Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_058175.3
Sequence Length
3449 nt
GC Content
0.6518
CCCUGCUGCUUACUCGGCGCCCGCGCCUCGGGCCGUCGGGAGCGGAGCCUCCUCGGGACCAGGACUUCAGGGCCACAGGUGCUGCCAAGAUGCUCCAGGGCACCUGCUCCGUGCUCCUGCUCUGGGGAAUCCUGGGGGCCAUCCAGGCCCAGCAGCAGGAGGUCAUCUCGCCGGACACUACCGAGAGAAACAACAACUGCCCAGAGAAGACCGACUGCCCCAUCCACGUGUACUUCGUGCUGGACACCUCGGAGAGCGUCACCAUGCAGUCCCCCACGGACAUCCUGCUCUUCCACAUGAAGCAGUUCGUGCCGCAGUUCAUCAGCCAGCUGCAGAACGAGUUCUACCUGGACCAGGUGGCGCUGAGCUGGCGCUACGGCGGCCUGCACUUCUCUGACCAGGUGGAGGUGUUCAGCCCACCGGGCAGCGACCGGGCCUCCUUCAUCAAGAACCUGCAGGGCAUCAGCUCCUUCCGCCGCGGCACCUUCACCGACUGCGCGCUGGCCAACAUGACGGAGCAGAUCCGGCAGGACCGCAGCAAGGGCACCGUCCACUUCGCCGUGGUCAUCACCGACGGCCACGUCACCGGCAGCCCCUGCGGGGGCAUCAAGCUGCAGGCCGAGCGGGCCCGCGAGGAGGGCAUCCGGCUCUUCGCCGUGGCCCCCAACCAGAACCUGAAGGAGCAGGGCCUGCGGGACAUCGCCAGCACGCCGCACGAGCUCUACCGCAACGACUACGCCACCAUGCUGCCCGACUCCACCGAGAUCGACCAGGACACCAUCAACCGCAUCAUCAAGGUCAUGAAACACGAAGCCUACGGAGAGUGCUACAAGGUGAGCUGCCUGGAAAUCCCUGGGCCCUCUGGCCCCAAGGGCUACCGUGGACAGAAGGGUGCCAAGGGCAACAUGGGUGAGCCGGGAGAGCCUGGCCAGAAGGGAAGACAGGGAGACCCGGGCAUCGAAGGCCCCAUUGGAUUCCCAGGACCCAAGGGCGUUCCUGGCUUCAAAGGAGAGAAGGGUGAAUUUGGAGCCGACGGUCGCAAGGGGGCCCCUGGCCUGGCUGGCAAGAACGGGACCGAUGGACAGAAGGGCAAGCUGGGGCGCAUCGGACCUCCUGGCUGCAAGGGAGACCCUGGAAACCGGGGCCCCGACGGUUACCCGGGGGAAGCAGGGAGUCCAGGGGAGCGAGGAGACCAAGGCGGCAAGGGGGACCCUGGCCGCCCAGGACGCAGAGGGCCCCCGGGAGAAAUCGGGGCCAAGGGAAGCAAGGGGUAUCAAGGCAACAGUGGAGCCCCAGGAAGUCCUGGUGUGAAAGGAGCCAAGGGCGGGCCUGGGCCCCGCGGACCCAAAGGCGAGCCGGGGCGCAGGGGAGACCCCGGCACCAAGGGCAGCCCAGGCAGCGAUGGCCCCAAGGGGGAGAAGGGGGACCCUGGCCCUGAGGGGCCCCGCGGCCUGGCUGGAGAGGUUGGCAACAAAGGAGCCAAGGGAGACCGAGGCUUGCCUGGACCCAGAGGCCCCCAGGGAGCUCUUGGGGAGCCCGGAAAGCAGGGAUCUCGGGGAGACCCCGGUGAUGCAGGACCCCGUGGAGACUCAGGACAGCCAGGCCCCAAGGGAGACCCCGGCAGGCCUGGAUUCAGCUACCCAGGACCCCGAGGAGCACCCGGAGAAAAAGGCGAGCCCGGCCCACGCGGCCCCGAGGGAGGCCGAGGCGACUUUGGCUUGAAAGGAGAACCUGGGAGGAAAGGAGAGAAAGGAGAGCCUGCGGAUCCUGGUCCCCCUGGUGAGCCAGGCCCUCGGGGGCCAAGAGGAGUCCCAGGACCCGAGGGUGAGCCCGGCCCCCCUGGAGACCCCGGUCUCACGGAGUGUGACGUCAUGACCUACGUGAGGGAGACCUGCGGGUGCUGCGACUGUGAGAAGCGCUGUGGCGCCCUGGACGUGGUCUUCGUCAUCGACAGCUCCGAGAGCAUUGGGUACACCAACUUCACACUGGAGAAGAACUUCGUCAUCAACGUGGUCAACAGGCUGGGUGCCAUCGCUAAGGACCCCAAGUCCGAGACAGGGACGCGUGUGGGCGUGGUGCAGUACAGCCACGAGGGCACCUUUGAGGCCAUCCAGCUGGACGACGAACGUAUCGACUCCCUGUCGAGCUUCAAGGAGGCUGUCAAGAACCUCGAGUGGAUUGCGGGCGGCACCUGGACACCCUCAGCCCUCAAGUUUGCCUACGACCGCCUCAUCAAGGAGAGCCGGCGCCAGAAGACACGUGUGUUUGCGGUGGUCAUCACGGACGGGCGCCACGACCCUCGGGACGAUGACCUCAACUUGCGGGCGCUGUGCGACCGCGACGUCACAGUGACGGCCAUCGGCAUCGGGGACAUGUUCCACGAGAAGCACGAGAGUGAAAACCUCUACUCCAUCGCCUGCGACAAGCCACAGCAGGUGCGCAACAUGACGCUGUUCUCCGACCUGGUCGCUGAGAAGUUCAUCGAUGACAUGGAGGACGUCCUCUGCCCGGACCCUCAGAUCGUGUGCCCAGACCUUCCCUGCCAAACAGGUUUGGACGGAGCUGUUUUGUGCUGAAAGGUUUUCUCGGGGUCCGUGGUGUCCCCCAAAGGUGCCACCGUGCGGGUCUCCUAGCUCCCUGCCAGCUUCCUGUCCCUGUGCUCACUGCCCCCACGCCUCCUGCCAAGGCCGAGCCACACACCCGCUCCACCUGCAUUUCCUCUACCGACUCGCCAGCCCAAAUGCCGCUCUUCACUCUGGCCUCGCUGAGCGGCUGCCCGAGGAGGAGCUCUAGGCCGACGCCCACCGCAGGCCUUACAGUCUUCUCUGGACGCUCCCUUGCAGAUGCACCGUGGCCUGGCGGCGAGCCCCCGGUCACCUUCCUCCGCACGGAAGAGGGGCCGGACGCCACCUUCCCCAGGACCAUUCCCCUGAUCCAACAGUUGCUAAACGCCACGGAGCUCACGCAGGACCCGGCCGCCUACUCCCAGCUGGUGGCCGUGCUGGUCUACACCGCCGAGCGGGCCAAGUUCGCCACCGGGGUAGAGCGGCAGGACUGGAUGGAGCUGUUCAUUGACACCUUUAAGCUGGUGCACAGGGACAUCGUGGGGGACCCCGAGACCGCGCUGGCCCUCUGCUAAAGCCCGGGCACCCGCCCAGCCGGGCUGGGCCCUCCCUGCCACACUAGCUUCCCAGGGCUGCCCCCGACAGGCUGGCUCUCAGUGGAGGCCAGAGAUCUGGAAUCGGGGUCAGCGGGGCUACAGUCCUUCCAGGGGCUCUGGGGCAGCUCCCAGCCUCUUCCCAUGCUGGUGGCCACCGUGUCCCUUGCUGCGGCUGCAUCUUCCAGUCUCUCCUCCGUCUUCCUGUGGCCGCUCUCUUUAUAAGAACCCUGGUCAUUGAAUUUAAGGCCCACCCCAAGUCCAGAAUGACCUCGCAAGACCCUUAACUCAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1522.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1576.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 1221.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((..(((((((((((.....)))).)))))))...(((((((((...)))...)).)))).(((((...((.(((.(((.(((.((((((((((...((.....))...)))))))))).))).))).)))...)).)))))))))))))).((((.((((..(((......))).)))).........(((((........((..(((.....((((((.(((....(.(((((((((((((((..((((....))))..)))..(((((((....(((((........).)))))))))))((((.((......(((((((.(((..((....(((((((...)))))))))))))))))))...)).))))((((..(......)..))))..)))))))))))).)..(((((((((....(((((((((((.......(((((..((.(((.(((((.((.(((((((((...........))).))).)))......)).))))).))))).))))).((((((...((((.(((...((...((((((((....))).)))))...))...)))..)))))))))).(((.....)))((.((((.....)))).))..((.((((...((((.....))))..))))))..........)))))))).(((((((((((...............))))).).)))))..............)))....))))))))).(((....))).....(((((.(((((((....((((..((.((((.............))))...))..)))).....)))).).)))))))....(((((((((....)))))..)))).))))))))))))..)).......)))))....((((.....((((((((..(((((...((((((((.(((...)))((((.......))))..(((((...((((((((....))...)))))).)))))((((((((..((......((.(((((.((((.....((((((((((((((((.(((.......)))..((((((..(...((......))...)..))))))..(((((.(((.(...(((..(((((....((((((((.....)))..)))))......)))))..)))...).))).))))).....((((((.((((...)))).)))))))))).).))).))))))))((((.(...((((((((.....((((.((((.....((((......((((((((.((((((((((((.........))).)))))((((.((((((((((.(((((...((...((((((((........).))))))).))..(((((((((((((.(((..((((((..((((....((((...))))..))))..)))))).))).))))).((((.((((((((......(((((((..((....))..))))..)))....((.(.((((((((((.....))))))).))))))...(((((((((((((((...((((.((((((.....(((.