Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_012062.5
Sequence Length
4514 nt
GC Content
0.4043
GUGGGCCCCGGCCCCAUUCAUUGCCGUGGCCGGCGGGCACUGGGGCCCCGUGUUUUCAGAGUCAUGGAGGCGCUAAUUCCUGUCAUAAACAAGCUCCAGGACGUCUUCAACACGGUGGGCGCCGACAUCAUCCAGCUGCCUCAAAUCGUCGUAGUGGGAACGCAGAGCAGCGGAAAGAGCUCAGUGCUAGAAAGCCUGGUGGGGAGGGACCUGCUUCCCAGAGGUACUGGAAUUGUCACCCGGAGACCUCUCAUUCUGCAACUGGUCCAUGUUUCACAAGAAGAUAAACGGAAAACAACAGGAGAAGAAAAUGGGGUGGAAGCAGAAGAAUGGGGUAAAUUUCUUCACACCAAAAAUAAGCUUUACACGGAUUUUGAUGAAAUUCGACAAGAAAUUGAAAAUGAAACAGAAAGAAUUUCAGGAAAUAAUAAGGGAGUAAGCCCUGAACCAAUUCAUCUUAAGAUUUUUUCACCCAACGUUGUCAAUUUGACACUUGUGGAUUUGCCAGGAAUGACCAAGGUGCCUGUAGGUGAUCAACCUAAGGAUAUUGAGCUUCAAAUCAGAGAGCUCAUUCUUCGGUUCAUCAGUAAUCCUAAUUCCAUUAUCCUCGCUGUCACUGCUGCUAAUACAGAUAUGGCAACAUCAGAGGCACUUAAAAUUUCAAGAGAGGUAGAUCCAGAUGGUCGCAGAACCCUAGCUGUAAUCACUAAACUUGAUCUCAUGGAUGCGGGUACUGAUGCCAUGGAUGUAUUGAUGGGAAGGGUUAUUCCAGUCAAACUUGGAAUAAUUGGAGUAGUUAACAGGAGCCAGCUAGAUAUUAACAACAAGAAGAGUGUAACUGAUUCAAUCCGUGAUGAGUAUGCUUUUCUUCAAAAGAAAUAUCCAUCUCUGGCCAAUAGAAAUGGAACAAAGUAUCUUGCUAGGACUCUAAACAGGUUACUGAUGCAUCACAUCAGAGAUUGUUUACCAGAGUUGAAAACAAGAAUAAAUGUUCUAGCUGCUCAGUAUCAGUCUCUUCUAAAUAGCUACGGUGAACCCGUGGAUGAUAAAAGUGCUACUUUACUCCAACUUAUUACCAAAUUUGCCACAGAAUAUUGUAACACUAUUGAAGGAACUGCAAAAUAUAUUGAAACUUCGGAGCUAUGCGGUGGUGCUAGAAUUUGUUAUAUUUUCCAUGAGACUUUUGGGCGAACCUUAGAAUCUGUUGAUCCACUUGGUGGCCUUAACACUAUUGACAUUUUGACUGCCAUUAGAAAUGCUACUGGUCCUCGUCCUGCUUUAUUUGUGCCUGAGGUUUCAUUUGAGUUACUGGUGAAGCGGCAAAUCAAACGUCUAGAAGAGCCCAGCCUCCGCUGUGUGGAACUGGUUCAUGAGGAAAUGCAAAGGAUCAUUCAGCACUGUAGCAAUUACAGUACACAGGAAUUGUUACGAUUUCCUAAACUUCAUGAUGCCAUAGUUGAAGUGGUGACUUGUCUUCUUCGUAAAAGGUUGCCUGUUACAAAUGAAAUGGUCCAUAACUUAGUGGCAAUUGAACUGGCUUAUAUCAACACAAAACAUCCAGACUUUGCUGAUGCUUGUGGGCUAAUGAACAAUAAUAUAGAGGAACAAAGGAGAAACAGGCUAGCCAGAGAAUUACCUUCAGCUGUAUCACGAGACAAGUCUUCUAAAGUUCCAAGUGCUUUGGCACCUGCCUCCCAGGAGCCCUCCCCCGCUGCUUCUGCUGAGGCUGAUGGCAAGUUAAUUCAGGACAGCAGAAGAGAAACUAAAAAUGUUGCAUCUGGAGGUGGUGGGGUUGGAGAUGGUGUUCAAGAACCAACCACAGGCAACUGGAGAGGAAUGCUGAAAACUUCAAAAGCUGAAGAGUUAUUAGCAGAAGAAAAAUCAAAACCCAUUCCAAUUAUGCCAGCCAGUCCACAAAAAGGUCAUGCCGUGAACCUGCUAGAUGUGCCAGUUCCUGUUGCACGAAAACUAUCUGCUCGGGAACAGCGAGAUUGUGAGGUUAUUGAACGACUCAUUAAAUCAUAUUUUCUCAUUGUCAGAAAGAAUAUUCAAGACAGUGUGCCAAAGGCAGUAAUGCAUUUUUUGGUUAAUCAUGUGAAAGACACUCUUCAGAGUGAGCUAGUAGGCCAGCUGUAUAAAUCAUCCUUAUUGGAUGAUCUUCUGACAGAAUCUGAGGACAUGGCACAGCGCAGGAAAGAAGCAGCUGAUAUGCUAAAGGCAUUACAAGGAGCCAGUCAAAUUAUUGCUGAAAUCCGGGAGACUCAUCUUUGGUGAAGAGAACUAUGUAAUACUGAGACUUUGUUGACUCAAAACUUGCUAGUUACUGCCUACCUGAGUAGAAUCUUAUUUAUGAACUCCUGUGUAUUGCAAUGGUAUGAAUCUGCUCAUGUGGAGACUGGCUAUAAACUGAAAAGUGUAUUCCAAAUUGCAGAACACAUCACACAUUUAAUCCAAAUAAUAAAUGGCUGUUUCUAAAGUUUCCCAGUAUAUAUAAAAUACAUCAAGUCUGUCUUGUGACAGUUUCAUCUGAACUUAACUUAAAAACAACUGUUAAUGUUCUAGUUGUGCAAAGCAGUUUGCCUGUGGAUAAGAUGACCUGUGUAAUAAUCUUUGUUAGUAGUCUUAAAGCUGCUGCCAUAGUCCUCCAAGAAGAAAGCACCAAGACAACAUUUCAUAUGACUAUAAUGCAUGUACUAUAUAAGCUGAUCUGGCUUUGAAAGAUGUGAGUUGGCAAGUUCCUCACAUAGAGUCAUUGUAUUCCACCUGUCCUUCAAUUUAGUUUUUUCUGAGCUUCUUUGCAGCCUUUGAUGUGUUUUUAAGAAAGCUGAAUGCACAAGAGGAUCUGUGACACUGACAUGGCUGUGGUGUGCAUACUGUGUAGUUACAUAGCCCUUCCAAUUCUGGGUCCAUUUGCACUAGCAAAUUAAAAUAUGCUUUGAUUCAUACUUAAACCUGAAAGCAGGAAUGCCUACAUUAAUUCCUACAUUAAAAACAGCCAUCUACCCUUGAUUAUCUAGAAAGACUUGGUAAUGAUGGUCAGUUCCUUUUAGAUUUCAGAAAAUCAAAUGAUGACCUAAAUUUCCCUUAAUUUGCAAAUACAGUAGUAAUUAAGGUACAUCUCUAAAGUGGAGCACUUACACCAGGCUCUAAGAUUCACUUUGAGGUGGAACUUAAAACCAGUGUACUGUAUGUAUGCAUUGGUAAUAGCUACUUUUGCUUCAUAGCUUCAUACCAACAAAAUAUAUUUAUUAGAAUAGUAUGAAAGUACUGGAGGAGCUGAAAGAAAAACACCCAAGGCUGGGCGUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUGGAGACCAGCUUGACCAACAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUGGCCGGGCGUGGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGGUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGACCCUGGGAGGUGGAGGUUGUGGUGAGCUAAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAGCCUUGGCAACAAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAUAAAACAACACCCAGAUAGAUACACAUACUCCUUCAGACUUACAGACCUAAGCUGCAUUUAUGGGGUAGUGAUGAGGUUUAGAACAUAUACAUAUUUUGUUAAAAUUCCCCAGAUGAUUCUUGGUAUGAACGACUAUAUUAUAAAUUUUAAGAUGUACUUAGAAAUCCUUAAGACAUCUAGCCCCGUCUCUAAUAGACAACACAUUUAUAUUGCAGAUAUUACUUUUUUUUCAGUUUAUGACCAGGUAUUUAUGAAGGACUAUUGGCAGGGAAAAUAUGAAUAUGUUAACUUUAGCUUAUGGCAUCAAUUUACUAAGGAACAACAGGCUCACCAACUGAUGUCAAACAUAAAAACCCCCACAUCAGUCUGAUACGAUAUGGUACUACUUUGAAUCUGUUACUAGUACCAUCUUGACAGAGGAUACAUGCUCCCAAAACGUUUGUUACCACACUUAAAAAUCACUGCCAUCAUUAAGCAUCAGUUUCAAAAUUAUAGCCAUUCAUGAUUUACUUUUUCCAGAUGACUAUCAUUAUUCUAGUCCUUUGAAUUUGUAAGGGGAAAAAAAACAAAAACAAAAACUUACGAUGCACUUUUCUCCAGCACAUCAGAUUUCAAAUUGAAAAUUAAAGACAUGCUAUGGUAAUGCACUUGCUAGUACUACACACUUUGUACAACAAAAAACAGAGGCAAGAAACAACGGAAAGAGAAAAGCCUUCCUUUGUUGGCCCUUAAACUGAGUCAAGAUCUGAAAUGUAGAGAUGAUCUCUGACGAUACCUGUAUGUUCUUAUUGUGUAAAUAAAAUUGCUGGUAUGAAAUGACACUAAAGUUUGUCAAAAAAUGAAUUCUUAACUUUUCUCCCAGAGAAAGGGAGACAAAAGGAGCUUUUUAAUACCUAAUCUACUUUGGAACAUAACCGUAUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1221.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1306.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 956.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((........................))))).))).)))..))))))).))).))).)).(((((..(((((((((....(((((((((....)))..((((((((..(.(((((((.(((....)))))))(((((((.......)))))))((((((.((((((((.(((((.(.....(((..(((((.......(((.((((((....).)))))...)))......)))))..)))...).)))))(((((.((((((..........)))))).............)))))....((((((((((((...((.((((((((((((.((((.....((((((((((.(((((((....((((......))))......)))..)))).))))))))))......)))).)))))))....))))).))...((((((((((..(((....(((.(((((.....))))))))...)))((((((......)).))))))))))).)))))))))).))))))))))))).)).))))))).)..))))))))