Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020327.5
Sequence Length
4511 nt
GC Content
0.5174
CUUCUCCUAAGCACCUCGUGUGUGUUCUUCGGCCUCACUGCUCUGUGGCUUAGGUAUCUGUGCUGUGGGGUUUGAGAAACAUGGUGAAGGUGUAUGAACAGAGCUUGACAUUUGUGCUCUGCUGUGUGCGUGCACCAGCUGCCUCCAGGCCAACUACACGUGUGAGACAGAUGGGGCCUGCAUGGUUUCCAUUUUCAAUCUGGAUGGGAUGGAGCACCAUGUGCGCACCUGCAUCCCCAAAGUGGAGCUGGUCCCUGCCGGGAAGCCCUUCUACUGCCUGAGCUCGGAGGACCUGCGCAACACCCACUGCUGCUACACUGACUACUGCAACAGGAUCGACUUGAGGGUGCCCAGUGGUCACCUCAAGGAGCCUGAGCACCCGUCCAUGUGGGGCCCGGUGGAGCUGGUAGGCAUCAUCGCCGGCCCGGUGUUCCUCCUGUUCCUCAUCAUCAUCAUUGUUUUCCUUGUCAUUAACUAUCAUCAGCGUGUCUAUCACAACCGCCAGAGACUGGACAUGGAAGAUCCCUCAUGUGAGAUGUGUCUCUCCAAAGACAAGACGCUCCAGGAUCUUGUCUACGAUCUCUCCACCUCAGGGUCUGGCUCAGGGUUACCCCUCUUUGUCCAGCGCACAGUGGCCCGAACCAUCGUUUUACAAGAGAUUAUUGGCAAGGGUCGGUUUGGGGAAGUAUGGCGGGGCCGCUGGAGGGGUGGUGAUGUGGCUGUGAAAAUAUUCUCUUCUCGUGAAGAACGGUCUUGGUUCAGGGAAGCAGAGAUAUACCAGACGGUCAUGCUGCGCCAUGAAAACAUCCUUGGAUUUAUUGCUGCUGACAAUAAAGAUAAUGGCACCUGGACACAGCUGUGGCUUGUUUCUGACUAUCAUGAGCACGGGUCCCUGUUUGAUUAUCUGAACCGGUACACAGUGACAAUUGAGGGGAUGAUUAAGCUGGCCUUGUCUGCUGCUAGUGGGCUGGCACACCUGCACAUGGAGAUCGUGGGCACCCAAGGGAAGCCUGGAAUUGCUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAACAUUCUGGUGAAGAAAAAUGGCAUGUGUGCCAUAGCAGACCUGGGCCUGGCUGUCCGUCAUGAUGCAGUCACUGACACCAUUGACAUUGCCCCGAAUCAGAGGGUGGGGACCAAACGAUACAUGGCCCCUGAAGUACUUGAUGAAACCAUUAAUAUGAAACACUUUGACUCCUUUAAAUGUGCUGAUAUUUAUGCCCUCGGGCUUGUAUAUUGGGAGAUUGCUCGAAGAUGCAAUUCUGGAGGAGUCCAUGAAGAAUAUCAGCUGCCAUAUUACGACUUAGUGCCCUCUGACCCUUCCAUUGAGGAAAUGCGAAAGGUUGUAUGUGAUCAGAAGCUGCGUCCCAACAUCCCCAACUGGUGGCAGAGUUAUGAGGCACUGCGGGUGAUGGGGAAGAUGAUGCGAGAGUGUUGGUAUGCCAACGGCGCAGCCCGCCUGACGGCCCUGCGCAUCAAGAAGACCCUCUCCCAGCUCAGCGUGCAGGAAGACGUGAAGAUCUAACUGCUCCCUCUCUCCACACGGAGCUCCUGGCAGCGAGAACUACGCACAGCUGCCGCGUUGAGCGUACGAUGGAGGCCUACCUCUCGUUUCUGCCCAGCCCUCUGUGGCCAGGAGCCCUGGCCCGCAAGAGGGACAGAGCCCGGGAGAGACUCGCUCACUCCCAUGUUGGGUUUGAGACAGACACCUUUUCUAUUUACCUCCUAAUGGCAUGGAGACUCUGAGAGCGAAUUGUGUGGAGAACUCAGUGCCACACCUCGAACUGGUUGUAGUGGGAAGUCCCGCGAAACCCGGUGCAUCUGGCACGUGGCCAGGAGCCAUGACAGGGGCGCUUGGGAGGGGCCGGAGGAACCGAGGUGUUGCCAGUGCUAAGCUGCCCUGAGGGUUUCCUUCGGGGACCAGCCCACAGCACACCAAGGUGGCCCGGAAGAACCAGAAGUGCAGCCCCUCUCACAGGCAGCUCUGAGCCGCGCUUUCCCCUCCUCCCUGGGAUGGACGCUGCCGGGAGACUGCCAGUGGAGACGGAAUCUGCCGCUUUGUCUGUCCAGCCGUGUGUGCAUGUGCCGAGGUGCGUCCCCCGUUGUGCCUGGUUCGUGCCAUGCCCUUACACGUGCGUGUGAGUGUGUGUGUGUGUCUGUAGGUGCGCACUUACCUGCUUGAGCUUUCUGUGCAUGUGCAGGUCGGGGGUGUGGUCGUCAUGCUGUCCGUGCUUGCUGGUGCCUCUUUUCAGUAGUGAGCAGCAUCUAGUUUCCCUGGUGCCCUUCCCUGGAGGUCUCUCCCUCCCCCAGAGCCCCUCAUGCCACAGUGGUACUCUGUGUCUGGCAGGCUACUCUGCCCACCCCAGCAUCAGCACAGCUCUCCUCCUCCAUCUCAGACUGUGGAACCAAAGCUGGCCCAGUUGUCCAUGACAAAAGAGGCUUUUGGGCCAAAAUGUGAGGGUGGUGGGUGGGAUGGGCAGGGAAGGAAUCCUGGUGGAAGUCUUGGGUGUUAGUGUCAGCCAUGGGAAAUGAGCCAGCCCAAGGGCAUCAUCCUCAGCAGCAUCGAGGAAGGGCCGAGGAAUGUGAAGCCAGAUCUCGGGACUCAGAUUGGAAUGUUACAUCUGUCUUUCAUCUCCCAGAUCCUGGAAACAGCAGUGUAUAUUUUUGGUGGUGGUGGGUUUGGGGUGGGGAAGGGAAGGGCGGGCAAGGAGUGGGGAGGGAGUCUGGGGUGGGAGGGAGGCAUCUGCAUGGGUCUUCUUUUACUGGACUGUCUGAUCAGGGUGGAGGGAAGGUGAGAGGUUUGCAUCCACUUCAGGAGCCCUACUGAAGGGAACAGCCUGAGCCGAACAUGUUAUUUAACCUGAGUAUAGUAUUUAACGAAGCCUAGAAGCACGGCUGUGGGUGGUGAUUUGGUCAGCAUAUCUUAGGUAUAUAAUAACUUUGAAGCCAUAACUUUUAACUGGAGUGGUUUGAUUUCUUUUUUUAAUUUUAUUGGGAGGGUUUGGAUUUUAACUUUUUUUAAUGUUGUUAAAUAUUAAGUUUUUGUAAAAGGAAAACCAUCUCUGUGAUUACCUCUCAAUCUAUUUGUUUUUAAAGAAAUCCCUAAAAAAAAAAAUUAUCCAAUUGAACGCACAUAGCUCAAUCACACUGGAAAUGUUUGUCCUUGCACCUGAGCCUGUUCCCACUCAGCAGUGAGAGUUCCUCUUUGCCCUGAGGCUCAGUCUCUCUCGUAUUUUGUCCCCACCCCCAAUUCCUUGAGUGGUUUUUGCUCUAGGGCCCUUUCUUGCACUGUCCAGCUGGUUGUACCCUCUCCAGGCAUUUAUUCAACAAAUGUGGGUGAAGUGCCUGCUGGGUGCCAGGUGCUGGGAAUACAUCUGUGGACAAGACAUGCUUGGGUCCUACUCCUGGAGCACUGUAAAAAGAGCUGAUUCAAGUAAGUAGAUGCCUGUUUUGAGACCAGAAGGUUUCAUAAUUGGUUCUACGACCCUUUUGAGCCUAGAAUUAUUGUUCUUAUAUAAGAUCACUGAAGAAAGAGGAACCCCCACAACCCCCUCCACAAAGAGACCAGGGGCGGGUGAUGAGACCUGGGGUUUAGAACCCCAGGUGAGACCUCAAAUCACUGCAUUCAUUCUGAGCCCCCUUCCUGUCCCCAGGGGAGGUGUAUUGUGUAUGUAGCCUUAGAGCAUCUCUGCCUCCAACCCAGCAGUUCUCUGCCAAAGCUUGUGGAGGAGGGAGAGCCCUGUCCCUGCCCUCAGGCUCCCCAGUGCUCCUGGCCCUUCUAUUUAUUUGACUGAUUAUUGCUUCUUUCCUUGCAUUAAAGGAGAUCUUCCCCUAACCUUUGGGCCAAUUUACUGGCCACUAAUUUCGUUUAAAUACCAUUGUGUCAUUGGGGGGACCGUCUUUACCCCUGCUGACCUCCCACCUAUCCGCCCUGCAGCAGAACCUUGGCGGUUUAUAGGUAAUGAUGGAACUUAGACUCCUCUUCCCAGAGUCACAAGUAGCCUCUGGGAUCUGCCAACACACGUCCACUCCCAAGCCACUAGCCCACUCCCCAGUUGGCCCUUCUGCCCUUACCCCACACACAGUCCAACUCUUCCACCUCUGGGGAAGAUGGAGCAGGUCUUUGGGAAGCUCCCACACCCACCUCUGCCACUCUUAACACUAAGUGAGAGUUGGGGAGAAACUGAAGCCGUGUUUUUGGCCCCCCGAGGCUAACCCUGAUCCAUAGUGCUACCUGCACCUCUGGAUUCUGGAUUCACAGACCAAGUCCAAGCCCGUUCUUACGUCGCCAUAAAGGCCCCCGAACGGCAUUCUCGGUACUUCUGUUUGUUUUUGUACAUUUUAUUAGAAAGGACUGUAAAAUAGCCACUUAGACACUUUACCUCUUCAGUAUGCAAAUGUAAAUAAAUUGUAAUAUAGGAAAUCUUUUGUUUUAAUAUAAGAAUGAGCCUGUCCAAUUUCUGCUGUACAUUAUUAAAAGUUUUAUUCACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1627.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1711.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 1100.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((.(((((.(((((.((((((((.((.(....((....))....).)).)))))))).))))))))))..).)))))).....((((((...........))))))(((((((((((((((((..(((((((((((((((((...((((.(.((((.((((((((...((..((((.........)))).((((.((.((((((.(((((((((((((........((((.(((((((((((..(((((((((((.....((...((((...((.((.((.((((((((........(((((..(((...(((..((((..(..(((((((..(((....)))..)))))))..))))).)))...)))..)))))((((((((((.(((....))).))))))..))))((((..((((((.(((((((.(((............((((((((((......((.((((.((.(((((.......((((((..((((...(((((((((.....((.((((......)))))).((((((((..(....)..))))))))..))))).))))..))))..))))))..((((((((((((((..((((.((.((.(.(..((((((((..(.(((..(((.......)))..))).)..))))))))..).).)))).))))....)))))))))