(((........(((((((((((((....(((....)))....)))))).......(((.((((..(.....(((((..((((((((...((((((..(((.......((((((((((((((((((((...)))))))))....((...(((.(((.(((.((((.....(((....))).....))))..)))))).)))...))...))))).)))))).(((((((...((((......(((((.((.(((((....(((.(..(((((((((.((((((((((((....((((.((((.(((....)))..((((((((((.((......)))))...)))))))...))))))))..)))))).....)))))).))).))))))..).))).((((........)))).....(((.....)))(((.((..((((((((.((.........((((.....))))((((((((((((((((((((((((((........)))))((((((.....(((((...(((((.((.....((..((((((.(((((.((.(.((((((...))))))).)).)......)))).)).))))..)).)).)))))...)))))))))))......)))))))..))).......((((.(((.(((((.((.((((.(((......(((((((.((((..((..((((((((((((((.(((((....(((((....((((((.(((...))).))))))(((((...)))))....(((((((..((((((.(((((.......(((((((((((........)))))....((((((...........))))))(((((...)).))).((((((((...(.((((.(((.....))).)))).)..))))))))((((.......)))).......))))))..((((((((............))))))))..)))))))))))))))))).))))).))))))))).)))))))))).))...)))))))))))))).)))).)).)).....))).))))))))))))))).)))...)).)))).))))..))))).))))).))....)))))......))))...))))))).))).)))))).((......)).(((((((.(((.(((.((((...))))..))).))))))))))...(((((..((.....))..))))).......))))))))..)))))(((((.((.((.(((((((..((.((((.....((((((.((((..(((....))).)))))))))).)))).)).....((((........))))........(((....)))))))))).))))..)))))...((((((((..((...))..))))))))(((((.(((((.(((..(.((((((...)))))))..))).))))).))))))..)))).))).))))))).....((((........))))))).))).)))))).)))).))))))))..((..((((.....))))..))..((((.((.((((....)))).)))))))))))))....)))))))))))))))))))).((((((((((((.(((....))))))))...))))...)))))))).)))))))).)))))))))).))))))))(((......))).))))..)))).))))..))))).)))).))))..))))))))).))....))..))))))))..)))))))).))))))))))))).......)))).(((((((..((((..((....))..))))....)))))))......))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((({(((..(((((((((((.....))))},))))))})){({(((((((,.{.(((((((((((.((((,.({,,((.((((..((((((((.((((....}|,}..{{((((((((((((,...{((((((((((.{{{{||,||{({|((((..((((.((((..{((......}}}.,,,..........||||,.}}}}.))))..)))).......,{{.,.....}}))))))...))).))}..(((({.((.(({..(((((...((((.(((((((({{{.....},||,{((((((((.((.((({..{{(..,,))),.}}}).{((.(((((((...))))))).))),.(((((((....{{,((((((....({.{((.((.(((((,{,|....,,)))})},))))).)}.})}))).}},{{.....},,(((((((({(.,,.((((({((.((((((({........,}.,}))}|||{{(|{.....{{(({{{,.|,}}}|{|||({(((({(({{((((.,.|,}}.},,.||{|||||,...,))|}}}))..,}}|,.||||.(((((....))))).....,}}||,||||..||{(({{{{|{,(((({{{.....})))))))})),))))),,...,,,...,,)}}))})).,)}))))))))....}))))))..)).)))))))))|,...,...{((...((((.(((.(((((((..(((({,{{.,..{{,(({(,.