Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_019903.5
Sequence Length
4206 nt
GC Content
0.3809
AAACACUUACUACUCAGCAUUGAGAGAAGCUGCUGCUGCUAAUGCUGCUGCUGCUGCUGCCGCCGCCGCCGCUGCUGCUGCUGCUGUUGGUCUGAGGCUGCAGUAGGUUUCUGUGCAGCAUUGCAGAAUCCACACCUAGAGAACAGAAGACACAGACACGUACGUCUACUACCCUUGUUAGAAGGAAGCUUUGGAUCUUCGGUGGAUAACAAGAGUAAUCCACAGACUUAAAACAUGAGCUCAGAUGCCAGCCAAGGCGUGAUUACCACUCCUCCUCCUCCCAGCAUGCCUCACAAAGAGAGAUAUUUUGACCGCAUCAAUGAAAAUGACCCAGAAUACAUUAGGGAGAGGAACAUGUCUCCUGAUCUACGACAAGACUUCAACAUGAUGGAGCAGAGGAAACGAGUUACUCAGAUCCUGCAAAGUCCUGCCUUUCGGGAAGACUUGGAAUGCCUUAUUCAAGAACAGAUGAAGAAAGGCCACAACCCAACUGGAUUACUAGCAUUACAGCAGAUUGCAGAUUACAUCAUGGCCAAUUCUUUCUCGGGUUUUUCUUCACCUCCUCUCAGUCUUGGCAUGGUCACACCUAUCAAUGACCUUCCUGGUGCAGAUACAUCCUCAUAUGUGAAGGGAGAAAAACUUACUCGCUGUAAACUUGCCAGCCUGUACAGACUUGUAGACUUGUUUGGAUGGGCACACCUGGCAAAUACCUAUAUCUCAGUAAGAAUAAGUAAGGAGCAAGACCACAUUAUAAUAAUUCCCAGAGGCCUAUCUUUUUCUGAAGCUACAGCCUCCAAUUUGGUGAAAGUCAAUAUAAUAGGAGAAGUGGUUGACCAGGGAAGUACCAAUUUGAAAAUUGACCAUACAGGAUUCAGUCCCCAUGCUGCAAUCUAUUCAACACGUCCUGAUGUUAAGUGUGUGAUACACAUCCAUACCCUUGCAACAGCAGCUGUAUCCUCCAUGAAAUGUGGGAUCCUUCCAAUUUCUCAAGAGUCUCUUCUUCUGGGAGAUGUUGCCUAUUAUGACUACCAAGGGUCACUUGAAGAACAGGAGGAGAGAAUUCAACUGCAGAAGGUUCUGGGACCAAGUUGUAAGGUGCUGGUACUCAGGAAUCAUGGUGUGGUUGCACUUGGAGAAACAUUAGAGGAGGCUUUUCAUUAUAUUUUUAAUGUGCAACUAGCCUGUGAGAUUCAGGUGCAGGCCCUAGCAGGUGCAGGUGGAGUAGACAAUCUCCAUGUACUGGACUUUCAGAAGUAUAAAGCUUUCACUUACACUGUAGCAGCGUCUGGUGGAGGAGGUGUGAAUAUGGGUUCCCAUCAAAAAUGGAAGGUUGGCGAAAUUGAGUUUGAAGGGCUUAUGAGGACUCUGGACAACUUGGGGUAUAGAACAGGCUAUGCUUACAGGCAUCCUCUCAUUCGAGAGAAGCCUAGGCACAAGAGUGAUGUGGAAAUCCCAGCAACUGUGACUGCUUUUUCCUUUGAAGACGAUACAGUGCCACUCUCUCCUCUCAAAUACAUGGCACAGAGGCAACAGCGUGAAAAAACAAGAUGGCUGAACUCACCAAAUACUUACAUGAAAGUGAAUGUGCCUGAGGAGUCUCGGAACGGAGAAACCAGUCCCCGAACCAAAAUCACGUGGAUGAAAGCAGAAGACUCAUCUAAAGUUAGUGGUGGAACACCUAUCAAAAUUGAAGAUCCAAAUCAGUUUGUUCCUUUAAACACAAACCCGAAUGAGGUACUAGAAAAGAGAAAUAAGAUUCGGGAACAAAAUCGAUAUGACUUGAAAACAGCAGGACCACAAUCUCAGUUGCUUGCUGGAAUUGUUGUGGAUAAGCCACCUUCUACUAUGCAAUUUGAAGAUGAUGAUCAUGGCCCACCAGCUCCUCCUAACCCAUUUAGUCAUCUCACAGAAGGAGAACUUGAAGAGUAUAAGAGGACAAUCGAACGUAAACAACAAGGCCUAGAAGAAAACCAUGAGCUGUUUUCCAAGAGCUUCAUCUCCAUGGAAGUGCCUGUCAUGGUAGUAAAUGGCAAGGAUGAUAUGCAUGAUGUUGAAGAUGAGCUUGCUAAGCGAGUGAGUAGGUUAAGCACAAGUACAACCAUAGAAAACAUCGAGAUUACUAUUAAGUCUCCAGAGAAAAUCGAAGAAGUCCUGUCACCUGAAGGCUCCCCUUCAAAAUCGCCAUCCAAGAAAAAGAAGAAAUUCCGCACUCCUUCUUUUCUGAAAAAGAACAAAAAAAAGGAGAAAGUUGAGGCCUAAAUAAAGUCUUUUUAUAAUUAUUAUUAUAACAAUGUGACAUUGCACAUCUAAAUACCACAUUUAAGUUGAUCAUUAAUAUGCAAUGGUAGAUCAGAUUGGGGGAUGUAGCAAACUGGACUUUAAGAACUGGAAAGAGGUUUUACAAAAGAAAAACUUUCAGAUUCAUCUCUCAUUUUAUAUGUCCAGAAAUGGCUUUGAAUUUUAAGCAAUUACUAGUUUUAAUUAGCUCUGCCCUCAUGAAGUAUUAUUAUAAUUCACCAUAAACAGCUAUCUGUCUGAAUUACUUCAGGCCUUCUCCAUAAUAUCUGUUAGAAAGAAAUUGCCAGUGAGCAAGUGAGAAUUUUUAUUUCUCAAUACCUGCUUCACUUGAUAAUCAUAUUAUAAUUUUUUAUCAUGAUUAUUGACUAUAUUUUUGGAGUCCCAUUGUUUCAGUGGGCAUUAACAGAAUGCUUUAAAAACUUCUAAGACAAGAAUCUAUAGCAUUAGUAUACACUGGCACAUAAUUUUUUAAAAAGUUUUAAGAAAAGAUUCAUUUGGAAUUUUAUUCACAGUAUAAAAUUUCCUCACCUGAAGUAACUUUGUUUGCCAAAAAAGUUGUUUUAAUAAACUAUAAUUUUUGAAAACUUCCUUUUUUAUUAGUUUAGAAAGCCCCUUAUUUUUCAACAAAGGGGAUUUUGUACACAUAACAUGGGUUAUUUAGUUUAACUCUGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAUUUUGUAUGUUGAUGUUUGUAUACCGUUCAGUAUAAAAGUGUCCUAAGCAUAUUAGCCAAUCUUUUCACAGUAGAGCAUACUUAAGGCUGCUUGGUACUGAGUAUACUUAAAUAUAACUCCAGAAUCCAGGGACUUGGUGUUAAAACAGGAUUAGAGCAUGUAAAGGUACAUCUAGAUUCAUAUUUGAAUCUUAAACUGUAUUUUUCUCUUAGUAUUGCUAAUGAGUAAAGAAAAGUCUCAUAAGGUAGCCAAAUGAAAAAGAAUGAAAGGGAAAGUGAAAAAUUAAGGGGACAAAAGAUGGGAUGUGAAAAGAAGAAUUCUAGUUUGAUGGUGACUCAUAUUCACGAUAGGAUACAAAGUGUGAUUUGUUGGAAACAUGUCCCAAAUUUCUAAAAUUCUGCUUCUCUGCCAAAAGCAAUGUCUUUCUUGGUUGAUAUUUGAGUUUUAAAAGGGUCAAAUCUUUCUAAUUUUUUGUAUCUUUAGAGGGCAGCACUAGAAGAAAUCAGCAGGUCUAAUCCCACCAGUAAGAAAACUACCACUUCUUGAUUUUUACAGAUUUAAAAAAAUCUUUUCAGUGACCUUUCUUUUUAAUGUAAAUACAAAUUUAAACCUAGGCUUAAUAUAGGCGUUUCCCCUUUCACCCAAGUGAUGUCACAGUUCGAUGCAAAAUCAAUGAUCCAGAAUGAUCGUGGGUAAAAAUAACUCAAAGUGUUUCUUAAGGGUGAGUUGGCAUGCAAAAAAUUACAUUGAUUACAGUGUGUUUUGGAGCUGGCUCUGUUUGUGUGCAUAUGAUAAUGCAGAGUUGAGCCAGAGCCUGGAAAUGUCAUUCUAGAUCUCACUAACUACUGGAAUCAGUGUUUUAAUCUCUUGGUGGAAACUUUCAGUUGCUUAACUCUCUAUUGGAAGAUUUUUUUAAUGUUCUACAUCAUUUAUGUUGUAUUACAAUGUAUGUAGAAAUAGUAACCUGUGAACUAUGCUUUUCCAUAACUUUUUAAAAAUAUAUAUAUCUAAAUGAAUGCAAUGUGCAUAAAUAUUUUUUAAACAUAACAGUGAACUAUUGCACCUUUUGCUAAUGCCUCUAUUUACUUGCUUUGGCAUAAAGAAUGAGCCAAUGAACCUCUGUGUCCUGUGGAAAAAUGUAUAAAUGUUAUCUGAUAUUGCUCUUAGAUGUAAUGCUAAUUAAUGUUAAAUCACAAAUAAACAGUAUUUUAAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1036.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1123.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 1108.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............(((((.(((((((((.((((((((.((((((((..(((((((.(((...(((((.((.((....)).)).).))))....))).)))))))........))))))))))))......((((.(((((....(((((((((((......)))).....((((.....))))..(((((((.((..(.((((((.((....)).)))))).........((((((((..(((.((((((..(((.(((.....))).)))..........(((((((((((...((((((((((((((..((((((((.....((((.............((((((........))))))..(((......)))(((((......))))).((.(((((((...........(((((.((((......)))))))))...((((((........)))))).(((...(((((((((.(((...((....))..((((((((((((((((((((((((.......(((((((((..((.....((((........))))......))..)))))(((((((......((((..((.((((((((.(((.(((.((((..(((((((((.