Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_078485.4
Sequence Length
4018 nt
GC Content
0.4890
GGGCCUGGACGCUUUGGCAACCGCUACUCCCGGGGGUGCUUUUUCUGCAGGGACGAAGUGCCACCUAUGCUAGUGGCGGGUCUGGAAGCCUAGAGGGGAACCAGGCUGCAGAGCCGGGCCAAGGGAUUAGCGGCGGGCGGCGGGCAUGGCCUGGACUGCGCGGGACCGCGGGGCCCUGGGGCUGCUGCUGUUGGGGCUCUGCUUGUGCGCGGCUCAAAGAGGUCCCCCGGGUGAGCAGGGUCCUCCCGGGCCUCCGGGCCCCCCUGGAGUUCCAGGCAUCGAUGGCAUCGACGGUGACCGAGGUCCUAAGGGCCCCCCGGGCCCCCCGGGUCCUGCAGGUGAACCGGGAAAGCCAGGAGCUCCAGGCAAGCCUGGCACACCUGGCGCUGAUGGAUUAACAGGACCUGAUGGAUCCCCUGGCUCCAUUGGGUCAAAGGGACAAAAAGGAGAACCUGGUGUGCCUGGAUCGCGUGGAUUUCCAGGCCGUGGUAUUCCUGGACCCCCUGGUCCUCCUGGGACAGCAGGACUCCCUGGAGAGCUUGGCCGUGUAGGACCUGUUGGUGACCCUGGGAGAAGAGGACCACCUGGCCCCCCUGGCCCCCCAGGACCCAGAGGAACAAUUGGCUUUCAUGAUGGAGAUCCAUUGUGUCCCAAUGCCUGUCCACCAGGUCGCUCAGGAUAUCCAGGCCUACCAGGCAUGAGGGGUCAUAAAGGGGCUAAAGGAGAAAUUGGUGAACCAGGAAGACAAGGACACAAGGGUGAAGAAGGUGACCAGGGAGAACUCGGAGAAGUUGGAGCUCAAGGACCUCCAGGAGCCCAGGGUUUGCGAGGCAUCACCGGCAUAGUUGGGGACAAAGGGGAAAAAGGUGCUCGGGGCUUAGAUGGUGAACCUGGGCCUCAGGGUCUUCCUGGUGCACCUGGUGAUCAAGGACAGCGAGGACCUCCAGGAGAAGCAGGUCCCAAAGGAGAUAGAGGGGCUGAAGGUGCUAGAGGAAUUCCUGGUCUCCCUGGGCCCAAAGGAGACACGGGUUUGCCAGGUGUGGAUGGCCGUGAUGGGAUCCCUGGAAUGCCUGGAACAAAGGGUGAACCAGGAAAACCUGGGCCUCCUGGUGAUGCAGGAUUGCAGGGGUUACCAGGUGUACCUGGAAUUCCUGGUGCAAAGGGUGUUGCUGGUGAAAAGGGUAGCACAGGUGCUCCAGGGAAGCCUGGUCAGAUGGGAAAUUCAGGCAAACCGGGCCAACAGGGGCCUCCAGGAGAGGUGGGACCCCGAGGACCCCAGGGGCUUCCUGGCAGUAGAGGAGAAUUAGGACCAGUGGGAUCCCCAGGCCUACCAGGUAAACUGGGUUCUCUGGGUAGCCCUGGCCUCCCUGGCUUGCCUGGGCCCCCUGGACUUCCUGGAAUGAAAGGUGACAGGGGUGUAGUCGGUGAACCGGGUCCAAAGGGUGAACAGGGUGCCUCUGGUGAAGAAGGUGAAGCAGGAGAAAGGGGGGAACUUGGAGAUAUAGGAUUACCUGGCCCAAAGGGAUCUGCAGGUAAUCCUGGGGAACCUGGCUUGAGAGGGCCUGAGGGAAGUCGGGGGCUUCCUGGAGUGGAAGGACCAAGAGGACCACCUGGACCCCGGGGUGUGCAGGGAGAACAGGGUGCCACCGGCCUGCCUGGUGUCCAGGGCCCUCCGGGUAGAGCACCGACAGAUCAGCACAUUAAGCAGGUUUGCAUGAGAGUCAUACAAGAACAUUUUGCUGAGAUGGCUGCCAGUCUUAAGCGUCCAGACUCAGGUGCCACUGGGCUUCCUGGAAGGCCUGGCCCUCCUGGUCCCCCCGGCCCUCCUGGAGAGAAUGGUUUCCCAGGCCAGAUGGGAAUUCGUGGCCUUCCGGGCAUUAAGGGGCCCCCUGGUGCUCUUGGUUUGAGGGGACCUAAAGGUGACUUGGGAGAAAAGGGGGAGCGUGGCCCUCCAGGAAGAGGUCCCAACGGUUUGCCUGGAGCUAUAGGUCUCCCAGGUGACCCAGGCCCUGCCAGCUAUGGCAGAAAUGGCCGAGACGGUGAGCGAGGCCCCCCAGGGGUGGCAGGAAUUCCUGGAGUGCCUGGACCCCCGGGACCUCCUGGGCUUCCCGGUUUCUGUGAGCCAGCCUCCUGCACCAUGCAGGCUGGUCAGCGAGCAUUUAACAAAGGGCCUGACCCUUGAAAGGCUUACUGCUGCAUGGCUGUCUGCAUGAACCACGCCUGGUGAAGGAGCCUGGGUGAGAAACACCAUCCAAAGCUGGGGCAAAGAUGAUUACCUUCAGCAUGAUUACAAUGUAUUACCUUCAGUAUGAUUACAGAAGUCCUACUUGACAAUCACAUAUAGAAGAACGGUGCUAUUCAGUAAGUUCUCUUUCCUUUCCCUUGGAGGGAAGACAGCAGAGUCAUCAGUUAAAAAAAAAAAAAGAAAACCAAACACCUCCCUUGAAUAAAUUUAUACUCCUGUUCCCAGGAUCUUGAGCUUUAGUGUGCUAUACCUAUGUGUCUUAUCGUGGGCCACUGUGCCAAUAAACAAAAACAACUGUUUGGUUUACCUCAGUUGCAGUAGUUAUUUUCAUUUAGAAGUUGUUCUCAGAUUAUUGUUUCAGUUAUAUAGAGGAUUACUAGACUAGUUAUGAAGAAACCCCACUACAUUCAAUGGAAUUGGUGCUUAAAAUCUCAUCGAUGUGCUGUCUCUGGAGUGAUAAGAAAGGGCUACAUCUCCCGAAAUGAUUUCUUUACGUCAUGUAUUGGUUUCCUUCUUCACCUUGAACUUUUGUUGAACUGUAUGUACUUUACCCCAAACCUGUUAAUAUUUUGAGCGCUUCUAUGUGAAAGCAAAGAAAUAAUUUUAAUACUCUGGCAUUCAUAAAUUUUAUUGAUGAGAUUAUUUAUUUUAAAGGUUUGAGGUAACAUCUCUGGUUGUACCAAAGAAGAAAUAAAUAUGGUUUCUUAAUCUCUUGCAUGUUUUCUUAUAAAUAAUCAUGUUCAAUGAAAAGAAGUUACUGAGCUUAUUUAGAUACAUUAAACAUUACUUAACUACUGGUUCUAUAGGUGUAUGUUUAUAAUAUUAGUGUUUUUUCUACAUAAAGUAAUUUAAAAAGCUGUUCCACAGAGGGUGUUACCCUGUGACAGAUGCGUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUUAGUGUGUAUGGAGAGAGCUUCAUGGACCUUUUCGAAAUGUUAAUUCCCUAGAAAGAUGUGCAGCUGCAUGCGCAUCUAUAUUUUUGUAUAGUAUUUCAGAGAUUUCGUGGACUUUUUUAAGUCUAGCCUUGCUUUAUUUCUAGGUUAAGAACCACUGCCUUCAUUCCAAUGGCUUGUUAGCUCCCUCCUACUCAGAACUUUAUUGUAAACAUGAUUUAUGUUUCACCAUUUCUUGUAAAUUUUAUAAAUGCAGCUCAGCUAAAGCACUGUAUUCUUAACAAGUAUUUCCUGACCACUUAAGCACUUUAUUAUUAUCUGUGUAAUCAUAUUGGCUUGCUGUUUCAUUAACAUCUACUUAACUAUCCAACAGACUUAAUAUAUUCAUUUUAUAUCACAGAGCCUGUGAGUAACCUGUGCUGGGGCAUAAAACAAUAGCUCAACAUAGUAUCUUUAGUUAGUUUAUGGAACUAAAUUCUGUCAAGUCAAAGGAGAGUGAGCCCUAAUAUAAUUUUUUAUAUAUAUUUUUCUCGUGUGUACUUUUAUACAUUUUAAAUUCUAGUCCUAGUUGUUUGGUUAAAUCAAUCAUUAUGUAAUCUGUAUUUGGAUUUCUUUAAAACUGCUUACAGCAUCUAGUUUUAUGCUUCUAGCAUGAAUUUUGCUUAAGAAGAUUCCAACUUUGCCAUAUAGAUCAGUGCUAUUUACAUAGACUGAAAGAAUGUUCUUUCCCUUUUUUCAAAUAUGACUUUUGAAAAUAAAGGUCUCUGUUAUAGCUCCCUAAAACAAUCCUUAAAAAAAUGGCAAACUUUUUCAGGAGCUGUGACACAUAAUUAAAUAAAGGCAUAGAAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1425.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1499.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 957.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((..(.(..((((((.(((((((((((((((.(((....))).)))))))).))).......((((((.((((..(((((...((....))))))).)))).))..)))).)))).))))))..).)))))(.(((((((((((((((((((......(((((((.(((((.....(((..((((((((((((..((.((((((...))).....))).))))))))))))))..)))))))).)))))))(((((((((((.(((.....(((((((..(((.((((..((......((((((...))))))))..)))))))..))))..))).....))).)))))))))))....((.((((((((.((..((..........(..(((((((((((.((...)).)))))))))))....)..........))..)).)))))))).)).))))))))...))))))))))).)..(((((.((..((.(((.((((.((((.........)))).)))).))).))..)).)))))((((..(((((((.(((..((..(((..(..((((....(((((....)))))..))))..)