Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_022900.5
Sequence Length
3931 nt
GC Content
0.3839
GAGACAGGCGUCCAGGGCGCCUGGGGAACCGGCACGGCGGAGCAGCGGCGGCGGGGCUGGGGGGAGGCCGCCGAGUCGGCCGCGGCCGAGGAGGGGCAGGCGGAGGUCGGGGGCGCCGCGGCCGCGGGGUCAGGUUCCCCGGCGGGAGGCGCAGGUGGCGGCCUGGGGAGCUGGCGGCCGCUCCUCGCCUGGCUGCAGCGGCGGCAGCCCCAGUGCUGCCCCUGUGCGGCGCCCCUUUCCCGCUCCGCCGCGCACUGUUGUCAUGGAGGAACCAAGAUGGCGGCUCUGGCCUACAACCUGGGCAAGCGGGAGAUCAACCACUACUUCAGCGUGAGGAGCGCCAAGGUGCUGGCGCUGGUGGCCGUGCUGCUGCUCGCAGCGUGCCACCUCGCCUCCCGCCGCUACCGAGGCAAUGAUUCGUGUGAAUACCUUCUCUCAAGUGGCAGAUUUCUUGGAGAGAAAGUUUGGCAACCUCACAGUUGUAUGAUGCAUAAAUACAAAAUCAGUGAAGCAAAGAACUGCCUUGUAGAUAAACAUAUUGCAUUUAUUGGAGAUUCCAGAAUUCGUCAAUUGUUUUAUUCUUUUGUAAAAAUAAUUAAUCCCCAAUUCAAAGAAGAAGGAAAUAAGCAUGAAAACAUUCCUUUUGAAGACAAGACUGCAUCAGUUAAAGUGGAUUUUCUGUGGCAUCCUGAAGUUAAUGGUUCUAUGAAACAGUGUAUCAAAGUGUGGACUGAGGAUUCCAUUGCAAAGCCACAUGUGAUUGUAGCAGGAGCUGCCACAUGGUCCAUCAAGAUUCACAAUGGUAGCAGUGAAGCGCUUUCUCAAUAUAAAAUGAACAUCACCUCCAUAGCACCACUUUUAGAAAAAUUGGCAAAGACUAGUGAUGUUUAUUGGGUCUUACAAGAUCCUGUUUAUGAAGAUCUAUUAAGUGAAAAUAGGAAGAUGAUCACUAAUGAGAAGAUAGAUGCUUACAAUGAAGCUGCAGUCAGUAUUUUGAAUAGUAGCACCAGAAAUUCUAAAUCAAAUGUUAAGAUGUUCAGUGUUUCCAAAUUAAUUGCUCAAGAAACCAUCAUGGAAUCUUUGGAUGGCUUACAUCUUCCUGAAUCGAGCAGAGAAACUACUGCAAUGAUUCUUAUGAAUGUGUAUUGCAAUAAGAUUUUGAAGCCUGUAGAUGGGUCCUGUUGUCAACCUCGGCCUCCUGUUACUCUCAUACAGAAGCUAGCUGCUUGUUUUUUCACUUUAUCUAUUAUCGGAUAUUUAAUUUUUUACAUAAUUCAUCGUAAUGCUCAUCGGAAGAAUAAGCCGUGUACUGAUUUGGAAAGUGGAGAGGAAAAGAAAAAUAUUAUCAAUACCCCUGUGUCUUCAUUAGAAAUACUUUUACAAUCUUUCUGCAAACUUGGCCUGAUUAUGGCAUAUUUCUAUAUGUGUGACCGUGCAAAUCUGUUCAUGAAGGAAAACAAAUUUUAUACACAUUCAUCUUUCUUUAUUCCAAUUAUCUACAUUUUGGUUUUGGGAGUAUUUUAUAAUGAAAAUACUAAAGAGACUAAAGUAUUAAAUAGAGAACAAACAGACGAAUGGAAAGGCUGGAUGCAACUUGUGAUUUUGAUUUAUCACAUUUCUGGAGCAAGUACAUUUUUGCCUGUAUACAUGCACAUUCGAGUUCUGGUUGCUGCAUAUUUAUUUCAGACAGGGUAUGGGCAUUUCUCAUACUUUUGGAUAAAAGGAGAUUUUGGAAUCUAUAGAGUAUGUCAGGUUUUAUUUCGUCUCAAUUUCCUGGUAGUGGUGUUAUGUAUAGUAAUGGAUCGACCUUAUCAAUUCUAUUACUUUGUCCCCUUGGUCACUGUAUGGUUCAUGGUCAUAUAUGUUACUUUAGCACUAUGGCCACAAAUAAUCCAAAAAAAAGCAAACGGAAAUUGUUUCUGGCAUUUUGGCUUACUGUUGAAACUAGGCUUUUUGCUGUUAUUCAUAUGUUUUUUGGCAUAUUCUCAGGGUGCAUUUGAGAAGAUCUUUUCUCUUUGGCCAUUGUCCAAGUGUUUUGAACUGAAAGGGAAUGUAUAUGAAUGGUGGUUCAGAUGGAGGUUAGACCGUUAUGUAGUUUUCCACGGAAUGCUGUUUGCUUUUAUUUAUCUGGCUUUGCAGAAGCGUCAAAUACUUUCUGAAGGAAAGGGUGAACCUCUUUUUUCAAACAAAAUUUCAAAUUUUCUGUUGUUUAUUUCAGUAGUUUCUUUCUUGACCUAUUCCAUCUGGGCUAGCAGUUGUAAAAACAAAGCAGAGUGCAAUGAACUCCAUCCGUCUGUUUCUGUGGUACAGAUUUUAGCCUUCAUCCUAAUAAGAAACAUCCCUGGAUAUGCCCGUUCAGUUUACAGUUCAUUUUUUGCUUGGUUUGGAAAAAUUUCAUUAGAGCUAUUUAUUUGCCAGUAUCACAUAUGGCUGGCAGCGGACACAAGGGGUAUCUUGGUACUGAUACCUGGAAACCCUAUGCUCAACAUCAUUGUCAGCACUUUCAUAUUUGUUUGUGUGGCACAUGAAAUUUCUCAGAUCACUAAUGAUCUUGCACAGAUUAUUAUUCCUAAAGAUAACUCAUCUCUCUUGAAAAGGUUGGCAUGUAUAGCUGCAUUUUUUUGUGGACUCCUCAUCUUAUCAUCCAUUCAAGAUAAAUCAAAACAUUAGGUUCCAAAAAUUCUAAAAAACCUAAACUCUUCAGGCUACCUUUGUGUGUCUCUAGAAGAGAAAAGCAUCUAUCUGGAGAUAUAAAUGUGUAUGUAAAUAUAAACGUUUGUGGCAAGAGGACAGUUCUGUGACAUCUGUUGAACAUAUGUGGUUGUAUAUAUUGGAAAUGUACAUAUCCAAUAUGAAAUACUAAAACAAACAAACAAACAAAAAACCAGAAUGCAUUGUAUAGGAUUGCAUGUGAAGUCUUUUCUACUGAAUCUAUAUUUCCAUUUGUAAGUGAUUUUAAGUUAACAUAUGAAGGCAGGGAAAUGAUUACCUUUCCAGUAAAAAGUAUAGAUAAUUUAAUUAACUUAGUGACACCACCAAGUGUUUUGAUAUAACUAAAUUUGUGGUAAUAAGACUGUCUGCACCUGUAUUCAUUGUGGAACUUCCUCUUUCAUUGGAAACUUUCUUACUCAAGAAUGACGGCAGUAUUGUUUUCUUAUAUGUGCAAUGAAGUGGAAUGAUAAACAGUAUGCCUUUAAUUUAUAUGUGUUCUUGUUCUGAUGUUGUUUCCUGAAAUGAUUUUUCUUCCUAACUGUGGUUUUCGGGUAUGCAAGCCUAAAUCUUUGUACACUUUGUCUCACAGAAUAGUUCUGAGGCUCCAUGACAGGGUUUUGUCAUUGUUGAUGUUAUUGUUGCUUCGUUUUAUAAAAAAGCCAAAAUUUUUUUUCCAAUCCAAACGUUCACCUGUUUCCUUUCCUCAAGCUAUACCAGUGUAAUACCAGUUACCCUGUGGAUCCAUUUAAUAUGUUAUCCCCACUAAUUAAUUUUCGUAUAUUAUUUCCAAUAUUUGGAAAGCUCUUUAUAGCCAUUUGGUAUUUCCUAUUACCCACCUCCUAUUUUAAAUAUUUAUCAGUCUAAACUUGUGCAGUGUAGUAAACAUGCAAGUUGUUACGAUUGAGCUGUAUUACCAUAAGUAGAAUUUUAAGUAAACUGGUGAAUUUGGGCAAUAAAUGUUUUUGCUUUUUGUUUGAUUUUUUUUUACAAGCUAACUGUUAGAGGUAUACAUUUAUUUAUCUGUUGUACAGAUUUGAUUAUGAUUUUAAUGUUUGAAAGAUUGCACUUGUUUGCUUUUACUAUAUGUGGGGUAAAAUAUAUUUUCUGUUCACAGUAUAUGAAAAUAUGGAGUAAUUUAAACAGUAAAUAAACAUUCUGUGGAUGCUUAUUUUUGUAUUGGCAAAGUAUCAAUUAAACUAUAUGUGUUCUUUUUCAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1048.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1132.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 986.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((...))))))))((((((((((.((((.((....(((((((....((....))..)))))))..)).))))..))))((((((.((.((((((((..(((((((((.(.((((.((((......)))))))).)...(((((((.((((((((((((.....((.((((((((......))....)))))).))..)))))).))))))))))))))))))))))..))...))))))))(((((((((((.(((.(((.(((.(.(((((((((..(((((.....)))))..(((((((...........(((((...)))))(((((((......)))))))((((((..((((((.....)))))).))))))....))))))).(((((.((((.((.(((((....)))).).)).))))..))))).....((((.(((((....(((((.((.(((.((((((((..(((..((..(((((...((((..........))))..)))))..))..)))..))))...))))))).))))))).(((((...(((((((.(((((((..........................))))))).)))))))