Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_012074.5
Sequence Length
4055 nt
GC Content
0.4824
ACAUUGUAGCAAAAUGGCGACUGUCAUUCACAACCCCCUGAAAGCGCUCGGGGACCAGUUCUACAAGGAAGCCAUUGAGCACUGCCGGAGUUACAACUCACGGCUGUGUGCAGAGCGCAGCGUGCGUCUUCCCUUCCUGGACUCACAGACUGGGGUGGCCCAGAACAACUGCUACAUCUGGAUGGAGAAGAGGCACCGAGGCCCAGGCCUUGCCCCGGGCCAGCUGUAUACAUACCCUGCCCGCUGCUGGCGCAAGAAGAGACGAUUGCACCCACCUGAAGAUCCAAAACUGCGGCUGCUGGAGAUAAAACCUGAAGUGGAGCUUCCCCUGAAGAAGGAUGGGUUCACCUCAGAGAGCACCACGCUGGAAGCCUUGCUCCGUGGCGAGGGGGUUGAGAAGAAGGUGGAUGCCAGGGAGGAGGAAAGCAUCCAGGAAAUACAGAGGGUUUUGGAAAAUGAUGAAAAUGUAGAAGAAGGGAAUGAAGAAGAGGAUUUGGAAGAGGAUAUUCCCAAGCGAAAGAACAGGACUAGAGGACGGGCUCGCGGCUCUGCAGGGGGCAGGAGGAGGCACGACGCCGCCUCUCAGGAAGACCACGACAAACCUUACGUCUGUGACAUCUGUGGCAAGCGCUACAAGAACCGACCGGGGCUCAGCUACCACUAUGCUCACACUCACCUGGCCAGCGAGGAGGGGGAUGAAGCUCAAGACCAGGAGACUCGGUCCCCACCCAACCACAGAAAUGAGAACCACAGGCCCCAGAAAGGACCGGAUGGAACAGUCAUUCCCAAUAACUACUGUGACUUCUGCUUGGGGGGCUCCAACAUGAACAAGAAGAGUGGGCGGCCUGAAGAGCUGGUGUCCUGCGCAGACUGUGGACGCUCUGCUCAUUUGGGAGGAGAAGGCAGGAAGGAGAAGGAGGCAGCGGCCGCAGCACGUACCACGGAGGACUUAUUCGGUUCCACGUCAGAAAGUGACACGUCAACUUUCCACGGCUUUGAUGAGGACGAUUUGGAAGAGCCUCGCUCCUGUCGAGGACGCCGCAGUGGCCGGGGUUCGCCCACAGCAGAUAAAAAGGGCAGUUGCUAAACCCACGGAACAGACUCUCUGGGCAAUUAGCCAUCCCCCUCUGACUUUGGUCAUUGUGCUGGUUCUGAUAUAUAUUUUUUUUAAUGAAAGGCAACUUUAGAUUUUCCCUCUAUCCUUGCUUUUUUUCCCUUCACCUCCCACGUGUCCCUCCAUCCCUCCCCCCACCCCUCUGUUUUGGGUAUGUACAACAGAAGCACAAACUACUGAAACAAAACAAAACAGCAGAAUGAGCGUUCUUCCGAGAGAUGGCAUCGUGAUGCGCUAUUUAUUUUCCAUAGAAAUAGGAAGUUAGACGGAUUGUCUCUUUUCUGAGGGGAGGGGGUCUUUUUGACAGGAGCAGAGUUGAUGUCCUCAAUUUUCAUAUUUAUUGGCAAAAGGAAGAGAAGAGGAACUUUGGGUUGGAAACAAAGAACCAAUAACAUUAAAACAUUAUUAUUUAUAUAUUCUAGCUGUUAUUAGAAUCAGACUUUUUUUGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGGAAAUCAAAGAAAUCGAAGCAAUAUCCUGUUUAGAGGCAAGCCGCCCGGUGGGGAGAAUUUCCUCAAUGGGAGACGGUUGCACUAUUCUGUGCCCCACGGAGUUUGCGGCUCCCCGCGGCAGACCCCUCCCUCAUUCUCCUCCCUGACCUUUCCAUCUUCCUCUCUGCUUGCGAGAAAAUGUCAGUAGUUCCAGAGAAGUCGGGGUGCCUAUGCCUGGCCUCCCUCCACACCUGGGCCCUGACCAGCCGCCUCCUGGGCUCCUCCUCCUCCGUCAGUAGAGCUGCUGUUUUGUUAUUGCUGGUUUUUCCUCACUUUCCUCCUGGCAAAGAACGACUUCCAAAUGCAGGGAUGGAAUAUAAGCAGAACGUCAUGGGCUCAGCAGUGACUCCACCACCCGAGGCCGAGGCCGUGCUUCUGGAAGAUAGAAGGAGACAUCAUCGUGUGUUUCCCCUCCCCUUGCCCCUGUUAAGAAACGUAUCAAUACCCAUUGGAUGAUCAAGGCUACCGUAUUUCUUCUAUUUUUUUUUAUAGUGCCUGCCAGGCACUUUGUUUUAUGUUUCCAAUAGCACUUCCUGAAAUAAACCAAAGCAACACUGCUCAAGGCCCCUGGGGCGAUGGAGAAGGCCACCCACCUCACUGACAGUCCCAAGAAUGACCGGCUGCGAGGUCCUAGUCAAAAGUCAACAUUAUGACCUGGGGACUCCAGCAUCCUUCAAGCAAGCCAUUUCCGAAGAAGGUGAAAAGAAGCCAGGAUGAUUGGCACCUCCUCCUCCUCCUCCUCUUCUUCCUCUUCCCUUGCCCAGCCCCCUCCUGUGCGUGUGUUUCAGACAACACAGGAGCCAGCACAGGAGUGGAAAAUCCUGCAGCGCAACUCAGCUCAGCCCACAGAAGCCUUGGGAAUGGCCUCAGUUUGUGCAAUAAGAAGAUUUUUUUUUUCUUUUUAAAUCUUCAUUAUAUUUUCUUUGAUUGUCUGUGAGAAAGUACCCAGGUCCGCCUGGAAUUACUCUACAGUAGAAAUAACUGAACACAAACAAACUGAUGGAAAAAAAGAGUUAACUAUUUUAUUUAUUUCAAUAUUUAAAAGGAAAAAAGUGCUGACAUGGCACAGUAUUUUUGUUUAAAGUACCUCCUACUUCAAAAGUUAAGCGCAAUUUUGUGAAGACAUGAAAUCAUAAGAGUACUUAAUGUAAAAUAAAAGACUGCAUAUUAACUCUAAAGAAAAAUGCCCCACAUUUUAAAUAAGAAAAUAAAGAUCAACUCUGCUCUCUCAGGCUUUUUAAAAAGCCAUUCAUGUAUGUGCUUUAGGUAUUUUUAUUUCUGCGAGUUGGAUGUGGUAAGUGAGGAGUGCUCAGUUUUUUUUUCCUCCUUCAAAAGUCUAUUGAAAGUGUUGGUGAUGUUAAAUGAUUGUGUGUUAAGAUUUGACUGAAAUAACUUAGCCACAAAUCAGCAGUUUCCCCCACCCUCAUUGCCCCCUCACCCCAGGCAAGCCCCUUUUAUCUGAAUGUCAGAAGCAGCCUGCCUCCUAGUUAUCAUGUCUGAUGAGGUCUAGCUCAGGAAGGAAUUCCAUCUAUUGAUGGAAUAUAUCCCCUCAAGUUCAAUAGAUUCGAACACAGAGAGCUUUGUUUAAAAUAAUGCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAAAUAAAAGCAUCAGCUGAGGUGAUAUUAGUUCAGUCACCUAACAACUCCUAGAAGAGAUGAGGAAAGGGAACCUUCUGCUGAGCUGGCUUCUGGGGCCUGAGCUUCCAGAGCUGUCCCCAAGGGCUAGGAAGGCCGACCUGAAGGAUGAGAACCUCAAAUUCAGUUGCUGGUGGGAGCCAAGGAAGACGGCGGGUGUUCUAACAUGGCCCUUUCUGGCUGAGCUGGCGGAAGUGGGCGUUUUGGCCGAUGGGAUGUAUCUCGGCGCUGUGUCUGUGGCCCAGCAAAGGUGCAGGGCUGACUGGCUGAGCCACUGGGUUCUACCCGCAGGCUCCCCACUGCACUGGGCUUUCACACAGCCAUGCUCUUGGGUUUCCCUCCCUUGUAAGCAGAGUCAUAAUAACACACGAAUAGUCUAAGGCUGGGUAUUCUGGUCAGCAGAGGUCCUUGAGUCACAGUGUUACUGAAAUGGUUCUGAGCCUGAGAAUCUCUUUGGCCUCUGAAAGGGCAGGGCAGGUGGGCACCGACUUCCUGCCAGUCCUUUCAGGUUUCCUGUUCAAAGCCAGUCCUGUUGGUGGAGGGGAUCACCGAGAGUGUCUGUAUCAUUUUGUAGCCCUUUUCUCUGACGUUUUCUGGUAGAAAAUGUCCCUUGUCAAAAUGCUAAUAAUUAUCAUAAUAAUCUGCUUUCCAACCAACUCCCACAAGUGACAACCUGUGUAGAACUGUGAUAAAGGUUUGCAUAAUGUAGGGUUUGUACCAAGUGUGUGUAAGUUUCUGUUAAAUAAAAAGUCUGUUUCCAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1330.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1398.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 711.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((...((((((....)))))).......((((((......)))))).......))))))((((((...((.((((.((((((((....)))).)))).)))).))..(((((((((((.(((((((.(((.(((....(((.(((((....))))).....))).....)))))).)).))))).))))((((((....))))))...(((((.((..(((....))).)))))))..))).))))....((((((..((((((.(((.((...............((((((.(((((((....((((.(((((.((...(((.....)))..)).))))).))))((((((((.(((((....((((((((((.((.((((((((((((.....(((((.......(((((((((((((((((((....((((((.((((..(((((((((((((..(((((...(((((((.(((((((((((...(((.(((((.....((((.(.....((((((((..(((......)))((((((((((.((.((.(((((((((((.(((((((.((((((((..(.((((.......((((..