Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_018235.3
Sequence Length
4975 nt
GC Content
0.5224
CGUGGUACGGAACCGGCGCCGCGCUUGCUGCUGGUAACAGGGCCUUGCCUAGUGGGCCUUCCUUCCCAGGUCGCCCCUCAGUCUCCACUAGAGACAGGACUGACCAGUUGCUCUUCCUUCCAAGAACCUUCGAGAUCUGCGGUCUGGGGUCUGGUUGAAAGAUGGCGGCCCUCACUACCCUGUUUAAGUACAUAGAUGAAAAUCAGGAUCGCUACAUUAAGAAACUCGCAAAAUGGGUGGCUAUCCAGAGUGUGUCUGCGUGGCCGGAGAAGAGAGGCGAAAUCAGGAGGAUGAUGGAAGUUGCUGCUGCAGAUGUUAAGCAGUUGGGGGGCUCUGUGGAACUGGUGGAUAUCGGAAAACAAAAGCUCCCUGAUGGCUCGGAGAUCCCGCUCCCUCCUAUUCUGCUCGGCAGGCUGGGCUCCGACCCACAGAAGAAGACCGUGUGCAUUUACGGGCACCUGGAUGUGCAGCCUGCAGCCCUGGAGGACGGCUGGGACAGCGAGCCCUUCACCCUGGUGGAGCGAGACGGCAAGCUGUAUGGGAGAGGUUCGACUGAUGAUAAGGGCCCGGUGGCCGGCUGGAUAAACGCCCUGGAAGCGUAUCAGAAAACAGGCCAGGAGAUUCCUGUCAACGUCCGAUUCUGCCUCGAAGGCAUGGAGGAGUCAGGCUCUGAGGGCCUAGACGAGCUGAUUUUUGCCCGGAAAGACACAUUCUUUAAGGAUGUGGACUAUGUCUGCAUUUCUGACAAUUACUGGCUGGGAAAGAAGAAGCCCUGCAUCACCUACGGCCUCAGGGGCAUUUGCUACUUUUUCAUCGAGGUGGAGUGCAGCAACAAAGACCUCCAUUCUGGGGUGUACGGGGGCUCGGUGCAUGAGGCCAUGACUGAUCUCAUUUUGCUGAUGGGCUCUUUGGUGGACAAGAGGGGGAACAUCCUGAUCCCCGGCAUUAACGAGGCCGUGGCCGCCGUCACGGAAGAGGAGCACAAGCUGUACGACGACAUCGACUUUGACAUAGAGGAGUUUGCCAAGGAUGUGGGGGCGCAGAUCCUCCUGCACAGCCACAAGAAAGACAUCCUCAUGCACCGAUGGCGGUACCCGUCUCUGUCCCUCCAUGGCAUCGAAGGCGCCUUCUCUGGGUCUGGGGCCAAGACCGUGAUUCCCAGGAAGGUGGUUGGCAAGUUCUCCAUCAGGCUCGUGCCGAACAUGACUCCUGAAGUCGUCGGCGAGCAGGUCACAAGCUACCUAACUAAGAAGUUUGCUGAACUACGCAGCCCCAAUGAGUUCAAGGUGUACAUGGGCCACGGUGGGAAGCCCUGGGUCUCCGACUUCAGUCACCCUCAUUACCUGGCUGGGAGAAGAGCCAUGAAGACAGUUUUUGGUGUUGAGCCAGACUUGACCAGGGAAGGCGGCAGUAUUCCCGUGACCUUGACCUUUCAGGAGGCCACGGGCAAGAACGUCAUGCUGCUGCCUGUGGGGUCAGCGGAUGACGGAGCCCACUCCCAGAAUGAAAAGCUCAACAGGUAUAACUACAUAGAGGGAACCAAGAUGCUGGCCGCGUACCUGUAUGAGGUCUCCCAGCUGAAGGACUAGGCCAAGCCCUCUGUGUGCCAUCUCCAAUGAGAAGGAAUCCUGCCCUCACCUCACCCUUUUCCAACUUGCCCAGGGAAGUGGAGGUUCCCUCUUUCCUUUCCCUCUUGUCAGGUCAUCCAUGACUUUAGAGAACAGACACAAGUGUAUCCAGCUGUCCACGGGUGGAGCUACCCGUUGGGCUUAUGAGUGACCUGGAGUGACAGCUGAGUCACCCUGGGUAAGUUCUCAGAGUGGUCAGGAUGGCUUGACCUGCAGAAGAUACCCAAGGUCCAAAAGCACAAGGUCUGCGGAAAGUUCUGGUUGUCGGCCGGGCACCACGGCUCACACCUAUAAUCGAGCACUUUGGGAGGCCAAGACAGGAGGAUCACUUGAGGCCAGGAGUCUGAGACAAGCCUAGGCAACAAAACAAGACUCUGUCUCUACAAAAAGUUUAAGAAAUGAGCCAGACAUGGUGGUGUAUGCCUGUAGUCCCAGCCACUCAGAAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGACCAAGAGUUUGAGCCUGCGGUGAGCUGUGAAUGCACCACGGCACUCAAGCCUGGGCAAUGUAGCAAGAUCCUGUCUCUACAAGAAAUUUUUUAAAAAUGAGCCAAGUGUGGUGGUGCAUGCCUGUAGUUCCAGCUACUCAGGACACUGACGUAGGAGGGUUGCUUGAGACUGAGAGUUGGAGGCUGCGAUGAGCCAUGAAUGCCCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAACGAGACCCCAUCUCAAAAAAAAUAAGUUCUGGUUGUCAUUGAAUUGGGAUAAACAGAGAGCUUGAUGCUUUCUGCCUUCUGUCUCAGGUGAUGCAUUGCACAUUUGGGAUAUUUGGAAAGGAAAUGAGGAAAGAAAUUAGGGCCUCCUCUGAUCUCUCGCUAUCUGCGGGUCCUGUCCUUUUCUCAAGACCUUCACCAUUACUGGCAUUUUCCUGUCUUCUCUUUAGUAUGAUCCCUCAAAACCUCACUAACUGGAAGGAUGAUUUUGUCUCAGUUUGUACUCCUAAAUAAAAAGUAAACAUGACACCUCUAAAAGAAUCGCUCCAUCUCAGUUGCUCGUCGCGUGCACACCAUGCUUAUUGAGUGGUGUCUGGUUGGUGGUGUCAGCUCAGGGCAGGGGACAGCAGGCAGGACCCGGAAAACAGAACCCAGGUCUUCCCAGGCGAGCACUCCCUCCCUCGUCCACACAAGUGGAGGCUCACUCGUGGCCCCCUGCAUGUUCCGAGAAGUGUCCCUGUCUCUGCUCCUUAACGGCUGUGGGGCCACAGGAAGUCCAGCUGGCUUAAACAAAGAAUUGAUUGGCCCACUUGACAUAAAAGAACAGAGUAAACUCAAUGAAAGGAAAAGGCUCCUUGAAGUGGUUGGUUCCAGGGCUGGGCAGGGAAGAUGCAAGAUGAGUCUGGACCCUCUCACAUCGGAACGUAAGGAUGCGCUCCUGAGGGCGUGGGGCUGCGUCCAAGGACACAGGAGCCAGCCUGGAAGAGUUUGCAGGGGCCCAGGGGAGCAAUUGGAGUGAGAAAAUAGCAGUAGUGUUGGAUUUUUACCAUGGAAUAAACAACAAUCCAUGAGUCCAUACUAAUAUAAAUAAAGUGACAAAGUGGGUGAGAAGGACCAGUGCCCCUGGAUGAAGAAUCUCUGCUCAUGUGGGAGGAAGGUGGGAGAUCAAAGCUGGAGCACUUGCUGCUGCAGGUGAGACCCCUGACACACUCUCAAAUUGGUAGGCAAAGGUUUAAAGAACGGGAUAUUUGCUUAGCUUAAAAGCACCUCCCAAGGGGAAAACAGUAACUUCACAGUGGAGAGACCUGGCAGGCACCACCCUCAGAUCAAAAUGAACCUCAGCAGUAAUGACACGUCCACAUCAGCACCCCCAACACCACUCCCUGAGGAGGACAUGCCAGUUCUGGGAACAUCACACUCAUCGUGACAAAACAUCAGACAAACCCAAACGGAUGAAAUGUGAGGAAAAUCUGUAGUUGGUUUUACGUGGAUGUUAAUCUCUUAGUUUUGAUCAUUGUGCUGUAGCUGCAUAAGAGGUUAGCUGGGUGAAGUGUAUCUGGGGACCCUCUAUGGCUUUUGCAUCUUUUCUCUAAGUCUCCUGUCAUUUCAAAGUAAAAACAAAAAAAGAAGACAAGGGUAGCGGCUUCAGGUACAGCUGGACCCAGCACUCAGUGCUAUCUGGGCUUGUGGCUCCAACUCAACUCCUCCAUCAGAACUGUGAGAAAUGCAUUCUUUCAGCUUCUAAUCCUGCAAAAAGAACUGCAUGGUCUUCCCCCAGAAAUCCUAAGAGUAGCUGCUGGUGUCUCAUGCAUGCGAGCUGCAUAUGGGCCCCCGUUAGUCAGGAACCCAUGCUGAGAGGUGCUAUGCUUUGAAUGUUUGGCUCCUCCCAAACUCGUGUUGAAACUUAAUAGCCAUUGUAACAGUAUUAAGAGGCAGGGCCUUCAAGAGCUGGUCAGGCCAUGAGGGCCCUGUCCUCCUGACUGAGUGAAUGCUGUUAUUGUAGGAGUGGGCUUGUUUGGCCUCCUCUUGCUCUCUCUACCCCUCUCUGAGCCCUUGUGUUGUGGGAUGACACAGCCAGAAGGCCCUUGCCAGGUUCCGGUCCCUCCACCUUGGACCUCCCAGCCUCCCGAACGUUGAGCCAAUACAUCUCUGCUCAUUGUAAAUUACCUAGUCUUGGGCAUUGUGUUACAGCAGCAAAAAGCAGCCUACGGCAGUCACCGUGCUAACACCUGCAGCAGCCUGCGGCGGUCACCGUGCUAACACGUGCAGCAGCCUGUGUGGCUCAGGCCAGUCAGCUUCCCCUGGAAGCAAGUGUGAGGUCGUCGCCUCUGGAAGUGCUAGCGGAGGGUGAUCUCCCGGAGGAAAUCAGAGUGGUGUUCUACUAGAAGGCCGAUGACUCCUGGGUAAAGUGCCAAUGCUCACCUCCAUCUCUGCAAGCUCAGUCCCUCGUGGAAUUUCCAGGAGCACAAGGGCAAUCUCGACAGCUCCACGUUCCCAGUGCCCGACCCAAGCCUGGCCCAUGAUCAGAUAAAUGCCUAAGUGGGGUGGCAUGGACAUUUGCACACGUCCAGACUGCUUUAUGUUAGAAGCUGAGCUGGCAUGCCACUAGCUGGUUUUGAUGUAAACAACAAUUUUGUAAAACCCUGGACUGAAUGGGUCUGACUAACGGCUGGUUCUGUGAACUUGAGCCUCAGCGUCCUGUGUCAGAAGAGCACAAACCACUUUCCCAGAGAGGUUAUGAAGACAGAAAUGACCCUGUGACCCCUUUGCAAAGUAUGAAGAACGGUUCCCACUCAUGCAUGGAGCUGGAUCUUCUCAAGUGGGAAACAGGCGUGGUAAAUAAAUACUGUUGUUUCAGCUGGUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1764.