Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006888.6
Sequence Length
4203 nt
GC Content
0.4325
GGCAGUGGUGCUGGGAGUGUCGUGGACGCCGUGCCGUUACUCGUAGUCAGGCGGCGGCGCAGGCGGCGGCGGCGGCAUAGCGCACAGCGCGCCUUAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGCAUCGGAGGUACCCCCGCCGUCGCAGCCCCCGCGCUGGUGCAGCCACCCUCGCUCCCUCUGCUCUUCCUCCCUUCGCUCGCACCAUGGCUGAUCAGCUGACCGAAGAACAGAUUGCUGAAUUCAAGGAAGCCUUCUCCCUAUUUGAUAAAGAUGGCGAUGGCACCAUCACAACAAAGGAACUUGGAACUGUCAUGAGGUCACUGGGUCAGAACCCAACAGAAGCUGAAUUGCAGGAUAUGAUCAAUGAAGUGGAUGCUGAUGGUAAUGGCACCAUUGACUUCCCCGAAUUUUUGACUAUGAUGGCUAGAAAAAUGAAAGAUACAGAUAGUGAAGAAGAAAUCCGUGAGGCAUUCCGAGUCUUUGACAAGGAUGGCAAUGGUUAUAUCAGUGCAGCAGAACUACGUCACGUCAUGACAAACUUAGGAGAAAAACUAACAGAUGAAGAAGUAGAUGAAAUGAUCAGAGAAGCAGAUAUUGAUGGAGACGGACAAGUCAACUAUGAAGAAUUCGUACAGAUGAUGACUGCAAAAUGAAGACCUACUUUCAACUCCUUUUUCCCCCCUCUAGAAGAAUCAAAUUGAAUCUUUUACUUACCUCUUGCAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGUUCAUUUAUUCAUUCUGUUUCUAUAUAGCAAAACUGAAUGUCAAAAGUACCUUCUGUCCACACACACAAAAUCUGCAUGUAUUGGUUGGUGGUCCUGUCCCCUAAAGAUCAAGCUACACAUCAGUUUUACAAUAUAAAUACUUGUACUACCUUAAUGAUAAGGACUCCUUAAAGUUCCAUUUGCUAAUGAUUAAUACACUGUUUGGGCUGGCCAGUUUUUCAUGCAUGCAGCUUGACGAUUGAGCACAGUCAGGCCUUUGUAUUAAAAAUGAAAAAUGAAAAAACAAAUUCAAAACCUAUUCAAAUGGGUUCUAGUUCAAUUUGUUUAGUAUAAAUUGUCAUAGCUGGUUUACUGAAAACAAACACAUUUAAAAUUGGUUUACCUCAGGAUGACGUGCAGAAAAAUGGGUGAAGGAUAAACCGUUGAGACGUGGCCCCACUGGUAGGAUGGUCCUCUUGUACUUCGUGUGCUCCGACCCAUGGUGACGAUGACACACCCUGGUGGCAUGCCCGUGUAUGUUGGUUUAGCGUUGUCUGCAUUGUUCUAGAGUGAAACAGGUGUCAGGCUGUCACUGUUCACACAAAUUUUUAAUAAGAAACAUUUACCAAGGGAGCAUCUUUGGACUCUCUGUUUUUAAAACCUUCUGAACCAUGACUUGGAGCCGGCAGAGUAGGCUGUGGCUGUGGACUUCAGCACAACCAUCAACAUUGCUGUUCAAAGAAAUUACAGUUUACGUCCAUUCCAAGUUGUAAAUGCUAGUCUUUUUUUUUUUUUUUCCAAUAAAAAGACCAUUAACUUAAAGUGGUGUUAAAUGCUUUGUAAAGCUGAGAUCUAAAUGGGGACAAGGCAGGUGGAGGGGAGGCCAGUGUACAUGUAAAUGCCCACAGCCCAGCAUUGGGUUUCCCUCCCAAGGCCCCAGCACCAACCUCUGAGCCCAAGACCUUGCCUGAAAACAAGCAGAUACCGAUUGCUUCAUCCUAUUUAUGGACAUGUAGGUCUAGUUGCAUUUUCACUGGGGGGAGGGGGGAAGGUGAAUUAUGGUAACUUUUAAUGAUCUAUUCAGGCAGUAGAGCUCUUAAGGAAAAAAAAAAACCCACUUUCUCUCAAGCAUGUAUUUAGGGGUUGUUCUCAAUUGUGCUGCUGAUUACCUGUCUUAUGUAACUACUUGAGACCAUCUGCAAGAGACAUGAUUUAGUGUGUCUGUAAUUCAAUCUUCGCUGUGUGUGGUAGAAGCAGUAGUCACUUUUGUAAGCCAGUCUCUUCAUGCCUAAAAGACACUACCAGUCACCUUUGAUUCGCGACUUUUAAUUUAUGAUUAUACUUAGCCUCCUCCUCCUUUUUUUUUUUUUCCCAAGUUGACUUGACUUUGCUUUUUUCCCCCCAAGUAGAACUAAUGCUAGCUUCCAGCUUGAAAGUAAAACUCCAGUGUGGAGUGAAUUUUGUGUCUAAUUAUAAACCUGUAACCAAAACUCAGACAUCUGGUACUGGUCUUUGCAUUGAGAUUGGUCCCUGUAAAACCCCCUUUAAAAGCAUAUUGCAUUUAGUACAGAGCUCUUUUUUGAAAUGAAGGCUGGAGAUGUGCAUUUUUCACGGUGUUAACUGGUUGUAUCUUAUUAGCAAGGAGAUUGGGGUUUUGAGUGUUUGCGUGGGUGGUUUCAAUUUGCCAGGGAACAGUGGCAGGCUGCUAGCAAGGCAGUGAGAAGCUCUUGGCAGCCAAAUGGGUGCAUUCAGGGCUGAUUUAUAGAGACCCUUGGCUUCUCCUUCUCCUACUCCCUGUCUUUCUGGCAUUUUGUAGCUUGUUAGAUUUUCUGCCAGAGGGGUGGGUCAGAGCAGUGGAGGGGAGACAUCGCCCAUGUGCUUCUGCUACUGGUCCUUGGGCUGGGUGGUUGGUAGAGGAGAUGUUGACACUAUGAGCUAAGGGUUGGCUUUUGUAAUUACCUGAAUCUGAAAGGAAUGCCUAAGGUUACCUUGGGGUUUCUCUUCUGGUGAGAUAGGGUUCCUGGUUUGAGUAAGUUAAUGUCCUGGAUAUUUCUUGUGGCAGGGGGUGGUCAAAGAGCCUGAUUGCUGACCCAGUCUCAGGCCUGUGGUCGAUGACCUCUCGGUAGUUUCAAAGGGGGCUGGAGGGGGAUAUUUGACUUGUUUUUUCGAAAUGUAGCCUUCUAACCCUCAAGUCUUUAGAAGCUGGGUGGACUCUUAGUGGUCCUGCAGCGUAUCCUAAAAGACUACCUUUGAAACAGGAUUCUUGUAUGGCCAGGAUCCUGUCUGGGAACCAGAAACCCUACACCCUCCCCCUCCAGGGAAUGCUGAGUUCCAGUUUUGAGCAGAGGUGAGGCAGAAUCCACUGUAGCCUUCCGCCCUGGUAUUUGGGGGGAUGACCAGCCCAGGCGUUGGGUGUUAGUCUGCAUGAGUUUGUGAGAGGAAAUAGCUGGGUGUCCUGGCAGUGCCCUUGAAGUUGGUUAGGACCUUCCUGUAAACUCUUGCCCCUACUUCUAACUACUCUAUAAAUAUAUACAUAUAUUUAUAUAUAAAGUGAUUAGUUGAACUGGCAUCCUGCUUUAGCCUGAGACUUGCCAUAAGAAACUGCUGAGUACUUGGCAAACCCUUUCAUAGUUUUGUUCUCCAUCUGUUUGGGGUAGGUGUUGAGCGAGGCAAAUGGAUCUCGAUAUUUCAGAUGGGCUUUUGAUGCACUGUUGCCAAGGAAGGCUUUUUCUGAUUUUUUGACAAAUGAAUUUUUGCACACUUUCAUUGGUGUCUUUCGGCAACUUACACACAUUGAAAAUGAGCUAUUGUACAUAUUUUUAUAUUCUCUUUAUAAAUGCAUGUCUGAUUGUACUUGUAACAAUAUUGUAAUGAACGGCUGUGCAGUAGGCCCAGCGCUGCUGUGUCUCGUCAGAGGAAUAGCUUACCACGAACCCCUCAGCAUACUGGGAAUCUCUUCCUGAACAACGAAUGUAAAUUUGGUCAAGUCUACUCUUCCGUUCAUUCAAUUAUUUUAAGCAUUUGAAUUAUUUAUUGUAUAUCCUAAAUAUAUUUCUCCUUUGGCAGUGACUAGAUUUCCACUAAUGUGUCUUAAUCUAUCCCUCCAGCUGGCAGUUACUGUUUUUUUAAUCCCCUGAAGUUGUCCUGUAGGAGACAGAAAUUCUUUGCUGUCUGUAUCCCUUGGAGUAAGAAGGUAGUGGCAUGGGUGGAGUGUGUGUUCUUUCUCCAAAUCUAUUAUGAUGUUUAUUAAACACUUCUGUAGCAAAGAUGGUGGUAGUUCUUUUGUUACUGAAGUUGCCCUUCACCAUGGCUAUUUGAAAAGGAGAUGUACUUGGACGUUUCUGUAAAUCUUGAGAUAAACUGUUUGGAGAUUUAACCACCUCUCUGAUGGGGGACCAACUCUAUGGAAAUUGUAAAUACGUUUUAUUUAUAAACCUGGCACUGUAUUCAAUAAACAUUUCUGCAGCCUUUCAUCUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1217.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1300.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 1182.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((.(.(((.((((((((..((((.((.((((((((..(((..((((.((((.((.((..((((((((((.((....((((...))))(((((....((.((.((....)).)).))....))))).)).)))))))))).))))))))((((((.((((((.....((..........................))....)))))))))))))))))))..)))(((..(((...........)))..)))(((((((.((...(((((((.((((..(((((......(((((.(((((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((..(((..((((((.....))..))))..))).....))).)))...)))).))).)))))))......(((((.(((((..((...................)).))))).)))))...........))))))))))))))))......)))))....(((.((.(((((((((.((((((((...(((((((((........((((((((((..(((((.(((((.((((((....((.((((.((((.((((...((((((((...((((...