Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021599.4
Sequence Length
2288 nt
GC Content
0.6359
GCCUCCUCCGCCCCGCGCCCUGCGGUGCUGCAGCUGCGGGCGGCUCCAGCUGCCCCCAGAUGUGGGCUGGGCGGCUCGCGGGGAACUUUCGCGCCGGCUGCGAGUGCGGGGCCCCGGCUGCAGUCCGGCUGCCAUGGAUCCGCCGGCGGGAGCCGCUCGCCGCCUGCUCUGCCCCGCGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCCGCCGCCGCUCCUGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCGAACGCCAGGCUCGCCGCCGCCGCCGACCCCCCAGGCGGGCCCCUGGGGCACGGAGCGGAGCGCAUCCUGGCGGUGCCCGUGCGCACUGACGCCCAGGGCCGCUUGGUGUCCCACGUGGUGUCGGCAGCUACGUCCAGAGCAGGGGUACGAGCCCGCAGGGCCGCCCCGGUCCGGACCCCGAGCUUCCCCGGAGGCAACGAGGAGGAGCCUGGCAGUCACCUCUUCUACAAUGUCACGGUCUUUGGCCGAGACCUGCACCUGCGGCUGCGGCCCAACGCCCGCCUCGUGGCGCCCGGGGCCACUAUGGAGUGGCAGGGCGAGAAGGGCACCACCCGCGUGGAGCCCCUGCUCGGGAGCUGUCUCUACGUCGGAGACGUGGCCGGCCUAGCCGAAGCCUCCUCUGUGGCGCUCAGCAACUGCGAUGGGCUGGCUGGUCUGAUCCGGAUGGAGGAGGAGGAGUUCUUCAUCGAACCCUUGGAGAAGGGGCUGGCGGCGCAGGAGGCUGAGCAAGGCCGUGUGCAUGUGGUGUAUCGCCGGCCACCCACGUCCCCUCCUCUCGGGGGGCCACAGGCCCUGGACACAGGGGCCUCCCUGGACAGCCUGGACAGCCUCAGCCGCGCCCUGGGCGUCCUAGAGGAGCACGCCAACAGCUCGAGGCGGAGGGCACGCAGGCAUGCUGCGGACGAUGACUACAACAUCGAGGUCCUGCUGGGCGUGGAUGACUCUGUGGUGCAGUUCCACGGGAAGGAGCACGUACAGAAGUACCUGCUGACACUCAUGAACAUUGUCAAUGAAAUCUACCAUGACGAGUCCUUGGGUGCCCACAUCAACGUGGUCCUGGUGCGGAUCAUCCUCCUGAGCUAUGGAAAGUCCAUGAGCCUCAUCGAGAUCGGGAACCCCUCUCAGAGCCUGGAGAAUGUCUGCCGCUGGGCCUACCUCCAGCAGAAGCCAGACACGGGCCACGAUGAAUACCACGAUCACGCCAUCUUCCUCACACGGCAGGACUUUGGGCCUUCCGGCAUGCAAGGCUAUGCUCCUGUCACCGGCAUGUGCCAUCCGGUCCGCAGCUGCACCCUGAACCAUGAGGACGGCUUCUCCUCAGCGUUUGUGGUGGCCCAUGAGACUGGCCACGUGCUGGGCAUGGAGCACGACGGGCAGGGCAACCGCUGUGGCGACGAGGUGCGGCUGGGCAGCAUCAUGGCGCCCCUGGUGCAGGCCGCCUUCCACCGCUUCCACUGGUCCCGCUGCAGCCAGCAGGAGCUGAGCCGCUACCUGCACUCCUAUGACUGCCUGCUGGAUGACCCCUUCGCCCACGACUGGCCGGCGCUGCCCCAGCUCCCGGGACUGCACUACUCCAUGAACGAGCAAUGCCGCUUUGACUUCGGCCUGGGCUACAUGAUGUGCACGGCGUUCCGGACCUUUGACCCCUGCAAGCAGCUGUGGUGCAGCCAUCCUGACAACCCCUACUUUUGCAAGACCAAGAAGGGGCCCCCCUUGGACGGGACUAUGUGUGCACCUGGCAAGUUCAGGCCGGGCGCGGUGGCUCAUGCCUGUUAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUAGGUGGAUCGCCUGAGGUCAGAAGUUCAAGACAAGUCUGGUUAACAUGGCAAAAUCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGCGGUGGUGGGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCCGGAGGCUGAGGCAUGAAAAUCGUUUGAGCCCAGGAGGCGGAGGUUGCGGUGAGCCAAGAUCGCGUCGCUGCUCUCCAGUCUGGAUCACACAGCAAGACCCUGUCUCAAAAAAUAAAAAUAAAAGUGAAGUGCACCAUUCGGUGGCAUUUAGUACAUUUGCAAUAUUGGGCAACCAUCGCCACUACCCGGUCCCAGAGCUUUUCAUCCCUGCAAAAAGGAAGCGCCAUUUAUCAGUCACCUCUCCCCUCCCUCCUCGCCCCAUCCCCUGGCUAGCACCAACCUGCUUUCUGUCUCUAUAGAGUUGCCUAUUCCGGAAUUUCAUAUAAAUGGAAUCAUAUAUAUGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-981.