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1853.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 1221.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((..(((((((((((((((((((..(((((((......((((((........))))))((((((.....(((((.(((..((((((((..(((((((..(((...(((((((((.(..(((.((.((((..(((((...))))))))))))))..).))))..)))))..)))....))))))).))).....(((....)))...................(((((.....)))))((((((.((((.....)))).))))))))))).))).))))).....))))))((((.(..((.((((((((((.(((((.(((.((((((((((..(.((..(.((((((.(((((((..(((..(((..(((..((((((((((.((((((.(((((......(((..((((((((.((((((...............(((((......))))).....)))).)).)))))))))))...)))))..))).)))(((((..(((((((((....))))))......)))..)))))..(((((((((((((((((((....(((((((((((((((((.(((..((((.......)))))))........)))).(((((..(.(((((((..........(((((((.(.((((((((.(.((((((((((((.(((((..(((((..(((((.(((((..((.((((((((...)))))))).....((((.........))))....))..))))).)))))..)))......))..))).))))))))))(((((..(((((((......)))))))))))).((..(....(((((((...))))).))...)..))(((((((((((((..(((.((...((((((.....)))))).((((((((((((..(..(((((.((...)).)))))..)..........(((((((....)))))))....(.(((....))).).(((.....))).(((((...)))))..))))))))))))(((((..(.((((......)))).)..)))))....)).)))))))))))))))).(((((...))))))))).))))))))).).))).))))((((((.((((((((((........))).))..))))))))))).))))))).).)))))....(((....)))...((((((.((((((.((((.(((..((((.(((((((((.(........).)))))).))).))..)).)))...)))).))).))).)).))))))))))(((.(((.(((...))).))).)))((((.............))))(((((.(((((.(((((....((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((.((((((.((((..........)))).))))))..........))))))))))))....)))))).)..))..((((((((..((((((..((((((.((((.((((.......(((((((((..((.((((((.((((.((((....)))).)))).(((((((((((((...(((...))).........((.((((....)))).))..))))..((((..((((((.((((((.((.((..((((((((.((((((((((((((((((((((.....((((((((((((.(((((...((((((.((.((....)).))((...(((((((((((....)))))).)))))...))....((((((.(((((......))))).))))))..)))))).....)))))))))))))))))(((((((.....((....((......))....))))))))).....(((.(((((((.((((((.(((..((((............))))....)))..(((((.....(((((((..(((((((.(((((.((((..(((.((((((((..........(((((((((((.....................((((....))))((((.((.(((.(.(((.(((((........))))).))).).))))))))).)))))..))))))((((..(((.(((.(.(((....))))))).))))))).))))))))..)))..).)))))))).).)).))))..))))))).....)).))).((((((((((.((((((((((((((((((((.(((((....((.(.((((.....)))).).)).)))))))))))).))))))..).)).....)))).))))))))))...)))))).)))))