Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016337.3
Sequence Length
1834 nt
GC Content
0.5780
GUGGUCCUCUGAUCAACAUAGGCUGGUGGGAGUACAGGACUCGCCUCCUCAGGGUUCCCUGUGCUGCCACUUUUCAGCCAUGGCCACAAGUGAACAGAGUAUCUGCCAAGCCCGGGCUUCCGUGAUGGUCUACGAUGACACCAGUAAGAAAUGGGUACCAAUCAAACCUGGCCAGCAGGGAUUCAGCCGGAUCAACAUCUACCACAACACUGCCAGCAACACCUUCAGAGUCGUUGGAGUCAAGUUGCAGGAUCAGCAGGUUGUGAUCAAUUAUUCAAUCGUGAAAGGGCUGAAGUACAAUCAGGCCACGCCAACCUUCCACCAGUGGCGAGAUGCCCGCCAGGUCUACGGCUUAAACUUUGCAAGUAAAGAAGAGGCAACCACGUUCUCCAAUGCAAUGCUGUUUGCCCUGAACAUCAUGAAUUCCCAAGAAGGAGGCCCCUCCAGCCAGCGUCAGGUGCAGAAUGGCCCCUCUCCUGAUGAGAUGGACAUCCAGAGAAGACAAGUGAUGGAGCAGCACCAGCAGCAGCGUCAGGAAUCUCUAGAAAGAAGAACCUCGGCCACAGGGCCCAUCCUCCCACCAGGACAUCCUUCAUCUGCAGCCAGCGCCCCCGUCUCAUGUAGUGGGCCUCCACCGCCCCCCCCACCCCCAGUCCCACCUCCACCCACUGGGGCUACCCCACCUCCCCCACCCCCACUGCCAGCCGGAGGAGCCCAGGGGUCCAGCCACGACGAGAGCUCCAUGUCAGGACUGGCCGCUGCCAUAGCUGGGGCCAAGCUGAGAAGAGUCCAACGGCCAGAAGACGCAUCUGGAGGCUCCAGUCCCAGUGGGACCUCAAAGUCCGAUGCCAACCGGGCAAGCAGCGGGGGUGGCGGAGGAGGCCUCAUGGAGGAAAUGAACAAACUGCUGGCCAAGAGGAGAAAAGCAGCCUCCCAGUCAGACAAGCCAGCCGAGAAGAAGGAAGAUGAAAGCCAAAUGGAAGAUCCUAGUACCUCCCCCUCUCCGGGGACCCGAGCAGCCAGCCAGCCACCUAACUCCUCAGAGGCUGGCCGGAAGCCCUGGGAGCGGAGCAACUCGGUGGAGAAGCCUGUGUCCUCGAUUCUGUCCAGAACCCCGUCUGUGGCAAAGAGCCCCGAAGCUAAGAGCCCCCUUCAGUCGCAGCCUCACUCUAGGAUGAAGCCUGCUGGGAGCGUGAAUGACAUGGCCCUGGAUGCCUUCGACUUGGACCGGAUGAAGCAGGAGAUCCUAGAGGAGGUGGUGAGAGAGCUCCACAAGGUGAAGGAGGAGAUCAUCGACGCCAUCAGGCAGGAGCUGAGUGGGAUCAGCACCACGUAAGGGGCCGGCCUCGCUGCGCUGAUUCGUCGAGCCCAUCCGGCGACAGAGGACAGCCAGAAGCCCAGCCAGCCCCAGACUCCAGUGCACCAGAGCACGCACAGGAGCCUGGGCGCGCUGCUGUGAAACGUCCUGACCUGUGAUCACACAUGACAGUGAGGAAACCAAGUGCAACUCCUGGGUUUUUUUAGAUUCUGCCUGACACGGAACACCAGGUCUGCUCGUCUUUUUUGUGUUUUAUAUUUGCUUAUUUAAGGUACAUUUCUUUGGGUUUCUAGAGACGCCCCUAAGUCACCUGCUUCAUUAGACGGUUUCCAGGUUUUCUCCCAGGUGACGCUGUUAGCGCCUCAGCUGGCGGUGACAGCCGGCCCAGCGUGGCGCCACCACACACCGCAGAGCUGUCCAGGCACAGCUCCGUCCCCAGCGCUCAUGGUGUUGAAACUGUCUGUCAUGCACCACGGUGUCUGUGUCCACACAGUAAUAAACGGUUUACUGUCCGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-655.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -686.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((.(((.(((.(((((((((.((((((((....((((.....))))..)))))))).))))....))))))))........))).)))))..............(((((((((((((((((......))).(((........)))...........(((((((..((.(...(((((((((((....))))..((((((.(((((.(((((..((((((.....))))))....)))))..)....))))))))))........((((....))))..)))))))...).(((..(((((...............)))))..)))))..))))))).(((.((.........))..)))....((.(((((.(((((((......).)))).)).)))))))...)))))).............))))))))...(((.((.(((..((((((...((((...((((..((((.......))))..))))(((((.((((((((((.......(((((((((((((((.(((((....)).))).....(((..((((((((((.((((((.((((.((((((....(((((....(((....)))....))))).((((((((((((.....(((.(.(((((.....((((((.....(((((((......(((((.((((((((.((((..(((((..(.((.(((.((.((((((..((((.(.....).)))).)).)))))).))).....(((((((((..(((......))).......