....(((((....((((((((....))))))))..))))).))).))..))))))))))))))...)))))))))..........((((.((((...((((((((..(((..(((((((((.(((((((.(((((.....(((((((((((((.(((((((((...((((.(((..((((.((((..((....))..))))))))..))).))))((((((..((((((((.((......((((((....((((((((((((((((.........))))))))).)))..(((((((.(..(((.((..((...))..)).)))..).))))))).((.(((((((............((((....(((((((..(((((((((((.(.((((((((((....))......((((((((..(.(((...(((((((.....((((((((.(((.((((.(.((..(((.(..(((((....)))))..).)))..)).).))))))).)))))))).(((((....)))))..(((((((.(((....((((((((.........))))))))...))).))))))).(((((((((..(((((..(((((((((((((((((......)))).((......))(((((((........(((((.(((..((((..(((...(((...(((((((...(((..(((((((((((.((((((((.((....(((((((((..((((...((((...((((.((((..((((.(((((((((((..((.....))..))))).......(((....)))))))))..))).)..))))..((((((.....)).)))).)))).))))....))))..)))))))))....)).))))))))..(((.(((.(((.((((....)))).))).)))...)))...))))))).)))).(((((..(((((((((((.((..((.((....)).)).(((((((.(((((..(.((.((..(.((...)).)..)).)))..))))).))))))).)))))))))..)))).)))))....((((.((((.((((((((((.((((...)))).)))).....))))))..))))))))))))))))))...)))..))))))).))).)))))(((((((((.((((..((((((((..((.(((.(((((((((((((.(.((((.((((((.......)))))).))))..).)))))))......)))))).((((((.(((((.....))))).)))...)))......))).))..)))))).))..)))).))))))))).))))))).)))))))))))))..........)))))..))).)))))).((((((....))))))..)))))))..))).)..)))).)))))))))))).).)))))))))))..)))))))....))))))))))).))(((...)))(((((((....(((((.(...((...(((((((((.(((((((.((((.........((((((..........))))))..)))))).))))))))))))))...)).).)))))..)))))))((((((........))))))..(((((((..((.....))..))))))).(((((.(((.(((....((((.(((....))).))))...))))))..))))).....(((.((((..((((....)))).)))))))((((((((....))))))))(((......)))..............................))))))))))..............(((((....))))).....(((........)))...((((((........))))))))))))))))............((((((...((....)).))))))..(((((..(((((((((((.(((.((((((.....((((...))))......)))))).)))...))))..)))))))......)))))((((....)))))))))).............((((((((.(.(((.........))).).))).)))))))))...(((((........)))))....))))).))))))))))))).(((....)))...(((...(((((.(((.........((((((((((((((.((((((.((((((.((..(((..............))).)).))))))..(((((((((...((((((((((...(((.((..(((((.....((.((((...)))).))(((((((.......))))))).)))))....)).)))....))))))))))....))))))))))))))).(((((((.(((.((.((((((((((((((((((((((...)))....)))))).)))))))......((((.((((...(((.....)))....)))).))))