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1021.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 848.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((((((((((((((((.(((.(((((.(((((((...(((((((((((....)))...)))))))).(((((.....)))))((((((((((((...(((((.(((((.((((((.((((((..(((....(((((.((((((.....((.((((((...(((..(((((((.((....)).))((.(((((((.(.(((((.((((.((((((.((.(((((((((...(((((((.((((..((((..(((...(((((((......)))))))..))).)))).))).).)))))))((((((((((.....(((((((((((((((.(((....))).)))..(.((((.(((..((((((.((..((((....)))).(((((..((((((((((((.(((((((.......(((((..(((.((..(.(((.(((.((((((.(...((((..((((((.((((((((.(((((..((.(((((.(((.((((((..((..((((....))))..))))))).....).))).))))).(((((.((((.((((....)))).)))).).))))...)).)))))...))))))))))))))((((((.((...((((((((..(((.(((.((((...((.((((((((....))))).)))))(((((((((.......)))))))))...(((((....)))))))))))).)))))))))))..)).))))))))))...).)))).)).)))))))..)).)))..))))).)))))))((((...)))))))))).).)))))..)))))....)))))))))))....)))))))))))))))))....(((((((.(((....((....(.((((((((.(((((.....)))))..(((((.......)))))((((((((((((((((((.((..(((((((.......)))))))....((((.((((....)))).))))..((((((.(.((.((((((.((........)))))))))).).))))))......(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((...))))).)).))))..((((..(((...))))))).......)))).)))))))).((((((......))))))....)))).....)))))))).)))......)).)))))))............)))))))))))...)))))))).)..))..)))..)))))))....((((((((((....((((((((..((..((((.(((((..((((((.......))))))..))))).))))))...)).)))))).)))))))))))))))).))))).)))))..)))....)).)))))).).))).))))).)))))))).)).)))))....))))))))).))........)))))).))))).)))..)))))).((((((((......))).)))))........))))))..)))))..).)))))))))........)))))))))))))))))))..))).)))))).....((((((((.((...((...(((.(((((((((((((((..(((((.((.(((.((((.((((..........((((.((...((((.((((((..(((((((.((((((((..(((((......))))))))))......)))..)))))...))..))))))))))...)))))))))))))).)))))))))).........(((.((((((((....))))))).).)))...)))).))))).)))))).))).))...)).)))..))))).....................................)))))))).)))))(((.(((......))).)))...)))))).((((((.(((........(((....(((((.(((((....(((((....((((.((((.((((...((((...)))).....)))).((((...))))..................((((((.(((((....((((((.....(((....))).....(((....)))..))))))....)))......)).)))))).(((......)))