((((((...((((((((....))))).))).....(((((....(((.........)))........))))).......((..((((((..(((((........))).))..))))))..))...))))))..)))).......((((((...(((...((((.(..(((((..((......))..)))))..).)))))))..))))))..................)))).)..)))).)))).))))))).))).(((..((((((.(((((((((....((((((((..((((.(..((((..(((((...(((((((.((.(((...(((..(((((.....)))))..)))..((((((((....)).)))))).....(((((((.(((((((...((.....))))).))))))))))))))..)).)))))))(((....))).(((((.(.....((((..((.(((((.((((.(((......))).))))...))))).))..)))).((((....)))).).)))))........................(((((((((...((((.......))))...)))))))))...)))))..))))..).)))).)))).))))...((((.(((((((((((((....(((....(((.((......)).)))..)))...)))))))(((..((((((..((((....))))..)).))))..)))(((.((((((((.....)))))))).))).((((.....)))).......)))))).))))(((.....)))..))))))))).....(((((..(((((.................)))))...))))).(((((((((((..........))))).........................(((((((......)))))))..(((((((((((((((((((((.((((..(((((...(((((..............(((((......))))).((((..(((((((((.((((((.....)))))).))))...)))))((((......)))).....((.((((((.((.....)).)))))).))..)))).......)))))...)))))..)))).)))))).)))))))))))).))).......)))))).....((((.(((.......))).)))))))))).)))(((........)))((((...))))..)))))))))).)).)))))))))).))))))))..(.(((((((((..((((((((.((.((((...(((....)))....((((((((((........((((...((((((((((...(((((((((((.(.(((.(((....(((((((((..((((((((((((((((((((......)))))))).....(((((.................((((...((....)).)))))))))............................(((((((...)))))))...)))))).))))))..))))).................((((....))))...))))))).))).).)))))..((....))...))))))..))))).....)))))...))))(((..(((((......((((......)))))))))..)))...)))))))...))).)))).....)).))))))))..))))))))).).).))))....))))).)))...)))))))))))...)))))))........(((((((((((.((.(((((..........)))))))))))))))).))......)))))((((((((.((.(((.((((.((....))))))..))).)).)).))))))..((((((((.........))))))))....))))))))..)))))..)))).))))))....((((.(((((....)))))...)))).....(((((((((((((((((((.(((...(((.(((.....((((((.....((((((((...((..(((((((((((......(((((.....))))).((((((((.(((((((((.....)))))....((((((..(((.((((((....((((....((....)).......))))...))))))...)))...)))))).)))).)))))))).))...))))))))).))))))))))...))))))..))).)))((((((....)))))).....))).)))).)))))......))))))))))...))))))))...((.((((.....)))).))....)))))))))))...........((((.(((((((............(((((.((((((((((.....))))..)))))))))))))))))).))))..)))))))))..)))))))).)).).((((.((..((....(((((...)))))))..)).))))((((((((((((....))))