Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020361.5
Sequence Length
2011 nt
GC Content
0.4286
GCUGCUGCUGCUUGUCCCAAGACCAAGUCGUAAUAGCAACUUCCCUUCCUCAGCUGCCUGAACUUUUUUUUUCCCUUGUAGCUGGAGAGAAGUGUCACAUUUUGCUCACUCUCAACCUUCCUCGCCCACCCCCUUCCCGGAGAACCUGUGCGGUGUGUAGAGGGUGCUGUGAGCCACCUCCAGCCUCGGGUGGCUGCUUAAGUAACUUUCAACUCCUCUCUUCUUAACACUAUGAAGUGUCUCGGGAAGCGCAGGGGCCAGGCAGCUGCUUUCCUGCCUCUUUGCUGGCUCUUUUUGAAGAUUCUGCAACCGGGGCACAGCCACCUUUAUAACAACCGCUAUGCUGGUGAUAAAGUGAUAAGAUUUAUUCCCAAAACAGAAGAGGAAGCAUAUGCACUGAAGAAAAUAUCCUAUCAACUUAAGGUGGACCUGUGGCAGCCCAGCAGUAUCUCCUAUGUAUCAGAGGGAACAGUUACUGAUGUCCAUAUCCCCCAAAAUGGUUCCCGAGCCCUGUUAGCCUUCUUACAGGAAGCCAACAUCCAGUACAAGGUCCUCAUAGAAGAUCUUCAGAAAACACUGGAGAAGGGAAGCAGCUUGCACACCCAGAGAAACCGAAGAUCCCUCUCUGGAUAUAAUUAUGAAGUUUAUCACUCCUUAGAAGAAAUUCAAAAUUGGAUGCAUCAUCUGAAUAAAACUCACUCAGGCCUCAUUCACAUGUUCUCUAUUGGAAGAUCAUAUGAGGGAAGAUCUCUUUUUAUUUUAAAGCUGGGCAGACGAUCACGACUCAAAAGAGCUGUUUGGAUAGACUGUGGUAUUCAUGCAAGAGAAUGGAUUGGUCCUGCCUUUUGUCAGUGGUUUGUAAAAGAAGCUCUUCUAACAUAUAAGAGUGACCCAGCCAUGAGAAAAAUGUUGAAUCAUCUAUAUUUCUAUAUCAUGCCUGUGUUUAACGUCGAUGGAUACCAUUUUAGUUGGACCAAUGAUCGAUUUUGGAGAAAAACAAGGUCAAGGAACUCAAGGUUUCGCUGCCGUGGAGUGGAUGCCAAUAGAAACUGGAAAGUGAAGUGGUGUGAUGAAGGAGCUUCUAUGCACCCUUGUGAUGACACAUACUGUGGCCCUUUUCCAGAAUCUGAGCCGGAAGUGAAGGCUGUAGCUAACUUCCUUCGAAAACACAGAAAGCACAUUAGGGCUUAUCUCUCCUUUCAUGCAUAUGCUCAGAUGUUACUGUAUCCCUAUUCUUACAAAUAUGCAACAAUUCCCAAUUUUAGAUGUGUGGAAUCUGCAGCUUAUAAAGCUGUGAAUGCACUUCAGUCAGUAUACGGGGUACGAUACAGAUAUGGACCAGCCUCCACAACGUUGUAUGUGAGCUCUGGUAGCUCAAUGGAUUGGGCCUACAAAAAUGGAAUACCUUAUGCAUUUGCUUUCGAACUACGUGACACUGGAUAUUUUGGAUUUUUACUCCCAGAGAUGCUCAUCAAACCCACCUGUACAGAAACUAUGCUGGCUGUGAAAAAUAUCACAAUGCACCUGCUAAAGAAAUGUCCCUGAGACAGCCCAAGGCUCAGGUCAACUGCCAUAGGAUUCUGAGCAAGGCCUACUUGGCCCUGGAUAGAAAUUGUUUUCAAAGAGAAGGGCAGCUGCUUAGAGUGAACAUGUCUAUGGACUUUAAAAAGACCCCACGCAAUUUGACUUUGUGGCAAUAGAAAACAGUAAAAAACAGGGCAUAGCCUAGUUUGUUAUAAGAAAAAGCAUCCAUUUUCUAUCCUUUUAGAGUCUUAUUUGAUUAUGGUGGGAGGGAAUGUUUUCAAAUUUCCCAUUUCUCAAGAAAUGUUCAUAUUAAUUGAGGAUUUCCCUUCAAUAAAUCUCAUGUCCUCAAUUAGGAUCUAGGCUAGUAAUGAUGUUUAAUUACUUGGUUCUCAUUGGAAAUGGAAAAUUAUGAAAUGGAAAAAAACAACUAUGCUUCUUAAUGUAAUAAACAUAGGCCGGGCGCGGUGGCUCACACCUGUAAUUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-548.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -589.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 449.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((((((....)).))))).))).)))).(((((.(((...(((((((..(((........)))....)))))))))).)))))((((((..(((((((((((...........((((...(.(((((((.(((..((....(((((..((((((((((...((((((((........)))))))).....))))..............))))))..)))))....))..)))))))))).)...)))).(((((((((((((...(((........)))(((((((((((((((((...(((((((....(((((((..........((((((((((.((((((.........)))))).))..............)))))).))..(((((........)).)))....))))))).((((((((((.((((((.....((...((((.(((..((....(((..(((((..(((((((.......((((((..(((((((((.((....)).)))))..(((...(((((....((((((.((...)).)))))).........(((((((((((..((((..((.....(((((((.............)))))))...............(((((((...(((((.((.(((((....)))))...)).))))).......(((.(((.(((.(.(((((..(((.((((((((..((((((..((((((...))))))...........((((((((..(.............(((((((.(((..(((((((.((........(((((((...(((....)))...)))))))))..)))))))