((((((((((.((....(((((((....(((((((((....))))(.(((((((..((((......(((....)))....))))((((((....(((((((.((((..((((((.((((.....(((((((.(.((..((((....(((((.(((((...........))))))))))))))..)).).)))))))......)).)))))))).))))..)))))))....(((((((((.((((((((((....)))((((((((.(((.(((.....(((((((((.(((.((....)))))...)))))).)))((((...))))........((((.....))))..)))))).)))))))).)))))))..))))).))))((((((((((.(((((...))).)).)).))))...(((((......).))))..)))).........))))))))))))).)..((((((....)))))).............((((((((((....(.(((((((.((.(((....))).)).))))))).)((((((........)))))).))))))))))))))))))))))..)).))))))))))....(((......)))))))).((((((((((((((.(((((((.((.(((..(((((........(((((((((((((.(.(.(.((((.(((....))).)))).).)).))))))((.(((.(((((..((((((....))))))((((((...(((....))).))))))............(((((((.(((((((((((((......(((.((.(((..(((((......((((....)))).....)))))..))).)).)))....))).))))))))))..((((..((((....))))))))(((((.....(((((((((((((((...))))).)))).)))))).)))))...))))))).))))))))))....)))))))))))).))).))))))))).))))).))))..))))).))))).)).)))))).(((...((((((...........)))))).))).(((((.....(((((....))))).....)))))((.((((((.....)))))).)).))))))))))....)))))))))).)))))))))).)))))))))))).)).))))))...))))))))))).))))))))))))))).((((((((....(((..((((((.(..(((((((((.((.((((((.(((((((((..((.(((((.((((.........)))).)).))).))..)))).))))).)).)))).))...))).)))))))))).))).)))(((((.(((((.(((.(((((((........)))))))))).)))))))))).(((((((....)))))))....)).)))))).)))))))))))))..((((((....((.......))....))))))((((((((((.....)))))).))))(((((((((.((........)).)))))))))..............)))))))).)))).(((((......)))))))))).))))))).))))))))))))....)).)))))).))))..(((((((((.((((.(.....(((.((((((....(((((........)))))........((((((((..(((..(......)..)))..))))))))......)))))).)))).)))).)))))))))........))))).((((....(((((..((((((.(((.((((...........))))..)))........(((.((((....(((((.((((((((.((((((.((((((((((((...(((((.(........))))))...((((((((((.....(((....)))..............(((((.(((((((.((((((((((...((((((((.(((..((((((((..((..((.(((((((((.((((((..((.(((.((((...........((((.((((((((((.((((((((..(((...(((...((.(((......)))))))).((((.((((((((.((.((.(((((((((((((..(((((((............((.((((.........)))).)).(((.((((...)))).)))..)))))))....))))))....(((((((..(........)..)))))))(((((((((...(((.(..(((((((((((((...(((((......(((((((((....)))))))))......)))))...)))))(((.....)))...))))))))..).))).....))))))))).................(((((((((..((.....))))))).....)))).))))))).........)).)).))))))))..))))..(((.(.((((((((((.....(((((...)))))............................(((.((((((((((((((((((((((..((((((((..((((((.....((((((....((((((((((((((.......)))))).))))))))..)))))).....)))))).........)))..))))).......))))......)))))))))........((.(((.(.....((..(((((.(((.(((.(((((((....))))))).))).)))))))).)).....).)))))