..))))).......))))).)))).....((((..((((((..((((.(((((.((((.((((((((.(....).))).......((((.(((......))).))))))))).)))).).))))))))...))))))..)))))))))))))).)))))).))).))....))))))).)).((((((.(((((((.(((((..((((((((((((..........(((.((((...)))).))).........))))))))))))((((((....))))))....(((((((((..((((.(((....((((((((.(((((..(((((((.((..((...(((((((((((((((((.((((.............((((..(((..(((.(((.....))).)))..))).))))((((((((((....((.((((..(((...)))..)))).))((((((((..((((((.((((((.((((........))))..))))))......(((.(((((((.....((...((((...((((((.(((((..(........)..))))).((((.........))))((((.....))))............(((((......)))))........))))))...))))))))))))).))).)))))).))))))))....))))))))))(((((((((((.................((((....))))((((((....(((.(((.(((((((.(((((((((..((((((((.((((((((((........))))).)))))..(((((((.((.((((((......................))))))..................(((((((((((...((((((((......))))))))...)))))))))))........(((((((.(((((((((((((((((((((........((((((........))))))..(((((((.(((((......(((..(((..((.((........))..))..))).)))))))).))))))).((((((((((.....)))))))))).(((......(((((..(((((((((((.....))).))))))))....)))))....)))...((((((((((..(((((((((((((..............))))))))).(((((.((..((((((((((((((..((((((((..(((((...))))).))))))))..)))...........((((((.......))))))((((((...(((((..(((.(((((...(((.....))).......(((((((....)))))))(((((((.....)))))))(((.....))).(((..(((....(((((((...((((((((((..((((((((((....((((..((.(((((((((((((..(((.((((.....(((((((((((..((((((((..(((((((((((...((((((.(((((........(((((((((((.....))).))))))))...........(((((..(((..........))).))))).....)))))))......)))))))))).....)))))...))))))))..)))...................)))))))))))))))))))))))))))).......))..)))).....))))))..))))..))).))))))).....)))))))..)))..)))))))).))))))))......)))))).....))))))).)))))).)))))...(((((.(((.((((....)))).))).)))))))))..))))))))))))))).))))).))))))))))).))...........)))))((((((....)))))))).)))))))...........((((.....)))).(((((((..((.(((.(((...(((((((......))))).))...)))....))).)).)))))))............(((((((...............))))))).....))))))))..))))(((((((((((((((........))).))))))))))))(((((.((((....)))).)))))(((.(((.(((.....)))))).)))..((((.........((((....(((((((((.((....)).)))))))))....)))).........))))..........))))).).)))))).))))))....)))))))))))))))))..((((((((((.(((.(((((.(.......).)).))).)))..((.((((.........)))).))......))))))))))...((((...((((.(((....))).))))...))))(((.