((((((((((..(((((.(((.......)))....))))).(((....((((.(((((((((((((((..(((((((((.((((.((((.((((.(((...((((........))))...))).)))).)))))))))))).)))))..................(((((.(((....((((.(((((((..........((((((.(((...(((((((((((.(((((((...(((((..........(((((((((((((((((....)))))...(((((....)))))(((......)))..((((....)))).((((((((..((((((.((((((((((..(((.((.....)).))).))))).)).)))))))))...))))))))....((((((.(((((((.........(((((((....)))))))((((((((((((((.....))))))))....))))))....((((....((((.((........))))))...))))...(((..(((.....((((..(((((.(((((((...(.(((.(((.(((((((..((.(((((...((((.(.(((((.(......).))))).))))).))).)))))))))))...)))))).)....)))))))(((.....))).((((...(.(((((..(((........)))))))).)....))))..........(((((((....((((((......))))))......)))))))....)))))....))))(((((((((..(((...(((((((((((((.(((((...((((.............))))))))).))...))))))))))))))..))))))))).....)))..)))..))))))).)))))).......((.((((((.......)))))).)).......)))))))))))))))))....))))))).))).((((((((((((.(((((((...(((........))).....))))))).)))))))))....)))....))))))))(((.......)))............))).))))))...((.....))..........)))))).).))))....)))))))).....))))))))))))).)).))))....)))..............((((((((((.(((.((((...((((.........((((....(((((((.((((.(((((.((((....)))).....((((((((.(..(((..(((((((((.(((((((((((...((((.((.((((......)))).))))))..(((((((((((((.(((.((((.((.((((...((((.......(((((((((...((((...((((((..((((((.....(((((..............((((((((((.((..............................((((....))))..((((((((........(((((.((((((....))).)))..)))))))))))))((((((...)))))).........)).))))))))))..............)))))...))))))...)))))))))).)))))))))..(((((.........(((((.(((...))).))))))))))(((.((((........))))))).((((........))))..))))...)))).)).)))).)))))))..)))))))))))))))))))).))))))))).(((........))))))..)))))))))(((((((((...(((........))).)))))))))))))).))))(((((((......(((((((((((((((((((((((((..((.((((((.((((((((((((........((....))......))))))))))..((((((((((((.((..(((.(....).))).....)).))))).)))))))....)).))).))).))..))))))).............)))))))))))....)))))))...)))))))..(((.((((..(((((((...)))))))..)))).)))))).))))..)))))))).....))))...))).)).))))))))((((((((((((((((.((((((.((.((((((..((((...)))).))))))))(.((((...)))).)......(((((((((((((.(((((((..((((((..............))))))..))))))).)))...(((((((((..((((.(.(((((......)))))).)))).....)).))))))).))))))))))((((((((.((...)).)))))))).(((((...)))))............(((((((((((((..((((.((........)).))))(((((...((((......)))).)))))...)))))).....))))))))))))).))(((((((.((((((((((..(((.((((((...(.((((........((.((((((((...((.......))..)))))))))))))).))))))).))).....