Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_009585.4
Sequence Length
2240 nt
GC Content
0.4134
AUUCCAGCGCCUGACAGCCAGGACCCCAGGCAGCAGCGAGUGACAGGACGUCUGGACCGGCGCGCCGCUAGCAGCUCUGCCGGGCCGCGGCGGUGAUCGAUGGGGAGCGGCUGGAGCGGACCCAGCGAGUGAGGGCGCACAGCCGGGACGCCGAGGCGGCGGGCGGGAGACCCGCACCAGCGCAGCCGGCCCUCGGCGGGACGUGACGCAGCGCCCGGGGCGCGGGUGUAUUUGAUAUAGUGUUUGCAACAAAUUCGACCCAGGUGAUCAAAAUGAUUCUCAACUCUUCUACUGAAGAUGGUAUUAAAAGAAUCCAAGAUGAUUGUCCCAAAGCUGGAAGGCAUAAUUACAUAUUUGUCAUGAUUCCUACUUUAUACAGUAUCAUCUUUGUGGUGGGAAUAUUUGGAAACAGCUUGGUGGUGAUAGUCAUUUACUUUUAUAUGAAGCUGAAGACUGUGGCCAGUGUUUUUCUUUUGAAUUUAGCACUGGCUGACUUAUGCUUUUUACUGACUUUGCCACUAUGGGCUGUCUACACAGCUAUGGAAUACCGCUGGCCCUUUGGCAAUUACCUAUGUAAGAUUGCUUCAGCCAGCGUCAGUUUCAACCUGUACGCUAGUGUGUUUCUACUCACGUGUCUCAGCAUUGAUCGAUACCUGGCUAUUGUUCACCCAAUGAAGUCCCGCCUUCGACGCACAAUGCUUGUAGCCAAAGUCACCUGCAUCAUCAUUUGGCUGCUGGCAGGCUUGGCCAGUUUGCCAGCUAUAAUCCAUCGAAAUGUAUUUUUCAUUGAGAACACCAAUAUUACAGUUUGUGCUUUCCAUUAUGAGUCCCAAAAUUCAACCCUCCCGAUAGGGCUGGGCCUGACCAAAAAUAUACUGGGUUUCCUGUUUCCUUUUCUGAUCAUUCUUACAAGUUAUACUCUUAUUUGGAAGGCCCUAAAGAAGGCUUAUGAAAUUCAGAAGAACAAACCAAGAAAUGAUGAUAUUUUUAAGAUAAUUAUGGCAAUUGUGCUUUUCUUUUUCUUUUCCUGGAUUCCCCACCAAAUAUUCACUUUUCUGGAUGUAUUGAUUCAACUAGGCAUCAUACGUGACUGUAGAAUUGCAGAUAUUGUGGACACGGCCAUGCCUAUCACCAUUUGUAUAGCUUAUUUUAACAAUUGCCUGAAUCCUCUUUUUUAUGGCUUUCUGGGGAAAAAAUUUAAAAGAUAUUUUCUCCAGCUUCUAAAAUAUAUUCCCCCAAAAGCCAAAUCCCACUCAAACCUUUCAACAAAAAUGAGCACGCUUUCCUACCGCCCCUCAGAUAAUGUAAGCUCAUCCACCAAGAAGCCUGCACCAUGUUUUGAGGUUGAGUGACAUGUUCGAAACCUGUCCAUAAAGUAAUUUUGUGAAAGAAGGAGCAAGAGAACAUUCCUCUGCAGCACUUCACUACCAAAUGAGCAUUAGCUACUUUUCAGAAUUGAAGGAGAAAAUGCAUUAUGUGGACUGAACCGACUUUUCUAAAGCUCUGAACAAAAGCUUUUCUUUCCUUUUGCAACAAGACAAAGCAAAGCCACAUUUUGCAUUAGACAGAUGACGGCUGCUCGAAGAACAAUGUCAGAAACUCGAUGAAUGUGUUGAUUUGAGAAAUUUUACUGACAGAAAUGCAAUCUCCCUAGCCUGCUUUUGUCCUGUUAUUUUUUAUUUCCACAUAAAGGUAUUUAGAAUAUAUUAAAUCGUUAGAGGAGCAACAGGAGAUGAGAGUUCCAGAUUGUUCUGUCCAGUUUCCAAAGGGCAGUAAAGUUUUCGUGCCGGUUUUCAGCUAUUAGCAACUGUGCUACACUUGCACCUGGUACUGCACAUUUUGUACAAAGAUAUGCUAAGCAGUAGUCGUCAAGUUGCAGAUCUUUUUGUGAAAUUCAACCUGUGUCUUAUAGGUUUCCACUGCCAAAACAAUGCCCGUAAGAUGGCUUAUUUGUAUAAUGGUGUUACUAAAGUCACAUAUAAAAGUUAAACUACUUGUAAAGGUGCUGCACUGGUCCCAAGUAGUAGUGUCUUCCUAGUAUAUUAGUUUGAUUUAAUAUCUGAGAAGUGUAUAUAGUUUGUGGUAAAAAGAUUAUAUAUCAUAAAGUAUGCCUUCCUGUUUAAAAAAAGUAUAUAUUCUACACAUAUAUGUAUAUGUAUAUCUAUAUCUCUAAACUGCUGUUAAUUGAUUAAAAUCUGGCAAAGUUAUAUUUACUUUAAAAUAAAAUAAUUUUAUUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-610.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -655.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 462.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((((.....))))...(((((((((((.(((.(((((((.....(..((((((((((.((....((((.((.((((((((((.((..((....))..)).)))...)))).))).)))))).)))))))...)))))..)((((((((((((((((((...))))).))......))))..)))))))(((((.....((((((((.(((((((((((..((((.(((....(((((((((.....(((((((((((((((...)))).......(((((....)))))(((.(((.....))))))((((((((((((((((((((...((((............))))...(((((((((....((((........))))))))))))).........))))))..))).)))))))))))............((((((((((((.((((((((((.(((....)))...)))))))))).......((.....(((....(((((.((.((((((((....)))))..((((((..(((((((.....(((((((..........)))))))...)))))))...))))))......((((....)))).....((((...(((...(((((.(((((...(((((.(((((((.......((((......))))...(((...)))..((((((...((((.((((.....(((((((..(((((((((((.....))))))))))).........(((((((((..........((((.(((.(((......))).))).)))).....(((((......))))).(((.(((....)))..))).......((((((((.(...(((((..((((..((((((((((((.((..(((((.........)))))..))(((........)))..))))...))))))))..))))...)))))