Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_012137.4
Sequence Length
3939 nt
GC Content
0.4341
ACAUUCAGCGGCUGCCAAGAGGAGCCGACGGGCGCUCGCAGGCUCAGCGCGCGCUGCCCGCGGCAGGACCCGGCCGCCUCCGCCGCCGCCGCCGCCCCUAAGCCUCCCGAAGCCAUGGCCGGGCUCGGCCACCCCGCCGCCUUCGGCCGGGCCACCCACGCCGUGGUGCGGGCGCUACCCGAGUCGCUCGGCCAGCACGCGCUGAGAAGCGCCAAGGGCGAGGAGGUGGACGUCGCCCGCGCGGAACGGCAGCACCAGCUCUACGUGGGCGUGCUGGGCAGCAAGCUGGGGCUGCAGGUGGUGGAGCUGCCGGCCGACGAGAGCCUUCCGGACUGCGUCUUCGUGGAGGACGUGGCCGUGGUGUGCGAGGAGACGGCCCUCAUCACCCGACCCGGGGCGCCGAGCCGGAGGAAGGAGGUUGACAUGAUGAAAGAAGCAUUAGAAAAACUUCAGCUCAAUAUAGUAGAGAUGAAAGAUGAAAAUGCAACUUUAGAUGGCGGAGAUGUUUUAUUCACAGGCAGAGAAUUUUUUGUGGGCCUUUCCAAAAGGACAAAUCAACGAGGUGCUGAAAUCUUGGCUGAUACUUUUAAGGACUAUGCAGUCUCCACAGUGCCAGUGGCAGAUGGGUUGCAUUUGAAGAGUUUCUGCAGCAUGGCUGGGCCUAACCUGAUCGCAAUUGGGUCUAGUGAAUCUGCACAGAAGGCCCUUAAGAUCAUGCAACAGAUGAGUGACCACCGCUACGACAAACUCACUGUGCCUGAUGACAUAGCAGCAAACUGUAUAUAUCUAAAUAUCCCCAACAAAGGGCACGUCUUGCUGCACCGAACCCCGGAAGAGUAUCCAGAAAGUGCAAAGGUUUAUGAGAAACUGAAGGACCAUAUGCUGAUCCCCGUGAGCAUGUCUGAACUGGAAAAGGUGGAUGGGCUGCUCACCUGCUGCUCAGUUUUAAUUAACAAGAAAGUAGACUCCUGAGCUGCAGAGUCCCCCCCGGUAGCCGGCAAGACCGCACAGGCAAGGCCGAUGACUCUGUGCCCACUCCUGUUGUUUUCCUUGACAAUCUACUGUGCCACUGUGCUACUAACUCUUGUUUACAAAAUUUGAUUCUAAGUUGAAUUGCUUCAUUCAACACCCCCACCCUCCCUCCCCUCGAGGUGGUACCUAAGCUGUGGAUUUGCUAAAUGAAUUAAGCAACCUAGAAGAUACAGAGCUAAUGAAUUAUCAAAAUGUGAUUAAUCCCAGUAAGGAAACACUCAUUUAGUGUCUGUAUUUUUGGUGUGAAAAUUAUUUAGUUGCCAGUAUAUUCUGAAGAAUGUCUUCUUGAUCAGUCAGAUAAGCUUGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCAUGAAUCAUGUUUGGUUCCUGUGAAAGUCCCUGGUCCAGGGAUCCUCCUCCUUUCUCUUUUACUUCUGAAUUCUGAAAUUCAGUUAGUUACUUUUGCCUUUCGCUCUUCUAUCACAGCCACCUUGACCUUGGGUAAAACCCAAGGUCUUUCCUUCUGGCUACCUUCCUGCAGGUCCACCCUGUCUGCCAUUGGUCUCCUCUGCCUCUGACUACAUCUGCCACCAACAACCCUCCCCUCACCCCUGCCAGGGGCAGACAGGCUUCUCAGCAGAACUGUGACUGAAAUCAGAGCUGCUGUCUGGGGCAGUGUUAACUACACAGAGGCACAUCCUGACAGGGUUUGCCCCAGAGAUCUAAAUUCCAGAAGGAGGGCACCACACCUAGGAAGGUAAAUCCAGUAUCAGAAGGUUGCUAAAAGAUUAAAGAUCAAGAAGCUUGGAAACAUCCCAUGGGUACAAUGUCUUAGAAAGUCUUUAAGUCACAUACCAUGAAUUUUUGCUUCAUUACUGACCAUAUAUGACCUUGGAGGAACUCUUUUUUUUUUUUCCUUCUACUCAUUUCUGUUUCCACCUACCCUGACUCACCGUAUUUCCAGUCUUCUACCCCUGCAGUUAUCCUAGUCCAGCAAAGUCAUUUCUUUCAAAAGAGACAUCAUGUCUGAAAAUAAUUACUGGUAGUCUAAUAUGAGCCAGAGUAAACAGCUCCUCAUGGUCAAUGAACAUGUUCAGGAAGCGAUCACCUUGAUGCUUGAACCCAACCCCAGACAGUGGACAAUUCUACUUUGAAAUAUCCGUGAAUAUUUACUGUGGGAUCCAAUUUAAACUUCUUUCUUCUCUAGCCUUUAAAUUACACAACUUUGAACUGACACGGAUCUCUUACAAAGAACAAUGCGGCACUGAAGGAAGAGAUGAUUCCUUUACUCAAACCUGCAGGAAUCAGCCUAUUAACAGGCAGGGGAAACGGUACUUUCCAAUGAAUGGUAACUGAUCCAGGCACAUUAUCACACUUCCUAGUCAUCUCCACCUUUCCUGUAUUGCCUGUGGCUUGUUGUUUAAGAUUAAGAAUCAAAGAGAUUAAGAAGUAUCACUUCAAAUCUUGCUCUGCUCACUUCUAUGUUUGCAGUCAAAUUAUUCCUUAUGUUGGUGACCUAAAGAGAAUUACUUUCAUUCAUUUCAUUUCCCCCGUAGCAGAUGGAAGGAGAAACCUCUGAGAAAAUGAAAACAUCCUUAACCACUAUCUUUCCCUUUUAUUUGAUUAUUUUAUGUCAGAAAUUUGCAAAAGUUUUUUUCUCCUCCUUCUCUUCCUUGUUGCUUAACUUUUUAAUUCAUGCCAUAUGCAGAUAUCCAAUUAUGUGCAUCCUGUGAAUAAACCACGUCUUGGUCACUGUCAUAUUUUGAACCAUCUCAUCAGAGAUGAAUAAUAUCUUUUUACCAGAGAGAGAACGAAUGUUAGCCACAUGCCCAAGUUAACAAAGAAAAAAUGUUCUCAAGGUUGUCCUUUUGGGUUAAAUCUGGCCCUUCCUUGGCAAAAGCAAAAAUUCUCCCUGUGAGAGCUCAACAUCUCAAAUACAACCACAGGAAAAAUGGCCCAAUCUGCCAGUUUAGGCUUACCAGCAUAUAAUUUUUAAUAUCUUUACUUCUAUCAUCCCAAAUCAAAGAACUCUUCUCUAUUAUGUUUAAUCAAUUGCAAGCAAAUAGAUUUUUCUUUGUAACAAUUUGUUCUGCAGAAGGCUGUUUUUCACUUUUCCUUUCUUUUGCUUCUUUCUGUCUUUCCUUCUCUUUUGUCUGGAGAAAUCACUUAGACUCUGUGUGCCUCUUCUACAUUGCAUUCUGCUCUGCUAUGUUACCUGCUAGGCUGGCUUCUUUGGACUCCCUAUAUGAUUGAUGAUGUGAAAACCUAAAUUACUUGCAGCAUAGUAUUACUUCUUUGAUGUUCUCAUUAGCAUAAUGUUAUUUUUGAAAAGGAAAGAUACUAUCACAUAAGUUUUCCUCAUCUGUUGUGAUAUACACCAAUGGAUAAACUAACGGAAACUGCUUUUUGACAUUAAAAGACAGGAGAAAUUAUAUUUAACUAAGUAAAAGUUAAGUCAGAAUUACUUGGGUGAUGUGAUUCAAUUUAGUUAAAGGAUGAUAUAGAGAAAAUACAUUAUUUAGCAUUAUUUCUUCAGCUAUAAUGAAUUGCUAUAGAAAUCAGGCAGAUCUUUCUAAUGUGUAUUGAUUGGUCUUUUCAGCUACUCUGAACAGAUUACUAAGGCCAUCUCCUCAUCUCUAAGGGAGAAAAAUAGUCUGUAGAUGAAUAAUGUAAGGUAAAGAGUUGCAUGUCAGUCUUUGUAAUUAUUUACACUUUAACUUUCUCCAGAACUCAGACAUGAUUUCAACAUGGUGUUAGAUUUGUGCAUUUUAUUUUCCUGACCACCUCAUUCCAGCCAAUGUAUGGUUAUCCACUCUGUGUGCCAAAACCAAUCAUGCCUUUCACGGCCCUUUAGUUCAGAGAAGUUCUGCACUGAUUUUUAGUCUCUUGAUGUCUCAAUCUUACAUGUAUACCAAUCACAAUGGAAUAAAGUGUUGAGUUGUACUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1110.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1185.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 971.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((..((((.((((((((....(((.((.((((((((.(((((..(((((...)))))..)..(((((.((((..(((((((((.(((......(((((((((.....((((((((((.((((((((((.(((..((((.(((...)))..)))).)))))))..((..(((.(((.(((.(.(((((((((((((....((((...((((((.(.......).))))))))))....))))....(((........)))))))))))).))))..))).)))..)).)))))).))))..))))))((((..((((....)).)).)))))))).)))))....))).)))))).))).)))).))))).......((((...)))))))).)))(((((.((((((((.......(((((((((((((..(((((....(((.(((.........))).)))(((.((......)).)))....(((.((((((((.....(((.((((((((......((((((.(((((...)))))....((((.((((((......))))))..))))........(((((....))))))))))).