........)))))).(((((((((((.............(((((((((.(((((..((((..(((.((((((.((((.((((.......))))...)))).)).)))).)))..))))))))).)(((((.(((.(((((((((((((......))))))))))(((((((((((((((((((.(((((((((((......((((((((((((.((.(((........))).))))))))))))))...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((....((((((.....))))))...))))))...)))))).....)))))...)))).)))))))))))......((((((..........((((((.....))))))(((((((((((((((((.((((((......((((...((((......))))...)))).......((((......(((......)))...)))))))).))...)))))))))....)))))))).........))))))...((.....)).......)))))))).((..(((((.......))))).))......(((((((((.(((.....))).)))).(((((.((((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).))))))))))........((((((((.......((((....))))((((((.(((((((((((((....((.............))((((((.....))))))....(((((.(......).)))))...))))))))((.((((((((.(((((.(..(((..((((((((((.(((...))).))))........((((((((((.....((((((.....((((....................))))...))))))....)))))))))).................(((((..((((((.....((.(((..(((......)))..))))).............))))))...)))))..((((....))))...((((((((..(((...(((((((((((((((((...((((............))))..)))))))(((..(((.......)))...)))...)))))))))).(((...((((........)))).)))..)))..)))).))))..((((((.(((((((.....)))..)))).))))))))))))....)))..)))))).)))))))).)))))))))))))...(((((((...))).)))).))))))))....(((((((..(((.((......))))).))))))).)))))..(((((((...(((..((((((((....(((........(((((((.(((......)))..))))))).(((...)))(((((((((((...(((....((((((((((..(((((....)))))((((........))))......(((((((.....)))))))(((((..........(((((((((((...(((((((..(((((((((((..(((((...)))))..))...((((((((..((((((((....((.((((((..(((((((.((((...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...)))).))).............)))).)))))).))...)))))))).....(((((....)))))))))))))....(((....)))(((........))).............((((((..........)))))))))))))))...........((((.......)))).......(((((....)))))..(((((((((((((((............))))).)))).......(((((....))))).........))))))))))))).............((((((......))))))))))).))))))..))))).................))))))))))))).))))))).))))....(((((.....)))))))).....)))))))).)))...)))))))...)))))...)))))))))).))).)))))((((......))))))))))))...)))))))))))(((((....)))))((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((...(((((...)))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((..................)))))((((((..........))))))............(((((((((((((...........)))....))))..))))))(((((((((..((((((.((...(((....)))...))))))))..........(((((...((((((..(((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))).((((((((((.....))..))))))))....)))))))))))..((..(((((((((......((((....))))......))))).))))..)))))))))))............(((((((((((.((((((((((((((((....((((((....))))))((((((..