...(((((.((......)))))))(((.((((......)))).))))))))).)).))).).))))))((.(((((((....))))))).))...)))))))))))))).........(((((((((......)))))))))........))).)))))..)))........(((((((....))))))).))))))))).......((((...)))).)))..))))..)))))..))).))))))))(((((((((((((.((((.((.(((((((...)))))))))......(((((......((..(((((((....((....)).)))))))..)))))))...............(((((.(..(((.(((((....))))).)))..))))))..(((((((.(((.......((((((........................((((.((((((...)))))))))).(((((.((((..((......))..)))).)))))......))))))))).))))))))))))))))...)))...))))).)))).)))).((((((....))))))...........(((((((....)))))))......(((((..(((..(((((((((((................(((((((((((((..((((........((((.((((......((((((((...))))))))...)))))))))))).))))).......))))))))((((.((((....))))))))(((((....))))).((((((((((((.......)))))))..)))))....((((((((((((..((((....((..........))......))))..))))))))))))..))))))))))))))..)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((..(.(..((((((.(((((((((((((((.(((....))).)))))))).))).......{(((((.((((..{((((...((....))))))).)))).)),.}))}.)))).))))))..).)})))(.(((((((((((((((((({,.{{{,(((((((.(((((....}||,..((((((((((((,||(||(({{{...}})}.,,}})).}}}))))))))))),,}))))))).))))))}(((((((((((.(((.((({(...|}))}((({,(((,{((,{{{..((((((...))))))||.|)),))},,.))},..))),,...))).)))))))))))....{{.((((((((.((..((..,.......|..(((((((((((.((...)).)))))))))))....,........,.})..)).)))))))),)).}}))))))...))))))))))).)..{((((.((..((.{((.((((.((({......,..)))).)))).))).))..)).)))))((((..{(((({{{(((..(,..(((.,{..((((....(((((....)))))..)))).|}....(((((....((((((((....))))))))..))))),))).))..))))))))))))))...)))))))))...{.((((((((({.......((((((..(.((((((,{((((((.(((...(((((((...{,(((((((((((((.((((((((({,.((((.(((..((((.((((..((....))..))))))))..))).)))){{{{{,,,((((((({{((,,,,..(((((,...,(((((({,((((((.((((({(.,,(|{{{|{|{(((,{{{((((((.(..(((.((..((...))..)).)))..}.))))))},...{((((((............((((,{..(((((((..(((((((((((.(.(((((((({(,...}}...{,{(({(({{({{,.{,|,,.,|{||||,....((((((((.(((.((((.(.((..(((.(..(((((....)))))..).)))..)).).))))))).)))))))).(((((....)))))..(((((((.(((....((((((((.........))))))))...))).))))))).(((((((((..(((((..(((((((((((((((((....{{||||,((....,.}}{{(({((,,..,,..(((((.(((..((((..{((...(((...(((((((...(((..(((((((((((.((((((((.(({...(((((((((..((((...{((({(,{(((,((((.,({(({(((((((((((..((.....))..))))}},.....{({....))))))))}..))).)..)))),,{(((((.....)),,))).}))))))})....))))..)))))))))..,})}.)))))))}{({,..(({.(((.