(((((....))))).....))))))))).))))))))))))).).))).)))))))))))..((((.((((((((((((...(((((((((((((...))))))))))((((.(((......((((((.(((.....(((.((..((((....)))))).))).....))).)))))).....)))..))))...)))..)))).((((....))))...((((((.((.(.(((((........))))).))).)))))).......))))))))...))))..........))))))).......(((((((......)))))))....(((((((......(((((......)))))...............((((....))))..)))))))))).))))..)))).))).))))))))((((((((((((((...)))......)))))...))))))...((.(((........))))).((((((((.(.......).))))))))..............))))).)))).))..))..))))))))...))).))))))))..)))))))))).((....((((..((((((.((...))))))))))))....))...(((((...))))).))))))).)))))(((((((........)))))))..))))))...))))((((......))))..))))))).........(((((..((((.....))))...)))))))))).))))))(((...)))...(((.((((....(((........)))....))))))).)))))))).)))))...)))).)))................((.((((...)))))).....)))))).))))))))).)))))))((((((...((((((....(((((.....((((((......)))))).....))))).))))))......))))))...............))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........((((((({,,((({(((((.((((((((.((.(.,..((....))..,.).)).)))))))).)))))))))}.}),}))))).,{,,((((((.,......,,,}}}}}|((({((({{{{||||||,.((((((((((((,.{{({{.((((.(.(({{.((((((((.,,((..{|||,........}}}}.((((.((.((((({.(((((((((((((........((((.(((((((((((..(((((((((((,....((...((((...((.(,{((.((((((((,.......{((((..(((...(((..((((..(..(((((((..(((....)))..)))))))..})))).)))...)))..))))|((((((((((.(((....))).))}))),,))))},(,{(((((((.(((((((.,{{....,,..{{..((((((((((......{{.((((.((,((({{.......((((((..((((...(((((((((.....{(.((((......))})}}.((((((((,.{....},.))))))))..))))).))))..})))..))))))..(((({(((((((((..((((.{(,({,(.{..((((((((,,(.(((..(((.......)))..))}.),.))))))))..}.,.)))).)))).,..))))))))}((((((((((.((,...{((((((((((,,,,|}}}|..,{,{{{({(((({({.{(((({{{{{.,((....|||{{|{|||}(((({{....{{,,,{{|..{({{((({,,.,},)}}}}}|,,||||}|,{|,|||,|.}}}|||}}||||||}}}}|.,,.}}}}))))}}}})}}},,||||,|||,}}}},,,,|||.,,||||||{,|||,,|||||||....(((((((((.((((((((((....)))((((((((.(((.(((.....(((((((((.((,{((....)))))...)))))).)))((((...))))........{(((.....)))}..)))))).)))))))).)))))))..))))).))))||}}||||||,|,,,|}}}))).,},),.,},}..,{((((......}.)))){{{{.{{{........,))))))),||,,|,.((((((....)))))}.,,..........((((((((((....{.(((((((.{{.(((....))).}}.))))))).}{(((((........)))))}.)))))))))),},}}))))))),,)).))))))))))......,.,,,},})))}}}}.(((({(((((((((.((((((,{((.(((..(((((........(((((((((((((.,.{.(.((((.(({....))).)))).).}}.)))))},(.(((.(((((..{(((((....)))))}((((((...(((....))).))))))............(((((((.(((((((((((((.....,(({.((.(((..(((((......((((....)))).....)))))..))).)),))}....)))}})))))))))..{{((.{((((....))))}))),,{,({....(((((((((((((((...)))))))})),}))))).),),),..))))))).)))))))),)}..,)))))))))))).))).))))))))).))))).))))