Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_053046.4
Sequence Length
2145 nt
GC Content
0.6368
CCUUAGGCCCUGCCCCUGUCGCCUACUGCGCUCAGAAGGGGCCUCAGGGCCUGCCCCGGGUUGGGGGCGUUGGGGUGCCCUGGAUGGGGGCACCUUUAUCUCUCGUCCUGUCUCCGGCCACCCUGAAGGGUCCCUUCCCAAGCCCUUAGGGACCGCAGAGGACUUGGGGACCAGCAAGCAACCCCCAGGGCACGAGAAGAGCUCUUGCUGUCUGCCCUGCCUCACCCUGCCCCACGCCAGGCCCGGUGGCCCCCAGCUGCAUCAAGUGGAGGCGGAGGAGGAGGCGGAGGAGGGUGGCACCAUGGGCCCGGGCGGUGCCCUCCAUGCCCGGGGGAUGAAGACACUGCUGCCAUGGACAGCCCGUGCCAGCCGCAGCCCCUAAGUCAGGCUCUCCCUCAGUUACCAGGGUCUUCGUCAGAGCCCUUGGAGCCUGAGCCUGGCCGGGCCAGGAUGGGAGUGGAGAGUUACCUGCCCUGUCCCCUGCUCCCCUCCUACCACUGUCCAGGAGUGCCUAGUGAGGCCUCGGCAGGGAGUGGGACCCCCAGAGCCACAGCCACCUCUACCACUGCCAGCCCUCUUCGGGACGGUUUUGGCGGGCAGGAUGGUGGUGAGCUGCGGCCGCUGCAGAGUGAAGGCGCUGCAGCGCUGGUCACCAAGGGGUGCCAGCGAUUGGCAGCCCAGGGCGCACGGCCUGAGGCCCCCAAACGGAAAUGGGCCGAGGAUGGUGGGGAUGCCCCUUCACCCAGCAAACGGCCCUGGGCCAGGCAAGAGAACCAGGAGGCAGAGCGGGAGGGUGGCAUGAGCUGCAGCUGCAGCAGUGGCAGUGGUGAGGCCAGUGCUGGGCUGAUGGAGGAGGCGCUGCCCUCUGCGCCCGAGCGCCUGGCCCUGGACUAUAUCGUGCCCUGCAUGCGGUACUACGGCAUCUGCGUCAAGGACAGCUUCCUGGGGGCAGCACUGGGCGGUCGCGUGCUGGCCGAGGUGGAGGCCCUCAAACGGGGUGGGCGCCUGCGAGACGGGCAGCUAGUGAGCCAGAGGGCGAUCCCGCCGCGCAGCAUCCGUGGGGACCAGAUUGCCUGGGUGGAAGGCCAUGAACCAGGCUGUCGAAGCAUUGGUGCCCUCAUGGCCCAUGUGGACGCCGUCAUCCGCCACUGCGCAGGGCGGCUGGGCAGCUAUGUCAUCAACGGGCGCACCAAGGCCAUGGUGGCGUGUUACCCAGGCAACGGGCUCGGGUACGUAAGGCACGUUGACAAUCCCCACGGCGAUGGGCGCUGCAUCACCUGUAUCUAUUACCUGAAUCAGAACUGGGACGUUAAGGUGCAUGGCGGCCUGCUGCAGAUCUUCCCUGAGGGCCGGCCCGUGGUAGCCAACAUCGAGCCACUCUUUGACCGGUUGCUCAUUUUCUGGUCUGACCGGCGGAACCCCCACGAGGUGAAGCCAGCCUAUGCCACCAGGUACGCCAUCACUGUCUGGUAUUUUGAUGCCAAGGAGCGGGCAGCAGCCAAAGACAAGUAUCAGCUAGCAUCAGGACAGAAAGGUGUCCAAGUACCUGUAUCACAGCCGCCUACGCCCACCUAGUGGCCAGUCCCAGAGCCGCAUGGCAGACAGCUUAAAUGACUUCAGGAGAGCCCUGGGCCUGUGCUGGCUGCUCCUUCCCUGCCACCGCUGCUGCUUCUGACUUUGCCUCUGUCCUGCCUGGUGUGGAGGGCUCUGUCUGUUGCUGAGGACCAAGGAGGAGAAGAGACCUUUGCUGCCCCAUCAUGGGGGCUGGGGUUGUCACCUGGACAGGGGGCAGCCGUGGAGGCCACCGUUACCAACUGAAGCUGGGGGCCUGGGUCCUACCCUGUCUGGUCAUGACCCCAUUAGGUAUGGAGAGCUGGGAGGAGGCAUUGUCACUUCCCACCAGGAUGCAGGACUUGGGGUUGAGGUGAGUCAUGGCCUCUUGCUGGCAAUGGGGUGGGAGGAGUACCCCCAAGUCCUCUCACUCCUCCAGCCUGGAAUGUGAAGUGACUCCCCAACCCCUUUGGCCAUGGCAGGCACCUUUUGGACUGGGCUGCCACUGCUUGGGCAGAGUAAAAGGUGCCAGGAGGAGCAUGGGUGUGGAAGUCCUGUCAGCCAAGAAAUAAAAGUUUACCUCAGAGCUGCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-994.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1026.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 780.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.(((((((((((((.(((.(((((..((..((((((((((((((((((..((((((((.((((((((((((.....))))))))))((((((..((((..(((.(((...((((((.((((..........)))))))))).))).)))))))....((.((((((.((.(((((((((((((((..(((((....)))(((.(((((.((((..(((.(((..((((.((((....)))).(((.((......))))).))))..)).).)))..)))))))))))).(((.(((((.(((((((((((((((((((((...........(((((((((....(.((((.(((((((.((...((((....(((((((((.......(((.((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))).))))..(((((((.((((........)))))))))))(((((((.((((((.((.(((((...(((.((((....))))))))))))))..((((...))))..(((.((((((((.(((.(.(((((.(((....(((...)))....))).)))))).))).)))).)))).))).(((((((.((....)).)))))))(((((.((((....)))))))))..(((.(.(((((((((.....((((..(((((((....))....)))))..))..(((((((......)))))))..)).....)))))))))..).))).......))))))..))))))).)).))))))).)))))....)))))))))(((.((((...)))).))))))))..))))))..))))))))))...((((....))))..)))))))).))...)))))))))..((((.((...)).))))((((.