Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006651.4
Sequence Length
2112 nt
GC Content
0.6714
AGCCGCCGCCGCAGCUCACCGGGCGCCACAUGGACCCAGCCGGCCCGAGCGCGCCCCGCCGCUGACCGCCCGCGCCCCGGGAAGGAAGAACACUCGCUCCCGGCCAUACUUGCGUGUGAGUUCUGACCCCUGGAGGAGCCACUGUGGAAGCAGAGCAAUCGCCAUGGAGUUUGUGAUGAAGCAGGCUCUAGGAGGGGCCACCAAGGACAUGGGGAAGAUGCUGGGGGGUGACGAGGAGAAGGACCCAGACGCCGCCAAGAAGGAGGAGGAGCGGCAGGAGGCGCUGCGCCAGGCGGAGGAGGAGCGCAAGGCCAAGUACGCCAAGAUGGAGGCGGAGCGCGAGGCCGUGCGCCAGGGCAUCCGAGACAAGUACGGCAUCAAGAAGAAGGAGGAGCGCGAGGCCGAGGCCCAGGCCGCCAUGGAGGCCAACUCCGAGGGGAGCUUGACGCGGCCCAAGAAGGCCAUCCCGCCGGGCUGCGGGGACGAGGUGGAGGAGGAGGACGAGAGCAUCCUGGACACCGUCAUCAAGUACCUGCCCGGGCCGCUGCAGGACAUGCUCAAGAAGUAGCCGCGCGCGGGACAGCGGCCCCGCGGAGCCCCCGCCCCUCCCCCUACAGAUCCUCCGCGGAGGCCCCUGAGGGACGAGCAGAGCGCAGCCCCCACGCCGAUAUAAGCCAUAGCCCCAGGCCCGCCCUGCCCGCGCCCGCCGCCUCCCUCACCCGGCAAGGGGCGCGCGCCCCCAGGACCCCCCCAGUCCGCCCCGUGCUCCUCUGCCCGCGGGUGGCUGGAGCCCCAUCGCCUGGGACGCCCCUUUCUCUUGCUGUUUACCGCCCACCCAGCAGCGCCCGAGGCCAGGGCCGCCGAAGGGCAGCCCCGCGACCACCCCUGUGCGCGCGUUCGCGGCGGUGGGCGCCUGUCGGGCCCGCACUCAGGAGCACAGCCAUAGCAGACGGGGGGCUGCGGGCGGGGCGAGGGCGGCGGGGCCUGGGUCCCCCUCCUGCACGCGGACUCCGGGGUUCGGAUCGCUCCGCCGUGAGUAUUUGCGUCCGCACGCGGCCGCUCUCCGCCCCCCGGCCUGGCCCCCUCGCGCCCCUGUCCAUCCGUCUCUGUCCGCGUCCUUUCCUCUCCUCUCUGGAAGGUUUUGCUUCUUACGAACGCCACGGCCGUGUUCACUUCUAAACUAAAGGAAACAAAGCAAUAGGUUUGGGGGACGCCCAGCCCCCACCCCCGUCACCCCGCUCUUCCCAAGUCCUCGCCCCCCGCCCGGCCUCCUAGCCUCUCCGCCCACGCGGCUGCUGCUUCUCCCUGGGGAGGACCCCUGCCCUCGGCCAUUGAACACUGCACCCUCCACAGGAGCCGCAGAGGCCCGAGGCACCGGACGCUGGAGACCCUGCGCCCCUGCCCAGCACCUCCUCCGUGGGCAGCUCCUCGGGUGGGGCCUGCGGGGUUCCCUGCGCGCAGCUGGCGCGUGUGUGGCCUAAUCCACCUGGUGGCCCUGCGGGGCGGCAUCCGAGCCCCUGUUUCUCCUCCAUUCAUGUUUAAUUUGCAUCACAAUUUGUUGAAUCUCAGGUAAAUGAGGUCUUUGCAUUUAAUGAGUUUUAUCUUGACAGGCGCCGCCUCGCCCCCGGGCCCUUUCGUCCACAUCAAAAAUGCAUCAAGUCUCCACGUGUUUCGGGCCAGGGCGUGGCUUGGCAUUGACCUUCAUGACCUUACAUAGCUUUAGAGAAGCCAUAACGUUAGACUGCAAUACUAACGACCGACGCCCCUCCGGGCAGAGACCACCGCGCCCCUCUGCGCCCCAGCGACGCGGCCCGCGGGGACGUCGCUGUCCGUCCUGCUCGCCCUGUGCCCUCUCACUGACUUCUCCCGGGUCGUGUCUUUUAAAAACUCCUGUUUUCACACCUUACAAAGCCAGCUCUGAGCAGACAGGGCGUCCUCUCGUAGAACCUGCGCACCCCGUUCCCAGCGCAUGGCGCCCCGGGCCGCGAGCUUAGCUUAGACCGUGGUGUCCUCUGUCCGUCUGUCCUGCGCCUGCGCCUCCUCCUGCAUGUCGGGGCCCCUGCGUGUGUUCUCUCCGGAUGGAAUCACAGCCAAUAAACACCAGUGAUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-927.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -962.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 613.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.((.(((((.....((((((..(.(((.((.....)).))).).))))))....)))).).))..)))..((((...(((.((((((.(((.......(((((....))))).((((((.(..(((.((......)).)))..))))))).....((.((((((((((......))))))))))))(((((((.((...((((((((((.((.(((((((((((.((.(((((((....(((..(((((......(..((.((((.((((((((((...(((...(((((((((((((((((((((((((.((((...((((((((((((....((.(((((((....((....)).......))))))).))........(((((.((((((((((.(((((((((((.((.(((((.....))))).)).).)))))..(((((((.....(((......))))))))))((((....((((((((....((.((.((((((((.((((..................(((((((((((((((((..((((.....))))((.....))(((((...((((((((...((((.((((((.((((((.(((..((((....))))...)))))))..........((((((((((.((.(..(((..((....((((.((((..((((.((..((((((((((((..........(((...(((((((((..((((((.....(((((.((((((((.((......)).)).)))))))))).)........)))))).)))..........(((((.............)))))))))))...))).((((.(((....))).))))((((..(((....)))..)))).....))))))))))))..)).))))