Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016221.4
Sequence Length
4116 nt
GC Content
0.4145
GUCAUCGCCUCCUCCCUCCCCAAGAUGGCGUCCUUGCUGCAGUCGGACCGGGUUCUCUAUCUAGUCCAGGGAGAAAAGAAGGUUCGGGCCCCGCUCUCGCAACUCUACUUCUGCCGCUAUUGUAGCGAACUGCGGUCGCUGGAAUGUGUGUCUCACGAGGUGGACUCCCAUUAUUGUCCCAGUUGUUUAGAAAAUAUGCCAUCGGCUGAAGCCAAACUAAAAAAGAAUAGAUGUGCCAAUUGUUUUGACUGUCCUGGCUGCAUGCACACCCUCUCUACUCGGGCCACGAGCAUCUCCACACAGCUUCCAGAUGACCCAGCCAAGACCACCAUGAAGAAAGCCUAUUACCUGGCAUGUGGAUUUUGUCGCUGGACGUCUAGAGAUGUGGGCAUGGCAGACAAAUCUGUAGCUAGUGGCGGUUGGCAGGAACCUGAAAAUCCUCACACACAACGGAUGAACAAAUUGAUUGAAUAUUACCAGCAGCUUGCUCAGAAAGAGAAGGUUGAGCGAGAUCGCAAGAAACUGGCACGACGUAGAAACUAUAUGCCUCUGGCUUUUUCGGACAAAUAUGGUCUUGGAACCAGGCUUCAGCGACCACGAGCUGGUGCAUCCAUCAGUACCCUUGCCGGACUUUCCCUUAAAGAAGGAGAGGAUCAGAAAGAGAUAAAGAUUGAGCCAGCUCAGGCUGUGGAUGAAGUGGAACCUCUACCUGAAGACUAUUAUACAAGACCAGUAAAUUUAACAGAGGUAACAACCCUUCAGCAGCGUCUGUUACAGCCUGACUUCCAGCCAGUCUGUGCUUCACAGCUCUAUCCUCGCCACAAACAUCUUCUGAUCAAACGGUCCCUGCGCUGCCGUAAAUGUGAACAUAAUUUGAGCAAGCCAGAAUUUAACCCAACGUCAAUCAAAUUCAAAAUCCAGCUGGUCGCUGUCAAUUAUAUUCCAGAAGUGAGAAUCAUGUCAAUUCCCAACCUUCGCUACAUGAAGGAGAGCCAGGUCCUCCUGACUCUUACAAAUCCAGUUGAGAACCUCACCCAUGUGACUCUCUUCGAGUGUGAGGAGGGGGACCCUGAUGAUAUCAACAGCACUGCUAAGGUGGUGGUGCCUCCCAAAGAGCUCGUUUUAGCUGGCAAGGAUGCAGCAGCAGAGUACGAUGAGUUGGCAGAACCUCAAGACUUUCAGGACGAUCCUGACAUUAUAGCCUUCAGAAAGGCCAACAAAGUGGGUAUUUUCAUCAAAGUUACACCACAGCGUGAGGAGGGUGAAGUGACCGUGUGCUUCAAGAUGAAGCAUGAUUUUAAAAACCUGGCAGCCCCCAUUCGCCCCAUUGAAGAAAGUGACCAGGGAACAGAAGUCAUCUGGCUCACCCAGCAUGUGGAACUUAGCUUGGGCCCACUUCUUCCUUAAAAGGUUCCACUGGAGGGCAGAUCCCAAAGGACAGUAUCACCGUAAACCUGCGUUAAAAUGUGGAAGCUGCUGCUUCAUUAGGCCUUGUUUAUAACGAUGUACCCAUGCACUACGGAAUUCUAUUGCUAAGAAAGUGGGAGCAUAGGCAAGGCAUUGGGAACACAGGGUAGCUGCUGUUGCUCUUGCUCUCACCCCUGUUGACACCAGUAAGUCUGUGUCUCCCUCACUGAACCCUGCACGUUGAGUAACAGCAGCAUAAUUCCAUCCUAGGAAAGGGGAUGGGUGUUCCUUGGAAUGGCAUUGUAUUUACCACCUGAGAAACUCUGUACUGUCUCUUGAUCUGAUCUCACUAAGGAUCACAAUGUCACAGAUGAAACUUAAAUGAUAACCCAAAGGUAGACCUGCUGUUAAUGAUCCAGCAUUGGUCACAAUGUACCAACUGCUUUCUGCAUUCCGUUAAAUAUCAUCUAACAGUCUAAAACAUAUCCCUUCAUUGCCAUAAUGGCUGCCAUUUUGCCAUAGAUUUCCAUAUAACUGAAAAACUGAAUUGUCACUUUAUCUUUAGUAUCAUGAUGAUUGGAAAAACCUGUGAAGUUGUUAAGGCACUCUCAUUUGCCCUCUUUUUCUAAGUGAAUACAGGACACGUAUUAGUUGUUCUUAAUUUUUUUCCCAGUAAAAUAUGGAUCUUUUAAGAAGAAUUUGAGAAGCAAACAAUUACAUGUCAUGUCAAGGGGGUAGCAGAUUCCAUUCGUUUUCAAUAUUGCCACAAUACCCAGGGAUUAAUGCUGCCACAGGGGGGCAAUCUUUAUUUGUCUUACUUCCUACCCCUUCCCUGUUCUGCCUCUUUAACUCAGUUAAGUUGUUCUGUUUGGGACCUGGAAAAGAACCCAAAGAAAACCUGAGUGGACAGGUUCAUUUCUGGAAUGCAGAAAACAUUUUAAAGGCUAGAUUUUUAGAAUAUUCUCAACUAGCAUUCUUUCCAUUGAUUUGAAGGGGAAAUUAACUAUUAUAAUCUCUUGAAUCCAAAACUGGAUAUUAAGAACUUUCCCCCUUACUAAGUUUAAGACUUUUGUCAUGUGGUGAGUCAAAUAAGACCAUUUUGAUUGUAAACCAUAAAAUAGUUCAGCAAGUAGCCCACAGUUCUGGCCUAACAGCAGACUUGCUGUUUUCACUUGGUAUCCUGGAGUUGGGUUGCUAACCUUAAUUUCUAUGAUGUUUUCUAAAAUGAAACUUGAUAAAGUAGACCACCAGCUGCACCGUGUUUUCUGUAAAAGUAUUGUUAGUAAGUGGCCAAGAGACUUGAGGAAAAUACAGAUUUUUUGUUUACCUUGGUCUUGUUUUAAGUCUUAAAAAAUUAAAGAUAACAUUAUAAUGUAGAAUACAGAUGGGACAUAGUCCUUGUAAGCUUCCCUUGAAAAUGUUUUAAAUAUUUAGGAAGCUUUUAAAAGACACUAAAUUGUACUCUAAAAGACACUAAAUUGUACUAAUUGUACAAAGGUCAAGCCAAUUUUAUGAAACAGUCCUACAGAGUAAUAUAUGUGAUGCAGUGUAAGAAGGAAAAUACUCAUCUCUAACAUUAUGGUAAUAACAUUUAGCCUCUUAGGAGUUGGAGCAGGGGGAUGGGUAAUUACAGAUUUGCAGACUAUAGAAAGAGUUUCAUUUUUUUGUGACCCCACAGAGUCUCAAAUUUUUAUUUCACUACCUGCUAGAGCCUACUGUGAAAUCACUGCUCCAUAUUUGCCAGUGGAGGAAAUGGGCAUAGAGUAGAGAAUAGCUUCAUAUGUUUACACGUUUGCAUAGACUACACACAUGUCAUGCGUUUAUGGCAGGUAGCUGGUAUUUAUUCCCCAAAGUAAUAAUGUUGAAGUAUGGGUCUCAUCAUUCCCAUACACAGAAACACAAAACACUUUGAUCAUAAACUUUUUUCUUCAGAAGCCAAACUAACUUGCAGAAUAAUAGAGCCACUGGUUUAAUGUUUCCUCAAGAUAGGUUUUAGUGUAAGCUAGUAUUCUGUGUGUUCGUAGAAAUGAUUCAAUACCUGCAGCUGGUGAAUUAGGAAUUGUAUUUGUUGCCUUUUUUAUAUUAGAUGAGGUGCAAAAAUUUUAAUGCUAGUCAGUAUGCACCACCACAGGAAAGUUAGAUCCCAUUAGCACUUGAAACUACAGCUUUGGAAACUUAGGCUAAGUUAAUUUGGAUUUGUUACUUGAUUCACCUACUGACCUUUUCUUUUGUUUGAAGUGCUUAUCAGCAUAAUGAGCUAAGUGUCAUGCAUAUUUGUGAAGAAACACCCUUUUUGGUCCCUUUUGGGACAGAGAGGUACUCCUUGAUCUUUAUGAAUGACAGGUUACUGUUUUGCCUUAUUGCUUAACUUAAUGUAGUGAAAUAAAGCAGACAAAGCUUGAGCGUGUCUUUUGUUUGCUCUCAUGUAGAUACUAAGUAGCAUGGCUCAGAGCCAAAAGACAAGCGUGAAGUUAAGAGAGUUGGCUAAGAGAGUUGGUGGGGCAUGCUCCCUUCCAUUCCUUAAAUGAAGUAAUCUAAAAUCUCUUAGCAGGUUAGUUCACCAUAAUAUAUAAGUAGAUGUUGCUUUGAGCUUCUUAUAUACAUAUUCACAGAACCAUUAUAUAAAUGUUGUUAGACCUCUACCAGUUUUUAUCCUGGGUCAUUGCUUCUAAAGAUAUCCUUUACAAUAUACACAGUGGUCUGACUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1116.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1196.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 1004.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...((((.((..(((((...(((((((....))))...)))((((.((((.....)))).)))).)))))...)).))))...)))...((((..((((((((((((....(((((...)))))..((.((((((.(((.((((...(((.((((...((((..........))))...))))..)))..)))).))).)))))).)).....(((........)))....(((((((.(((((((((((.(((((((((((((......(((((..(((((.(((((...((((((..(((((.(((((..((((((((((((((.((.......(((........))))))))).)))))..))))).))))).))((((.((((...(((((....)))))....(((((.(((((.((((....(((((.(((((((.(.....(((.........(((((((.....((((((.(((((((((((...(((((((((.(((((.((....)).((((((...........(((((((...(((((.....)))))...)))))))..(((((.((((((..((((((...((((((((...((.(((..((.((((....((((((.((((....)))).)))).))