Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016108.4
Sequence Length
2136 nt
GC Content
0.4129
CUCCUUGCCGCCCAGCCGGUCCAGGCCUCUGGCGAACAUGGCGCUUGUCCCCUGCCAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCACACGACGGUUCUGCCCUUUAUAUUAAUCGAGAUGAGGACAUCGCACCAUCAGUAUCCCAGCAGGAGCAGCGGACUUACCGCCAUAUGUACCUUCUCUGUUGGCUAUAUAUUAUGGGUGUGCUGGGUGCAUCAUGUAACUGGCAUGUGGGUGUACCCUUUCCUGGAACACAUUGGCCCAGGAGCCAGAAUCAUCUUCUUUGGGUCUACAACCAUCUUAAUGAACUUCCUGUACCUGCUGGGAGAAGUUCUGAACAACUAUAUCUGGGAUACACAGAAAAGUAUGGAAGAAGAGAAAGAAAAGCCUAAAUUGGAAUGAGAUCCAAGUCUAAACGCAAGAGCUAGAUUGAGCCGCCAUUGAAGACUCCUUCCCCUCGGGCAUUGGCAGUGGGGGAGAAAAGGCUUCAAAGGAACUUGGUGGCAUCAGCACCCCCCUCCCCCAAUGAGGACACCUUUUAUAUAUAAAUAUGUAUAAACAUAGAAUACAGUUGUUUCCAAAAGAACUCACCCUCACUGUGUGUUAAAGAAUUCUUCCCAAAGUCAUUACUGAUAAUAACAUUUUUUCCUUUUCUAGUUUUAAAACCAGAAUUGGACCUUGGAUUUUUAUUUUGGCAAUUGUAACUCCAUCUAAUCAAGAAAGAAUAAAAGUUUAUUGCACUUCUUUUUGAGAAAUAUGUUAAAGUCAAAGGGGCAUAUAUAGAGUAAGGCUUUUGUGUAUUUAAUCCUAAAGGUGGCUGUAAUCAUGAACCUAGGCCACCAUGGGGACCUGAGAGGGAAGGGGACAGAUGUUUCUCAUUGCAUAAUGUCACAGUUGCCUCAAAUGAGCACCAUUUGUAAUAAUGAUGUCAAUUUCAUGAAAAGCCUGAGUGUAUUGCAUCUCUUGAUUUAAUCAUGUGAAACUUUUCCUAGAUGCAAAUGCUGACUAAUAAAGACAAAGCCACCCUGAACCUGACGUCUGCAUUGUGCAUCUCAAAAUCCUAACAGCAUUAGUAUCUCCUUUUCAUUUUUAUUACCUGUUGAAAAUGGGUUUACUGAACCUGGUUCUUUCCUAUAAUUUUUGGAUUUUAAAAAAUGUGAAUCUUUUUGAUAACUCCAAAACAAAUUUUUUUUUUCUUUUUUUCCAGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACGGCAAGCUCCGCUUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACACGCCCGGCUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACACGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAACCACCGCGCCCAGCCACAAAAUUGUUUUUAAAAAAACUAUUUUACAAAAUCUUUGACCGUAAUUAUUUUUAAGAUGAAAAAUAUGUUAUAUAAAUUAUAAAAUGUUACUUAACACAAAUAUAAGUAUUGAUUGCCCAAUGUUGAGAGAGAUCAACAAAUGAUAUAAAACCAUUCACUCCAAAAUUAUAAUUACAUUUUAAAAUUAAAAAAUGAAAAGCAUUAAACUUUUUAAUUUGAAAAAAAUUUAAACUCAAAAAGUUAAUUUAAAAUUAGUUACAUUUAAAUGUAAUUAAAUGCUAAAAAUCUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-594.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -636.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 468.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((..(((......)))....))))(((((((((...((((.((((((((....((((((((((....))))))))....)).....)))).........(((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.(((...(((.(((...........((((....))))(((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))).)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).)))))))((((((((((((..(((.((.((((((.(((.(((((((((...............)))))))...)).)))))))))(((((....))))).((((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))).........(.((((....)))).)..)).))).)))))))))))))))).))))....))))(((((((((.........)).)))))))..((((((((((((((((.((((((..(((((....(((((.((((((((((((..((...))..))))))).(((((....(((((((.(((.((((....((.....))......))))...))).))))))))))))....(((...((((.......))))..))).((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((((((...((....)))))))((((((((((((((((.((.(((((((.(..((....)).).)))))))...)).)))))).......))))))).))).......((((.......))))......(((((((((....))))))))).......((((((((((((((((((((.((.....(((...))).....)).)))))......((((....))))............(((..((((.(((....))).))))..)))..)))))..........))))))))))...............((((((((((((((((.......