..)).))).((((..((((....(((........)))....))))..)))).....((((((((.....)))))))).....(((((((((((.(((...))))))))))))))...)))))))))).))))..........)))))))).))......((..((((((.((((.(((((((((((.....((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((.((.(..((((.(((((((((((.((((((((((((.((((((..((((...........))))))).))).)).......))))))).))).)).)))))(((((..(((((.....)))))....)))))))))...)))).).)).))))))).)))).)))))))))..((.((((((.((..........)).)))))).)).......((((((((((((.((....)).)).))))((((.(((.(((.((((((((((((((((((((.((((..(.(((((((((((..(((((.((((((((......(((.((..((((....(((....)))...))))..)).)))...........(((....))).....(((((......)))))........)))))))).)))))...)))))....)))....))).).)))).)).))...)))))))))..(((((((((((.........))))).)))))).......((((......)))).........))))))).))))))))))....)))))).))))))..)))))))).((((((.....((((((...........))))))))))))................))))......)))))))))))).))).)))).))))))..)).))))))..)).)).)))))).)))))).((((((((((((((((.(((((((((.((((......((((.((..(((((..((((.((((((((.((((........)))).))))))))(((....)))...((((...))))..............)))).)))))...)).))))........(((........))))))))))))))))))..((((((((((((((((........((..((((.(((..((.....))..))).))))...(((((.(((((((.......................)).)))))..))))))).......)).)))))).....))))))))....))).))))))))))).((((((.......)))))))))))))))))))......)))))).))..)))))))))))))))).).)))))).....((((.((.........................)).))))..((((..(((((........))))).))))(((((...))))).))))))..)).))))))..)))))).))......(((((((.(((((.....))))).))).))))...........)))))))))))))))))).)))))...........((((((((..((((...))))..)).))))))...))))))).))))))))..))))).....((.((((.((((.((.......)).)))).)))).))(((....)))......(((((((.(((....((((.....(((((((((((((((.(.(((.....)))).))))))))))).))))...))))....))))))))))..(((((((.(((((.....))))).)))))))))))))......)))))))))).....((((((......)))))))))..)))..))).....)))))))...))))))..)..)).)..))))))))))(((.(((((............))))).)))..........(((.(((((..(((......)))((.....)).))))).)))........)))))))).))))))))))..))..).)))).((((....))))..)))))))..)))))))(((((((..(((((((((...))))))..(((((((((((.(.((((((..........)))))))))))))(((((((...(((.....(((.((((...)))).))))))..)))).)))..((((((((.(((.((((.((((....(((......(((..((((((.....(((((.......(((((.....(((........))).....)))))........))))).))))))...)))...)))....)))))))))))))).))))).)))))((((((..((.((((((((((((.(..((((((.......))))))).))))))))))))))(((....)))......)))))))))...)))))))......)))))))))))).))....((.(((((....(((((.......)))))..((((((...(((((.((((......((((........)))))))).)))))