUCUAUAGAACUGUCCUCAUAGCUGGGUUUGUUCAGGAUAUAUGAGUUGGCUGAUUGAGACUGCAACAACUACAUCUAUAUUUAUGGGCAAUAUUUUGUUUUACUUAUGUGGCAAAGAACUGGAUAUUAAACUUUGCAAAAGAGAAUUUAGAUGAGAGAUGCAAUUUUUUAAAAAGAAAAUUAAUUUGCAUCCCUCGUUUAAUUAAAUUUAUUUUUCAGUUUUCUUGCGUUCAUCCAUACCAACAAAGUCAUAAAGAGCAUAUUUUAGAGCACAGUAAGACUUUGCAUGGAGUAAAACAUUUUGUAAUUUUCCUCAAAAGAUGUUUAAUAUCUGGUUUCUUCUCAUUGGUAAUUAAAAUUUUAGAAAUGAUUUUUAGCUCUAGGCCACUUUACGCAACUCAAUUUCUGAAGCAAUUAGUGGUAAAAAGUAUUUUUCCCCACUAAAAAACUUUAAAACACAAAUCUUCAUAUAUACUUAAUUUAAUUAGUCAGGCAUCCAUUUUGCCUUUUAAACAACUAGGAUUCCCUACUAACCUCCACCAGCAACCUGGACUGCCUCAGCAUUCCAAAUAGAUACUACCUGCAAUUUUAUACAUGUAUUUUUGUAUCUUUUCUGUGUGUAAACAUAGUUGAAAUUCAAAAAGUUGUAGCAAUUUCUAUACUAUUCAUCUCCUGUCCUUCAGUUUGUAUAAACCUAAGGAGAGUGUGAAAUCCAGCAACUGAAUUGUGGUCACGAUUGUAUGAAAGUUCAAGAACAUAUGUCAGUUUUGUUACAGUUGUAGCUACAUACUCAAUGUAUCAACUUUUAGCCUGCUCAACUUAGGCUCAGUGAAAUAUAUAUAUUAUACUUAUUUUAAAUAAUUCUUAAUACAAAUAAAAUGGUAAUGGUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1450.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1546.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 1234.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((((((..((..(((........)))...(((((((....)))).)))))..)))))))).))))(((((........(.((((((....(((((((((((((((((....))))).))))))((((...(((((.....))))).....)))).((((((.(((((..((((((.((((((((................(((....)))))))))))..))))))........(((((((((((((((((((((((.((.....(((((((((.((((.((((.((((((((((((((.(((.((........)).))).)))))..((((((.((((((..........)))))).))))))((.((((((((((((..(((((((((((..((((((((......................((((((((((((.(...(((.((..............))..)))...).))))))).)))))(((((((((.(((.......((((((........(((((((((..(((((((.((((.(((.(.(..((((((((((..((.......(((((..(((((((((.(((((((((.(...(((((.(((((((((((.....)))))))).)))...))))).((((((((((....)))).............(((((((....(((((.((..(((.....)))..)).)))))..))))))).(((..(((((...)))))))).....))))))..........((((((..((((((((((((((((..((.((.((.(((((((((..........((((..((((((.......))))))..))))((((..((....))..))))((((((((((.........(((((..((....)))))))....))))))))))...))))...))))).))))))..)))))))))))..)))..))...))))))........).)))))))))))).)).)))).)))..))..(((((((((...((((((.(((.((((((((.(((((.((..........))))))).))))..........)))).)))((((((...(((((..(((....))).)))))))))))..))))))...)))))))))))..)))))..))))).....).).))).)))).......((((..(.(((((.(((..(((.((((...)))))))..)))...))))).)..))))(((.(((.((((...........)))))))))).(((((....))))).(((((.(.((((.((((((((.(((((..((((((...(((((((....(((((((((((..(((((((.((((.(......((((.((((((((........)))...))))).))))))))).))).))))..)).....)))))))))..)))))))((((((((.....)))))))).......(((......))).....((((((((((((...(((((....)))))...((((....((((((((((.((((.....)))).).)))).))))).)))).))))))........)))))).......)))))).)))))))))))))...)))).))))))....)))))))..))))))))).((((((.(((((.(((((((((((((.((((..((((..(((..(((((.(((((((((((.......((((((......)))))))))).))))))))))))...)))..)))).....)))).)))))........(((((.(((((((((.((.((((........)))).)).)))))...)).))...)))))(((((..((.((((((((((.....)).)).))))))))..))))).(((((.(((((..........))))).)))))...((((....))))(((((((..(((((((....((..(((.......)))..))....)).))))))))))))....))))))....)).)))...........(((((((.(......).))))))).)).)))))).......(((((.....)))))..))))))((((((((....((((.((((((((.(((((((.........))))))).)))...................(((((.(((((.((...((((.((((((....((...((((.((((.(((.(((((.((((((((..((....))..))))))))..))))).))).)))))))).)).......))))))))))....))...))))).)))))........)))))))))..)))))))))))..)))))))))((.....))..(((.(((((..((...))..))))))))((((((((((.((.(((((((..........)))))))...))..))))))))))((((((......)).))))))))).)))...)))))))))))..))).....((((((......))))))....((((((((((((((((((((..