Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_031897.3
Sequence Length
2288 nt
GC Content
0.6403
AGGCCGGUGGCGGUGGCGGGCACAGCCGGACGCUUCGGAGGCAGCGCGGAGCUGGGGUCGGCGCGGGGCCGAGGCAGGAGAGCGAGAGGGGCCCCUGCUCGGGAGUCGGGGGUGGGAGCCCCGAGGGGGGGCCCUGGCCUGGGGCUGAGCCUGGCGCGAACCCGACCGGGAAGGCCCUGGGAGCCCGGGGGAGGGAGACGGACUGAUCCCGAAGGGGCGCAGCGUCUCUUGCGGGUCGCGGUUGGCCUUUGAACCCUGGGGGGACUCAGUCCUGGUUUUCCGAGCCGCAGUGCGGACCACAGCCCCAUAGUGUGAGCCCCAGGAGGGCCCCCGGUCCCAUCUGCCCCAGCCCUCGGGGAGGCCCCGUAGCCUCCCGCCUCUGGACUCCACUCUGUCUUCCGGCCACCGGCCCCUUUUCCAGGCUCAGUAGAGACCUCGGAUCUUUUCUGAAUGGCAGGGGAGACCCCUAUCCCCUUUUCCUGAAUUCCAGCGAGGCCCAGUCCUCUUCUGAGCCCCAGCCAGGGCUCUGUUCUUCUCCUUCUGUGGAUGCCGGGGUCCUACUGCCUCUCUUGAGACCCGGAUUGAAUUCCGACCUCCCCUUGGGAGCUUCCCGGGACCCCAGGUCUUCCUUUUCCGAAUCCCAGAGGGUCCCCAAGUCCUCUGUUCUCAAACUCUGAGCCCAAGGGAACCCCGGCCACAUCUCCUCCAAACACACACAGGACCUCAGGUCCCUUCCUGGGUACCCCAAACUCUUAGCCCUAGUGGGGUGCUCAGAUCUCUCAGGAAAACCAGUUUCCCUUUUGUUAACCCCCCAGCGGGGACCCCAAAGCAGCCCCUUGGAGCUGCAGGGAGCUUCAGCGGGCACCAGUUCUCAUUCCUCUGGAGCUCUUGGGGGGACUCCCUCCUGGGAAGCCGAAUUCUAUCUCUAAACCUCAGGGUGGGGGCCUUGUUUUUCCUCUGGGCCCCGUCUUCUUUGCCAAGUUCUUGAGGGCAACCUAGACCCUCCUCUGAACCCCAGAGGCUUCCCCAGCCCUGGGGAUCAUUUUUCUCUUCUGAACCCCAGAAGCAAUCUCGACUUUCGCAUUUGAGAUUCCAGACAGGACUCGGCUCUCCCUCUUUCAUACCCAGGGGAAACUGAGUCCCUCACCCCCUUCAAGACCCCAGGCCGCUCCUCGCUCCCGCCCCUCGAGGCCCUUCGCCGGCUCUGCCUCCUCCCCCUUCCCGACCCCACCGGCCAUAAGAUGAUGUGGUCCAACUUCUUCCUGCAAGAGGAGAACCGGCGGCGGGGGGCCGCGGGCCGGCGGCGGGCGCACGGGCAGGGCAGGUCGGGGCUGACGCCCGAGCGCGAGGGGAAGGUGAAGCUGGCGCUGCUGCUGGCCGCCGUGGGCGCCACGCUGGCGGUGCUGUCCGUGGGCACCGAGUUCUGGGUGGAGCUCAACACCUACAAGGCCAACGGCAGCGCCGUGUGCGAAGCGGCCCACCUGGGGCUGUGGAAGGCGUGCACCAAGCGGCUGUGGCAGGCGGACGUGCCCGUGGACAGGGACACCUGCGGCCCCGCGGAGCUGCCCGGAGGCCUGCUGCUCUUGGUGAGCCUGGAGGUGUUCCGGCAUUCCGUGAGGGCCCUGCUGCAGAGAGUCAGCCCGGAGCCUCCCCCGGCCCCACGCCUCACCUACGAGUACUCCUGGUCCCUGGGCUGCGGCGUGGGGGCCGGCCUGAUCCUGCUGUUGGGGGCCGGCUGCUUUCUGCUGCUCACACUGCCUUCCUGGCCCUGGGGGUCCCUCUGUCCCAAGCGGGGGCACCGGGCCACCUAGAGCCACGCGUGAGACUUCUCUAAGCAACCACCGAGCCCUUUGACCUUCUCCAUUGUACCCCCAAGAUCUUUUUGCCCCAUCUCCUAGAGAAACUGUGUUCUCCCUGCUCGGGGGCCCAUGUUUUUUUACACGCCUGCCUCCUGUCCCCUUAUCCUUUCUCCCUCUGUAAAUACGUUUUUCUCUGUGGCUGUAUGUGGGUUGCUUGGGGGUGGGAUGGGAAGAGGCUCUUUGCAAACGAGGGUCCCCAGAGAAGACUGGCGGGGACCUGAUGGGGUAGCUGGGGUGUGGGGUUGGGGGAUGAGGUCAGGGGGUCUUGGGUGGGAGUUGGGGGCCCCUUCAUUUCCCAGGUCUGGAUCGAUUCACUUGCCGGGAGAGACUUUUUACAACUCAUCUGCAGCUCCGGGUGCGGUUGGGGGAGAUAGCGAAGGGUCUGGCCUCGCUGUGAUCUGAUUUGGGAUUAAAGGUUUGGAAAUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1105.