(..((((.((((.((((((((((....)))))))))).....)))).))))..).)))))))))).))....)))))...)))))))))))))).((((((....)))))).....)))))))))))))))))))))).(((((.(((((((((((.((...(((((....((((((.(..(((((.((((((((...(((....)))....))))))))..)))))..).)))).....))...))))).((.(((((.((((((.............)))).)).))))).))..((((((((((.....(((((......((((((.((((........)))).))))))......)))))........)))))))))))).)))))))(((((.((((....)))).))))).)))).)))))..(((((....))))).)))))))))))).)).(((((....))))).....)))))))))))...))((((((.............))))))...(((((((.........................))))))).((((((..(((....)))....))))))...(((((.(((...(((((((((((((((.(((((((.((.....)).))))((((((.((....)).)))))).........))).))))))))))))))).))).))))))))..))).))))))).......)))))))))........(((((((.......))).)))))))))))).))).)))))).)).))).....)))).))))))).....((((((((......)))))))).((((((((.(((((...))))).))))))))........)).)))))))..(((......)))...(((((((((.....)))))))))....))))).)).))))....))))))))))).))).))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({,({({(({.((({{{((,{({({,(({(((((({,.{{.{,,.,,,||{|}}|||||.||||{|,|||||(({...((((...)))){|{,,.({.((.((.{(.|,.||.||{||..{{|,||,..}})))}}))))).))}.},)))))),))).,|((({{,{((({({((((({(,..{{.,(((((,(({{.....,||,..,{|||,}}.}}}}}..,,|...,))),...(((((..(((.((.,,((((((.....)))))).)).))).((((((...{{{(((,,.((((.........(((((((.(((((((..{{(((.(((..(((..(((({(.....}}..))))..))).....))).}))}..)))).))).))))))).)))).))))),....))))))..............((((((((((((((((((,,,..((,,..}|{,}||{..((({{,,||..|||||{{..|{{,....,||{|||,{,,,,{||..((({,,,,,||||......((((((({........({,(((({{((((((,...((.((((.((((.((((...((((((((..,((((,..{(((((((((...{{{{.{,,.,,,,,,,,,,.....{{{{(((....((((.{((((((((((((((..{((((((((.(((.{((((.((((.(((...((((........))))...))).}))).)))))})})))).}}}|{{{.......}}.......(((((,{{{.{{.((((.(((((((..........((((((.(((...((((((((,{,.(((((((...(((((..........((((((((((((.,,,,,,,,{,,|{{{,{,(((,,,.|||||{{{.,,,..}}}},(((({...,||..((((((((..(((({((((((((((((..(((.((.....)).))).))))).)).)))))))))...))))))))..,}...,}}||,,..,,,,,,||,|.(((((((....))))))),{{,|,{{{(((({.....))))))))...|}},,{(({,.{(((,,,,((((.((........))))}}..,||||{{{|||{{(((({..,{{{,,,..,.,.(((((((...(.(((.(((.(((((((..((.(((((...{{((,(.,{{{{,|,....,},}}})),}}})).))).)))))))))))...)))))).)....))))))),)}}}.})))))}|||}|},},((({{{(({{((.({...}).))))))))))......,,,,....{{{{{{{....(((((({....,))))))......))))))),,,,,,.,}}}}}},|{(((((((((..(({...(((((((((((((.((((,..{((((.............))))))))).))...)))))))))))}})}.)))))))))}}.,|||...((((((((..,............))))))))}}}},},....,)})))}},...,,..)))))))))))))))))....))))))).