...))).).))..))).))))))))))..(((((...(((((((..((((((........(((.............))).........))))))..))...))))))))))))).)))..))))))..)))))))))))(((((...))))).......))))))).....)))))))......(((((.........)))))..(((....)))..)))))))))))..((((((...............))))))........)))))).....)))))))...))).....((((..((.(((((((((....((((((.....)))))).......(((((((((...(((((((..((..(..((((...((((....)))).))))..))).)))))))))))))))).((((...))))...(((((((((...)))))))))(((.....))).(((((((.(((((((....)))..)))).))).)))).)))))))))))..))))......((((((...)))))).......(((((....))))).......(((((((.(((.....))).))).)))).).))))))).(((......)))..((((((((...))))))))..)))))....)))).))))).))))).)))))))).......(((((((((..((....))..))))).))))..))).)))))).....))))))))))..((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.((((((((((((((((....)))).......)))(((((....))))).....((((((((((......(((.(((((...((..(.(((...))).)..))...))))).)))))))))))))...((((((((......(((((((((((((.(((..(((........(((((.((.....)))))))........))).....)))....)))))))))))))......(((((((.......))))))))))))))).((..(((...........))))).(((...))).))))))))).)))...((((((......))))))..((((...((((.....(((.(((((((((....))).(((((((((.........)))))..)))).............(((.....)))..........)))))).)))..))))...))))..........((((.((((((((((......))(((((.((((((......(((...((((((.((......))..)))))).))).......))))))...))))).)))))))).)))).....))))))))))).......)))).....(((((((......).))))))...........(((........))))))))))))))))))..(((((.((((((((..((((((....(((((..(((((((((((((.............................))))))..)))))))..((((((((((.......))))...........((((((((((((((..........((((((....(((.((((..(((((..((.....))..))))))))))))))))))))))))).(((.....(((((((((((...((((((((((.....)))))))))).))))......)))))))......)))...)))))))..................(((((((((((....))))).)))))).....))))))....(((((...)))))..((((.(((((((((((((((((.(((..((((((............(((((((....(((((((((.(.(((.((.(((((((((....)))))).......)))...)).))).))))))))))..........(((((..(((((((......)))....))))..))))).(((((((((((..(((((((((((((.......((((((...((((........((((((((((............(((((...(((((.((((((((.((((((....(((((......(((((((((((((.....((((((......(((((.(((((((((.....(((((((...))))))).)))))))).......(((((..((((((((((....(((......((((((.....)))))).(((...)))..............)))....)))))).......))))..))))).).))))).....))))))))).)))))))))).......)))))....)))))).))))))))((((((((((((.....(((((((.((((((((((((((......)))))))))..........)))))))))))).....((((((((((((((((((((((.((...(((.(.((((((........)))))).)..)))...)).))))).(((((........)))))