Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_015213.4
Sequence Length
4991 nt
GC Content
0.5081
CUUCUCCAGGCUCGCUCGGGCCGCGGCGCUCUCGGCUAGCUGCAGCGGCGGCGGCGCGGAGGGGAAGGCAUCCAGGAUGCGGUGCGGGGCGGCCCGGUGCCCCCCCGCCCCGUCACGGCAGCCGCGGCGGCCGAGGGGACCGGGCCAGGGCCGGGGGCGGCGGCCCGAGCCGCGGUAGCGGCGGCGGCGGGAGGGGCGGCCUGAGGGCGGACGGGCGGGCGCCCGGGUUGCGGGGGCUCGGUGCCGCUCCGCACUGCCCGGCCGGUCUCGGCCCCGGCGCCAUGAGUGGCGGCGGCGGCGGAGGGGGCUCGGCGCCCAGUCGCUUCGCCGACUACUUUGUCAUCUGCGGACUGGACACGGAGACCGGGCUGGAGCCGGACGAGCUGUCGGCAUUAUGCCAGUACAUACAGGCUUCUAAAGCCAGGGAUGGUGCCAGCCCUUUCAUUUCAAGUACGACUGAAGGAGAAAAUUUUGAGCAGACACCAUUGAGAAGAACAUUCAAAUCUAAGGUCCUUGCACGAUAUCCUGAGAACGUAGAAUGGAAUCCCUUUGACCAAGAUGCAGUAGGAAUGCUAUGUAUGCCGAAAGGGCUGGCAUUCAAGACCCAGGCUGAUCCCAGGGAGCCCCAAUUCCAUGCCUUUAUUAUCACAAGGGAGGAUGGCUCUCGGACAUUUGGGUUUGCCCUCACAUUUUAUGAAGAGGUGACUAGCAAGCAGAUCUGCAGUGCAAUGCAGACCCUCUACCACAUGCACAAUGCUGAGUAUGAUGUCCUACAUGCUCCCCCUGCUGAUGACAGAGACCAGAGCAGCAUGGAGGAUGGUGAAGACACUCCUGUGACCAAACUGCAGCGCUUCAACUCCUAUGACAUUAGCCGGGACACUCUCUACGUCUCUAAGUGCAUCUGCCUCAUCACACCCAUGUCUUUCAUGAAGGCAUGUCGGAGCGUGCUGGAGCAACUCCACCAGGCAGUCACUUCACCUCAGCCCCCUCCACUGCCCCUUGAGAGCUACAUAUACAACGUACUCUACGAGGUGCCGCUCCCACCUCCUGGCCGGUCCUUGAAGUUUUCUGGGGUCUAUGGGCCAAUAAUCUGCCAGAGACCAAGUACCAAUGAGCUUCCCCUAUUUGACUUUCCUGUCAAAGAGGUUUUUGAACUGCUCGGGGUGGAGAAUGUGUUUCAGCUUUUUACUUGUGCCCUUCUGGAGUUUCAAAUCCUGCUCUACUCACAGCAUUACCAGAGACUGAUGACUGUGGCGGAGACGAUUACAGCUCUCAUGUUUCCUUUCCAGUGGCAGCAUGUCUAUGUCCCUAUUCUCCCAGCUUCUCUCCUGCAUUUCUUAGAUGCUCCUGUUCCAUACCUGAUGGGUUUGCAUUCCAAUGGCCUGGAUGACCGGUCAAAGCUGGAGCUGCCUCAAGAGGCUAACCUCUGCUUUGUGGACAUUGACAACCACUUCAUUGAGUUGCCAGAGGACUUGCCACAGUUCCCCAACAAAUUGGAGUUUGUCCAGGAAGUCUCUGAGAUUCUCAUGGCAUUUGGAAUUCCCCCUGAAGGGAAUCUUCAUUGCAGUGAGAGUGCCUCCAAGCUGAAGAGGCUGCGGGCCUCUGAGCUUGUCUCGGACAAGAGGAAUGGGAACAUUGCUGGCUCCCCUUUGCAUUCCUACGAGCUUCUUAAGGAGAAUGAAACUAUUGCCCGGCUGCAAGCCUUGGUCAAGAGAACUGGGGUGAGCCUGGAAAAGUUGGAAGUGCGUGAAGACCCCAGCAGCAAUAAGGAUCUCAAAGUUCAGUGUGAUGAAGAAGAACUCAGGAUUUACCAGCUAAACAUUCAGAUCCGGGAAGUUUUUGCAAAUCGUUUCACUCAGAUGUUUGCAGAUUAUGAGGUGUUUGUCAUCCAACCCAGCCAGGAUAAGGAAUCCUGGUUUACCAACAGGGAGCAAAUGCAAAACUUUGAUAAAGCAUCUUUUCUGUCAGAUCAGCCUGAGCCCUACCUGCCCUUCCUCUCAAGAUUCCUGGAGACCCAGAUGUUUGCAUCUUUCAUUGACAACAAAAUAAUGUGUCAUGAUGAUGAUGAUAAAGACCCUGUACUCCGGGUAUUUGAUUCCCGAGUUGACAAGAUCAGGCUGUUGAAUGUUCGGACACCUACUCUCCGUACAUCCAUGUACCAGAAGUGUACCACUGUGGAUGAAGCAGAGAAAGCAAUUGAGCUGCGUCUGGCAAAAAUUGACCAUACUGCAAUUCACCCACAUUUACUUGACAUGAAGAUUGGACAAGGGAAAUAUGAGCCGGGCUUCUUCCCUAAGCUGCAGUCUGAUGUACUUUCCACUGGGCCAGCCAGCAACAAGUGGACGAAAAGGAAUGCCCCUGCCCAGUGGAGGCGGAAAGAUCGGCAGAAGCAGCACACAGAACACCUGCGUUUAGAUAAUGACCAGAGGGAGAAGUACAUCCAGGAAGCCAGGACUAUGGGCAGCACUAUCCGCCAGCCCAAACUGUCCAACCUCUCUCCAUCAGUGAUUGCCCAGACCAAUUGGAAGUUUGUAGAGGGCCUGCUGAAGGAAUGCCGCAAUAAGACCAAGAGGAUGCUGGUGGAAAAGAUGGGCCGAGAAGCUGUGGAGCUAGGGCAUGGGGAGGUGAACAUCACAGGGGUGGAAGAGAACACCCUGAUUGCCAGCCUUUGUGAUCUCCUGGAAAGGAUCUGGAGUCAUGGACUACAAGUGAAACAGGGGAAAUCAGCCUUAUGGUCCCACCUGUUACAUUAUCAGGACAACCGGCAGAGAAAACUCACAUCAGGAAGCCUCAGUACCUCAGGAAUACUUCUUGAUUCAGAACGUAGGAAGUCUGAUGCCAGCUCACUCAUGCCUCCCCUGAGGAUCUCCCUGAUUCAGGAUAUGAGGCACAUCCAGAACAUCGGGGAAAUCAAGACUGAUGUGGGAAAGGCCAGAGCAUGGGUGCGACUGUCCAUGGAAAAAAAGUUACUUUCCAGACACCUGAAGCAGCUCCUCUCAGACCAUGAGCUCACCAAAAAGUUAUAUAAGCGCUAUGCCUUCCUGCGCUGUGAUGACGAGAAGGAGCAGUUCCUCUAUCACCUCCUGUCUUUCAAUGCCGUCGAUUACUUUUGCUUCACCAAUGUCUUCACAACUAUCCUGAUCCCGUACCACAUUCUGAUCGUACCAAGCAAGAAGCUGGGGGGCUCCAUGUUCACUGCCAACCCAUGGAUCUGUAUAUCAGGAGAAUUGGGUGAGACACAGAUCAUGCAGAUUCCCAGGAAUGUGCUAGAGAUGACCUUCGAGUGCCAGAACUUGGGGAAGCUUACUACUGUCCAGAUUGGCCAUGAUAACUCUGGGCUGUAUGCCAAAUGGCUGGUGGAGUAUGUGAUGGUCAGGAAUGAGAUCACAGGACAUACCUACAAGUUCCCGUGUGGCCGGUGGUUAGGGAAGGGCAUGGAUGAUGGAAGCCUGGAGCGGAUCCUAGUUGGGGAGCUGCUCACAUCCCAGCCUGAGGUGGAUGAGAGGCCAUGCCGGACCCCGCCGCUGCAGCAGUCCCCCAGUGUCAUCCGGAGGCUUGUUACCAUCUCACCCAACAACAAGCCCAAGCUGAACACUGGGCAGAUCCAGGAGUCCAUCGGGGAGGCAGUCAAUGGCAUUGUGAAGCACUUCCAUAAGCCUGAGAAAGAGCGAGGCAGUCUGACGCUGUUGCUCUGUGGAGAGUGUGGCCUUGUCUCGGCCUUGGAACAGGCUUUCCAGCAUGGAUUUAAAUCGCCCCGGCUCUUCAAAAAUGUCUUCAUUUGGGAUUUCCUGGAAAAAGCACAAACCUAUUAUGAGACAUUAGAGAAGAAUGAAGUAGUCCCUGAGGAAAACUGGCAUACAAGAGCCCGGAACUUCUGCCGAUUUGUCACUGCAAUCAACAAUACUCCCCGGAACAUCGGCAAGGAUGGCAAGUUUCAGAUGCUGGUGUGCUUGGGAGCCAGAGAUCACCUCCUACACCACUGGAUUGCCCUGCUGGCUGACUGCCCCAUCACUGCACACAUGUAUGAGGAUGUGGCACUGAUCAAAGACCAUACACUUGUCAAUUCCUUGAUUCGUGUGCUGCAGACAUUGCAGGAGUUCAACAUCACGCUGGAGACGUCCCUUGUCAAGGGCAUCGACAUCUGACCUCCCAGCACCAGCCAGCAGCAGGACUGAGAAAGACUCACCCUGCAGCUCUGACCUUUUUUCCCAAAGGGACUUAAGCGAUUGUGCAGGAGUAGGAGACAAAAUGUACACUCACUGUAAAAAGAAAACUAGAGGAUUUUUGGAAUAAAUAAUCUAUUUUAGAGUUUAUUUGCUGAUUUGCUUUUUACACACUUUCAUGUGAAAGAGUGAUAGGGAGAGGGAGCGAGGCUGGUGCCGCUUAUUUUGAAGCUGGUGCCCUCCCUCGCCGUGGCCACAUGCUGGAAGCCUGAGGCCUCCCUGGACUGAGCCUGUGGCACUGCGUGCGGGACAGUUAUGUUUCCUUGCCCCGUCGCAUUAAUGAGGCCCUUCCACAUCAUUUUUAAACUAAUGUUUUUCUAUAUUAACAUUAUUAUGGAUAUUUGGCUUUCAUAGGCCACACACAGGUGUGCUGCGCGGGAAGCCCCAUGCUCCAAUCAAAGGGAUUUUUAGUAGUGCCUCUAAGCAAGCACCGAUGAGUCAGUCCCACGUAUUUUCUUUUUUGUCAGUAUUGUUUGGGAAGGAGACAUGCCGGGAUGUGUCAUCGUGCCAAAUACCACAUUUCCUGUUGGCACAGUUUCACAGAAGUAAACAUAAGCAUGUUUUAACAGGUUUUUCUUUUCUUUUUUCUUUUUUAAAAUGUUUUAUUUAUUUAACCCGCCAUUGUGUGUUUUUAAGUAUUUUCUUUUUUUAAGGAAAGGAAAAGCUUGUCACAAUCUAACUGGCUAUGUUAUUAUUAUUAAAUUUAUGUUUUGCAACUUAGAAACCAGCUACAGUAUGGCCCACUUAAUAAAACACCUGAAACAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1749.