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......))))))..............))))))))))))(((...((.((((..((((((((.((.(((...(((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))).)))).))....))))))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................))))))).................))))..))))))))))....))))))))))))))))))))))((((...(((((((.(((((((((((((...(((.((...(((.((((((((((((((((.((.(((((((....((((((.(((((......)))))))))))......((((.....)))).....))))))).)).))..............)).)))))).)))))).)))..))..)))...))))))....))))))).)))))))((((...((((((((((...((((..((((....(((((((......((((((((.................))))))))(((...(((.(((((((((...............))))))))).))).))).(((.......)))......)))))))......)))).))))...)))))....)))))...))))...(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((((...)).)))))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....))))))))((((((..(((((((((..(((((.......(((((((((..............))))).)))).(((((.(((.(((.(((((.....))))))))))).)))))....(((((........)))))....................((((...))))))))).))).))))))))))))......((((......)))).....))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((,{..........,..........}))))).))).)))..))))))).))).))).)).{((((,.(((((((({....(((((((((....}}}..((((((((..(.((({(((.(((....))))))}{((((((,......))))))}((((((.((((((((.(((((.{.....(((..(((((.......(((.{{((((....},})}}}...)))......)))))..)))...}.)))))(((((..,....{{(.,,.......}}.,}.))}.......)))))....(((((((((((((,.((,((((((((((((.{(((.....((((((((((.((((,,,....((((......))))......,}}..)))).))))))))))......)))}.)))))))....))))),)}.,,((({(({{{,.,|,,,}}.(((.(((((.....))))))))...,|(((((((......)}}))))))})))),)))))))))).))))))))))))).)).))))))).)..))))))))........}))))).(((((((((((.........,,,.,{{||{(((.(((({..((((..(((.((((,,.(((,.((((.......))))..,),)}.,}.)))).)))..))))))))).}|{(((,,((((,,,...}}}}.|}|||,.((((((((((((((((({....,..((({,(((((((((({......{((((((((((,,((.((({,.....,))).)))))))))))))}...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((.{{.((((((.....)))))).},)))))),..}))))).....)))))...}}))}})))))))))),||,..({{..{{{........((((((.....))))))..,.,,.}}},)})}}}})))))))).))))).)))).,,}}...{{(((,,,.,,,({.,,(((((((((,{{{,,,((((((.(((..,{{{{{{(({{{,,{|||||{||,|||||||,}}}}||}|,,{,{{{...,{|{||,,{{{{{{|,|{{||{{{|{.{{{{..,}||}..},,,)},,,.,|,,,...{({..((((.(((.....))).)))).,|||{.{{((((((({.(((.((.((((...)))).)).))).))))))))||,.......((((((((.......((((....))))((((({,(((((((((((((,,,{{{...,{,...,},.}}{{(((({,,,|}}}}}}....,|{{|}|,,,,,,},))))}...}})))))){(.((((((((.(((((,((,(({((((({{{,{,..,(({{{||{{{|,|........((((((((((.....{(((((.....((((....................))))...)))))}.,}.)))))))))).,...............{{,,{..,{{{{,,,|||||,|||,.(((......})}..}}}},.....}}}},,,,))}}}}...}}},|..((((....)))).},((((((((..