((((....)))).))).)))}},,,,...))))))).)))).(((((..(((((((((((.((..((.((....)).)).(((((((.(((((..{.((.((..{.,{...}}.}..)).))}.,))))).))))))).)))))))))..)))).)))))....((((.((((.((((((((((.((((...)))).)))).,,..})))))..))))))))))))))))))...)))..))))))).))).)))))(((((((((.((((..((((((((..((,(({.(((((((((((((.{.((((.((((((.......)))))).))))..},)))))))......)))))|{((({({,(({{{,,,.,,)))),}))...|)),,.,,,))).)}..)))))).))..)))).))))))))).)))))},.})))))))))))).,......,.)))))..)))))})))).((((((....))))))..,,||||,.,,|}.}..)),,)))),)))))))).).)))))))))))..))))))),,.})))))))))))))))))..,))))}||||{.|.|,((((.(((({.({{(((((((((.(((((((,((({.,.....,{(((,,,..}}}}}...}})))}..)))))}.))))))))))))},..,,,....})))).))))).)))|,|,},,..}}))))),,,,|||{|||,,..,,,,,||..}}}}}}}.(((((.{{{.(((..,.((((.(((....))).)))),..)))}))..))))}.....,{,{((((..((((....)))).)))))||((((((({,...))))))))||{,},.,})))}}}.,,...................,,...}}))))))))..............{((((....))))}.....(((........)))...((((((........))))))))))))))))............((((((...((....)).))))))..(({(({.(((((((((((.(((.((((((..,,.((((...)))).,,...)))))).)))...))))..))))))).,...,||||}{{((....))}})))))}.......,.....||{(((((.(.(((.........))).).))).))}))))))...(((((........)))))....))))).))))))))))))),..,}}}})))...}}}.,,,,...{((((.(((((((.{{({,,.,||,,,,(((({...,,}}},)),.||||{{{,,,,,{,,..,{,.,|,||,|,,,...,}},.}})))))})}}},,,,},..))))))).)))))..{((.((((...)))).))|(((({{..,,,,{}}}},,..........}})))))}}},....,,((((((((((((({,...,{((((.(((((.......,,((((((((((((({((...{{.((((((..((((({......})))))..))))))|{{{{{,.{((.....}}}....}}}}}}}.....(((((.((......)))))))(((.(((({,,,...,})))))))})}),}},)}))))))})))))))..((((.(((((.((((((...((({(((((((({.......,,,.(((((((((......)))))))))...,....,..))})))))).)))).))))))(((((....))))){(((((.,........,.))))))..,,,.,..(((...........)))..},.))))).))))..)))))))))))))))..))))))))),,}}.))))))))))))).}.....{((..(((((((.,..{{....)}.)))))))..)}}..,||.,,|,|||,...,.{{{((.(..(({.{({{{..,,))}}}.})}..})))}}.{{{{,,,..}}},....,,,.{({.{{{....(({{{.,{{.........|||.((((((...)))))),}},.(((((.({(({{,{......,}.})))}.)))))......,||{({{{{,...})))))}....}}}.}))))...))),))).)))))).((((((....)))))).....,))))))))),|...............,,.(((((..(((..(((((((((((............,,..(((((((((((((..((((........((((.((((...,{.((((((((...)))))))).,.)))))))))))).))))).......)))))))){(((.((({....)))))))|(((((....))))),((((((((((((.......))))))),.,))))....((((((((((((..((((....((..........))......)))}..))))))))))))..))))))))))))))..))))).,,.
Back