((((.((((((((((((((.((((((((....))))))))...(((((((..((((.........))))...)))((((.(((((.......(((........................))).......)))))..)))).(((((((.........)))))))......((((..........))))..)))).)))))..)))))))))))))(((((....(((((...)))))..)))))..))))))))..((((..(((((...((((...))))..)))))....)))).)))).)))))....)))))))))))))......((((((((((.(......).)))))).))))......(((((.((......)))))))(((((((....(((((((....((((..(((((..(.((..(((((....)))))..)).)..)))))..))))...)))))))...))))))).(((((((((((.((((((((((....(((((..(((...((((((((.....))....(((((((..(((((.....)))))..)))..))))...)))))).)))..(((((.((((((.((((...)))).))).(((((((((((..((((((.((.......)).)))))).)))))))))))........))).)))))...))))))).)))))))).).))))))))))...)))).))).)))))).........((((((((((...))))))))))(((((.((..((((.(((..((((((((....(((((..........(((......)))..........)))))..))))))))..))).))))..))))))).......)).))).))))))))))))................))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((.((({.((((((..,{}}}}},.......((((((......))))))....,,.||}|,,||,,||}}||{.((((.((((((((....)))).)))).)))).)},.(((((((((((.(((((((.(((.(({....(((.(((((....))))).....))).....))}))).)).))))).))))((((((....))))))...(((({{((..(({....})).)))))))..)))}})))....((((((..{(((((.(((.((.,,,.........{.((((((.{((((((....((((.(((((.((,..(((.....)))..)),))))).))))((((((((.(((((....((((((((({.((.((((((((((((.....(((((.......((((((((((((((((((,....{(((((.((((..(((((((((((((..(((((...(((((((.(((((((((((...(((.(((((.....(({{.(,....((((((((..(((......)))((((((((((.((.((.(((((((((((.(((((((.((((((((..(.((((.......((((..((((((...((((((((....)))))},)}...,.{((((,...(((.........))}........})))).,.....((..((((((..(((((........))).))..))))))..))...))))))..)))).......((((((...{((,..((((.(..(((((..{,......,}..)))))..).)))))))..))))))..................)))).)..))))},))).))))))).))).(((..((((((.(((((((((....((((((((..((((.(..((((..(((((,,,,((({{(,(({((,,{{(((((((.({...{{{|,{({.(((({(((((((,....,}.,)))))..,...,|}}}}),)}}}|}..,||..{||||||({(|(({,||,|},.}},))}),)))))|||}}}.|}}.,,,{,.,.....,(((..{{.(((((.((((.(((......))).))))...))))).}}..))))}||,,..}})),,.)}))))),,.,,}..................(((((((((...((((.......))))...)))))))))...)))))..))))..).)))).)))).))))..{((((.(((((((((((((..{.(((....(((.((......)).)))..))),..)))))))(((..((((((..((((....))))..)).))))..))).{{,{{(,{{{{.....})))))|((({..((((,...,))))..})}}.)))))).))))|((.....))}..))))))))).....(((((..(((((...{{{.......,},.))))),,.))))).(((((((((((..........))))}.........................{((((({......