((....)).))).)))))(((.(((....))).)))....(((((((..........))))))).((((....)))))))))))))))).(((((((...((((((...))))))....)))))))...))))))))).))..(((((((.(((.(((.(((.((((((..((((.((..(......)..)))))))))))).)).).)))..)))...(((..(((((((....)).)))))..))).((((......))))))))))).(((((.....)).)))((((((..((((((....(((....)))....))))))..))))))...((((......)))).........))))))))).))))..)))).........(((.....((((((.......))))))......))).........((((.(..((((((((((...)))).))))))..).))))))))))))).)))))))))))).(((........))).)))).)))))).)))((((....((((((........((((....)))).......))))))))))))))))))))))))))).......((((...(((.(((.....))).))).))))(((.((((((((((......((((............))))..((((((((.((((((..(((((.(((((.(...(((((((((((....((((((((.(((((((((....)))..)))..)))))))))))(((((((..((((...........((((....))))((((((((((....(((..(((((((....((((..........................))))....)))))))..)))..)))))))))).))))...)))))))....((((..(((((((...((((.(((((...........(((....)))............))))).))))....))))).))..)))).(((((((((.....(((((((.......(((((.((((.....)))).))))).......)))))))((((((......(((((((((((((((((((((((....)))))))..(((((((((...............(((((...(((((................)))))...))))).(((((..(((((((((.((....(((....)))...)).)).)))))))...(((((....))))).))))).............))))).))))....................)))))))))))...............))))).....))))))..))))))))).........))))..)).))))).).))))))))))..............)))))).))))).))).((((.........))))......(((.....))).)))))))))).)))..........(((((((((......))))))))))))))).)...(((((((((((((((((....((((((((((....(((.(((............((((((....((((((....)))))).....))))))..((((((((((((((((((...(((..((((((((((((((((.(((((((((((((....))))))).....)))))).)))))))))................))))))))))(((..(((((.....(((((((.((....((..........))....)).))))))).)))))....))).(((((..........)))))...))))))))))))).))))).(((((..(((........)))..)))))....))))))..))))).........)))))..))))).)))))(((((((..((((....))))..)))))))..............................................(((((.......)))))..........((((....))))...................((((.(((....))).)))).(((((......(((((((((((((((........))))).....((((((....))))))((((...)))))))))))))).....)))))....(((((...((.(((((..((((....))))..))))).)).))))))))))))...(((..((((((.((((((((((((((.(.((........))..).))))).))))))))).))))))...)))((((((..(((...((((((.......)))))).)))...))))))......((((.((((((..................)))))))))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((((((((..((.{(((........)))|..(((((((....)))),)))))..)))))))).))))(((({.,{,{{{{({((({{({,{{{.{(({(((((((((({....})))).))))))|{{(((,,(((((((..{.({(..((.((((.((((((.,.....((((((((((....(((((((......,((((({(,.,,{{|||{.((((..{{{(((((,,{,.,(((,,,...||}|,|{.|||}||||,||||..|||}||,,,{{{(({{..|{{{.,.(({(((((.{{{,((.{(((...||.))),....,,.,{(((({{{(((,........,|}}}|||.||||||({,(((({{{{||||..{||||||||{{..((((((({.....................,(((((({((({{|{|,.|||,||.,,,,,.......,||{{||},.|}}}}}}))).))}}}(((((((((.(({.......((((((........{((((((((..(((((((((((..(((.((,,.((((({((((..((..,,...{{(((..(((((((((.(((((((((.{...(((((.(((((((({{{.....},)))))).)))...))))).{{{{((((((....,}||{,....,,,.{{,(((((((....(((((.((..(((.....)))..)).))))).,))))))).{({..(((((...)))))}}|,,{,.|}}}}}..|,..,,,,||(((,....|||(((((((((((..(,{((.((.((((({((....}}.,.,.{(((..((((((.{....,))))))..)))}((((..((....))..)))){(((((((((.,{,,....{{{(,.,((....)))))))....)))))))))}...)))),}.))))).))))))..))))))))))}.,)})},,}},.}))}},.....,,,),)))))))))))).)).)))).))}..)}..(((((((((...(((((,{({((((((((({.(((((.((..........)))))))}))))})))...,},....{(((((((((..{((,((.,{,,....))).))),}))))))))))))))...)))))))))))..))))}..))))),.},))).))))))}||,|,,...{{(({{{.{{{{|,||{..{||,{{||...)))},||..|||{{{||||,..,{,|||(((.