((({,,(((((((((((((((((...((((............))))..)))))}}(((..(((.......)))...))).,,)))))))))).,{|.,.((((........)))).)},,,)))..)))).))))..{(((((.(((((((.....))),}}))).))))))}}}}}....,)}....))))).)))))))).)))))))))))))...(((((((...))),,))).))))))))||,.(((((((..(((.((......))))).))))))).))}))},|{|||||,..{{|..{|{|||||....{{{{,,{{{,,(((((((.(({......})}..))))))),(((...)))|(({(((((((...((({...{(((((((((..(((((....))))){(((......,.))))......{((((((.....))))))|{((((........,,((((((((((({,,(((((((..((((((((({(..(((((...)))))..}}...((((((((..((((((((....{{.((((((.,((({{,,.((({...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...}))),}})},,...,......,,)).)))))).)}.,.)))))))).....(((((....)))))))))))))......{,....|(((,,,......}},,}.},}}.,,...((((((..........)))))))))))))))......,,,..((((.......}))}.....,.(((((....)))))..{(({(((((((((((............)))}}.))}).}},}},(((({....)))))}}},,,,,,}))))})}))))}{,,,,...,}}}}|{{{{{......))))})))))).))))))..))))),................))))))))))))).))))))).)))}....{{{||....}))))}}))},))}))))}))),))),,,)))))}),,}.))}).}))))),.,}},.))))))))},{{|,,..,}))),||,,,,,,)}.)))))))))))(((({....}))))((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((..,(((((...}))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((.,..............,.))))){(((((..........)))))}............{((((({((({,,..,,.,,.,..,}}....))))..)))))|(((((((((,,,({({(.{,...|||....}}}...,,|||||......||,,,(((((...((((((..{((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))}.((((((((({.....}}.}))))))))....)))))))))))..{{..(((((((((......((((....))))......)))))))}))..))))))))))),...........(((((((((((.(((((((((({(((((....((((({....})))))((((({..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......)))))}..............})))))||||||{.,,,,.|}||||,.{{{(((((.((.(({|,,{((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))}.}}}}.}),...,,,)))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................)))))))..,..............))))..))))))))))....))))))))})))))))}))))|((({.,,(((((((.(((((((((((((...(((....,,((,.((((((((((((,,......,,,,,,.....((((((.(((((......)))))))))))......((((.....})))......,,,,}},}}.}}},............,}.)))))),}))))).}}),,)...))).,.)))))),...})))))).))))))),{||...((((((((({...{(({..{((({...(((((((......((((((((.................)))))))){||...(((.(((((((((...,,,.....,,,.))))))))).))).}}||({,......,))}......)))))))......}))}.,}}}...))))),...,))))..,||||,..(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((({...}))))}))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....)))))))),{{{((,.{({{{{|{{,,|{{{,..,}}},(({{{({{{........,,,,..)}))),)))).{{{{{.{{{.|||.|{{{{.....)))}},,,})).))))),...(((((........)))))...........,,,...,{,((((,{.},,,}}))),))}}}}}))))))))),....,|,..,,,,.,,|||..,....)),..,,,,.
Back