}))))))..(((((((((((((((((((((.((((..(((((...(((((..............(((((......))))).|{((..{((((((({.((((((,...,)))))).))))...))))}((((......))))..,..((.((((((.((.....)).)))))),)}..))}}.......)))))...)))))..)))).)))))).)))))))))))).))).......)))))).....((((.(((.......))).)))))))))).)))(((........}}}{{{{...)))),,)))))))))).)).)))))))))).)))))))).||.(((((((((..((((((((.((.((((...({,....})}....{({{((((((........((((...((((((((({...(((((((((((.(.(((.(((....(((((((((..((((((((((((((((((((......))))))))......{{{{.....,,,.,}.,,,{,,,{{,{.,,..,||||,},.}}}}}.....,....,,,}}},.........,.(((((((...))))))).,.}))))).})))))..)))))....,............((((....))))...))))))).))).).)))))..((....,,.,,))))))..}),))},...}))))...))))(((.,((((((((.,,,......}}.)))}})))),.)))...)))))))...))}.)))).....)).))))))))..))))))))).},}.)))),...))))).)))...)))))))))))...))))))),,...,,,({(((((((((.((.(((((.,......,.)))))))))))))))).))......))))}((((((((.(({({{.((((.((....))))))..})),}).))}})))))..,(((((((......,}}))))}))}....))))))}},})))))..)))).)))))}....,,,,.(((((....)))))...}||||,.,,(((((((((,(((((((((.(((...(((.(((.....((((((.....{(((((({.{(({..(((((((((((......(((((.....))))).((((((((.(((({((({.....}}|||,,.,{(((,,..{{|,||||{|},.,||{{,...,|.,.|||||.,,}.||||{...,..,,...)))}}.,,,))).)))).)))))))).},...))))))))).))))))))))...))))))..))).)))((((((....)))))).....))).)))).)))))..,,,,)))))})))},,}))))))))...((.((((.....)))).))....)))))))))))....,......((((.(((((((............(((((.(((((({(((.....)))}..)))))))))))))))))).))))..)))))))))..)))))))).)),|{((({.((..{{....(((({...}))))})..)).}|||((((((((((((....))))((((,({((((((((((((.((((((((....))))))))...(((((((..((((.........))))...}}}{(((,(((({.......{{{........................))}.......,|||}..}))).(((((((.........))))))).....{((,,....}}}.}}))},..)))).)))))..)))))))))))))(((((....(((((...)))))..)))))..)))))))}.}||{{,.(((((...((((...))))..))))),})})}},.))))}}))))....)))))))))))))..,,..((((((((((.(......).)))))).))))....,,(((((.((......)))))))(((((((....(((((((....((((..(((((..{.((..(((((....)))))..)).)..)))))..))))...)))))))...))))))).(((((((((({.(((((((({{....{{(((,{{({,..{{((((,,,....}},...(((((((..(((((.....)))))..)))..})))...}})}}).}},..|||||,||{(((.((({...)))).))).{((((((((((..((((((.((.......)).)))))).))))))))))}........,,,.}}})|,..}}})))).)))))))).).))))))))))...)))).))}.))))))}........((((((((((...))))))))))(((((.((..((((.{((..((((((((....(((((..........(((......)))..........)))))..)))))))}..))}.))))..))))))).......)).))).)))))))))))).,,............})))..)))))
Back