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1837.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 1259.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((..(((.((((((((((.((((..((((.(((((((((((((.((..(((((((((((.(((((((((...((((.((((((((((((.((((((((((((((((...((.((((((((((((..(....)..)))).((((((.......))))))..)))))))).))))))).)))))).)))))((((.((((.(((.(((((((((.((((.....)))).))))(((((......)))))))))).))).))))))))))))(((((....)))))..(((((.((((((((((.((.((((((((((((((..(((......)))....(((((.((.((..(((((((.(((....))).)..(((((((.(((((((((((((((......((..((...((((.(((.((((((((((((((((((((((..((((.....((((.......(((.((((..(((...((...((....))...))...)))..)))).)))..)))).....))))...)))))).............(((((.(((.....))))))))...))))))))))))).)))...))).))))))..)).(((((((.....(((.(.((((.........)))).)))).)))))))(..(((.(((((((((..((((.((((....))))))))...))))))(((((((((......))))))...))).))).)))..)..))))).)))))))).)).))).)))).(((.(((((((.(((((....((((.((.((.((..((((.....(((....)))))))..)).))))))))...)))...)).))))))).)))...........))))))..)).)))))))...........(((((((((...))))))))).))))))).))))).)).(((((....)).))).......))..)))))))))).)))))(((((((((.(((.........))))))).))))).))))))))))))))))))..(((.((((..((((.((((((((....)))).........)))))))))))).))).)))..)))))))).((((((......))))))..(((((((.(.(((((((((.(((.((.((((...((((((((((((.(..((.((((((.(((((..((((((((((...((((((((((........))))).)))))((((((((.......).)))).)))(((((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((((((((((((.(((((.(((((.....((((((((((((....((((.(((...(((.(((......))))))))).))))....))))))..((((.(((((....)))))(((((.((((((.........((((((.(..((((...(.(((((......)))))).))))..).)))))).)))))).))))).((((((((((((((.(((..((((((((((......)))))).)))).))).)))))))).....((((((..(((((((...))))))).)))))).))))))...))))..(((....(((((.(((...(((((((((((((((((((((((...(((((..(........((((((((.....(((((((((((.(((.(((((((((..((.(...(((((..((........)).)))))........((((((.((.(((.((((((((((........)))....))))..))).))).)).))))))((..(((((((((....(((....(((((.(((((..........(((((((((.(((.((((..(((((((((.....))))))))).....((((((((...((((..............)))).))))))))......(((((((.........((.(......(((((...(((((((...(((.(.((((((((..(((((((((.((......)))))))..)))).)))).)))).)..)))..)))))))..))))).....).))........))))))))))).)))..)))))))))..((((.((.((((((((((((....).))))....)))))))..)).))))))))).)))))..)))....)))))))))..))....).)).))))))).))))).))))))............)))))........))))))))..(((((((((((.((((((((.(((.(((((((((((((...(((........)))