Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_022735.4
Sequence Length
3584 nt
GC Content
0.4182
AGAGGUCAGCAGGAAGUCGAUACGUGGCUGCCGUCUGUCCCCGCUGAGGAGGUGCAGCAGCCGGAGAUGGCGGCGGUGCUGAACGCAGAGCGACUCGAGGUGUCCGUCGACGGCCUCACGCUCAGCCCGGACCCGGAGGAGCGGCCUGGGGCGGAGGGCGCCCCGCUGCUGCCGCCACCGCUGCCACCGCCCUCGCCACCUGGAUCCGGUCGCGGCCCGGGCGCCUCAGGGGAGCAGCCCGAGCCCGGGGAGGCGGCGGCUGGGGGCGCGGCGGAGGAGGCGCGGCGGCUGGAGCAGCGCUGGGGUUUCGGCCUGGAGGAGUUGUACGGCCUGGCACUGCGCUUCUUCAAAGAAAAAGAUGGCAAAGCAUUUCAUCCAACUUAUGAAGAAAAAUUGAAGCUUGUGGCACUGCAUAAGCAAGUUCUUAUGGGCCCAUAUAAUCCAGACACUUGUCCUGAGGUUGGAUUCUUUGAUGUGUUGGGGAAUGACAGGAGGAGAGAAUGGGCAGCCCUGGGAAACAUGUCUAAAGAGGAUGCCAUGGUGGAGUUUGUCAAGCUCUUAAAUAGGUGUUGCCAUCUCUUUUCAACAUAUGUUGCGUCCCACAAAAUAGAGAAGGAAGAGCAAGAAAAAAAAAGGAAGGAGGAAGAGGAGCGAAGGCGGCGUGAAGAGGAAGAAAGAGAACGUCUGCAAAAGGAGGAAGAGAAACGUAGGAGAGAAGAAGAGGAAAGGCUUCGACGGGAGGAAGAGGAAAGGAGACGGAUAGAAGAAGAAAGGCUUCGGUUGGAGCAGCAAAAGCAGCAGAUAAUGGCAGCUUUAAACUCCCAGACUGCCGUGCAGUUCCAGCAGUAUGCAGCCCAACAGUAUCCAGGGAACUACGAACAGCAGCAAAUUCUCAUCCGCCAGUUGCAGGAGCAACACUAUCAGCAGUACAUGCAGCAGUUGUAUCAAGUCCAGCUUGCACAGCAACAGGCAGCAUUACAGAAACAACAGGAAGUAGUAGUGGCUGGGUCUUCCUUGCCUACAUCAUCAAAAGUGAAUGCAACUGUACCAAGUAAUAUGAUGUCAGUUAAUGGACAGGCCAAAACACACACUGACAGCUCCGAAAAAGAACUGGAACCAGAAGCUGCAGAAGAAGCCCUGGAGAAUGGACCAAAAGAAUCUCUUCCAGUAAUAGCAGCUCCAUCCAUGUGGACACGACCUCAGAUCAAAGACUUCAAAGAGAAGAUUCAGCAGGAUGCAGAUUCCGUGAUUACAGUGGGCCGAGGAGAAGUGGUCACUGUUCGAGUACCCACCCAUGAAGAAGGAUCAUAUCUCUUUUGGGAAUUUGCCACAGACAAUUAUGACAUUGGGUUUGGGGUGUAUUUUGAAUGGACAGACUCUCCAAACACUGCUGUCAGCGUGCAUGUCAGUGAGUCCAGCGAUGACGACGAGGAGGAAGAAGAAAACAUCGGUUGUGAAGAGAAAGCCAAAAAGAAUGCCAACAAGCCUUUGCUGGAUGAGAUUGUGCCUGUGUACCGACGGGACUGUCAUGAGGAGGUGUAUGCUGGCAGCCAUCAAUAUCCAGGGAGAGGAGUCUAUCUCCUCAAGUUUGACAACUCCUACUCUUUGUGGCGGUCAAAAUCAGUCUACUACAGAGUCUAUUAUACUAGAUAAAAAUGUUGUUACAAAGUCUGGAGUCUAGGGUUGGGCAGAAGAUGACAUUUAAUUUGGAAAUUUCUUUUUACUUUUGUGGAGCAUUAGAGUCACAGUUUACCUUAUUGAUAUUGGUCUGAUGGUUUGUGAACUCUUGCUGGGAAUCAAAAUUUCCUUGAGACUCUUUAGCAUUCAUACUUUGGGGUUAAAGGAGAUUCCUCAGACUCAUCCAGCCCUUGGGUGCUGACCAGCAGAGUCACUAGUGGAUGCUGAAGUUACAUGAGCUACAUGUUAAAUAUUUAAAGUCUCCAAAAUAAAACACCCCAACGUUGACCUUACCCGGCUGAUGGUUAGCCCCUUGCUGCCUGCUCCAUGUGUCUUAUGAGAGCCCGUAGUUACAGUGUCCUCUAAUUUGAAAUCCAUAAGUUAACAAGUCUAUAUCAGGUGCAGCUGGCUUUGAUUAAAGGCCAUUUUUAAAACUUAAAAACUCAACACCUCACAGAUUAUAAUAGAAAAAGAAAUGGCCUCAGUUUGAUCUCGUUCAGAAUGACCCAGAUUGUUUCUGCUUUGGGUGCAGCUGUUUAGUUCAGAGUUAUAUUACAGAGAAUUAUUUUCUGAGAUAAUCUUAAACUAGAAUGUUCAAAACUAAUUGAUAAUUGAAGUAUCAAGAUACGUAGAACACCUCAGAGAUUUUUCUUCAGGAACUUCCACAAACUUUGAAUCCUUGUAUCUUUAUUUGGUAUUCAUACUACUAGUAGCAAAAUACAGGUUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGGCUUCAUAGAGUAUCUCAAAUUGAAACUUUUCUGCACAAAGAAUAAAAUUAAGGAUUUUAUAAACUCAAAUUGGCACCUACUGAAUUAAAAUACAUAAAAUCAUUUAAAUAUAAUUCAGCAUAUGGGAAGUAACAUUGCACUAAUAUGGAAAUCACUGCCAGAGACAGUCUAUUUUCUUUUAAUUUGUUACUACUUAGUCACAAACCCCACAUUAUUCCAGUUUGGAAUUACUUAUUAAGGAGAAUUGGAAAUACAUAUGCCCAUGCUUAAAUUUUAUAGCUUUAAUUUGUGUUAUUUCUUUAUUGACGGGAAGAGGUACAUCUUUUUUUCCUUACUGAAAACAAAUAUGGAUUAAUUGCCUCAAAUUUGUAUAAGUGAUUGGCUAGUGAUUCUUGUUUUCAGAAGGGAGAGUGGUAUAGAUAGAAAAUGACAAAGAUGGCAAUAUACACUUAAUGUUGUUAUUGUAUGUUGUUACUGAAGUACUUAGAUUUUUAAAAUUUCAAAUCCUAAAUCACUUCUUGUAGGAGGGUUUUCAUUAACUGCAGUAUAUACAGUUCACUACAUAUGGGUUGUUUGAGUUUUUUGUGUGCUGUAUUUCUUUCUGUUUUUUAAUACCUGGUUUUGUACAUAUCUAACUCUGUUCUCUUUUGGUUGUUCAGAAACUGGAUUUUUUUUUUCUUAAGCAGUGCUUAAUUUGUGUUUUUUAAUUUUGAUUCAGAAGUAGUCCCAGCUCAUAGGUGUUCAUACUGUUACAUCCAGAACAUUUGUCAGGCUCUCUGUCAGCUUUCAUGUACAUAUGGUAUAGAAACCAUGGAGUUAGGCACUUCCUGGAUUUUUUUUUUAUGAGAAAAAUACUGUAUUUAAAAUGUAAAAUAAACUUUUAAAAAGCAGGCACUAAUAUAUAUUUCUUCCAGCCUUUGAUUACAAAUUUGUCCUUGCACAUGUUAAGAUGAAUUAUCUCCUAAAAAUAUCAUUGUUCUUGGGAGCAGUGUAUGUUACUUUACAUAGCAGCGGUUCCUGUCAUGUGUUCAUGUCAGAAUAUUUUUGGUUUUAAACUUUCUUAUUGCCUUUGGCUGUUGAUUAGUACAGUACAAGUGCGAUUUCAAAAAGAUCUUGAAAGUAAUAUAUUUAAUCAAUUAAAAUGUUUAUCUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1009.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1079.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 763.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.....(((((((.(((.(((((((((((..((((((..((((.((((..(((((.((...((((((((((.(((...((.(((((....((((((((....))).))))).))))).)).))))))......((((((..((((((.....))))))))))))))))))))))))))))))..))))((.(((.......))).))(((.(((((..(((....)))..))))).))))))))))))))))))(((((((((((((((((((((((((.(((((..(((((.((.((((....))))...)).))))).))))).....))))))))))))...((((((((((((((.((..(((((.......)))))...........(((((((......)))))))..((((....))))((((...(((((((((....(((((.(((((.(((((((....(((((.....))))).....)))))))...))))).)))))....))))).....))))...)))).(((((((...))))))).......)).))))))))).)))))......))))))))))).))...........................(((((...(((((((.(((((.(((((((((((((.(.(..((.((.((((..((((.(((((.((((((((..(((((((((((((...(((((..((((.(((...........(((((..((((((.((((((((((((..(((((((.((((((((((((.((((((....(((((((..........)).)))))((((((..((((..((((((((....(((((((.(((((((((.((((((((.((............))..(((((....)))))..........(((.((((.((.(((((..(((((...)))))....)))))..)).)))))))....((.((.....)).)).(((((.(((....))).))).)).((((....(((((.....((((((........((((.((.(((((((((...(((((((((((.(((..(((((...(((((((..((((((((((....((.(((........))).))..)))..............)))))))...(((((((.((((((.(((((.((((.((..((((((((.((((.....))))..(((((....((((....((.((((....((((((.(((((((.((((((..(.((((.(........).)))).)..)))))).)))))))(((.......)))...........(((((((((((((((((((((((((.((((((...((((((.......(((((((((((((((.((.....(((((((((.((((((..((.(...........).)).))))).....................((......))).)))))))))..(((.((.(((((......))))))).))).....)).))))))))))))))).............))))))..))))))...(((((.((((...(((((....(((((((((((.((......(((((..................))))).....)))))))))))))