(((.........))).))......((((((((((((.(((((..(....)..))))).)))))).....)))))).(((.(((.(((.....)))))).))).((.......))............(((((((((((.((.((((....)))).))..))))).....))).)))..)).)))))..))))...))).))))))))))).))......))))....)))))))...((((...)))).))))))))))))).....(((..(.(((.(((...(((((.(((....))))))))....))).))).)..)))(((((.(((...))).)))))(((.....(((((((.(((((((((((((((......((.((((..............)))).))........))))))))))).))))...)).))))).....))).....))))))..))))))))).(((((((...(((((((((((((((((((((......((((....))))........))))))).)))))))))((((((((..(((.(((((..(((((.(.((((.(((((((((........))))))...))).)))).)............((((((((.((.(((...))).))..))))))))...((((((((((((((.((((((((..(((((((.((((((.........((((((((((.(((...(((((((..(((((((((((((......))))))))((((((((..((.(((..(((((((((((((((...((((((...(((.....)))(((.(((((....((((.......))))....)))))))))))))).((((((...((((..(((((((((....((((................))))..)))......(((((......)))))..)))))).(((((((.((((...(((........)))))))((((........(((((((...........))))))).......))))((((((........((((((.........))))))))))))............(((((((........................))))))).......((((......))))...(((((((.(.((.......)).))))))))(((((((.(((((..........)))))...)))))))...(((....))).(((....))))))))))((((.....))))(((((((.......))))...)))...)))).)))))).....................))))))..((((((........)))))).....))))).)))).))))).)))))))).((((((((.....(((.........)))..((((((....((..((((((...))))))..)).((((..((....))..))))......))))))...))))))))))))).)))))))....)))...))))))).)))..((((((....))))))...)))))).))........(((....)))....((((((.((((.((........)).))))))))))....((.((..((...((((((((..(((((((....)))))))...(((.(((((.(.(((((...((((((((((((........)))).)))...)))))....))).)).).))))).)))....))))))))))..)).))..((((((((........))))))))....(((((.(((((((((...(((((.(((((((((((......(((((((...(((((....)))))...........((((.(((....))).))))......((((....)))).....((((((((((..((((...((((....))))...))))..((((((((((((..((((((.......)))))).....))))....(((((((((((..((........))..)))))))))))(((......)))((((((((((...))))))).))).((..((((((........((((......)))).....)))))).))...)))))))).....(((((((((....)))))))))..........((((((((((.......))))))))))....))))))))))..))))))).....)))))))))))......((.((((((((.(....(((((((((.....((.((.((((((((((...........)))))).)))).)).)).......((((((.......))))))((((.....................((((((((((((((.(((((......))))).)))))))...)))))))..)))).((((((((.((((.....))))...((((((((((..(((((((((......))).))).)))...)))(((((((.(((((.............)))))..(((((((((...(((((((....))))))).....)))))))))((((((((...))))).))).......)))))))....)))))))