Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_031482.5
Sequence Length
3029 nt
GC Content
0.4322
GCAGUGCGCACGCUCCGACUCGGCCGUGGCGGACCUGACUGAAGGAGGCCGCGGACCUGACUGAAGGAGGCCACGGCCACUUCUGGUUGGCCUCGGGGCGCGCUGGCUCGGCUCUUCCUCCGCCCUCGAGGCCCCCGCAGUCCCAUCAUUCAGUUCCGUAGGGUCACCGGCGCGGCAGUGGCCUCGCAGGGCGCUGGGUCCCUCUCCCCAGCUCUCCUCCCCCUGGCCCCGUCGCCCCGCCCUCGCCGGGCUGGGCUGCGGGGUCAGGGGCCGAGCGGAGAGGGUUAUCAUUUAACAUGGAAGAAGAUGAGUUCAUUGGAGAAAAAACAUUCCAACGUUAUUGUGCAGAAUUCAUUAAACAUUCACAACAGAUAGGUGAUAGUUGGGAAUGGAGACCAUCAAAGGACUGUUCUGAUGGCUACAUGUGCAAAAUACACUUUCAAAUUAAGAAUGGGUCUGUGAUGUCACAUCUAGGAGCAUCUACCCAUGGACAGACAUGUCUUCCCAUGGAGGAGGCUUUCGAGCUACCCUUGGAUGAUUGUGAAGUGAUUGAAACUGCAGCAGCGUCCGAAGUGAUUAAAUAUGAGUAUCAUGUCUUAUAUUCCUGUAGCUACCAAGUGCCUGUACUUUACUUUAGGGCAAGCUUUUUAGAUGGGAGACCUUUAACUCUGAAGGACAUAUGGGAAGGAGUUCAUGAGUGCUAUAAGAUGCGACUGCUACAGGGACCAUGGGACACUAUUACGCAACAGGAACAUCCAAUACUUGGGCAACCCUUUUUUGUACUUCAUCCCUGCAAGACGAAUGAAUUCAUGACUCCUGUAUUAAAGAAUUCUCAGAAAAUCAAUAAGAAUGUCAACUAUAUCACAUCAUGGCUGAGCAUUGUAGGGCCAGUUGUUGGGCUGAAUCUACCUCUGAGUUAUGCCAAAGCAACGUCUCAGGAUGAACGAAAUGUCCCUUAACAAGAUUCUUCUAUUGAGUUUAGGAAUUGCGGCACGAAGAAUGCCAAGAGUUUACCUGGCCAGCCCUGGCUUUAAUAGGACUGAUACCAUGGAAUAUUUCAUCUCACCAAGAUGUGACAUGGAUUAUUUUUCCCUUGGACACAAAUGUCUACAGCAACUGGUGUUUGAUAGGCUGAAUGUUUAGAAGAAACACUUCAAAGGGAUACAUCAUGGCCAGGCAUGGUGGCUCACACCUGUAAUCCAAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGAGCAUCACUUGAUCCUGGGAGUUCGAGACCAGCCUGGGCAACAUGGUGAAACCCUGUCGGUACAAAAAAAUACAAAAAUUUGCCUGUUUAUGGUGGUGUGUUCCUGUAGUCCCAGCUCCCCAGGAGGCUGAGGUGGGAGGUUGGCUUUAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGACUGUGCCACUGCAGUCCAGCCUGGGUGACAGAGCCAGACACUGUCUCGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACACAUCACUAUAAAUAGCAAAAAAACAAAUCUAACUUAUUAAUACUAGGAAUACCAACAUUAUUAGGGCACUUGCAGGUUAUUCUUUUCUAGGCCAAGUACUUCACUUCCAUUUGUCUGACAUGGAGAUUGAGGGAGAAAUGUAUUUGUGUGUUCAUUUUAAUGUAAGAUAUAUAAAAAUUAAAUUACUGGAUUUACCUGUCCCUGAAACUGGUGUUAUAAACAUGACCUAUCUUAAGUGAUUUUCCCACAAUCAAACUCAGGAACAAUAGAUUAUUUCUGUUUUACUCCAAAAGAGAGAGAGAGAGUGAGUGUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUGUGUGGGUGUUUGUGUAGAUAGUUGUAAAACAAAGAAAAAACACAAUAUUUUACUGUGAGAUAAUAUGUUUUACCAGCAAAGUGUGGCAUAGUAAUUAGAAGUUUUCUAAAAAGCUAUAGGAGAUAUUUAAACAUUAAAAUUUCUUUUUGACCUAUAGUAAUAAAACAAUGGUCAUUUUACCCCUCUGCUUCUCAACCCCACAGCUGCUCUGCUGUACUCUUUGAGGGCUCUUGAGCGAGUCUUCAUGUCCCUGAGACUUAUUUUCCUCAUCUUUAAUUUGAAACUAACAAGCUACCUCAUAGGGUUGCUGUGAGAACCACAUGAGAUCAUUAAUGCAUGAUAAGAUAUUGUAAAGUAUUAUACGAAUAUUCAUUAAAUGCUCACCUUUCUUGUAUAUAAUUGGUAUUCACUAAGGCUGUAAAUAAGUUUCAUAGCCAGUUAAGUAUUAAGAUAAACCUAACCUGGAACAAUUUUUUUUUUGGUUGCUUGUUUUGUUUUUUGCUUUCAUUUGCUAGGAGCUGAAACGAAGAUUAAAAUGUCAUUGGCUUUUUAGAGAGUCUAGAUUAGUGUGUCUUUGAAUGAGGGAUAUACUUAAAAUCACCUGAGGAUCGUUUACAGCUACAGAUGCUGGGGCCACCUGACACAGUCUCUCUGGGGGUGAUUCUGCUCUGGAGAACCUCUGGUCUGGAUAUACCUUUAUUGUGACAUUGAUUUGUAUUGUUUUGCUCUACUGACAGGCCUUUUCCAAUCCAUACAAGCUGAACUUGCUUCCUAAUGUUUGUCUAGGCCUUACAUGGAUAGUAAGGAAGCUUAGGAGACAUGUACACAAGGCAGCCCACUUGUAGGAAACUGCUUCAGGUGAGGACAUCAUUCACCAGUGGAUCACCGAGCACCGUGACAGCACCCUCAGUCCACGUCUGCAGAUUAAGAGCUGAACUCUCACAGAGAAAGUGGAAGUAGAGAAAGGGUUAAUUCAAACUGCUAGAAAAGCUAAAAGUAAAUUUUAAAAUGCUGAGCUGCCCAUAUUCAUGCUAGGAUGAGAGCCGGCUUAAAUGCUUGCUGGGCAUUUUGGUAUUUACCACUUAGCAUGUUUUCAACUUCUGUGAGGGAUUUUCCCCCCAAUCUCCCUAAUGUAAACACAGAUUUCUCAGCAAGUCAUUUCUCAAGCCAUGUCAUUUCUAGUGUAAAAUAAAUUAUAAUAAUGUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-915.