Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016941.4
Sequence Length
2341 nt
GC Content
0.6510
ACUCCCGAGACCCCCCCACCAGAAGGCCAUGGUCUCCCCACGGAUGUCCGGGCUCCUCUCCCAGACUGUGAUCCUAGCGCUCAUUUUCCUCCCCCAGACACGGCCCGCUGGCGUCUUCGAGCUGCAGAUCCACUCUUUCGGGCCGGGUCCAGGCCCUGGGGCCCCGCGGUCCCCCUGCAGCGCCCGGCUCCCCUGCCGCCUCUUCUUCAGAGUCUGCCUGAAGCCUGGGCUCUCAGAGGAGGCCGCCGAGUCCCCGUGCGCCCUGGGCGCGGCGCUGAGUGCGCGCGGACCGGUCUACACCGAGCAGCCCGGAGCGCCCGCGCCUGAUCUCCCACUGCCCGACGGCCUCUUGCAGGUGCCCUUCCGGGACGCCUGGCCUGGCACCUUCUCUUUCAUCAUCGAAACCUGGAGAGAGGAGUUAGGAGACCAGAUUGGAGGGCCCGCCUGGAGCCUGCUGGCGCGCGUGGCUGGCAGGCGGCGCUUGGCAGCCGGAGGCCCGUGGGCCCGGGACAUUCAGCGCGCAGGCGCCUGGGAGCUGCGCUUCUCGUACCGCGCGCGCUGCGAGCCGCCUGCCGUCGGGACCGCGUGCACGCGCCUCUGCCGUCCGCGCAGCGCCCCCUCGCGGUGCGGUCCGGGACUGCGCCCCUGCGCACCGCUCGAGGACGAAUGUGAGGCGCCGCUGGUGUGCCGAGCAGGCUGCAGCCCUGAGCAUGGCUUCUGUGAACAGCCCGGUGAAUGCCGAUGCCUAGAGGGCUGGACUGGACCCCUCUGCACGGUCCCUGUCUCCACCAGCAGCUGCCUCAGCCCCAGGGGCCCGUCCUCUGCUACCACCGGAUGCCUUGUCCCUGGGCCUGGGCCCUGUGACGGGAACCCGUGUGCCAAUGGAGGCAGCUGUAGUGAGACACCCAGGUCCUUUGAAUGCACCUGCCCGCGUGGGUUCUACGGGCUGCGGUGUGAGGUGAGCGGGGUGACAUGUGCAGAUGGACCCUGCUUCAACGGCGGCUUGUGUGUCGGGGGUGCAGACCCUGACUCUGCCUACAUCUGCCACUGCCCACCCGGUUUCCAAGGCUCCAACUGUGAGAAGAGGGUGGACCGGUGCAGCCUGCAGCCAUGCCGCAAUGGCGGACUCUGCCUGGACCUGGGCCACGCCCUGCGCUGCCGCUGCCGCGCCGGCUUCGCGGGUCCUCGCUGCGAGCACGACCUGGACGACUGCGCGGGCCGCGCCUGCGCUAACGGCGGCACGUGUGUGGAGGGCGGCGGCGCGCACCGCUGCUCCUGCGCGCUGGGCUUCGGCGGCCGCGACUGCCGCGAGCGCGCGGACCCGUGCGCCGCGCGCCCCUGUGCUCACGGCGGCCGCUGCUACGCCCACUUCUCCGGCCUCGUCUGCGCUUGCGCUCCCGGCUACAUGGGAGCGCGGUGUGAGUUCCCAGUGCACCCCGACGGCGCAAGCGCCUUGCCCGCGGCCCCGCCGGGCCUCAGGCCCGGGGACCCUCAGCGCUACCUUUUGCCUCCGGCUCUGGGACUGCUCGUGGCCGCGGGCGUGGCCGGCGCUGCGCUCUUGCUGGUCCACGUGCGCCGCCGUGGCCACUCCCAGGAUGCUGGGUCUCGCUUGCUGGCUGGGACCCCGGAGCCGUCAGUCCACGCACUCCCGGAUGCACUCAACAACCUAAGGACGCAGGAGGGUUCCGGGGAUGGUCCGAGCUCGUCCGUAGAUUGGAAUCGCCCUGAAGAUGUAGACCCUCAAGGGAUUUAUGUCAUAUCUGCUCCUUCCAUCUACGCUCGGGAGGUAGCGACGCCCCUUUUCCCCCCGCUACACACUGGGCGCGCUGGGCAGAGGCAGCACCUGCUUUUUCCCUACCCUUCCUCGAUUCUGUCCGUGAAAUGAAUUGGGUAGAGUCUCUGGAAGGUUUUAAGCCCAUUUUCAGUUCUAACUUACUUUCAUCCUAUUUUGCAUCCCUCUUAUCGUUUUGAGCUACCUGCCAUCUUCUCUUUGAAAAACCUAUGGGCUUGAGGAGGUCACGAUGCCGACUCCGCCAGAGCUUUUCCACUGAUUGUACUCAGCGGGGAGGCAGGGGAGGCAGAGGGGCAGCCUCUCUAAUGCUUCCUACUCAUUUUGUUUCUAGGCCUGACGCGUCUCCUCCAUCCGCACCUGGAGUCAGAGCGUGGAUUUUUGUAUUUGCUCGGUGGUGCCCAGUCUCUGCCCCAGAGGCUUUGGAGUUCAAUCUUGAAGGGGUGUCUGGGGGAACUUUACUGUUGCAAGUUGUAAAUAAUGGUUAUUUAUAUCCUAUUUUUUCUCACCCCAUCUCUCUAGAAACACCUAUAAAGGCUAUUAUUGUGAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1078.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1118.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 495.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((...((.......))....))))))..((((((((((.(((.......))).)))....))))...............((((((((((((..(((...((((((.((((((((((((...........((.((((((((((((...(((((((((((((....(((((((((((((.(((...(((..(((((((.((.(((..(((((((((((((((...(((((((((((((((.....((((((((.((.((((...)))).)).))))))))(((..((.(((((..((((((((.((.(((((((((((.(((((...((((....((((......((((((((....))).))))))))).)))).((((((((((..............))))))))))...))))).)))(((.(((((...(((((((((((((((((((((((((.((((.(((.((.....)).)))((((((.((((.((.(((..(.....(((.(((((((.((.(.((((((((..........))))).))).).)).))))))))))..)..))).)).)))).)))))))))).)))))).))))).((((((((((((....(((......)))...))))))))..))))..........((((((....).))))).)))))))).(((((((..((((((((((..((.......))..))).))).))))....)))))))....(((((.........))))).((((((.((..(((((((((((((.(((((((((.(((((..((....))..)))))....))))))))).)))..(((......)))...((((......)))))))))))))).)))))))).))))))))))).)))((....))..)))))))).)).))))))))))))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))...)))))))))..(.(((((((.......))))))).)..))