...)).))))))..)))))))))..).)))))))).))))))).))))))))).)))))........))))).)))))))).))))))))))))))..(((((((((((........((((((((..((.(((...(((.((((((((......((.((((((((......)))..))))).)).....)))))))))))))).))....)))))))).)))))))))))...))))).))))).)))....))).)))))......................))))).))))))).......((((((....)))))).....))).)))))))))....)))...............((((.........))))))))))).)).((((....)))).))))..))).)))))...(((.((((((......)))))).))).........))))))))))))))....))))...)))))))...(((.(((((((....))))))).)))...)))))))))))))))))((((......))))...)..)).)))))))((((((......))))))......................)))))))..))))).))))........)))).))))..)))))...(((((((...........(((((((((((...(((......)))))).))))))))(((((.........)))))..)))))))..................(((((((((..((..(((((((((((..(((((((((..(((..((((.(...(((((...(((...((.(((((................)))))..))...))).)))))...).))))....))).)))))))))....))))......)))))))))))))))))))))))........................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,,.,....{((({,(((((((((.((((((((.((((((((..(((((((.(((,{,(((((.((.((....)).)).),})))....))).)))))))........))))))))))))..,{{,({({.(((((....(((((((((((......)))).....((((.....))))..(((((((.((.,(.((((((.((....)).)))))).},......{(((((({.,(((.((((((..(((.(((.....))).)))..........(((((((((((...((((((((((((((..(((((.,,{,...((((.....,{.{{((.((((((((.....(({{{{(({.....{.{{.{{(((,....,{.,|||,,.(((,,...,.....)))...})}|,,||||||.|}||..)))))}.))),}((((((((({{((.({(.,{{...(((((((((.(((...,,..{{||..((((((((((((((((((((((((.......({((({{{{..{{.....((((........)))}......||,,|||}}(((((((......((({,{{(.((((((((.(({.(((.((((..(((((({((.(((,,....||.))).)},,,...((((((((((((.(((((..{....}..))))).)))))).....)))))).|{{.{{{.{{{.....})},}}.}},.{{.......}}...,,.......{((((((((((.{,.((((....)))).}}..))))).....))).))}..}},,))))..))))...))).))))))))))).)}..,,..})))....))))))).,,{({|,.,}}}},})})))))))))).....{{(.,{.(((.(({,{{(,((({({,....}},))))).}}}))).))).}},))),{{{{,({{...}}),))}}|,,{,,,.,{{{{{{{.(((((((((((((((|{.,,.,,.,||{....{{,{,...,.|)))}}}.,,.....)))))))))))},)))...)).})}}|,,,.,}})},,..)))))}..})))))))).||||{{{,,.(((((((((((((((((((((......{(((,...}))),,......))))))).))))))))}((((((((..(((.(((((..(((((.,,{((({((,((((((........)))))),},))}.||||.....,,,......((((((((.((.(((...))).))..))))))))...{(((((((((((((.((((((((..(((((((.((((((.........{(((((((((.(((...(((((((..(((((((((((((......)))))))}..((((.(.{((((....)))))}.)))}{((({{.((((((..,{((....,)))((,{(((((....((((.......))))..}.)))))))))))))){(((((,.........((((({{((....((((................))))..}))......,,,((.,....,,))),.)))))),}||}||{,((((..,(({,,......))