...))))).)))).))))).(((((.(..((.......))..).)))))..((((....))))((((..((((((((((...(((.....(((....)))....)))))))).)))))))))((((((....))))))..((((((((((((((((((((((((((((((..((((...))))..)))))...((((((...)).)))).....)))))).....)))))))))))))..(((((.....)))))...........))))))))))))...)))))))).....))))......((((((...))))))....(((((..((((((((.....)))).))))..)))))..)))))))...(((((((.......)))))))....)))))))))))))))))))))))))))))..(((((((((((....((.......((...........)).......))....)))))))))))((.(((((......))))).))....)).)))).)))))..)))))).)))))))..((((((((((........(((((....((((((((....(((......))).(((((........((((((.......))))))........))))).))))))))...)))))..(((...)))...)))))))))).(((((((......((((((.......)))))).......))))))))))))))..))))).)))..)))))))))))....(((...))).....((((((((((((((...((((....(((.(((((((......(((....(((((....((((((((.......................))))))))(((((.((..(((....))).)).)))))........))))))))...(((.(((((((....((((((.(((((((.((((.............((((((...))))))..(((......)))....(((((((((((.......(((..........))).......)))).)))))))....))))(((((((......)))))))((((((.((((((((((....((((((...(((....((((....))))....)))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..((.((((((((((((..((((...)))).))))))))))))))(((((..((((....)))).)))))))))))).)))...))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))....))))))))))))))))))))).)))))))........))))......))))))))..)))))).........))))))..))))).)))))))...)))))))))))))))))))(((((...)))))((((.((..((........))..)).))))......((((.((((((((((...............))))))))))..)))).))))))..))))).......((((((......))))))..)))))))..)))))...))))))))))))).........((((.(((((((.((.......)))))))))..)))).............))))))))..))))).......((((((((...((....))...))))))))..(((((((.((((....)))).)))))))..(((((........))))).))))..)))))).)).).).)))))))).).....)))).)))))...)))))))....))))).(((((........))))).)).)))))))))).....))))))....((((.((((((.........))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.....(((((((.(((.,((((((((((,.{(((((..((((.((((..(((({,((...(((((((((({(,,...((.(((((....((((((((....)))}})))).))))).}}{||..,,}}}..}||||{{..((((((.....))))))))})))))))))))))))))))))..))))((.(((.......))).))(((.(((((..(((....)))..))))).)))))))))))))))))))|(((((((((({((((((((((((((((((..(((((.((.((((....))))...),.))))).)))))..,,.))))))))))))...(((((((((((((,.((,{((({{.......}}}},},.........(((((((......)))))))..((((....))))((((...(((((((((....(((({.(((((.(((((((..{.(((((.....})))).,...)))))))...))))).}))))....))))).....))))...)))).(((((({...})))))).......)),))))))))).)))))......})))))))))).,..,,,.(((((((((((.((((((.......(.(((((.(((...,,,(((((((.....,,,{{(({{{{{{,{,...{{((((..{((((((((((({(((.((((((((((..((((...(({,,,,.{({{{{.....(((..((((((((((.((((,......((((.({((((((((.((,...,{.{{{{....(((,((.,.....