Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_052936.5

Sequence Length

2205 nt

GC Content

0.4195

GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGAAUGGAGUCAGUUUUAUCCAAGUAUGAAGAUCAGAUUACUAUUUUCACUGACUACCUAGAAGAAUAUCCAGAUACAGAUGAGCUGGUAUGGAUCUUAGGGAAGCAGCAUCUCCUUAAAACAGAAAAAUCUAAGCUGUUGUCUGAUAUAAGUGCUCGUCUAUGGUUUACAUACAGAAGGAAAUUUUCACCAAUUGGUGGAACGGGCCCUUCAUCAGAUGCUGGUUGGGGAUGUAUGCUACGCUGUGGACAGAUGAUGCUGGCUCAAGCCCUUAUCUGUAGACACUUGGGAAGGGACUGGAGCUGGGAGAAACAAAAAGAACAACCCAAAGAAUACCAACGCAUCCUACAGUGCUUCUUAGAUAGAAAAGAUUGUUGCUACUCUAUCCAUCAAAUGGCACAAAUGGGUGUAGGAGAAGGGAAAUCAAUUGGAGAAUGGUUUGGACCAAAUACAGUUGCACAGGUGUUAAAAAAACUUGCUUUAUUUGACGAAUGGAAUUCCUUGGCUGUUUAUGUUUCAAUGGAUAACACAGUGGUCAUUGAAGAUAUCAAAAAAAUGUGCCGUGUCCUUCCCUUGAGUGCUGACACAGCUGGUGACAGGCCUCCCGAUUCUUUAACUGCUUCAAACCAGAGUAAGGGCACCUCUGCCUACUGCUCAGCCUGGAAACCCCUGCUGCUCAUUGUGCCCCUUCGCCUGGGCAUAAACCAAAUCAAUCCUGUCUAUGUUGAUGCAUUCAAAGAGUGUUUUAAGAUGCCACAGUCUUUAGGGGCAUUAGGAGGAAAACCAAAUAACGCGUAUUAUUUCAUAGGAUUCUUAGGUGACGAGCUCAUCUUCUUGGACCCUCAUACAACCCAGACCUUUGUUGACACUGAAGAGAAUGGAACGGUUAAUGACCAGACUUUCCAUUGCCUGCAGUCCCCACAGCGAAUGAACAUCCUAAACCUGGAUCCUUCAGUUGCAUUGGGAUUUUUCUGCAAAGAAGAAAAAGACUUUGAUAACUGGUGUAGCCUUGUUCAGAAGGAAAUUCUAAAGGAGAAUUUAAGGAUGUUUGAAUUAGUUCAGAAACAUCCAUCACACUGGCCUCCCUUUGUACCUCCAGCCAAGCCAGAAGUGACAACCACUGGGGCAGAAUUCAUUGACUCUACUGAGCAACUGGAGGAGUUUGAUCUGGAGGAAGAUUUUGAGAUUCUGAGUGUGUAGAAUCCUGGGAACUCAACUUGAAGGUCUGUCUUCCAUCUGGCACCAUAAAAACAUGAACUUAUUGCAUAAAACUUUUCUAGUCAGCAAGUGCCUGAUAUGCCAAUAGCAUACAAACUCAAUAGCAAUCAUGACUGAGCCAAUCACUGUUUCUCAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAUGACAGUAACCCUUCCCCGGAAAGAAAUAGAACAAUCAUGGAGCCUAGGAGCAGAGAGAUGAGGAGGAGUUCAUUGCUUCCCAGCUUGUGUUAUAUGGCUACAGCAAGUCUUCAGCUGCUGCAAUGAGGAAAUGGGCAUCUGGAAGACAAACAGCAACUCUCAGCUUGCUUCAAGAACCAGCAGAUAAGAGAUGGUUAAGCUGUUCUUCACCCUUUCAGAUGUGACCUCUUUUGGACUAAGCAGCAAUCUGUUCUCUUGCUCAAAUAAUAAAGUGACUGAAUCAGGGAGGAAAAGGUUCUUGUUAAAUUAUUUGAUUGUGUAGUUGAAGUAAUUAUAAUUUAUAUCAAAACGUUUGUCAAAGAAACGAUGUCAAAUAUACACUUCUUGAUCUCCCUUCUGUUUGCGGGGAUCUUACUAUUUGAUGGGUCACUGUCCCCAUUCUUACUGAUACUUUUGUCAGAUAUCACCCUGUCCUUAAAUCAUGAUCACUUAAAUCAGGGGUCAGCAAACUUUUUCUGUAAAGGGCCAGACGGGAAAUAUUUUGGGCUUUGCAGGCCAUGCGGCCUCUGUCACAUCUACUCAACUCUGCUGUUGACAUGCAAAAGCAGCAAUAGACAAUAUGCGUGUAAAUGAGUGUGGCUGUAAUCCAAGAAAACUUUAUUUACAAAAGCAGGUGGAGGGCUGGGUUUGGCCUGCAGGCUGUAGCUUGCCAAUCAGUGACUUAAAUUGUUGAUUUUUGUUUGAUAAAUUAAAAAUAAAUUGUGUUUGAAGUAUACCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-598.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -641.70

