Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_013246.3
Sequence Length
1705 nt
GC Content
0.5795
CUCCCACUCCGCCAGCCUCCGGGAGAGGAGCCGCACCCGGCCGGCCCGGCCCCAGCCCCAUGGACCUCCGAGCAGGGGACUCGUGGGGGAUGUUAGCGUGCCUGUGCACGGUGCUCUGGCACCUCCCUGCAGUGCCAGCUCUCAAUCGCACAGGGGACCCAGGGCCUGGCCCCUCCAUCCAGAAAACCUAUGACCUCACCCGCUACCUGGAGCACCAACUCCGCAGCUUGGCUGGGACCUAUCUGAACUACCUGGGCCCCCCUUUCAACGAGCCAGACUUCAACCCUCCCCGCCUGGGGGCAGAGACUCUGCCCAGGGCCACUGUUGACUUGGAGGUGUGGCGAAGCCUCAAUGACAAACUGCGGCUGACCCAGAACUACGAGGCCUACAGCCACCUUCUGUGUUACUUGCGUGGCCUCAACCGUCAGGCUGCCACUGCUGAGCUGCGCCGCAGCCUGGCCCACUUCUGCACCAGCCUCCAGGGCCUGCUGGGCAGCAUUGCGGGCGUCAUGGCAGCUCUGGGCUACCCACUGCCCCAGCCGCUGCCUGGGACUGAACCCACUUGGACUCCUGGCCCUGCCCACAGUGACUUCCUCCAGAAGAUGGACGACUUCUGGCUGCUGAAGGAGCUGCAGACCUGGCUGUGGCGCUCGGCCAAGGACUUCAACCGGCUCAAGAAGAAGAUGCAGCCUCCAGCAGCUGCAGUCACCCUGCACCUGGGGGCUCAUGGCUUCUGACUUCUGACCUUCUCCUCUUCGCUCCCCCUUCAAACCCUGCUCCCACUUUGUGAGAGCCAGCCCUGUAUGCCAACACCUGUUGAGCCAGGAGACAGAAGCUGUGAGCCUCUGGCCCUUUCCUGGACCGGCUGGGCGUGUGAUGCGAUCAGCCCUGUCUCCUCCCCACCUCCCAAAGGUCUACCGAGCUGGGGAGGAGGUACAGUAGGCCCUGUCCUGUCCUGUUUCUACAGGAAGUCAUGCUCGAGGGAGUGUGAAGUGGUUCAGGUUGGUGCAGAGGCGCUCAUGGCCUCCUGCUUCUUGCCUACCACUUGGCCAGUGCCCACCCAGCCCCUCAGGUGGCACAUCUGGAGGGCAGGGGUUGAGGGGCCACCACCACACAUGCCUUUCUGGGGUGAAGCCCUUUGGCUGCCCCACUCUCCUUGGAUGGGUGUUGCUCCCUUAUCCCCAAAUCACUCUAUACAUCCAAUUCAGGAAACAAACAUGGUGGCAAUUCUACACAAAAAGAGAUGAGAUUAACAGUGCAGGGUUGGGGUCUGCAUUGGAGGUGCCCUAUAAACCAGAAGAGAAAAUACUGAAAGCACAGGGGCAGGGACAGACCAGACCAGACCCAGGAGUCUCCAAAGCACAGAGUGGCAAACAAAACCCGAGCUGAGCAUCAGGACCUUGCCUCGAAUUGUCUUCCAGUAUUACGGUGCCUCUUCUCUGCCCCCUUUCCCAGGGUAUCUGUGGGUUGCCAGGCUGGGGAGGGCAACCAUAGCCACACCACAGGAUUUCCUGAAAGUUUACAAUGCAGUAGCAUUUUGGGGUGUAGGGUGGCAGCUCCCCAAGGCCCUGCCCCCCAGCCCCACCCACUCAUGACUCUAAGUGUGUUGUAUUAAUAUUUAUUUAUUUGGAGAUGUUAUUUAUUAGAUGAUAUUUAUUGCAGAAUUUCUAUUCUUGUAUUAACAAAUAAAAUGCUUGCCCCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-676.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -706.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 318.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.(((((((..((((((((((..(((((.(((((((((((((((..((((((((..((((.....))))..))))))))........(((((....)))))((((.(((((((.........))))))).........)))).)))).))..))))).)))).......................((((((.(((...(((((......))))).)))..)).))))..((.((((........((((...((((....(((..((((((((((((((....(((((.(((((((...))))))).(((((((.((((((..(((((.(((((...(((((.........(((.((....)))))......))))).....))))))))))..))))...))))))))).....((((((((((...(((......)))..))))))))))...(((((((((((((((.((((((((((((((((((.(((.(((((...(((.((((...))))..))).))))))))..))))))((((......)))).(((((.((((((((..(((((((((.(......(((((((........)))))))((((..........))))...).))))))).))..)))).)))).)))))..((((((.........)).)))).....(((.(((((.....))))).)))