}}.}}),.)))),)))).))))))))....}).))))..(((((((.(((((((((.((((((((.,{............,,..(((((....))))).......,,.{({.{(((.((.(((((..(((((...)))))....)))))..)).)))}}}}.....,..,.....||.||,{{(((.(((....))).))).}}.{{{{....,||||,,}.|{(({{,.......,((((.((.((((((((({,.{((((((((((.{{{(((.(((((,({........,|||,..,,}.})))))))..((((.((((((((,.........,((((((((...,,....,((((((.((((((.(((((.((((.{{..((((((((.((((.....))))..{({{{.{{{{({({{{{{{,{{{,..,.{{{{,{{(((((((.((((((.,(.((((.(........}.)))).}.,)))))).)))))))||)}}}}}}}),.,,,,,,,,,..(((({(({(((((((((((((((((..(((({...{{{|||,......(((((((((((((((.((.....(((((((((.,,{,,{..,,.,...........}.)){|||}}........,}}}.........{{......})}.)))))))))..(({.((.(((((......))))))).})).....)).)))))))))))))))........,,,{{|}||||..||||,{((.(((((.((((...(((((....(((((((((((.((......{((({.,,.,,,,,,,,......))))).....)))))))))))))...))))).)))).))))).))}||||..|.,,,..,}))}}.,,,,,,.,{(((....)))}((((..((((((((((...(((.....(((....)))..,.)))))))),,))))))))(((((,....,})))),.((((((((((((((((((((((((({((((..((((...})))..}}}}|,,,((({{{.,,)),)))),,,..)))))).....)))))))))))))..(((((.....))))).,.........))))))))))))...})))))))).,,,||||..,...{{{{||.,,)))))}....(((((..((((((((.....)))).))))..)))))..)))))))...|||||||....,,.},}}}},...,}}}}.,,}|||||,,,})))|)))))))}..{((((((((((....,{.......{,...........}}.......}}....))))))))))|((.(((((......))))).))}...}}.)))).)))))..)))))).))))))|(((((.{((((({(,{{.(((((({...})))))),})))}}})}.}))))},.(((((........((((((.......))))))......,.))))).,}.)))))))))))))))))..)))).,,,{{,..|((({{(,,((({...|||,{||{|},,..,,},,,))}}|,||{|}}}}}}.,}}},),})))),.)))..))))))))))}....(((...))).....|{((((((((((((...((((....(((.(((((({......{((....(((((....((((((((...,,..{{,,....,}}}..,,))))))))(({({|||..({,....}}).}}.,}}))........))))))})...(((.(((((((....((((({,(((((((.,,,......,,,.....{(((({...}))))}..,,,.....,},|{,,.(((((((((((.......(((..........))).......))))}}))))))....},,}|||(((({,....})))))}{(((((.((((((((((....((((((...(((....((({....})))....)))...))))))))))))))))}))))))))))))))))))))))))))))..{{.((((((((((((..((({...)))).))))))))))))}}(((((..{(({....,}},.)))))))))))).)}}...))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))}))),,...}),))))))))))))))))).))))))).,)))).))))))))))....)))..})}}}}.....}))..)))).))))))))))))){(((((...))))))))))))))))))..||||,|||,.....{((({{{{{,,....(((((((((((.(.((.(((((.,.(((.(((((((((((((((...(((...(((.(((,...,))).)))..))))))))...))))))).))}))).,.))))).)))))))}})))))}{{{(({,...}})))))},,|,{{.((({{{{.{{.......}}})))))),.))))))}),........}))))))).))))))).},.}...))).))))).).{{{......}}}......{((((((.((((....)))).))))))|{.{({(((({......)))),}),.,.{{{.{((.((((....)))).)))}}}.)))))).))))...))))))),,,,,.,{{{(((((........))))).))})))))))))).....))))))...,{,{{,(({((({,.....},))))))}}},,,....
Back