..))).)))))))...........)..)).))))))(((((...((((((.((....)).)))))).....)))))..((.(((((((...(((((...)))))...)))))))))))))))(((((((........))))))).....((((..(((......)))...)))).....)))))))))))......)))))).))).)))))).((.((......)).))...)))))))..))..))))..))))))))))).((((((((.((((((...(((....))).))))))(((.........))).(((....((((........))))....)))....)))))))).....(((((((((((.((.((..(..((((...(((((((..........)).)))))..(((((((...)))))))...))))..)..)).)).))).))))))))((((((...((((......)))).....)))))).((((((.....)))))).)))))..)))......(((((.(........).)))))))))..)))))).........))))..(((((..........))))).)))..))))))))))..))))))))).....)))))).(((((......)))))..((....))............((((((.(........)))))))....))))))))))........((((.....))))))))))).))))....)))))))))))))))))))))))))))))))))....(((....)))................))))........))))))..................(((((.....(((((((((((((((..((.((((((.(((((((..((((.(((.((((......)))).))).))))))))))).((((((((((.(((((((.(((((..........((((((((((((....................))))))))))))......((((((((((........))))).))))).)).)))))))))).))))).)))))((........))...)))))).))..)))))))))).))))).((((......))))...)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(((((((....)),,)))).))).)))).{((((.(((({{(((((((..(({........}}}....))))))))}).))))|({{{{{..,{{,(((((((........,..((((...,.(((((({{(({.{((....(((((..((((((((((..,((((((((........)))))))).,...))))...........,,})))}}}..)))))....)).})))))))))).}...)))).{((((((((((({...(((........)))(((((((((((((((((...(((((((....(((((((.......,{(((,,.|,|)))|.,.((((({{{.{{|,,.{{{||.........,.}},,{{....))..,,..|.....})).)}))}.}}}))))))).((((((((((.((((((,,.,.{,...((((.(((.{(({{{.{{{..,(({(..,,||||.......,|{|||}},(((((((((.{(....}}.)))))..,{{{{.(((((((..{(((((.((...}}.)))))|,,,......(((((((((((..((((..{{.....(((((((.............))))))).......,.|,..,{{{{(({(...{{,((.{|.,||||...,|||||{..,)}))))).......{((.(((.(((.(.(((((..{((,((((((((..((((((..((((((...))))))...........(((((({{..(.............(((((((.{((..(((((((,{{........(((((((...(((....)))...)))))))}}.})))))))..))}.)))))))...........}.})).))))))(((((...((((((.((....)).)))))).....)))))..((.(((((((...(((((...)))))...)))))))))))))))(((((((........))))))).....((((..(((......)))...)))).....))))))))}}}.,},..)))))}.))).)))))}{((.((......))..)}}})))}))}}.))..))))..))))))))))).((((((((.((((((...(((....))).)))))),,{{{{,....,{{{{((,....,{{|}}}.}},.,,,),,,.,}}....)))))))),{,,,{((((((((((.((.((..{..((((...(((((((,,,....,..)).))))).,(((((((...)))))))}..))))..}..)).)).))).)))))))){{{{{{...{(((......}))}.....}}}}})||||{{|,,,{{|||||{,,,.,}})))}},}}..,{{{(,,...,,...).)))}})))}.}},,,.,.}),,.}))))))..,||||,,,.....,,,.}))}}})}}),,,..,,,,..))))))))}.,...)))))).(((((......)))))..({..,,}}........,{,.((((({.|.,,,...}))))))).},.))))))))))........((((.....))))))))))).))))....)))))))))))))))))))))))))}))))))).|,,{{,..,((,{{{....,}}...||,,||||.......,)))))}...........,,.....{{,({({...(((((((((((((((..((.((((((,((({((({.{(((.{{{.{(((......)))}.))}.))))})))),}.{(((((((((.(((((((.(({{{.....,,...,(((((((((((....................)))))))))))},|....{(((((((((........)))))}})))),},.}))))))))).))))).)))))|||,......,....,))))).}}..)))))))))).))))).,,)).}{{{{,,...)}))}}}.....,..
Back