........(((((.(((((((...........)))))))..)))))..))))))(((((((..(((.........)))..))))))).))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{..(((((((((((((((((((..(((((((......((((((........)))))){(((((.....(((((.(((..((((((((..(((((((..(((...(((((((((.(..(({,(,,(({,,.(((((...)))))}))))))))..).)))}.,)))))..)))....))))))).))).....(((....))).,.....,,..........(((({.....}))))((((((.((((.....)))).))))))))))).))).))))).....)))))}((((.(..((.((((((((((.((((,,(({.((((((((((..{.((..(.((((((.(((((((...........{{{{..((((((((((.((((((.(((((......(((..((((((((.((((({..........{....(((((......))))).,..,)))).)).)))))))))))...)))))..))).))){((((..((({((({(,,..}}))}).,,...)))..))))}..(((((((((((((((((((....(((((({(((((((((({{{{..{(((.......)))),}}......},}})).(((((..,.(((((((..........(((((((.(.((((((((.(.((({(((((((({(((((..(((((..(((({.(((((..((.((((((({...}))))))).....{(((.........))))....))..))))).,))))..)))......))..))).))))))))))(((({..(((((((......)))))))})))),((..(....((({((,...,))))},}...)..))|((((((((((((..(((.({...(({{{{.....)))))).(((((((((({(..,..(((((.{,...|}.))))).,|.....,....(((((((....)))))))....{.(((....))).}.{{{.....})}.((((,....,)}),.)))))))))))){((((..(.((((......)))).)..))))}.,,.}).))}))))))))))))}.(((((...)))))}))).))))))))).).))),,)))((((((.((((((({((,.......))}.))..))))))))))).))))))).}.))))).,,.(((....)))},.((((((.((((((.((((.(((..((,(,(((((((((.{........).)))))).))}.))..)).)))...)))).))),,)).)).))))))))))(({,(({.{||..,|||.}}},}}},|,|,}|}|,.,.....,|||(((((.(((({,(((((....((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((.((((((.((((,......,},)))).))))))..........))))))))))))....)))))).)..))..((((((((..((((((..{{.,{{{|,.{{(((({,...{{(((((((((..,,.,,,,{({((((.,((,{{{.,,||.||},.||||,|,,.}||}}..|||}}.}))})))}))}}((.((((....)))).}}...,,|{,{{{({{({(((,.,,{(((.,,,{,{,{{{|{|((|((((({{{(((({({{((({{(,,...((((((((((((.({((({{.((((((..{{.,..,||},{,({.,,(((((((((((....))))))}}))))...}}...,((((((.(((((......))))),)}))))..)))))),,,,.}))}}))))))))))))(((((({....,{(,..,{{......)).,..)))))))))...{{{(({({((({(,((({{{..,.,||||{|,,,,.......}})}..,})}).,|||||,,..,|{{||{{..{{{((((,(((({,((((..(((.((((((((..........{((((((((((........,,,.......,,.{(((....))))((((.,{.(((.{.{{(.(((((........))))).))),},})},,)))).)))))..))))))|(((..(((.(((.(,{{,....})}}))).))})))}.))))))))..)))..),})})))))})))}.})}}..}}}}}},.....}),))).{|||{|||||.||||||||||{{{((({{((,(((((....}|||,}|}}..},}}}}}.,|{|,|}}||||}}|||||}||||,.|{||{,,,.,}||,|||}||||||.,,}|}}}|,|||||{{||,|||.{{{{,,||{,....,{{..,,,,,.})),,,.}}}}..}|||.....((((((((.....)))))))),,...