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -971.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 685.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.....(((...)))(((.(((.((((.....((((..(((((.((.(((.........))))).))))).)))).)))).))).))).))))))))(((((((((((((..((((((((((((((((((.(((((................)))..))..))).))....))))))).)))))).(((..((((((((...((((.....(((((((((((((.((((.((((.....)))).)))).)))))))))))))..))))))))))))...)))........)))))).(((((((((.((((((........)))))).((......)).)))))))))...(((((.((((............)))).)))))....((((((.((.....)).))))))(((((((((((..((((((..(((..((((((.(((((((((.(((((((((((.((.........((((((..(((....)))..)))))).((.((((....)))).))...(((((.((((..(((.......)))...)))))))))((.((((.....((((.((((((.(((((((.((((((((((.......(((((.............)))))..(((((.....))))).((((((....))))))((.((((((......)))))).))((........))....))))))))))....((((((....((((.((.(((....(((((...)))))....))).)).)))).(((((((.((..(((((........(((((((((((..............)))............(((((((.((((........)))).))).))))(((((..(((((....)))))..)))))....)))))))).........)))))))))))))).....))))))......((((((.......))))))(((((((..((((.......))))...))))..)))(((((....)))))...))))))))))))))))).......)))).)).)).)))))))))))(((.......)))..((((((....))))))......((((((((.((((((..((.(((((.((((.....))))..((((...(((((((.((((((.((((.((((.(((((....(((((.....)))))......))))).))))....(((((.(......).))))))))))))))).))...)))))...))))....(((........))).....(((((.((((((((((((((((((((((.(((((((.(((.((....))..))).)))))(..(((((((.(((((((.......((((((((((.((.........)))))))))).))..)))))))...)))))))..).....))))))....................))))))))))))))))))))))).)))))..))...)))))))))))))).(((((((......((((((.....((((((........((((((((((((((....(((((.((.((((.......)))).)))))))....))))))).))....(((((.(((((...))))).))))).......)))))...))))))))))))...)))))))....))).)))))))))))).)))......((((..((.(((((.(..((.........((((.((((.(((.....))).)))).))))))..).))))).))..)))).)))))).)))))))))))....((((((......((((...)))).......))))))....((((((((..(((...((((.....))))...)))..))))))))(((((.((((((((........)))))))).)))))...(((((((((((((((((((.((.((......)).)))))))....((((((((((((((..........((((((.((.(((((.....((((((((......))))))))(((((((((((.((((((.(((.............(((((.(((((((.(((((((..((((........))))..)))))(((.(((((((.((((..((((((....))))))....(((((((.((((.((((...........)))).)))).))))))).....((((((.((.....)).)))))).)))).))))))))))...((......))..(((........))))).)))))))..)))))..((........))..(((((.(((((((((((((..(((((((.((((((....))))))..(((((((((((((((.....)))))))))))...)))).(((.((.(((((........)).))).)).)))...((.(((.(((..(((((((((.........)))))))))....)))))).)).............)))))))))))))...))))))))))))..((..((((((....(((..(((..((((.......))))....))).)))...))))))..)).))).))))))....)))))).)))))))))))).))))))(((((.((((....))))....((((((.......))))))))))).((((........))))((((...((.((((..(....)..)))).)).))))...((((...))))....))))))))))...))))...........(((.....))).))))).)))))))))...)))))))...........((((((((((((.(...(((((((((((((((((((.....((((....))))