......(((......))))))))))))))((.((....)).))......)).)))))))....)))))))))).............(((........))).)))))...((((..(((((.((.......))..)))))....))))...)..)))))......(((((.......))))))))))))))))).)))..))).)))))...))))))))....)))..)))).))....))))).).))))..))))))))).)))).)))))))))))(((((...((.....((((((........))))))...))...)))))(((((((((((((((((...((....((((((((....((((.((((((((..((((......)))).)).)))))).))))....((....))(((((((....)))..((((((((((((.((...)).)))....)))))))))(((((.(.......))))))))))(((.(((((((((((..(((((..(((.....))))))))......(((...(((...(((((((...........))))))).)))...))))).))))))))).).))))))))))......))...))))))))........(((.(((((((((.((........))........(((((...(((((...........)))))...)))))))).)))))).)))...........(((((.........(((((((........((((((((((.(((((.(((.....(((((((...((((............))))...(((.((..(((((.(((............)))..)))).)..)))))..))))))).......))))))))((..((..(((.((((....)))).)))..))..))..((((((((......))))))))........(((.((((((((((.......))).))))))).))).(((....)))))))))))))..))))))))))))..)))))))))((((..........)))).))))).)))).)))..))))))))))).))))....))))))))))).))..)..)).))))))))))..))))))))).))))).)))).).)))))))...)))..))))))))))))))))))).((((((((((.(..(.((((((((...............)))))))))..).)).))))))))..........((((((...(((((((.(((...)))........((((((((((...........((((((..(((((.....)))))))))))))))).)))))((((.......))))......(((((((.(((((((((((....)))(((.(((((((((...(((((((.(((.((((.(((.((......))...)))))))..))))))))))...))))).......(((((((..((((((..((......(((((.(((........)))..........((((((.......(((((.((.(((((((((.(((........)))...))))))))).)).)))))...(((.....)))...........))))))..(((((((((.((((.......(((((((((((...(((((..(((((....................)))))..)))))....)))))).))))).....))))((........))..(((((.((.(((...((((.........))))...))).)))))))..)))))))))(((((..((((.....)))).))))).)))))..))..))))))...)))))))..((.((.((((((...((.....))....)))))).)).))((((((((.(((.(((.((((((((((((((.......))))))))))...)))).))).))).)))))))).((((((........)))))).......(((((((.......((((((((((......)))).))))))))))))))))).)))..)))))))))))))))..)))))))))))))))))))))))).))).))).((((((....))))))(((((...(..((((((.((((((((((.................(((((((..........)))))))...(((((((..(((((((....(((((((....)))))..))...)))))))..))).))))....)))))..))))).))))))..)...)))))....(((((....(((((.(((.((((((((((...((....))...)))))))))).)))..)))))...)))))(((((((...............))))))).(((((..((..((((((((((((..(((...(((((((((((((((((((..........((((.(...((((((...(((.(((....))).)))..))))))....).))))..)))))))))))))))))))........)))