........((((.(((.........))))))))))).)))))))))).)))))))))))))))(((((.....((((...(((((((..........))))))).....))))......)))))))))))))))..))))))))))..)))).))))))))))))))..((((((..(((((((((......(((......)))........))))))))).))))))....((((....))))...))))).)))))))))))......))))))).(((((.(((((.((((...)))).))))))))))..(((((((((((((..(...((.((......))...)).....)..))))))).))))))....(((((.((...)).))))).))))))..))).)))))...)))))))))).))))))...(((........)))(((((....)))))....((((...((((((.((((...((.(((......((((((((.((((....)))))))))))).....))).))...)))).)))))))))).((((((((..(((((((..........)))))))..))))))))......)))))))))))...))))))))))))).)))))......)).)))).))....)))))...)))........)))))))).)))))))((((.((((.((.((((......)))).))))))))))..((((.((((((.............)))))).))))...........))))))).)))))...))))...(((((((....(((...)))....))))))).((..((((((((.((.((((........))))...((((....(((((.....)))))))))......)).))))))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((...((((,((,.(((((...((({(((....,}}}},.}})((((.((((.....)))).)))).)))))...,).))))...)))...((((..((((((((((((..,.(((((,,.|||}|..(,.{{{|{{,{{{.|{({,..(({.((((.,.((((..........))))...)))}..})}..}}}}.)}}.)))))}.}},,...(,,........,}}..,.(((((((.(((((((((((.((((((((((({(......(((((..(((((.(((((...((((((..((({(.(((((..((((((((((((({,((.......(((........)))}))))).)))))..))))).))))).)}|{{{,((((...(((((....})))).}},{((((.(((((.((((....{{{{,.(((((((.{.....(((.........(((((((.....((((((.(((((((((((...(((((((((.(((((.{{,...||.{(((((........,..(((((((...(((((.....}))))...))))))),,(((((.((((((..((((((...((((((((.,,,,.{((..{{,,(({.,..{{{((({({({....}})),)))}.}}.}.})).).}}..)))}),))))))))..(((((...(((((((..((((((...{({{.{{(.,,..........)))...}}},..))))))..))...))))))))))))).)))..))))))..)))))))))))|{({(...)}))).,,.,,,)))))}}.....}))))))|,|,..{((({,.....,..)))))..,{{....,,,..)))))))))))..((((((...............))))))........)))))).....))))))),..))).{,,,((((..((.(((((((((....((((({.....}))))).....{{(((((((((...(((((((..{{..(..((((...((((....)))).))))..)}}.)))))))))))))))),||.,....,},...(((((((({...))))))))){((.....}}}.(((({{{.(((((((....}))..)))).})}.})}}.)))))))))))..))))...}}.((((((...)))))).......(((((....))))).......(((((((,(({....,))).))).)))).}.))))))}.(((......))).{((((((({...}))))))),.}}}},....)))).))))).))))}.))))}}}}.......(((((((({,.{{....))}.))))).))))..))).)))))).....))))))))))..{(((({{(((((((({{((({{(((((((((((,.{{(.((((((((({{,((((....)))).......}}}(((((....))))).....((((((((({.....,(((.(((((...((..(.(({...})).)..})...))))).)))))))))))))...((((((((......