(((((((((((((((((((((...((((.((((.(((((((.(((.((((((.(((((((....)))))))((.(((......))))).)))))).....((((.(((.(((.(((((.................))))))))))).))))((.(((((((....)))).))).))........(((......)))...))).)))))))..))))...((((((((.....(((((.((((((((....((((((..((.(((................((((((.(((((((.(((.....(((((.(((((.((......)).)))))(((((....(((((((.(((((((......((.((((((((.....((((.((((((......)).).)))...))))..)))))))))).(((....((((((......)))))).....))).....)).)))))...)))))))...)))))..........(((((((......)))))))....)))))((.((((.....)))).)).......((((.(.(...(((((((((.((..(((.((..(((((((((((((((((((...((((.....))))...(((......))).....))).))))).))))))))))))))))..)).)))))))))).))))).......(((((...))))).....)))))))))).))))))................((((((((((((....))))))..))))))(((((((...)))))))..))))).))))))....(((.(((((((....)))))))..))).))))))))))))))))))))).....(((((....((((((((((...))))))))))........)))))..)))).)))).....)))).)))))))))))))...)))))))).)))..)))))).)).)))...............(((((...))))).((((((.(((((..(((((((.((..(((....))).)).(((((((((((..((((.....)))).(.((((.(((((...))))).)))).)............(((....)))(((......((((....))))...((.((((((((..(((((((....((((...))))..(((((..(((....)))(((((......((.((((((.....)))))).))....))))).......)))))....((((.(((.(((((((..(((((((.............)))))))...................(((((((((((....(((.((.(((..........))).)).)))...))).)))...(((.(((..(((((.....((((...)))))))))..))).))))))))......(((((...((((.....))))))))))))).)))...))).))))..)))))))...)))))))).)).)))..)))))))))))(((...(((......)))...)))((((....))))...(((((((((((((((...((.........))..))))))))....................)))))))((((((((((((((((((....(((((..(((((((((..............(((.(((.((((....(((.((..((..(((((......)))))..))..)).))))))))))..)))................)))))))))..))))).)))))))).((((.((((((.(((...(((((((......(((((....(((((...))))).....(((..((((..((......))..)))).))).........((((((((((((((((((((((((........................((((((((.((((((((........(((((((......................((((..(.....((((((........)))))).....)..))))...)))))))))))))))..))..))))))................(((((.(((((.(((......))).)))))..(((((....((((.....)))).....)))))........((((((....)))))).......(((((.....)))))(((((((..(((((((...........))))))).........)))))))((((....))))..((((((....)))))).....)))))........)))))))(((((((((........))))..........))))).....((((.......)))).)))))).)))))))))))............(((((...................))))).....)))))......)))))))))).))))))..))))