..)))...................)))).)))))..))..)))))..((((.....))))...............)))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((({.(((.{(((((((((.((((..((((.(((((((((((((.((..((((((((((((((((,,,||}}}(((({((((((((((((.((((((((((((({((.{.((.(((((,((,((({.{,{,.}{(((((...((((....)}}))))))}.}))})))).)),))))})))))).)))))||((.,,{|{(({.((((({,,{}||||..,,,))))}))))}|,||}}}}}))))))|||,|{|||.,,,))))),,))|((((.{{{|||||{{(((((.((((((((((,(({{,(((((({{,,{||,({{...,,,|||..,.|||||,||,,,.,||{{{({,({{....)))}}..(((((((.(((((((((((((((,,..,.(((((...})))),{{{.||(((((((((((((({(((((..((((..{..((((.......(((.((((..(((.,.((,,.{{....))...))...)))..)))).)))..))))..,..))))...))))))..,,,......,,(((({,(((.....))))))))...)))))))))))))),,.{((((((((.((.(((..(((((((.....(((.(.((((,........)))),)))).))))))))))))))))))))|{{||(({(.{{,,....,))})}},...|||.{,{{.((((((......)))))).,.}},......}}}....))))).)))))))).)).))).)))).(((.(((((((.{{|{{....{(((.((.((.((..((((.{{(..{{..|||||))))..)).))))))}}...|}},..}}.))))))).))|,,.........))))),.{||{|,,|||||,.........(((((((({...))))))))).,))}),)})}}|||},..|||)}..))),))),,))},.}),,)))))))))).)))))(((((((((.(((.........))))))).))))).)))))),)))}))),)))}.(((.((((..({(((((((((({,.,.}}}}.........)))))))))))).)))......)))))))).((((((......))))))..(((((((.(.(((((((((.(((.(,{((((...((((((((((((.(..((,((((((.(((((,.((((((((((...((((((((((........))))).)))))|{{(((({.......).)))).,}}(((((..(((.((((.(((((.(((((.(((((..(((((((((((((.(((((.(((({..,,,{((((({(((((,...{{{{,((({,.(({(((,.,,,,,}||},}})),)))).,,,}||||}.{((({.{((((,...}))))(((((.((((((.,,.,,,,,({{{{{.|,.||||.,,{.(((((......)))))}{||}}..,.)))}}}.)))))).))))).{{{(((((((((((.(((..((((((((((......)))))).)))).))).)))))))).....((((((..(((((((...))))))).)))))),}}})))..,)})),,||{},,,(((((.(((...(((((((({((((((((((((((...(({(({.{,.......((((((((.,...(((((((((((.{((.(((((((({{{{{{,...(((((..((.,.....,}}.})})),,,.....((((((.{{,(((,{{({{{{{{{....,,,,}}.,,}})),}..))).,}}.,,.})))))||}.{{||(((((,{,.((({,..,,,||}||||}}}}}}....,(((((((((.(((.((({..(((((((((.....))))))))).....{{{((({(,..{{{(......,,,.....}}}}.})))}))),,}..{(((((((.........{{.,.,....(({({,,.(((((((...(((.,.((((((((..(((((((({,((......))))))),})})).)))).)))).}..)))..))))))).}))))).....},)}.,....,.))))))))))).)))..)))))))))..((((.((.((((((((((({....}.))))....)))))))..)).)))).|||,.,,,,)}}|||{.{{||||,,}))}.)),.,},))..})))))).)}})).))))))............)))))......,.))))))))|||||||||..(((((.,{((({(,{.{{(((((((((((,.,(((........)))......(((......))))))))))))))|,},..,.}))})},...))))).,.,,{.....|||.{{{.......,}|},,|||||||},,....,,,.