((((......)))).)))..)))).)))))...)).))))))))))....)).)))))))))((((((..((.....(((((((.((((((.((((((((..((((.(.(((......))).))))).))))))))))))............)))))))))....))....)))))).....)))))..)))))))).((((((.....((((.((((((........)))))).))))....)))))).((((((.(((((......((((((....(((....((((.....(((...((((..((....))..))))...)))........))))....)))....))))))......)))))))))))..(((.(((((....))))).))).((((.(((.....)))..)))).)))))))..)))))))))...........))))).))))))).))))))........((((........))))..))))))......(((((...((((((..(((((((...((((.....))))))))))).....))))))...))))).(((((.((((......((((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((.(((((...........)))))........))))))).))))))))).((((((...))))))...((((......))))))))...))))).)))).))))))))...)))).))))).......((((((((((((.......))).)))))))))...........((((............)))).(((((((.....(((....))))))))))......((.....)))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{,,((((((((...))))))))((((((((((.((((,((,,..(((((((..,,((.,..||..}))}))},,)).)))),.))))(((((({((.((((((({..(((((((((.(.,((({((((.......))))}))))..,(((((((.((((((((((({.{(({,(.(((((({(..,,..})..,.)))))),}))))))))).))))))))))))))))))))))..}}..}))))))},||(((((((((.(((.((,{(((.(.(((((((((,.(((((.....}))})..(((((((...........(((({...}))))(((((({......)))))))((((((.,((((((.....)))))),))))))....))))))).,,,...{(((.((((.(((((((..,,.((((((((,..,((.{{((((((({...)))}}}}}}}},}|,.{((.((((((((..(((..{{..(((((...((((..........))))..)))))..}}..)))..))))...}}}||}}.,}}},||,{{.,,.(((((((((((......))}))))))))).,,,.,,}}}},..})}})))))..,,..)))))))..)))))))},{{....},,,,((((..((((({..((((.(((,(.((((.(((((,{({(,.,,|.|||..{{,..(,,,,|{|,,.,.,)),,))),))))).)))).).))),)))).,.}))))).,)))))))))))))).)))))).))).)}...})}}})}}.}}.((((((.(((((((.(((((..((((((((((((..........(((.((({...}))).))).........))))))))))))((((((....)))))).,,.(((((((((..(((,{(((....((((((((.(((((..((((((((((..(,...(((((((((((,(((((.((((....,......,,((((..(((..(((.{{{.....))).}))..))).)))}((((((((((..,,{{,((((..(({...}))..)))),}}((((((((..((((((.((((((.((((,,...,,.))))..))))))....{,{((.(((((((....,{,...{(((,,,{(((({.((((,,.(,,{,,......))),,.{{|{.........)))){(((.....)))),,..........(((((......)))))........,}}}},...}},,,.))))))).)))})))))).)))))))),}}.)))))))))}{.((((((((..............((((....((({{({{((((((,,{,,..((((,,{,({{{,,,,((({,,..{(({{{{{,((((((((((........))))).))))}..,}|},|{|,|,|,||||.......,,,,.....{{{{{.{{{(((((((((....,.......