....))))))))))......)))))))))))).))))))...........)))))..)))))))))).)))......)))))))).)))))((((..(((.(((...))).)))....))))((((.(((........))).))))..))))).)))))))))))))))).)..)).....((((((..((((((.....................(((((((..((((((........(((((...)))))..........))))))..))))))))))))).(((((((...((((((((((.....)).))))))))........))))))).......((((((((.((((.((((((((...((((((((.......))))))))..(((((((.........)))))))......((((((.((((.(((.......))))))).))))))...))))))))(((...........))).(((((((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((.....))))).))....((((.(((((....((((.(((.(((((((((..(((..(((((((((.((........((((((.(........).)))))))).)))))))))..)))..)))))))....)).))).)))).......))))).)))).((((.((((..........((((((...((((......))))..))))))..........)))))))))))))))).(((......)))..........)))).)).))))).)))))))))))))).))))))))))))))(((((.(((((((((.(((...........)))))).).))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{{,,((,((..,(((((((((((((,.((((((.{(({(((((.((((,..(((((...))))),....(((((.((((..(((((((((.(((......(((((((((.....((((((((((.(((((({{((,(((..((((.(((...))}..)))).))})))),,((..(((.(((.(((.(.(((((((((((((....{(((...((((((.{.......).))))))))))....))))|||.({{,,,.....}))))))))))).))))..))).)))..)).)))))).))))..))))))((((..{{((....)).)).)))))))).)))))..,.))).)))))).))).)))).))))).......((((...)))))))).)))))((((((((((({..((((....((((((((((..(((((...,{((.(({.,,,.,||,|||.}||{((.(((,....,....,,.{.(((.((((((((.....(((.((((((((......,(((((,(((((...}))))....((((.((((((......))))))..))))........(((((....))))))))))}.(((((((((((((((((((((...((((.{{,{.((((({{,,(({((((((,{,{((,...,,,))))))||}||,,..}}})}|||{|||}}}.....((((.((,{(((.(((((............,....))))))))))).))))......((((,,,.||||.|||.,....,,,,.(((......))).,.)),,)))))),..|,,....((((((((.....(((((.((((((((....((((((..(.{(((.,.......,......((((((.((((((,,((({...,(({((,(((((.((,,,...||,|||||((({,....|||{{{{.|||||,|...}|}||.((((((((.....((((.((({((......)).}.)))...))))..))))))))))}||,,,,.((((((......)))))}.....|||,.,..|||}}||}...}}}}))}..,},,,,..........(((((((......)))))))....|||||,{,{{{{.....)))),))..,....{{,{,||....(((((((((.{{..(({{((..(((((((((((((((((((.,,{{{,....{||}}...{((......))).....)))}))))).))))))))))))))))..}}.)))))))))..))))}..,,{{.{((({...})))),,,,})))))))))).))))))................((((((((((((....))))))..))))))(((((((...)))))))..)}}),.))))))....(((.(((((((....)))))))..))).))))))))))))))))))))).....{((({....((((((((((...))))))))))