((.((((.....)))).)).))))....))).))).)).)))))))))))))))).)))))))).)))))))))).))))......))))..))..)))))))).))))))....((.((((..((((((((((((......(((((((((((..((((((((((((((((.....))).)))))....))))))))...(((((........)))))..((((.(((.....))).)))).((((((((((...(((........))).)))))))))))))))))))))(((.(((((....))...))).)))......)))))))))..))).)))).)).....(((..((........))..)))..((((((((((((((((...((((((((((((((((((.....(((((((((((..(((((............))))).....).)))))).))))......))))))..))))))..........((((.......)))).......(((((((.....((((.((((...(((((((((.........(((....))).......(((....))).)))))))))))))..)))).....))))))).......))))))......)))))..))))..))))))).(((....)))..................)))).).))...))))))(((((((((((..(((((....((((..((((.(((((((((((((((..(((((((((((((((((((.((((.(((.((.((........)).)).))))))).))))))).(((((......)))))(((((((((.(((.((((((((((.(.((....(((((.(((((.........))).)).))))))).)))..))))))))))).)))))))))................((((((.(((...))).)))))))))))...)))))))..(((((((.((.(((((((..(((((.(((((....((((((((((((.(.......).)))))))))))).)))))..)))..).)..))))))))))))))))...(((..((((((.(.((....))....).))))))..))).))))))))).........)))))).))))..)))).)))))....).)))))).........(((((......))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{,(((((,{((((((.(((,....)}),.||}.,({{(((((({{{({((((((({{(((((((,.,.(((({(({{{,,,,.|||||||||{{{,((({{((((({.{,{(((,,.(((((,,((((..........)))))))))).))}.}}})|||{{{{((.,,,{{..,(,.((((({((((({({{,.,{((....|}|{|(|(((((,((((.,(((,((({.((((.((((....)}}}.{{|.|{,.....})))).)))),.)).},))),,)}))}}||}|}|,{{{.({{{{.(((({{{|||||||{||||||}}}}.,,....{,{{(((({{{{{(.{{,,,||||{||,|{,,.|{||},,,|||((((((...,,,,({{.((((((.({({....)))}))))))))}.,))))))))),))),}}|||||||,||||}}.,....}}))))))))){{{||{|}||((((,((.(((((...(((.((((....))))))))))))}).}||||,,,)))},.(((.((((((((.(((,(.(((((.(((....{{{...}))....))).)))))).))).)))).)))).))),(((((((.((....)).)))))))(((((.((((....)))))))))...,,.|.||||,|||{}},.}||||},||||||,....))....)))))}})).(((((((({,{{|||{,}.||||{|...{,}}||||}||{{|{||,,.,...,}|||||{{|||||||,||{|||||||.|||||.,,,|||||||}|((({((((..{||||{||||||||..,||||||.|}},,,})))}}}||||}}.,)))).}))))}},},}},,.,}})))))}}},|||}||....},|||,((({,((.((((..,,,|}}|,}}{||||{,{||||,|||||},}||||||||||||||.{{(((|||...||||||{{,.,||{{,{,.{(((|.(({{,||,{{|.,..((((.{{{{((.((((..((((((((((((,,.,.,(((((((((({..((((((((((((((((.....))).)))))....))))))))...(((({.,....,.}}}}|..(({{.{{{,,,,,))).)))}.{(((((((((...(((........))).))))))))))}))))))))))|{{}{({((....||...}}},))),.....))))))))).,})).)))).)).....(((..((........)}..)))....}||}|}}}..|||{||||||{|||||||||||.||}.}}}||}|||||{{|||{{({{.|||..,,..||)),,}},,,,},}}))}}})}||.....||||}||,,}}}})),.,,,}},.,,)))}..)}},)),,}})}}}}},||,|||}}..,.|||||{({{{{...|}}}}},,|,||,|||||{{,||}..,{...,|,.,|||||||||.,,(({{{....,,})}}}..||.}||||...,)}),}))}}}}}}}}}|||,|}||||,|||||||.{||,,.,|||.,.,,||,....,|.}}}}|||,},))}}})))}}}}})))))))}|},}}|,,}}|,||||}}||||,||||||.||||||||}}||||||||||||(((((((.((((.(((.((.((........)).)).))))))).))))))).(((((......)))))(((((((((.(((.(((((((({(.{,((....(((((.((({{.......,.})}.)).)))))}),),)..))))))))))).))))))))).}}}},.,}....)))||||||.|||,..,,}.})))))))))||.,|||||||{,(((((((.((.(((((((..({(((.(((((....((((((((((((.(.......).)))))))))))).)))))..)))..).)..))))))))))))))))...{{({,{({{,((({(((({{,.,{{...{{{{{.,..,..})))))}}),}}})))}))})}}),,))),,)})),)))))))))),)}})),.........{{{||......)})))},,..
Back