..))))).)}))).)).)))))}.(((...((((((.........,.)))))).))).((((({(...(((((....)))))..}),)})))((.((((((.....)))))).)).)))))))))),},.)))))))))).)))))))))}.)))))))))))).)).))))))...))))))))))).))))))))))))))).(((((({{....(((..((((({.,,,(((((((((.((.((((((.(((((((((..((.(((((.((((.........)))).)).))).))..)))).))))).))}}))).))...)))},))))))))).))).)))(((((.(((((.(((.(((((((........)))))))))).)))))))))).(((((((....))))))).},)))})))}}..)))))))))))))..((((((.,{.((.......)).,..)))))){(({(((((({...,)))))).}))}(((((((((.((........)).)))))))))||,....,......)))))))).)))).(((((......))))),}))).)))))}}.))))))))))}},...)).)))))).))))..(((((((((.((((,(.,,.,{{{.|{{..,..,,{((((,,,,....}|||}.,,,,|..{((((({{,,(((..,,,,,,.,,.))),,))))})))...,,}))}))))}}))}}))).))))))))),{{{..,{|,,,,}||,,}}}}(((((..((((((.((,.{(((,..{({{{{..,,....))).}}}}}}}|||,{({{..,.(((((.((((((((.((((({.(((({{((((((...((((,,(........))))))...{(((((((((..,,.(((....}}},}}.,,.......,(((((.(((((((.((((((((((,,,((((((((.(((..((((((((..((..((.(((((((((,(((((({.((.{{{.||||,,}},,.....(({(,(,(({..{{((((((({{.,(((((.((((({.(({{.{,{{((((,,,,....|||},(((({{((,((,((.((((({(((((((,,(((((((.((,,,.....,{{.,((({{..,{(...))).))))},.||,|,.,)},,,)})),)))))))..,.))))))....(((((((..(........)..)))))))(((((((((...{((.,..(((((((((((((...(((({.,....(((((((((....)))))))))......)))))...))))}{((.....))}..}))))))))..}.}}).....))))))))).................(((((((((..((.....))))))).....)))).})))))}..,.,||..||,||.}}}}}}}).|||}|,,{{(|{.({{(((({{{....,|||||||{|||||.........,,{,,,,{.,,,,......(((,(((((((({(((((((((((((..,{,(({{{{{(((({(...,.((((((....((((((((((((({,{....})))))))))))))))..)))))),||.,))})},...,},,,,)))},))})}.,.,...))))}},...,,}))))))........||,{{{.|,|||||,..(((((.(((.(((.(((((((....))))))).))).)))))))).,,.....},))))}{|{{{,...))))},....})))})))).)})}))}}}}}}}.,.},,...,,|{{{,,,...|}|..,,||||{|||,|||{|{((((((((((...))))))))))||,,.|||...,},||{{{{.(({..,,.(((,(({,((((....)))))).))}.....))).)))))),,,,.,,}}})))}}.})))|.,}}}.((((....))))...,{{{||,||,|,{((({,|,.,,},))))).}}).))))))|||||||||}}}|||..........,{..,{{..{{,,,..,....{((((((......))))))}....,,,{,.......,(((((......)))))..,,,..,,}.,}}}}}}|||..}.},}}})))))))},.}}}}..,))).))).))))))})||||{|||||||||,,,}})..,,.,|||||...}}}}}}...{{.(((........)))}}.((((((((.{.......).)))))))).,}},,,.......})))).)))).))..))..))))))))...))).)))))))}.,))))}))))),,,....((((..((((((.((...)))))))))))).,..}}...{((({...})))).))))))).)))))|((((({.{.....,))))))}..))))))...)))}((((......))))..))))))}........,(((((.{((((.....)))).}.)))))))))).})))))(((...)))...({((((((....({{,,,.....)))....))))))).)))))))}.)))))...})}}.,,,.,...,,,..,,}},.((.((({...)))))).....)))))).))))),,,,.}}}}}}}{{({{{...{{{{{{....(((((...,,(({(((......)})))).....))))).)))))}.....,))))}}.....,,,,,,,.,,))}}}.
Back