........))))).,)))).))))},...)})),)))))))))))))...)))))))).)))..)))))).)).)))........,,,,...,..{{|..|}})).{(((((,(((((,,(((({{(,,{,.{{{....))}.}||||||(((((((,.((((.....)))).{.{{{{.(((((...))))).)))),},}.,,,.,...,(((...,||,{(......,.}}}.}}}}|||...||,((((((({..((({(((....((({...))))..{{|||.,(((,,,,,,,(((((,{,...((.((((((.....)))))).))..,,))))).......}}}||,....{{{.{{,..{(((,...(((((((.............)))))))...}}}}...||||,,,...{{{.{{({((,,..,,{,,.,{|||,..,,.,,.}|||||......,}},..,)}}.,{|,,,,,|||||,....{((({...}))))},,,.,|||.}|||}|}},,....,||||.}||{||},..,}|||||||||}}},.,},.,))).}}))},)))}}}}..||})))))},||||,,..}}}}}}}}}||||{...{((.,,...}}}..,|||(((,...||||,.||{{{{{,,{(((((({.,.{,.........}}..}))))))}...,..,..}}},....}}})))),}}{({{{{{|{,((((((((....(((((..((((((((({{{...........||,}||}}||{({{{.....,|}}|{,,(((({......}))))..||..||{,,.}||,,))}.,}}...........,....}))))))))..))))),)))))))).|||{,|{{{{{.|||,.,((({{{{.{,...{((((,,..(((((...)))))..,,.|{{..((((..((......))..)))).}}}|,|,.....((((((((((((((((((((((({.....,..................((((((({.((((((((,.......(((((((.{,,...................,,,........{{((((........)))))|{{{{{....)))))}))))))))))))))),,)),.))))))...........,{{,,({,,,.(((((.(((......))).)))))..|||||,}..((((.....)))).....|||,....}}}..((((((....)))))).......(((((,....}))))||{{{{{..(((((((...........))))))}..,,.....}}))))}{(((....))))..((((((....))))))....,}))}}...},...)))))))(((((((((........)))).........,))))).....((((.......)))).)))))).))))))))))).......,....,||||..,,,,.............,,}}}.....))))),},}},))}}}}},,}.||}})),,}}}}....}))))))}},...,,,)))}))))))}).)))}}},,,,.,,....)))))..)))))))))))))),)))))))}))},.(((({{((......}))))))..))})})))),.,,.((({.(((........))).))))..{{{,,.})).,))))))))))).,.})},...,((((({,,{{((({...........,,,,{..,.{(((((((..((((((.....,..{{,(({{,.,,))}}}.....,,))))))..)))))))),.,.,,|||{{{{{,.{(((((((((.....}},,))))))}........}}}}}}},,.....((((((((.((((.((((((({.,,((((((((.......)))))))}..{{{((((,,....,,.))))}}|....,,((({((.((((,({(.......}}}}})}.))))}),},)))))))}{||.,......,,,))}.(((((((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((.....))))).)),...((((.((((((((({,........)))))}......(((((.{{,,(,..,..,,((((((((.{((((((..........))))))}.))))).)))..,,.}}}}.}}...,}})))}.}|........,)))).)))).{(((.((((..........((((((...((((......))))..))))))..........)))))))}}))))))).(((......)))......,...)}))))).))))).)))))))))))))).)))))))),}})}}|{{{{,||||{{{{|,||{..,},......))))))})},))}},}}}.
Back