(((((((((((((.(((..(((.....,..(((({,((.....)))))))........))).....)))....)))))))))))))......(((((((.......))))))))))))))),((,,(({.....,,,,,.))),,.(((...})).))))))))},))),,,|(((((......)))))|{{{(,{{{{((,,,,...,,,.,{{{..,,,...,|||,{,|,,(((((({{(({{..|{({(((||,.},,})},,,,,.{((.....))}....,,.....))))).)))))))...............|,,,,{{{...{{|||,,{,.....)}|||{{.((((((.....,(((...((((((.,,......,,..)))))).))).,.,,..))))))...))))),.))))}...|}}}.....}}}))))))}}..,,,..,},)},...(((((((......)||))))},.|,,{,,,,.{||........})))))))))))))))))..{((({{((((((({..{((({{|,,|{{((({{(((((((((((((....,,.......,,,,...,,,,},...))))))..))))))).,((((((((((.......))))},.........|||||{|{||||{{.,,.,.....((((((....|{|,{(|{.|(((((..((.....))..))))))}),}))))))))))))))).,,,,{{{{(,,,,,|||||,..{{{{{((({(,,,,.}}}}}|||}}.,}})..,|}|))|||},......}}}..,)}}||||,,,...............(((((((((((....))))).))))))..,,,))))}),...{{{{{...|||,,..|||{.((((((((((((((((,.(((..((((({....,,,|,,..,,{{{,{,{{,(((((((((.,.{(({((,{.(((((((....))))))}......,}},..|},|}}||}}|}}}}}}..,,,,{{{|{((({..{{{((((......)))|,,,,}}},,))}},.(((((((((((..(((((((((((.....{{{{((((,(...,((({{{(,({{..(((({(({.,.....,})))}))}.}))))))),((((((((.((((((....(((((..,,..(((((((((((({....{((((((......(((((.{((((((((.....(((((({...}))))))})))))))).......{((({..{{{{((((((....(((......((((((.....)))))).(((...)))..............)))....)))))).......}}}}..}}})}.,.)))))..,,.)))))))))}})))))))))..,,...)))))....)))))).))))))))((((((((((((...,.(((((((.(((((...((((({......})))}||(((....)))}.)))))))))))).....,(((((((((((({((({{{{{{((...,||,{.((((((........)))))).}..|||,{,||,|||}}.,,,..,,,,..,})})}}........((((.(((.........))))))))))}.)))))))))).))}))))))))))))..}.}}}}}}||||...(((((((..........)))))))}}}}}))))}.......,{{((,,,,...,,,,,......}))}),,,.||,|||,||||((({{{(((({.,((((({{{{.{.,..{{{...,..)))..,,}}},}}}))))}),))))))..}}}|}}.,..}})},,}}},,,.)))))))))))..,}}})}}}}},.{((({|{((({.(({{...}))).})))}))))}..,,,,||{{{||||.,}}}}}}}||....,,)),..}}||,,....}}}}))}}}}},||,,..(((((.{{...},.))))).))))))..))).|}}}},..,))))))))).}}}}}},..|||,,,.||||},,{{(((....}))}}..}}|}},.,,{((({{.((({...((.(((....,.(((((((,{((((....))))))))))))...,,))).))...)))).,))}}|||||.((((((((..(((((((..........)))))))..))))))))....,})))),}))))}..,})))))))))))}.)))))......)).))))},}....)))))...)))}.......}))))))).)))))))((((.(((,{((.((((......)))).))))))))))..{(((.((((((........,,,..}))))).))))...........))))))).)))))...))))...(((((((....{((...)))....))))))).,(..((((((((.((.((((........)))),,.,{{{....(((((.....))))),}},......)).))))))))..),
Back