{{...}}.((((..(((((.((.......))..)))))....))))...}}}))))}.,,,||,||||....,,,}}},,)))))))))))).)))..))).)))))...))))))))....}}}..)))).)),..,))))}.}.})))..))))))))).)))).))))))))))((((((({..(((((((((((({...{{..,...))..,,.}),,)))))))))|.,,((((((((...((....((((((((....((((.((((((((..((((......)))).)).)))))).))))....((....))(((((((....)))..((((((((((((.{(...}}.)))....)))))))))((((,,(.......}))))))))){((.((((((((({({.((({{{{{({,,,,,|||||}||,.....{{{...|||.,,{{{||||,,,..,,....))))))},))}...))),),))))))))).).}}))))))))......))...))))))))......{,{((.(((((((((.{,....,.,.}}........(((((...(((((...........)))))...)))))))),}))))).)))......}))))))){({,{{{{...{((({(,,,,{{...((((((((((.(((({{(((,....(((((((...((((.,.....,,...}}}}...((.,||.,||{|{.(((.,,,,,......}}}..}})),)},}}}}}..)))))))....,,.))))))))((..((..(((.((((....)))).)))..))..))..((((((((......))))))))........(((.((((((({({.......}}).))))))).))).(((....))))))))))))).}))))}),},})}.,)))),,}}}(({,..........}}}),))))).)))).)))..))))))))))).))))..,,))))))))))).))..)..))},)))))))))..))))))))).)))))},))).).)))))))...)))..))))))))))))))))))).((((((((((.(..(.((((((((...............)))))))))..).)),})))))))..........(((((,..{(((((((..((...{{{.,,{{{..,|,,{{{||||,|||.{,,.{((,{((({(({{,,,.,{|||.||}}}},,,})),))))),|||}}}})}})}}),}....((((({{(((((((((({{....}}}(((.(((((((((...(((((({{(((.((((.(({.{(......}}...})}))))..))))))))))...))))).....,,(((((((..((((((..(({.....{((((,{((..,,..,,|||,.,{({....{|||{{.......{((((.({.{{{{|||{{.|||.||,,,..})),..}}}||||||,}}.|||||.{{(({.{{..|||{,,{.,,..,|||||||,,(((((((((.((((...,,..(((((((((((.,{(((((..(((((.{,.............,,..)))))..))))).,,.)))))).)))))...,.)))){{,,......,,..(((((.((.(((...((((.,.......))))...))).)))))))..)))))))))(((((..((((.....)))).))))).))))),.))..))))))...)))))))...|}|,.|.{(((|{,{{.|...{{....})).})})).})}}|..,.,.,..,{{{{{|{|||||||,{{{||,..||||,}}))))}})}}}}},||}.,||||{((((,(((,,,,,..}}})))))))))}}}),,,(((((((.......((((((((((......)))).))))))))))))))))).)))..)))))))))))))))..)))))))))))))))))))))))).)})||.}|{(({((....}}},,,{{{{{,,,|.,|{((((,(((({(({{{..............,..{{{{|{{..,,,,,|..}}}}})).,,||||,,,..((((({{..,|||||(((....))))),,||{.{||,}}})}}}))}||},....,}}))..,,,,,,||||}}.,|,,,|}}}|{,..(((((..,.(((((..(((((((((((((,.,((,....,.,})))))))))).)))).))))),..)))))(((((({.............||))))))).{{{{{..,{.,(({((((({{((..(((...(((((((((((((((((({..........((((.,...((((((...(((.(((....))).))}..))))))....,.}})}..)))))))))))))))))))........)))..)))}}))},,,...........,,}}}}}}))..)),,))}}}..||||}.,..})))...............)))).........
Back