(((((.......))))).)))))))))....((.((((......)))).)))))..)).)))..)))).)))))))).))))).)))))))))))))...........(((((((....((((..........)))))))).))).........((........))..(((.....((....))...)))........(((((......))))).....((..((.(((((((...............))))))).))..)).))))).).)).).....))))))))..)))).............((((((((......)))).)))).((((....((.(((..((...........))..))).)).))))))))))...)))).)))))).)))........)))))))...)))...((((((((((((((((((((((.(((.....(((.((((..(((....)))(((((((...(.(((.(((((.......((.((((((((((.((((((((........))))....(((((.(((...(((..((((..((.((..(((.....)))....)).))))))....)))...))).)))))((((.(((((((((((((((.(((.(((....))).))).))).))).......((((.((.(((.((.....)).))))).))))......)))))....))))))))..)))).))))))))))...)).......))))).))).)...))))))).........(((((.....)))))....(((((((....))))))))))))))..))).)))))))))))...)))..))))))))...)))....)))))))))).))(((((((((.((((((......((((((...))).)))......))))))..)))))...))))...))))))))..(((((((...)))))))..)))))))))))))))))))).)).))).).))))(((((((........))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.,(((((.(({.{{{.(((((((((.((((((((,,,,,{{{.....)))}..)))))))).))))....)))))}}),,,....,}}}.}}}}}...,,{{,..|{..(((((((((((((((((.....,|||.(((........))),,.........{((((((..((,{{{.(((((((((({....}}}}..((((((.(((((.(((((..((((((.....))))))....))))).}}....))))))))))........{(({....)))}.,))))))}...,.,{{.,(({{(...............)))))..))))),,))))))).,,{,|{.....,,,.|}..}}}.,,.((.(((((.(((((((......).)))).)).)))))))...}}})}},...,,....},.|||||||},{,{{{,{{.(({..(({({{{,.,{{|,,|||{{,|||||,||,||,||||,{{{{{{{{(..,,((((((((,(,,,,.||,||,{|((((((..||({{.,,.|||,||.,,,.((({.,,,||||,,({((({{{.(((({(,,,,{{{{{{{(((,{..((({,,.|||{,..|},}),||||((((((((.....,((.(.(((((,....((((((.....(((((({......(((((.((((((((.((((..(((((.{(,,{...(((((((.((...(((..((((((((((({....(((((((,{{.,.,,{((.,{,,...})),,}....},.},.)))))))..},}),...))))}})))..)))...)).)))))))...,}}}...,,,..})})))..)))).)))))))).))))).)))))))))))))...........,{((((({...({(({{........,)))),.}}},,....}}}}}|{,.,....,||,.,.,.....{{....||....})},......{((((......))))}...,.((..((.(((((((..,,........,}.))))))).))..)),))))).).)).}.....))))))))..|||{{{{,{.{{{,{,,((((((((......)))).)))}..,{{{..,,,.|||..({{{...,,{{..{|{{.|{{{{.{{{{{||||,...||||{||||,,{|||.....}}}),)))||{..,||...,,,,,||,||||,,,,||||||.,|}}}}}}|||}|||,}}||,.},})}){{{,,||,|.,}|||,|{{{{.,,,,.,{|,{|||||{((,{(((({{{{..,,,,}.))}}....(((((.(((,,.((({.((((.,(({((,.{{{.....)))}},.))}},)))),}|.|}}...))).))))){(,((((.((((......,,.,)))).)))).)))))})})})}),}|},,..,||||,{,{(((.{{.....)}.))))},))))..,,..|,}},...,}}}))))}},)))).,}}}}))))),..}}....,,.)))))}))),)},.}))))}},,,,..,..{{{{{.....))))),...||||||||,.,))}}})}}}}}},,..|||{||||,,,,,,,,{{|||...}},}))),.....}}}}))))||||||{,{(((,,,,,,}|||,||}}}}}.{({{{,...))).)))..,...}}}}|}.{|||||{..},},,}}))))})),..{{{{{{{..,|||||}|,.,|,}},,})),,))))))})})),)))}),,},,(((((((........))))))),}}}.
Back