..)).))..)).))...)).)))...).)))))))))))))).)))))).)))).))))))))...)))))..))))))).)))).).))))))))))))).))))))))..........(((.(((....))).))))))))))))))))))))))))...)))))).))..))).)))))))))))).)))).))).....(((.....))).)))))))).......((((((.......))))))..((((........))))...........((..((((((.(.....)))))))..)).........))))))))....)))..)))...)))...))))))).))).)))).))..))))))..))))))))))..((((....)))).(((...)))..........)))))))))))((((.((.(((((((((((((((((.(((.(((((.(((((((((((((.(((((((..(.((.....)))..)))....)))))))))..)))))))).)).((((((.....))))))((((((.........(((((.((....((((((((((.........((((((........((((((........(((((((........)))((((((......))))))...))))....))))))........)))))).))))))))))))))))).........)))))).............))).)))..)))))))))))).(((((((((((((.((((.(..((.((((.(((....(((((...)))))..))).))))))..))))).)))).).)).))))))...(((((((((..(((((((....((((.((...(((..(((((((((.(((..((((((((..((...(((.((((((((...(((...(((.(((.....((((.(((.......(((((....))))))))))))....))).)))....)))...)))))))).......((((...)))))))...))....))))).)))...)))))))))))).)))..)).)))).)))))))..))))))))))))))...)).)))).)).)).)))).)))))))))))))))))).))))))))))))).(((((((((...............)))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(,{((.((.(((((...,.((((((..,.(((.((.....)).))).}.)))))).}..)))).).))..)))}.((((,..(({{((((((.(((....((((((((....))))).,,,(((((....(((((((,,.,{((((..((((.(({...,|..((((((((((......))))))))))((((((((.....(((((.({(((((((.((.{.(((((((((((((({{(((...,(((((,(,...{,.(((((.(((,.((((((.(((((.({({{,(((((,((.(((({((..((((..(,{({(...,,{{(.(((((((,({{{,(((((({{{,.(({,..}|..,....}||||||.||........,,,((|((({{,{{{{|.{|||((((((.((.(((((.....))))).)).).))))).{(((((((.....(((......))))))))))|(((,(,.(((({{(({({((((,.....,.}})),,.,.}},}},}}..}}.}}},{{{{((((((((({(({..{{{{,.....}}}||,|,|,||(((({...((((((((...((((.((((((.((((((.(((..((((....))))...)))))))..........((((((((((.((,{..{{{..((....(({({((((..((((.((..((((((((((((.,......,.{{{..|((((((((({.{{((((......((((.((((((((.((......)).)).)))))))))).}.......{||||||.|||..........(((((.............))))))))))).,})),.((((.(((....))).)))){{{{..{{{.,,,)}),})))),..,.))))))))))))..)).))))..)).))..)).))...)).,}}...).)))))))))))))).)))))).)))).)))))))).,,)))))}}))))}))}}))}.)})}}})|})))}..))))))))),}},}}.}},}}))}}}}})}})))))).))))}))}})})))))))),,,}}}))))))))))),.))).))))),)),)))))...)))))))))}...|{{{{,....,)}}}}...{{{{((....,,.}||||}.,((,,......,})}}),},..}}....((..((((((.{.....}))))))..}}.))))))))))))))))),.))))).|||{{{||(..((||.||,.|,,.,.||((|{{{|||||.{||||||||||..{,|||||,,{|,{{{||{{{{{{........{{||..,||||.,,)|}|,.||||.|||||||||||,.||,{((,((.(((((((((((((.(((((((..({({.....)))..)))....)))))))))..)))))))).)).|||{||}}}.,))))))|||{||,........,,,||.||||..||||||,|||....,.((.((((((........((((((...,{{..((((,{{{,...,},,}}((((((......))))))...)))).}}}))))))........)))))).)))|||,|||||,.,||||{....|.,}||,,.......,.....,}}.,,,..)))}}}}))))).||}}),})},,(({({{(,...|}}||.}},,.....(((((...)))))..,..((((((.........))))))......)))))))|((((((((..(((((((....((((.((...(((..(((((((((.(((({((,,,,,{..}|,,,,(,.((((((((...(((..,(((.(((.....((((.(((.......(((((....))))))))))))....))).)))....)))...))))))))..,....|{||..,|||||{.....,......)))}).)),,)))))))))))).)))..)).)))).)))))))..))))))))},.))).)))).,)))}).))))))).....)))))))))...))).))))))))))))).{((((((((...............))))))))}
Back