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1138.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 598.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((..(((.(((((.((..(((.(.(((((((((..((.((.(((((((.(((...(((((((.((..(((((((....(((((((((.((((((..((........))..)))))).)))))))))..(((((((((...(((((((......)).)))))..)))))))))..(((((((...((((.(.(((((..((((((((((((...)))))))).))))...))))).).))))...)))))))(((((...))))).)))))))...((((...))))..((((.........)))).((((.....)))))).)))))))..)))))))))))).))(((((((......)))))))))))))))))))).)).))))).)))))))))))))...(((((((((((((.((((((....).))))).)))).....((((((........))))))..((((((((((((((((((((.((.((.((((.((((((......)))))).(((..(((((.((((.(((((((((((((((.....(((....)))...((((......))))..(((((...)))))......)))))))).))).............))))))))((((((((((.((((.....((((.....))))(((((((...((((((((.((((((((((..((((...(((.(((((((((((((..((((((((((((...............))))))))))))...((((((((.....(((((((((((((....((((.....))))....))))(((((((...)).))))).(((((((((((.(((.............))).))))))))))))))))))))...)))))))).((((...(((.(((((...((((.(((((((((.((((..(((((((((((.............(((.((((((.((((((......).)))))...(((.((((((.((((.....)))))))))).))).......((((((.....)))))).((((((((.........))))))))......)))))).)))...............))))))))))).)))).))))))))).(((((...((((..((.((((..((..((.((((((((.(((((.((((((((.((((..((((((((...(((........(((((((......)))))))....((((.(((.....))))))).))).)).))))))..)))))))))))).)))).).))))..)))).)).))((((....))))))))))..))))....)))))..((((((((((.(((((...(((((.((((...))))((((((.......))))))(((((((....)))))))....)))))..))))).))))))))))((.(((((((((((((.....)))))))((((((((((.....((((((.(((((((((((..((((((.......))).)))))))((((((((((((.((((.(((.((((.(.((((.....))))..).)))).))).))))))))))).))))))))))))((((((.(((((..(.((((((.(((((((((((((.((((((.(.(..(....)..)).)))).)).))))).))))))))...............))))))))))))))))))))))))..))).)))))))((((.(((((((.(((..((((((.....))))))..))))).))))).)))).((..(((....)))...)).......(((((.......((((.(((((.((((((((((........((((((((.((((((((((.((((((..(...((..((((((.(.(((......))).)...)))))).)).....................)..))))))..)))))))).))..).))).))))..)))))))))).))))))))).))))))))))).))))))......)))))))).))))))))))))))...)))..)))..))))..))..)))))))).)))).)))).))))))).)))).))))))))))..((.((((((.(((..(((.....)).)..)))))))))))..........((((.(((((.