((,,((((...........))))))))))}{||,|,...,)))),|||{}}{,|||,.((((((((.(((({..((((((...(((((((....(((((((((((..(((({{{.((((,.......((((.((((((((........)))...))))).)))),))))}))).))))..)).....)))))))))..)))))))((((((((.....)))))))).......(((......)))..,,.((((((((((((...(((((....)))))...((((....((((((((({.(((,.....,})),}.)))).))))).)))).))))))........)))))).,.....)))))).)))),)))))))).{{|||||.,,,))}}}})})))))..))))))))}.(((((({({(((.(((((((((((((.((((..((((..{({..(((((.(((((((((((.,.....{(((((......)))))})))).))))))))))))...}))..)))).....)))).)))),........(((((.(((((((((.{(.((((........)))).)}.)))))...)).))...)))))(((((..(,{(((((({(((.....)).)}.))))))))..))))).(((((.(((((..........))))).)))))..{(({,....)))}{((((({.,(((((((....{(..(((.,,...,)}),,))....)).)))))))))))}...}))))))....)).))).,.,.......(((((((.{......}.))))))).)),)))))).......(((((.....))))),.))))))((((((((....((((,{(((((((.(((((((,......,.))))))).)))...,{,,.......,.,,.(((((.(((((.((...((({{((((((....({.,.((((.((((.(((.(((((.((((((((..((....))..))))))))..))))).))).)))))))).)}.,.....))))))))))....))...))))).)))))...,,,..)))))))))..)))))))))))..))))))))){{.....))).(((.(((((..{,...,}..))))))))((((((((((.{{.(((((((..........)))))))...}}..))))))))))((((({......)).)))))}}},,,))..,)))}))}}))),,)}},.,,.||||||,,....))))))},,.((((((((((((((((({((..((....)).}}}.)))))(((.(((....))).)))....(((((((.,.....,..))))))).((((....)))))))))))))))).(((((((..{((((((...)))))).}..)))))))...}}}}}}))),||{,||||.{{,,...,||},,{.{{{{|{..||||,|{..{,,....}..)))))))))))).}}.,}}}}|||||,.....}}))|))}}..,,})))))))))))))))))..})))))))))),.)).})),}...))))))).((((((..((((((....(({....}}}....))))))..))))))..,||||......||||,,,...{{,{,,,|||||{||||||||}.||,,,,.,.|||..{{,{(((((.......))))))}}.,,,|||({(((.,..({(({(..((((((((((...))}),))))))..}.}}))}}.}.,|))})},{(((.((((((((...((((.(((((((.(((((..(.(((((..,,{.......,},.))))).)..)))))...))))))))))).....)))))))).)))}....|||||,((({.,.{((,(({...,,}}|.}}|.)))},||,||{{||||||,}}}}|||{{............||||{|{,,((((({{{{{{({{{{{,{.{,,,,.{...,||{|{((({{{.{{((((((((.((({(((((....)))},,}}..)))))))))))||,||||,.{((,.....,.}||.,(((,,,,|||,{(((((((((,,..{{{..{{{{{{{.,..|||,..........................}))}..,,)))))))..}},|,}}))}}}})},|))),,,))))),},,,,|{((..(((((((.,,((((.(((((...,,,...{{(((....))).,}...,,,...))))).))))..,,))))).))..)))),|||{|||||,,...(((((((.......(((((.((((.....)))).))))).......))))))),{{{{,.{....||{{{{|||||||,,{(((((((....))))))},.,{{||||||,,,,.,,,.,,,,,,{((((.,.(((((................))))).,.))))},((((((,{(({({(((,((,,{,{{(,,,,|}}..})),)).,}}}||||||(((((....))))}.,}}||,...,||......}}}}},,}}},,,,,,|,.,||,,,,,,||}}}}}}}}}}}........,,,,|,,}}}}}....|})}}}},,}}}}}}}}},},,......}||,,|,,})),,.|,|}}}}}|}}},,,...,.,||,,|}}}}}},})}}},}}}.||||,,,......}}}}.,}},.{{{.....}}}.}}})))))}}.}}}..{,..,,,.(((((((((......))))))))).)))}|}},..((((({{{(((((((((,{{,((((((({{{,...{{{.,,|,..,,,,,.|,,{|||,,,..}}||||{....|||},{{{{{.||(|{{..{(((((((((((((((((..{(({..((((((((((((((((.(((((((((((((....,})))),....})))))).))))))))}...............,))))))))))|,...{((({.....(((((((.((..,.((.,........)).,..)).))))))).}))))....,||.,{{{|..........,,,}}}}.))))))))))))))))})),||||,}}|||..,,,,,,|||{,|||||...,,,||},.,|}}},},....,}})}))),}))))))}}},.(((((((..((((....))))..)))))))........................................,,||,.(((((,,,...,||}}}..........((((....))))............,}},...||||.|||,...))).}))}.(((((......(((((((((((((((........))))).....((((((....)))))),{||...,}},)))))))))).....)))))....{((((...((.(((((..((((....))))..))))).)).)))))}}}}}|}..,||{..((((((.((((((((({((((.,.{{........}}..}.))))}.))))))))).)))))},,,,,,,|||||..{{{...{((((|.......)))))),}))},,|||},,.,,,},||,,{{({{{,............,.....}}}}})))),.))))),..
Back