|||.,{,(((((((((.(((((((...(((........))).....))))))).)))))))))....)))..,.)))))))){{{,.,....}},....,...,,..))).))))))...((,....,,,,,.......)))))).).))))}}..))))))}),,..,)))))))))))))}}),))))....)))..}}}}...,....((((((((((.{((.((((...((((.........((((..,.((((,(,.((((.((({(.((((,...|}}).....((((((((.{..((((.{,,,,(({{.,,,(((((((({{{(((.(((.((((......)))).))),,....,..(((((((.....}})),})},.{,(({{.(((({.......((((((((({..(((.{{(((((.((.((((((((((..{{{...{{......{{{((,.,|||||.,....|}.,,{{{{.{{,....,,,.......((((,,..}}})..{{(((((,........|||||.({{{{{..,,}}}.}}|,|})}})}}}}}}}}((((({...}))))),,.,|||{{{|,|,,,|||},,..||,,,.......,}}}},,,}}||,{{{{({{((,,,,..)))))))))}}{{{((.........{((((.(({...})).)))))))))){{,.{,,{...,,...)))))}}))))..|,}},....})}.))))...)))))).)).)))).))))))}))))))))),,,,,.))))).)))))))))))))))))}.,,)}))))..}))))))))((((((({{...(((........))),)))))))))}}})).))))(((((((..{{{,{{((((((((((((((((((((((({{((.{(((((,{(((((((((((.....,..,,...,)},.....))))))))))},|||,,,|||{||.||}}|||||,,{||.}||.|.||||.}}||||||||||}...))),))),))).))}}})))})),},.........}))))))))))}...,)))))))}}}))))))}..(((,((((..(((((((...)))))))..)))).))),)).))))..)))))))).....))))...))}.)).)))))))){(((((((((((((((.((((((.((.((((((..((((...)))).)))))))){.((((...)))).,..{{{.(((((((((((((.(((((((..((((((({.........})}))))))..))))))).)))...(((((((((..((((.(.(((((......)))))).)))).....))}))))))).))))))))}|((((((((.({...}).))))))))}(((((...)))))....,,,,....(((((((((((((..((((.((........)).)))){((({...((((......)))).))))),..)))))).....))))))))))))).))(((((((.((((((((((..(((.(((((({,,{{(((,..,,{,,{((.{(({{(((...||,......,}..)))))))))))})),))))))).))).....|.,{{(({((,(,((((((((((....}))))))))),,,..},,),,)))},).)))))))))).))....)))))...)))))))))))))}.((((((....)))))).....)))))))))))))))))))))).((({({((({{((({(({({((,((.,,,,,.,,{{((.,..(((((.((((((((..,(((....}))....))))))))..)))))..}.}}}}({({......))))}.,,.{{|||.{{||{|,.,,,}},,,},.))}}.}}.}}}}}.}}.,((((((((((..{{,(((((......((((((.((((........)))).))))))......))))).}}}....))))))))))}|,|||}}},{{{|{,|(((....)))}.}}}))})},),)}})),|{{{{{....))))).)))))))))))).}}.(((((....))))).}},.))))))))))).,,},((((((.............))))))........{{{{,,.....)))}})})))))},{|{,{(|({,((((((..(((....)))....)))))),,.|}}},}.,)},})}},))))}.,|||..|,.||||.,}}})))))}},))}))).,...))))))))))))))))))))))))))),,))})).)),))},.)))}))||,|{|.|{{...{{{{{{,(({......}}}(({{...,,}}(((((.((((((((((..........))))))))))).))))).{||,..,,,}},}))}...,,,...((((((((......)))))))).{{{{{{{{.{||||...,)))),))))}}}),}},||||{{,.{{||||,.,,,.}}}}})))...(((((((((.....)))))))))...,}}}}},||,}}}}....,}}}}}}))))})),.}),.......
Back