..)))).)))).....)))))))))))))))...)))(((.........))).((((......)))))))))))))....(((((.((......)))))))((((((.(((....))).))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,{,{{{({{((((((((((((({,(((,(((((.(((((((...,(((({{{(((|.,{|||{{.||||||||{((((((,..,.,,{{(((((({(({(((,{(({{,.|||||,||||,|||||{||..,||....,|||{,||||||}}}}}||.||||||.,,|||}}|||{|{(.((.{{.||.|},|}{(({(({,|,(({((.{{{{,{({{((.((,{{{(({{(|...(((((((.,(((,.((((..(((...(((((((......)))))))..))).)))).)}).,.)))))))(((((({(((.,.,.(((((((((({{{{|||{||||||}|.||||||,||||,||{.,|{{{,|,||.|||||,,,,)))),|||||,,||||||||{|||}|,{{{||,....,,((((({,((({(({((.(({.(((,{{{{{{.|...,,,,..((({((((({,,|||}|{|||,{((,((,(({((({((((({,,(({{((({{{{{|},|{{|||||||..,,,|,|||{||||}.{{{{..((((.((((....)))).)))),}.||||{{{||,|||||,..}}}))))))))|||(((({{.||},.,|||(((({(({(,(((,((((...,{|(,{((((({.{{||,||{,||||{,{(((((({{.,,.,|||}}}}}},..{{{{{,,,.))||||||||||,||||}|}||||..}}.}))))})}))}..,.}}}}.,},))))))).})}.)})}}))))),)}}||||((({...|}|||||,,,.)})))))}})))))},},}})})))))))).,))})),)))))))))))).,}}||||(((,(((..,,({,,{.(,((((((((.(((((,,..,|||||,.(({{(.......}}}||((((((((((((((((((.{{..(((((((.......))))))}....((((.((((....)))).)))),.((((((.(.((.((((({,((........)))))))))).}.))))))......(((.(((((((((((((((((.(((.(((({((((((((((...))))),})}}))},,((((..(((...))))))).},....)))).)))))))).((((({......})))))....}}))..,..)))))))).)))....,,}}.)))))))............)))))))))))},,|||||}}}.}..)},,))),.|||||||,,..((((((((((....(((((({,,,,...((((.{((((..((((((.,....,))))))..))))).)))),}...)).)))))).)))))))))))))})),)))},.}}|}|.,|}}..,,)),})}|}}.,,}||.|}|||.||}|}|||,||.||}|,,},}))}))})))}))}...,,}}})}}}).}))))},))}})))))}.((((((((......))).)))))........},,))),}))})}..,.,)))}})))),.)),)))}.}))))})))}}))))),,))),})))),..,,,,,,,|...((((......)))).,.....|||||||||{.|}}|}.|||{{{|},|||{{|,.||.,,{.....{{||{|}||,,|,|||||||.....}}}.},,||,|,.}|||||,,....}})}|||||}...}}},,)}.})))}}..,}})}||}|||||,.}}}}}}}))))))})))),)))...,{|{{{...{{(((|,,..|}))))||},,||||{(({({,,.{|,{((((..,(,.{....{{{...{.(((({.,,.(((((........,......,,,............,,,|(((((,{,((((((((.((({(({.{{{{{{(({.((((.{.((((.(((({{....,}.)))).))))}.)))),.(((({..((((((({{.......)}.)))))))}))))}}.}})))}.,,,}}}}.{(((...))))................,.(({(((((((((....))),})))))..}}).}}}},.....|||}},.))),}}))})},))))),}}}}).{{{{......(((......)))}}))))))),,))))).).,.)))..,})},,,))))||,,.,,,,,,}))),((((......)))),(((({....}))))}},}}},..,,}))}....((((((.(((....}}).)})))),),
Back