})))},{{,......{.(((((((..,,.......})))))}..|,...||||((,,{{.,..,,,.{{{{{{.,.......}}}}}|||}}}}............(((((((...,,.,,.......,,.......))))))).......{{{{,....{{{{{{{{((((,{{.,,((,((,{{{{{,||,|))))|{|||||.((((.....}}}},|||}},,,.}}}}}}}}.,|||,.,,,}}.|((,|..,,,|.{((((.{{,,.,.(({(((..((((.,....}))))})},))},.)}.},.))))).........|,......,..}))}},}..|,...|,....}}})))))},}}}.|||||{|||||||},,.}|||||{{{{{,,,,.,..))))}..}}}||,,..,}.|{{{|{|,...((..((((((...))))))..)).((((..((....))..))))......}}}}))},},,}}}}.,))))).)))))))....))}...))))))).)))..((((((....))))))...)))))).))........{{{....}}}{{{,{((((({((((((,....,,|,...|||{|||||}..,{{{.,({{...,,(((((({,..(((((((....)))))))..,{({{,|,{{,{||{{((...{,(({{{{{{{,.,{,,,,,|||,.,}}...))))},,},))},||||||}}}},||}..{{||||}}||,{{,{(({{..{{((((((......,.))))))))},}.|||{{.|||{{{{||...,||||}|.{{{,((((........}}}}.,,,.,{{{{,...,,|})}}...}}}}},((((.(({....))}.))))......{(((,...}})},}},.,(((((((((..((((...((((....))))...)))}..((((((((((((.{((((((.......))))))...,.))))....{((((((((((..,(,,,....,)),.))))))))))},{,.....,||}{({(((((((...))))))).,}}.,|..((((((.{{.....((((......))))..}}.)))))).,,...)))))))).....(((((((({....)))))))))..........((((((((((.......))))))))))}...))))))))))}}}}}}}}}}}..{{{||||||||,....,,|,,||||||||...,}}||||||||||.,,.{|,||,||{{(((((({{{{{{{,...}||||},||||{||,,,.....,,(({{((,.....,||||}},{(({{{,.............})))||{{|||||{,{{,}||{{|,,,...))))),))}}}))},.,||,},,..))||.{(((((({.((((.....))))...(((((((((({.(((((((((......))),}))}})).,.)},(((((((.{{{{{...,|,...,,..||}|},,{{{((((((,..(((((((....))))))).....))))))}}|((((((((...))))).))).,,....)))))))...})))))))...,},,,,,,}.)))))))},..,)}))))))))})))),)}.)))),)))),))),,........))))).)))))))).)))))))))))))}..{((((((((({........((((((((..((.(((...{({.((((((((......((.((((((((......))),.})))).)).....))))))))})}))).))..,.)))))))).})))))))))}...))))).))))).)))....))},))))}.......}}}}}{{,,{,,..,,,,,,.}})}))}}}},,..((((((....)))))).....))).)))))))))....}}|,,,,....,,}},....,...)))}}}}.))))))))),))))}}.}}..})))}}))))..,)),)))))...{((.((((((......)))))).))).........))))))))))))))....))))...)))))))..,(((.(((((((....)))))))})))}),))))))))))))))))}((((......)))),.,,..)).)))))))((((((......)))))).,,,,.,.......})).....)))))))..))))).)))))}......)))).))))..))))){({((((({....}}}})}}}(((((((({{{..,(((,,....)))))),)))))))){{{{|...,|||..,,|||{,|||||||{{.....,.,,,,,.,,.{{{{(({{,..||,,((({{{|||||..||||||||{,.{{{..((((.{...((((({..((((((((((.((,...........)}.}})))).}}))...}.).)))))...,.))))....))),)))))},))}},.|||},,..,,}}}}}}},,})))))))))))))...,,,||||.....||.........}},.,.........
Back