..................(((((((((((..((......))..)))))........))))))...))))))))).)))))...))))).).))).)))))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({{{((((.({(,(({..,,(((((((((.,,(((....,,}||.,||}||||.||.,,..,.,,{{((({,..|||,,,,,,))))})))})}||))|||}}|((((({({{{{((..{(((((((((((({((((.{|(||.,,,.,,.,..,,,,.})),..,,})}))))..|.))))))).)))))},{(({.((((((((...((((.....(((((((((((((.((((.((((.....)))).)))).)))))))))))))..)))))))))))).{{|||,,{,.,.,|}}}}}.(((((((((.,(((((........)))))|.({...,,,}}.)))))))))...{{|{|.{{{{...,,,,,,,}.)}}|,|}}}|..,.((((((.,{,....}),))))))(((((((((((..((((((..(((..((((({,(((((((((.(((((((((((.((.,.......((((((..(((....)))..)))))).((.((((....)))).}),|,(((((.((((..(((.......)))...)))))))))||.((((.....((((.((((((.(((((((.((((((((((.......(((((,,{.....,.,,,})))}.,{{{{({..,.||,,,.{|||{{.,,,)))))}.|.||||||,,,...})},,,{|{((........)).,}}))))))))))....((((((....,,,{.{{.(((....((((,...,))))....))).|||}}},.{(((({({((..(((((..,(..{,(((((({{,,|.......},,},|,|||............(((((((.((((........)))).))},))))(((((..(((((....)))))..)))))....))))))}),....,)}.)))))))))))))).,.,.))))))......{(((((.......)))))}{{({{{{..((((.......))))..,}}}}..})}(((((....)))))...)))))))))))))))))...,,..)))}.,,.)).)))))))))))(((.......))),,((((((....)))))).,,...(((((({{{((((((.,((.(((((.{{{(.....})))..((((.,.((((((({((((((.((((.((((.((((({,..(((((,...,))))}..,,..))))).))))....(((((.{......}.))))))))))))))),)..})))))).,.))))....{{{........}}}.....(((({,((((((((((((((((((((((.{{(((((.(((.((....))..))).))))}{.{(((((((.((((({{.,({...((((((((((.((.........)))))))))),)).,)))))))...}))))))}.}.,,,.)}))))}...................})))))))))))))))))))))).}}}}}..}}...)))))))))))))).(((((((...,,.((((((.....((((((...,{...,,{({(((((((((....(((((.({.((((.......)))).)})))))....))))))).)).,..{((((.{((({...})))).}}}}}.......},)))...)))))))))))),,.)))))))....))).)))))))))))).)))......((((..((.(((((.,...,........,{(((.((((.(((.....))),)))).}))}))},).))))).))..)))).)))))).))))))))))){({{{(((((......(({{...)))).......))))}||||{((,((((({{(((...||||}},..)),),},)))..}}||||},{((((.{{{{||||....,,,.)}|||||}.|||},...{{{||||{|||{{,(((((.{{.((......)).,,)))))....(((((((((((((|,,.,.,,.,.((((({.{|.(((((....{((((((((......))))))))|((((((((((.((((({.(((,.,..........{((((.(((((((...(((((..((((........))))..)))))(((.(((((((.((((..((((((....))))))....(((((((.((((.((((...........)))).)))).))))))).....((((((.((.....)).)))))).)))).))))))))))...{{.,,,,.||{,........,,,},)))})))))))..))))}..((........))..(((((.((((((({((({,.,{((((((.((((({....})))))..(((((((((((((((.....)))))))))))...)))).(((.((.((({{........}}.))).)).))),..{{.(((.(((..(((((((((.........)))))))))....)))))).)),........,,..))))))))}}}}}...))))))))))))..{{..((((((....(((..{,{..((((.......))))....}}}.}})...))))))..},.))).})))))....)))))).))))}))))))).)))))){({{{.((((....))))....((((((.......)))))),)))}.{{{{.{.,....||}}{,{|...|{|{|||,,|.,,,}..},},.}),))))..|{({{..,))),..})))))))))))...)))).,,........(((.....))),}}})).}}})))))}...)))))))}},.,,{{{,.((((((((((((.(...(((((((((((((((((((,....((((....)))}....,...{.....,...(((((((((((..({......})..)))))........))))))...))))))))).)))))...))))).).)))}}})))))))...,,............,}}},..
Back