(((((((((((.(((...))))))))))))))...))}}|||}}},||||,,((,.,,((((({{,.},}}|||.,,|,..,{{{{|.||||,|||{{||||||}|}...|||{(,((({{(((({,(({{{{,{((((((({{(((({.{({,.,,,|...,,,..,,{{((((((.(((((((((((({,{{(((,.{(((...........))))))).}))}),.......})))))).))).)).))))}|{,{,..{({((.....}}))).....|{||||||{,{||||{{{||,|||,||.,||||{|||||,|,|{.((.((((((.((..........)).)))))).))..}}...,,(((({,{{,{{.((({({|,||||||{({((.{((,{((,(((((((((((((((((({(.((((...((((((((({,...{((((.((((((((,.....(((.((..((((.{{.(({....})).}}))))..)).)))...........(((....)))..,..(((((......)))))....},},)))))))).)))))}}}))))){{{,,||...,),)})})))).}),)}...))))))))}.,((,(({((((({{.{,,{,{|||}|.}})))).....,.||||},}}}.))),........,)))))))})|||}|)}}}..,,}}}||||||}}}}.,}}}}}})),||{{{|,....((((((...........))))))}})))},,,,............}}},....,,}|}|}}}}}}})}})),))))}))))))..)),))))))))..})))))),)).)),)))}|{{{{,{|||||{{((,(((({{{{|}||||}.,.}}||||.,...(((((..{{{(.((((((((.((((........)))}.))))))))(({....)))...(({{..,))),.........,,.,.)))).))))).}}))}),))}}}},}}.{{{,.......}}},,,}}}}}}}},,}}..{{{{{{{{.,,,|,....|,,}}}}},}||{|,|||}}||},,,,)),})}}})))}...(((({.{{{{{||,,....,,,,,.....,,.,...||{|||},..}}}},,....}}}})}.,})))}}}...))}))))),...}})}}}))))|||||.{(((((.......))))))}}))))))))))},..|||)))||)|))|.}|}}}})))||}}}})}},}}}},},,,.}}|||},({{{..,{,.................,)},)))}.{(({..{(({(...,....))))).))))(((((...))))).))))))..)).))))))..)))))).))......(((((((.(((((.....))))).))).))))...........)))))))))))))))))).))))).........,.((((((((..((({...}})),.)).))))))...,)))))).))))))))..))))).....((.((((.((((.((.......)).)))).)))).)),,,..,,),,......(((((({,(((....((((..,,.(((((((((((((((.(.(((.....)))).))))))))))).)))).,,))))....))))))))))..(((((((.(((((.....))))).)))))))}))))),.....)))))))))),{({,((((((......)))))))),,,|||....)}),}})))))))...))))))..)..)).}..))))))))))(((.(((((............))))).)))......,{,.,,,.||||{..{{(,,....||,{{.....)).))}}},||}.....}},)))))))).))))))))))..))..).)))).((((....)))).,)))))))..)))))))(((((((,.(((((((((...))))))..(((((((((((.(.((((((..........)))))))))))))(((((((...,((,...,(((.((((...)))).))))}),,)))).)))..(((((((,,(((.((((.((({.,..(((......(((..((((((.....(((((.......(((((.....(((........))).....)))))........))))).))))))...)))...)))....)))))))))))))).))))).)))))((((((..,(.(((((((({{|||{,.((((((.......))))))||))))}))))))}}}{{,....}))......))))))))).}.)))))))......)))))))))))).})....((.(((((....((((({....},}))))..((((((...(((((.((((((,..,.((,...}}.,.|})))))).)))))........(((((.(((((((.......,...)))))))..)))))..))))))(((((({,,{{{{{,......)))}}))))))).))))).))..
Back