(((((...)))))(((((...(((((((.((((((.(((((.....(((((((((((.......((((...(((((((...............)))))))...)))).....((((.((..(((((.((((........))))..)))).)..)).))))((((..(((.((((......)))).)))..))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))...))))).))))))))...((((((((((((.(((..............................))).))))).)))))))...........(((..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))))).........))))))))))......((..(((.....))).))))))).......))))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.....((.(.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))).)))).(((........))).(((((((......(((....))).....))))))).....(((.((((...)))).))).)))))..))))).....)))))...((((..........))))(((((((((.(((((...((....))...))).)))))))))))))))))......)))))))).)))......(((((....)))))(((((((.(((((..(((....)))..))))))))))))....((((.(((((.....))))).))))((((((.........))))))......))))))))))(((((((((.....((((.........))))...................((((((........))))))...((((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,{,(({{..(((......)))...,)))){{(((((((...((((.((((((((,,..((((((((((....)))))))}....))..,,.)))).,,....,,{((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.,(({..,||,(((..{{,.,{{,.((((....))))((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))),)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).))))))}((((((((((((..{((.((,((((((.{((.(((((((((.{,.......,},..)))))))...)).))}))))))(((((....))))).{(((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))}.........,.((((....)))),)..)).)}}.)))))))))))))))).))))....))))|{(((((((.........)).)))))||{{((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((({((((((..({...})..))))))}.(((((,..{{((({.{((({.,{,,....{,.....}}......}}}}}}}},.}))))),))))))....,{{...{((({....|.}}}}..}}}.((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((.......{.(((((((((.{((((((((((((((((.((.(((((((,(..((....)).}.)))))))...}).)))))).......))))))).)))}....,,((((,.....,}|||......{((((((((....))))))))}..,,,..{((((((({{{{{{{{{,|||,{,,...,,|,)))}},,..,{,.,,}}}......(({{....}}}}..,.,,......(((..((((.(((....})).))))..)))..,|||||||||,||||}}}}}}}}}}...........,{,|{{{|||{||||||||}.......|||||,,,))}},{{{||||,{{|||{{{(({{{(,(((((,,,..{{{||||||||,,,....{(((...(((((((...............))))))).,,)))},,}.,{{||,||,}||(((,((({..,,,,,,|||}..}}}}.}..}),)}}}.||||}|{{.||||,,,...,|||,}}}...,,}))){|||||}}}..,||}||||},||}.}})))})}},)))}}.,..}}}}}}..((((((((((((.(((......,,.....,.....,}.....,...))).))))).)))))))...........,,,..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))).}........))))))))))}......{,..{{{...,,))}.,,))))).......})))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.,...({,,.{((.((((...)))).)))))})))))))))))))).)))).{{{.|,..,..||}.(((((((......(((....)))....,))))))}.,}},|{|,||{,...,}}),)}}.)))))..))))).....)))))...((((..,....,..))))(((((((((.(({((,{.((....))..,)}),)))))))))))))))))......)))))))))))){((({.(((((....))))).})))).{{{,...,}}}.}}}}}}|{{{{{{{..,,,,}},|||{{.(((((.....))))}.}}}}|(((((.........)))))}.,,...}}}}}}))}}(((((((((......,{{,.........,,}.................,.((((((........))))))...((((({.((((((((..((((((.....)))))).,.)))))))).........,(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).
Back