(((((((((((...((((((((......))))))))...))))))))))),,,.))))))))).....}}|,|||||{{{||||||,{{|{{...((((((........)))))).,{{(((.(((((......))))).{(({(((((((((({{.({(((..((((..,,....{{{{,{{(({,.,{((((((((.....))))))))))))}}}}}}.((((.((((((((((((..{{{{.{{|,|{{,,,,,....||},,....,,|{{{{(((((((((..(((((((((((((..,,.....,,...)))))))),..,.((((((((((..,,.,{{(((..((((((((..(((((...))))).))))))))..,,,..,|||..{{{((((,{,((({{..,,)))|||{,.{{{((((.....}}}}}}},}}})))}}}}(((((((.((((((((...((((((.,{(((((((.....)))))))|{,.....}}},{{(..(((....(((((({...((((((((((,,((((((((((....((((,{((,(((((((((((((..{(,.((((.....(((((((((((,.((((((((,,{,,,{((((((..,|{{{({.(((({..,,,..,((((((((((({....})),)))))))}{{{{{{{,.....,,}},,||}}|,,....,}}}.}},.......})))))}.,,,..,}}))))))),,...)))}}..,))))))||..}},,,{.,,..,,,...,.,,,))))))))))))}}}))))))))))))).......))..))}),.,..))))}).,})))..))).))))))).....}))))))..)))..}},..,,...,)),,........))))))....)))))))).)))))))}))).))))))),.(({.((({....)))).))).,,},)))))..))))))))}|||}}{{{...((,...}},,.))}})}}}.}|||.......,{(((({..,,||||||.,...}))}}}}}}.......,|||,,,,,,},,.(((((((..((.{((.(((...(((((((......))))).))...))).,..})).)}.))))))).............|))))))))))}.}}}}....))))..)}}}}.,,{{(,,,|}}...(((((((((((({((,.......))).))))))))))))}}}}|}}||}}}.}))},,|||,.{((.{(,,(({.....}))))).)))..})}}.....,,||{|{{.{{,(((((((((.{{....}}.)))))))))...,)),....,..................)))))}||||}}}}},}}},}}}}}}|}|||}},,}}}|,,.,}}},,,,.,}}}}}}}})))},}})}}}..})}}......))))))))))))...))))..)))))))).}...,,,{.{{{.{,..{{{{...((((.(((....))).})))...})))..},,}}}.}}}},}},}..,,,.)))).))))).,.},.))))))))))..,,},.)))))))))((((((..{{.....((((((({(,((((.((((((((..((((.(.(((......))).))))).)))))))))))).,..........,})))))))....))....)))))).....)))))..)))))))).((((((.....((((.((((((........)))))).))))....)))))).((((((.(((((......((((((....(((.,,,(,{({....,{{.,.((((..((....}}..)))).,.}}}........))))....))}....))))))......)))))))))))..(((.(((((....))))).))).((((.(((.....)))..)))).)))))))..))))))))).,.........))))).))))))).)))))).))}....((((........))))..)))))}......(((((...((((((,,((({{{({,,((((.....)))))))}}},.}},.))))))...))))).(((((.((((......((((((((.((((((((({((((({({{{{{..,||||{{{.(((((,.........,))))).,,..,,,|||}}||.}}}}}}}},.((((((...))))))..||,||,...,})))}}}}},..))))).)))).))))))))..,)))).)))))..,,...{(((((((({({.......}}}.))))))))),,,,..,,...||{{.,|,,....,|,}|||.(((((,,.....,}}}}}.))),}}},,,......||.....}})))))},}}}.....
Back