...)))))))))((((..(((..(((((((((...................(((.....))).((((((((((......))))))).))).......(((((((....((((.(((((....)))))..........))))...)))))))........................)))))))))..)))..)))).....(((((((..((((((...((((...(((..............))).))))...))))))..))))))).....(((((((.((((..((((....((((...((.........))..)))).....((((.(((..((......))))).))))...))))..))))))))))))))).)))))........((((((.....))))))...((((..((.((((.......))))...)).))))....)))))))(((....)))..((((((....))))))....((((((..((((((.................((((((.(.....).)))))).......((((((...........))))))))))))..)))))).).))).)))))))))).....))))))))))))....))))).)))))...))).)))).......(((((((((...(((((((....(((...(((.(.(((((((.(((((((.............(((((...)))))..........)))))))..))))))).).))).)))..)))))))))))).))))..))).)))))))...)))......))))))))))))))..(((((....)))))......)))))))((((((......(((......)))......))))))))))....))))))))).....))).))))...)))))))))))...(((.......)))......((((..(((((....)))))..))))....((((.((....)).))))....((((......)))).....))))))))....)))))............((((.(((.(((((((......)))))))))).)))).((((((..(((((((((...........)))))))))))))))..)))))))........((((((((..((((......)))).))))))))......)))....)))))))..............)))).(((((.......)))))..(((((((...)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(,,{{{{...{{||||....{{({{(((((,,{(.(((((((.,...(..((((((((((.({..,.((((.((.((((((({{(,((..((....}},.}).))),..)))).))).)))))),,})))))...)))))..)((((((((((((((((((...))))).))......))))..)))))))(((((.....((((((((.((((((((((({.((((.(((.{(.(((((((((.....(((((((((((,,{,...,|||,,,....(((((....))))){|{.,,,...,}}}}),,((((((((((((((((((((...((((.,,,.....,,,))))...(((((((((...,((((........})))))))))))).........))))))..))).)))))))))))............((((((((((((,((((((((((.(((....)))...)))))))))),......{{.,,,{((((.({((({{.{{.{{{(((((....)))))}.|(({{{..(((((((.....((((((({{....}},.}))))))...))))))).,,|}}}}}..,,|.{(((..{{|}||....,|{||,,.|((.,,(((((.(((((...(((((.(((((((.......((((......))))}..(({...}))..((((((...((((.(((,.,,.{(((((((..(((((((((((.....))))))))))).........,,((((,,....}}}},,,({((.(((.(((......))).))).}))}.....{((({......}}}}}.(((.(((....)))..))).......{{{{{{{{.,..,(((((.{((((..(((((((({{{{.{,..(((({.........)))))..||(((........)))}}})))...))))))))..)))),,.)))))...}))))))}}{(((..(((..(((((((((,,,.........,......{((.....}},.{{,(((((((......))))))).,}|,,.,...,{({({|....{(((,(((((.{{.||,,|{{{.,{{{{.,,,}.},)))}}))}}..}}.,},}}}}),,,,.....)))))))))..)))..)))}.....(((((((..((((((...{(((...(({............,,),).))}}...))))))..))))))).....(((((({{((((..((((....((((...((.........}}..}}}}.....{(({.(({,.{.......)}))).)))}...))))..)))))))))))|||.{{|,,.,}}.}}}.((((((,...,))))))...((((,.((,{(((.......))))))..,.))))....))))))){((....))}.{((((({....})))))}}..((((((..((((((.,,,....,.....,,.{(((((.{.....,.)))))}.,.....,{((({.....,..,,,))))))))))))..)))))).}.))).)))))))))).....))))))))))))....))))).)))))...))}.)))),......(((((((((...(((((((....{({.,.(((.(.(((((((.(((((({...,....,.,..(,(({,,..,,,,.,}},,,,.,))))))),.))))))).).)))}))}..))))))))))))},)))..}))}))}})))}}}))}....,,},))))))))))))..(((((....)))))......)))))))((((((.,{,,{(,,....,,},}}}....))))))))))....))))))))),,,..))).)))).}.)))))))))))...(((.......)))......{,(({.{{,,,..}})}}}}.,}}}}..,,((({.{{....)}.)))}.,,.((((......)))).....)))))))).,..)))))............((((.(((.(((((((......)))))))))).)))).{{{{(({.(((((((((...........))))))))),))))},.)))))))........((((((((..((((......)))).)))))))}.,....,,,....)))))))}..,,,.......}))))}{((((,,,.,,,}}},,..{{|||||,,,))))},}}}..
Back