(....).))))).))))))))).))))))))).)))))))))))).))....))))))))......))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((,,(({,(((({.{|,,{{{,|,|{(((((({..{(,((,({((((({(((,..{{{|||(,(((.(((({((....(((((((((.((((((.,({,,,,,,,,||.,}}}}}}.|||||||||..(((((((((...(((((((,,...,|}.}})))..))||||}|}..(((((((...((((,(.(((((..((({((((((({...)))))))).)))),,,))))).),))))...))))))){((((...))))},)))))))..|((((...})))..{{{,.,.,,...,)))},||||},,,,))))))}))))))),})}}))))})))).))||{{|||,,,...))))))})))))}})))))),)),))))),)))))))))))))...(((((((((((((.{(((((....).))))}.)))}..,,.((((({...,,,,.))))}|,.(((((((((((((((((((({((.((.((((.((((((......))))))........(((......))).((((((((........(((....)))...((((......))))..,,,(({{{|||,|{{{...((((((((.((..(((.......)))..)).).))))))).}})}.,,..,..((({.....})))}}))}))).))))))))...((((((((((..{.((({{.(((((...)))))....((((((((((((.............,,))))))))))))........(({...,{((((((((({.,{....,((({....))))..,,|,,.(((((((...}).))))).{{(((((((((.(({.............})).))))))))))}{(((((..{|||}}},||||{({{((.{{{{.{{{....,{{...{|||,(((((((.(.....,,.|,|||}}}}{{{{...{{(((.,,,,,..,,,|||},...})}),,,}...(((.((((((.((((.....)))))))))).))}.......((((((.....)))))).{(((((((.........))))))))..})).)))),)})))}.}}}}.........}}}))))))))}})})}))}}|||||,{{{{..,.((((,{({{((((,{(({.((.((((((((.,((((.((((((((.((((..((((((((,..(((........(((((((......)))))))....{(({{(((.....))))))}.))).)).))))))..)))))))))))).)))).}.}))),.)))).)}.}}{{||,...)))))}))))}}))))..))})),},,((((((((((.(((((...(((((.((({...})))((((((.......))))))(((((((....)))))))....)))))..))))).))))))))))))))),}...,|{(((((((((((((((((((((((((,.,,.,{{||{||{{(((((,(,.{,((((,..,}.}}}),.).)))))((((((((((((.((((.(((.((((.(.((((.....))))..).)))).))),))))))))))).))))),,||,||((((((.(((((,{(.{(({(({(((((((((((((.((((((.(.(..(....).,),.)))).)).))))))))))))))...............)))))))))))))))))))),)),..))).)))))))((((.(((((((,(({..((((((.....))))))..))))).))))).)))).((..(((....)))...))..((((((((((((((((((((,(((..,.,(((((({,.{{({{.{(((((((((,{{{,({(({.,.,,,}}}|{((({(({((((((((.(((((........(({{,(,(({({((((...{((({..,,(((.,.(((,.(((({....,..,,,)}....))),)}},,}}..))))).))))))))).))))).....,.))))).)))))))).}}}......,}})))))...))))))))))..))))},))))))}}}}))).)))))))))))).)))})))))((((((|||,...,.{{.((((((.(((..(((.....)).}..))))))))))}.......))))))....))))))))))))).)))))))))))))...)))))).)))))))))))).)}....))))))))..,..}))))))))).....
Back