Frequency: 0.0000

Diversity: 610.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((..(.((...)).)..))))..((((((.((((((.((((((.........)))))))))))).....(((((((.((....)))))))))(((.((.(((..((((...((((....(((.....)))...)))))))).))).)))))............(((((((((.....((((.(.((((((.((((((...(((.((((((((((.((((((((....(((((((....)))))))..(((...(((((((((((((.(((((..(((((((((.(((((((.((((((.(.(((((((.(((((((.((((........))))))))).)).))))))).)((((((....(((((..((((.((((.(((.((((((((((((((((.....((((((..((.......))..))))))........))))).......)))))))..........((((((.....((((....))))....))))))..(((((.........))))).......)).))..))).)))).)))).))))).))))))((((((........(((((((((..................(((((.((((((.(((.((((.(((((((((.(((..(((((.....((..(.......)..))......(((((.(((((....)))))..))))).)))))...)))...))))(((...((((((((....((((((((.......((((((.........))))))((((((...))))))......))))).))).....))))))))...))).......((((((......))))))...(((.(((..((((((.....))))))....))).))).................))))).)))).))).))).))))))))))))))))).....))))))...(((((..((((..((((.((((.((((.......))))..)))).))))..))))......)))))..(((((...(((((((.(...(((((((..((((......))))(((((((.....)))))))..(((((((((((....))))..)))))))...)))))))(((((.((....(((((((....(((...((((.....))))..)))........(((.(((....))))))))))))).....))...)))))......(((((.((((.((.((.....)).)).)))))))))..).))))))).)))))))))))...)))))................................((((((....).)))))..))...)))))))))..))))))))).))).))).)))))).......((((((..((.((((...((((..((((.....((((((.((((((((((.((..((................((((..(((((((((.......((.(((((.....))))))).((((((((.........))).))))).....((((((.(((.((((......(((((((((((...(((((((((((((...(((((.........)))))....))))..)))..)))))).......)))))))))))..))))..))).)....)))))..))))))).)).))))..............))...)).))))))....)))).)))))).....)))).))))....((((.((((.......)))).))))...)))).))..))))))((.(((((...........))))).)))))))))).))(((((............((((((........))))))....((((((....))))))......)))))....))))))))))))))))).)))))).).))))....)))))))))...))))))...(((..(((((((((((..(((((((((..((((((........((((((......((((((((.(.(((....)))))))))).))...(((.((((((((((.((..((........))...))))))))))))...)))))))))))))))....)))))))))(((........))).((((..(((..(((((...)))))..)))))))..................))))))))))).)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,(((({,({{,..,,|{|{||||,.{((((((,((((((.{(((({.........}))))))))))).....{((((((.((....))))))))){||,||.|{{..,{{,..,((((....(((.....)))...)))))}}|{|||,}}}}}....}}}}},..(((((((((.....((((.{.((((((.((((((...(((.((((((((...((((,{((....(((((((....)))))))..(((...(((((((((((({,(((((..(((((((((.((((((.{(((((((.(({,,,...})),.)))))))}{{.(((({((({{{{{{({({.{{{({{.....,.....,,,,,.}|||,.{,,,.((,..{{{(((|||,(((((.....((((((..((.......))..))))))........)))))....}}})))|}},..,{{{...,((((((.....((((....})))....)))))}..{((((,{,......}}}}},|||.|||||}}..})}.}))),))||,|||||,{{{{(((({({{,.,,...,},||}}||}},,,,,,.........)},))),)))))))))..))))))},.)))))){((.((((((((({{{({{{{{.....,{,,||....,||{|{|.(((({....))))).,}|||({((,,((....|||.}}|}(((...((((((((..,.((((((((.......{{(({{.........}}})}}((((((...))))))......))))).))).....))))))))...))),......,{{{{{....,.,}}}||,,.,|}.||||,||||..,|||||,.|{{{{,{(({{.....{{({..{(((....{{{{{{,.((((.((..(((((((.((((........)))))))))))..)).)))).((((..((((.((((.((((.......))))..)))).))))..)))).(((((((....}}})))),,.....,,},,,,))))}))}.,,..}})}}})))}(((((((.....)))))))..(((((((((({....}))),.}))))))...{{{,,{{.,,,}}..}}}.(((((((....(((...((((.....))))..)))........{((.(((....)))))}))))))),,,,}},,,}}||})|||,,,,||||,|,|||{||}|.,||}}}}}})))}}}}}}...,,,}))))))))..))|{{.(((({{{{......}}}......{{{{.....,{{.....,}},|}}}}))))),))}..,,,,.)))))))))..)))))))))},)).))).})})))......{({{{||,,|..,,,,..................,((((({,((((,((((((.(,,...,{{{{.,,.{{{{.,{{{...,((((((({{{..,,((.(((((.....))))))).(((((({{,....,,,,}}}}))))}.....((((((.{,,.((((,...,,(((((((((((,..(((((((((((((...(((((.........)))))....)))}.,)))..))))))..}....)))))))))))..))))}})},.....})))))..})}}}))})},))))..........}}}}.},..,},||||||..,,||}|,||||||.,,,,||||{|,,|{{,,((({.{{||,,,,,..}}}},)))}..,||||.,,..}}))))|,.|||||,,,.,,,..,}))}})}))))))))))}),}))))|,,.........||||||}.}}}}}},,,,,.....((((((....))))))......,,))))...))))))))))))))))).)))))).}.))))....)))))))))...))))}},..(((..(((((((((((..((((((((({.((((((,..((.(,{({.,,......((((((((.{.(((....))))))}})).},...{((.(((((((((({.,..((........))...))))))))))))...))))))))))))))).}..)))))))))(((........))),{{(({,{{,..,,,|}}}}}|||{{{{{{{.......,,,)}}},},....))))))))))).)))..