....)))).....)))))...))))))..))))....))).))))))))))))))))))).)).).))))))....)))))...)).)).)))))))))))))))).)).......((((.((....)).))))((((((((.(((((((.(((((((((..(((((((.......(((((((.((((.((((((..(((.(((((((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))(((((..((((((((((....((((.(.((((((((.(......))))))))).).)).)).....))))))))))....))))).......((.(((....(((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).)))).).)))..)))))).))))...)))))))...((.(((((((...)))))))))..((..((.((........))))..)).(((((((.((.(((((((.(((.((((((((((((.........)))))).)))))).))).))))))).)).)))))))...)))))))..)))))).))).)))))))))))))))..((((((((((((((.((.(((.........((...((((.(....).)))).))((((((...((((.((((.((((((.((((..((......(((((((((((....))).))))))))......))...))))))))))((((((...((((((................))))))...)))))).....(((.((((((((...)))))))).)))...((((((..(((((((((((..........)))))))))))...))))))..((((((((((....(((........))).............(((.....((((......)))).....)))....(((.....)))......))))))))))((((.((........))))))((((((((((((((.((((......)))).))))))))..((((((((((((((...))))))...))))))))............))).)))..)))).).)))..))))))))))).)))))....)))))))))))))))...)))))).)))))).((((((((...))))))))((.(((......))).))))))))))))))))).....(((......)))....(((((((((..((((((.....(((((.................)))))....)))))).))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((...({.......))....))))))..((((({{(((.(((.......))).)))..,,|}}}..,,,..........(((((((((({{(((((.((((((((((((((((((((...........{((((((.((((((({{|,(((({,{.(((((({(,(((.((.((((((((.....((.(.((((.....)))).}.))..}.)))).)))).))))).)).)))))).).).)))}}.}.)|}}))))).)))).)}}(((((((((((((((((....)))).(((((((((.(((((.((((((((..((((...((((,{(((((((({.(((((((((,{((({|.,|||||{((((((.(((((((((((......,,....,))))))))).))))))...}}}}.,}}}}})}},,})))),}((((((((((.......))))))))))|||||,..,}.))})))))))}))))))..))))...)))).)))).)))))))))}.})))).......)).))))))))))){((((.,((((((((.{(({{,,((({{,.,|})|...,,))),.))}))}).)}...)}))){|{(({|{{...))))))))).)}))),...)))))))))))....((((((((.(((((((.(((.....)))..(((((((..((((((((((...{......,||,.}}}.)))}))))....)))))))(((.(((((.........)))))..)))..))))))).)).))))))...)))))))))(((((..{(....}}..)))))....((((((((((((((((((.(((...((((((((((((........(((((.((((..(((((......))},))....)))).)))))))))))))))))..(((((((((.((((((((((((((((..(((......))).))))))))),.......((((((((((((((((((((......((((({(({.....((({{((((.((((((..((((({,(,......)).}).)))}.))))))..))))))))..,||,((,,{}}.}},,,}||((((...(((.(((...((((...)))).(((.((((((((,,({({,(({..,((((((((.(({.{||,,{,.,.,.))..)).}.|||,||||}}}))),))))...)))))))))))(((((.((((((((((......))))))).))).)))))(((((..((((((((((....(((({(.((((((({.,.,,,},))))))))).,.}),)).....))))))))))....)))))....))))))...))))||{{..(((((((((......))))))))))))),))))).....))))))))))),})))))))))))))))))))))))))).))))).))))))))))))).....{(((((((({..{,,,((((((((((((.((.{((((((.(((.((((((((((((.........}))))).)))))).))).))))))),)).))))))}..)))))|{{{{{{{....})),)))}|{((((((((.((.{{{{..{{,,{{{.((.{{,......,,.||...))}},,..)).)))))))))}..}}}||{|||,,|..{(((((,{((((..((...,{.(((((((((((....))).))))))))...,,.))...)))))))))))}})))))))))))).,{{((((({.......{{,.,..,{((((((((((((((((((((((...))))))}........((((((..(((((((((((..........)))))))))))...))))))..((((((((((....{((........,,|.,,,.........(((.....({{(......}))).....)))...........,)))}.....))))))))))(((((....(((({.{..,,.((((((((((((((.((((......)))).))))))))..((((((((((((((...)))))),..,))))))).,..........))).)))..}.}))))).)))))((((((.((((....))).).))))))........,))))))))}})))))|||(((((...))))))},.,}||},........))))))))))))))))))........,.,||.,,.,}},((((((((({.((((((.....,{{({,................))))}....))))))}))))))))))))....
Back