((((.......((((..((.((((..{{.....,,..))))...))..)))).....)))).,,{((((((...((((((..((((((((((....(((((.{(.(({.{{....,,((((...)))).}.....)}..))),)..))))))))))),,)))....))))))...))))))}..(((.((((..((((.{((...|)}.)))})))).))).{(((((((((...........,...)))))))))}..}}}}||,.{|||||||||||(({{.{{||,.,}..}))}.}}}.})),.,}..)))),}))))))))}..})),.,((((({{{{{{..(((,{.((((((...))))))||||..||},...})))))).})))))).)))).)))))))}.))...,,..((((((.((((...)))).))))))..})})})....)))))))))}}....)))))))...))},,))}.))))))))..)))}.)}.)),.)))),..))))))))))).}...,||,|||..(((({{{(((({(((((({,,.{{,...|)},.{{{|||||.|,||...).)))}))).||..((((((((,,,,({((({.((((,,.{(((({{{{{{(({,.||||..,,,}..))))))})||{||,|||||((.(((,(((((......|,,||},,(((.,.(((.(((((((((((.((....))})|((.(((.((((((.(((.,((.((..(((.{(,(((((((((...)))))}.}}}.}....,||{,{({...,,}}||....(((((((....(((....)))....)))))))...,.)))..)).))..))).)))))).)))))......))))))))))}||||.,,,((((((((((({((((((((...)))))))))....((...(((.(((.(((.((((.....(((....))).....))))..)))))).)))...)),,,)))))}}}}})).{({(({(.,.{{((...,{.{((({.((,(((((..,|{((.{{,{{{{{{(((.(({((((((({(....((((.((((,({((,(,{(|{{((((((({({.,,,,....}))))}}})))}))),..}))})))),,)})))}.....||||}}.))),}})))),.,.}}}.{{{{|,..}||||,,,..,|,|{|,....,}}{|||{,..{(((((((.{(|........(({{.,...)))}{{{{{{{||{|((({({({{{(((((........)))))((((((...,,(((((,..(((({.{|,,,,.{{..{{{{((,(({{..{|}|,||||{{..,)}})))|,}..|,.,...|||},|,|||}|,,}}.}..))))}...)))))))))))..,,,,))))}}|.||)},,,....{{{{|{|(,{|({{.{{.((((.{{{.,.,..(((((((.((((..((..((((((((((((((.((((({((((.((,,...((((((.(((...))).)))))){(((,...)))))|.},}})}}.,.(((.(((((.((...(((......({(((((......,,}))))...,((((((...........))))))((((,...,}.))).((((((((...{.((((.(((,...,))).)))).}..))))))))((((.......)))).))).)).))))).)))(((((((....(((((((((.(({....})).))))))}).)).).})))))}))))))))),}))))))))).))...))))))))))))))})))),)).)),.,.,))),)))))))))))))))})))..,)),)))),)))),,)))},.||}}}.))....)}))),},,..))))...))))))).,,,.))).))})}}.....))}|||||||.|||}|||}}|||}}.,,)))})))}}}))})),)),},{((((..{{,....}),.))))}....(((,,.{{{||{{{||||({(((.{,.((.(((((((.{(({((((.{{..((((((.(((((.(((....))).)))))))))).,))).,,.....((((........))))........|||}}}}...))))))).))||..)))))...((((((((..({...,}..)))))))).(({(((....,||}}.}}))(((({{{||{||,.{{|||{||||{{||||{|{{|||{{{{|{{||({,{,.,(,{(({....{{{{|||||,{(((({|,{|{{{{|||.|}}}}||.||{{||{{({|||,,|||,.,|||,(({{.{{.|||{,,,.)))),))))))}}}|}}...,,|||||||..,,||({{{.|||{|{{|||||||{.{{|,,.,))))))))...}))),..)))))),))))||||||,{{||},,...{(((({|,|((({....}))))))))))..||.,))),)))))),)})))))))}))},)))))).},...,})}))}}},.}}}}}}},,,,},,})))))))},,.....,,.})))))))...))))}}}..))))).......))))))}..))),..},,.}.............
Back