(((((((((((((((((.((((((..............................((((((.(((...))).))).)))........((((((....)))).)))))))).))))))))))))))))).((.((......)).))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((((((.(((.....((....))))).)))))))))))..)))))))))))).....((((((....))))))..((((((((....))))))))........))))))))))))))).((.(.(((((......................)))))).))(((((..((((.(((((((...))))))).)))).((((.((((((((.((..(((..((........((((((..((((....)))))))))).......))..)))..)).)).)))))).))))...............(((......))).........)))))((.((((........)))).)).......))).))))))))))))))))..))))))).)))).......))))..))..(((((((.(((((..(((((((((............((((......))))((...((.(((..(((..........)))..))).))....)).)))))))))....)).))).)))))))..)))))..))))))).))).....((((.((...)).)))).....))))))))))((((((.(((..........((((....)))).........(((((....))))).((((((...(((.(((((..((....))..))))))))..))))))...........(((((((((.((.(((....)))..)).)))))))))(((((((((...)))))))))(((.((((((((....)))).)))).)))........))).)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,(((.(((((((..(({(((((((..(((((.(((((((((((((((..((((((((..((((.....))))..}))))))),.,,..{,(((((,...}}}}){||{.{{{|||{}.....}.,)))))}),,.......}}}}.)))).))..))))).))))....,....{{........,,..{,{{,(,(((...(((((......))))).))}..)),))))..((.((((........((((.,.(({{{(({...(,{(((((((((((((....((((..(((((((...))))))).))))(((((((((({{(((((.(((((...(((((...,.....(((.((....)))))......))))).....)))))))))){,||....{{,(((((((({{{,((((((((((...{((......)))..)))))))))).....(((((((((((((.((((((((((((((,(((((((.(((({....((((((.((((((........)))))))..)))))){(((......)))}..,((,.{|{{||||..||||,||||}.}}.}}.{((((((........))))))|((((({..{{,{{{{{{,.{{{{||||,},.,,.}))))},)),{|||,....,.,...,..}..,.)))))))},}}}}}))(((((.....))))).|,((((((((((((((((((.((((((..............................{{((((.(((...))).)))),))........((((((....)))).)))))))).))))))))))))))))))((.((......)).))((((({.(((....,))).,)))))..,{((((((((((.(((.....{{....}}))).))))))))))},.))))))))))))..,,.((((((....)))))),,((((((((....))))))))........)))))))))))))(((((,..,((((...,{,.....,,.....,...))))))))))..{((.((((.(((((((...))))))).)))).}))))}}|}}))))))||((({.((((......((((((..((((....))))))))))...{{({{((((((((((...........................)))))),,)))))))......}}))))))||.,{{{.,.,....}}}}.,))).))))))))).))))))))))))))).))))))).)))).......)))),,,}..(((((((.((({(,,(((((((((...,....,.,,.,,,....}.)))}{{...((.(((..(((..........)))..))).)).,..)).)))))))))....))}))).)))))))..)))))..))))))).))}.....((((.({...)).)))).....))))))))))|(((((.(((..........((((....)))).........(((((....))))}.((((((...(((.(((((..((....))..))))))))..)))))).........,.{{{{{{{{|,||.{,,....,,,..,|,||||||}}|(((((((({...}))))))))|{{.((((((((....))))}}))).}},,,,,,,,.))).)))))}.....
Back