Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_130438.2
Sequence Length
5088 nt
GC Content
0.4127
UGUUAUAGUUUUGCCGCUGGACUCUUCCCUCCCUUCCCCCACCCCAUCAGGAUGAUAUGAGACUUGAAAGAAGACGAUGCAUACAGGAGGAGAGACUUCAGCAUGCAAACCUUCAUCUGUUCGGCUUGCACCGUCAUUUUCAUUCCAUGCUGCUGGCCUUCAGAUGGCUGGACAGAUGCCCCAUUCACAUCAGUACAGUGACCGUCGCCAGCCAAACAUAAGUGACCAACAGGUUUCUGCCUUAUCAUAUUCUGACCAGAUUCAGCAACCUCUAACUAACCAGGUGAUGCCUGAUAUUGUCAUGUUACAGAGGCGGAUGCCCCAAACCUUCCGUGACCCAGCAACUGCUCCCCUGAGAAAACUUUCUGUUGACUUGAUCAAAACAUACAAGCAUAUUAAUGAGGUUUACUAUGCAAAAAAGAAGCGAAGACACCAACAGGGCCAGGGAGACGAUUCUAGUCAUAAGAAGGAACGGAAGGUUUACAAUGAUGGUUAUGAUGAUGAUAACUAUGAUUAUAUUGUAAAAAACGGAGAAAAGUGGAUGGAUCGUUACGAAAUUGACUCCUUGAUAGGCAAAGGUUCCUUUGGACAGGUUGUAAAGGCAUAUGAUCGUGUGGAGCAAGAAUGGGUUGCCAUUAAAAUAAUAAAGAACAAGAAGGCUUUUCUGAAUCAAGCACAGAUAGAAGUGCGACUUCUUGAGCUCAUGAACAAACAUGACACUGAAAUGAAAUACUACAUAGUGCAUUUGAAACGCCACUUUAUGUUUCGAAACCAUCUCUGUUUAGUUUUUGAAAUGCUGUCCUACAACCUCUAUGACUUGCUGAGAAACACCAAUUUCCGAGGGGUCUCUUUGAACCUAACACGAAAGUUUGCGCAACAGAUGUGCACUGCACUGCUUUUCCUUGCGACUCCAGAACUUAGUAUCAUUCACUGUGAUCUAAAACCUGAAAAUAUCCUUCUUUGUAACCCCAAACGCAGUGCAAUCAAGAUAGUUGACUUUGGCAGUUCUUGUCAGUUGGGGCAGAGGAUAUACCAGUAUAUUCAGAGUCGCUUUUAUCGGUCUCCAGAGGUGCUACUGGGAAUGCCUUAUGACCUUGCCAUUGAUAUGUGGUCCCUCGGGUGUAUUUUGGUUGAAAUGCACACUGGAGAACCUCUGUUCAGUGGUGCCAAUGAGGUAGAUCAGAUGAAUAAAAUAGUGGAAGUUCUGGGUAUUCCACCUGCUCAUAUUCUUGACCAAGCACCAAAAGCAAGAAAGUUCUUUGAGAAGUUGCCAGAUGGCACUUGGAACUUAAAGAAGACCAAAGAUGGAAAACGGGAGUACAAACCACCAGGAACCCGUAAACUUCAUAACAUUCUUGGAGUGGAAACAGGAGGACCUGGUGGGCGACGUGCUGGGGAGUCAGGUCAUACGGUCGCUGACUACUUGAAGUUCAAAGACCUCAUUUUAAGGAUGCUUGAUUAUGACCCCAAAACUCGAAUUCAACCUUAUUAUGCUCUGCAGCACAGUUUCUUCAAGAAAACAGCUGAUGAAGGUACAAAUACAAGUAAUAGUGUAUCUACAAGCCCCGCCAUGGAGCAGUCUCAGUCUUCGGGCACCACCUCCAGUACAUCGUCAAGCUCAGGUGCGUCAGCAAUUUCCUGCUCCUCUUGGUUGGUCAGGCACUGAAGCUCCUACACAGGUCACUGUUGAAACUCAUCCUGUUCAAGAAACAACCUUUCAUGUAGCCCCUCAACAGAAUGCAUUGCAUCAUCACCAUGGUAACAGUUCCCAUCACCAUCACCACCACCACCACCAUCACCACCACCAUGGACAACAAGCCUUGGGUAACCGGACCAGGCCAAGGGUCUACAAUUCUCCAACGAAUAGCUCCUCUACCCAAGAUUCUAUGGAGGUUGGCCACAGUCACCACUCCAUGACAUCCCUGUCUUCCUCAACGACUUCUUCCUCGACAUCUUCCUCCUCUACUGGUAACCAAGGCAAUCAGGCCUACCAGAAUCGCCCAGUGGCUGCUAAUACCUUGGACUUUGGACAGAAUGGAGCUAUGGACGUUAAUUUGACCGUCUACUCCAAUCCCCGCCAAGAGACUGGCAUAGCUGGACAUCCAACAUACCAAUUUUCUGCUAAUACAGGUCCUGCACAUUACAUGACUGAAGGACAUCUGACAAUGAGGCAAGGGGCUGAUAGAGAAGAGUCCCCCAUGACAGGAGUUUGUGUGCAACAGAGUCCUGUAGCUAGCUCGUGACUACAUUGAAACUUGAGUUUGUUUCUUGUGUGUUUUUAUAGAAGUGGUGUUUUUUUUCCAAAAACAAAGUGCAAAGCUGCUUGAAUCAGGAGGAGAUUAACACACUGAACCGCUACAAGAGGGCAAAGCUGAUUUUUUUUUUAACUUGAAAAGAUUGCAAAGGGACAUUGAAGUGUUUAAAAGAGCCAUGUCCAAACCCAUCUUCAUGGAUAGCUCAGAGGUAUCCUCUUUUUGCUCCCCCAUUUUAACUUGCCACAUCCCAGUCACAGUGGGGUUUUUUUGUCUUUCUAUUCAGCAAAAGUUAAUAUUCAGAUGUUGGUCUUGGUCAUUUGCCAACUAAUUUUAAAGUAAAAGGCACUGCACAUAAUUUGCAUAAAGGGCCCCAUGAGGGUGUUUUUUUUUUUUCUUUUUGUCCCCCCCAUCCCCCUUUUUUUUUGUUUUGUUCUGUUUUGUUUUGGGUGGGAGGGUGGGAAAUUUGGGUUUUUAAGUCCUCUAAACACACUUGGGCACGGAAAUGCAGUACUGUAAGGAAGAGGGACCUCCAGCUUCCACAAACACCAUCUUCAGCUGUAUGAAAGGGACGGUUGUGGUGAAGUUUGUCAGGCACAGUAAGCAUGCUGAGUGGCGGGGAUCAGAACUCUCCUAUCUGAACCUACUGAGGAGCAAAGCAGCAAUUACAUGGGAUCCUGUGGCUCUCCCGUUGCAGAGGCCACAGGAAGAUAGGAUGGAACGUGACUGGUCUCCUAACCAAGGUGCACUGAGAAGCAAUCAACGGGUCGGUCGUGGCCAGUCCUGGGGAGGUCUGAGUGGUGGUCUUUGGGAUAACCUUUGGCCUUAUGGAUUUGGACUCGAAAUUAGAAGAGCCUACCAUUUCAGAUGCAAUCACUUUUGGACAUGCUUUUGCAGACAGUCCUUAAUGCUGAAAACACAGAGAAUGGGUAAUUCAAGAGGCCUUUCUUUUAAAAUAGACUUUUGUGACCCACUAAUUGUAAGGUAUUGCAAGGUCACUUUGCGUGUGUCAUAAAGUUGACUUCCUUAUUGGUUGAAGGUCACAGAAGUAGUGGUUUGCUUUGAUGGAAAUAGCUACAGCUGUGUCCCUUCCUGCUUUUUACUUUUUCUUUUGCUUUUUCUCGGCACGUGGUAUCUCCACCAUUUCUUCUGCACAAAGAUGUCUUCUGUUCAUCCUGAACAUUUUUAAAAAAUGCAGAAUUUUAUGUGACUGCUUUUUUGCCUCACAAUUAUGCUGUGAAUUUUACAAAAAUUUAUUUUCUUUUUUGAUAAUUUAUUGUACCAAAGCUGUUUUUAUAGCACAUAGAUGUCUGUAACCAAUAAUGUAGCAGUUCUGCACUUUGACACAAGGUGUAACUAGACCAUUUUUAAAUGUCAGUUGAAAAUUAUGGCUGUACUAUUGCUUAAACAAAACUGGAACUGUUGUUGAAUCCAUAGCCAAUACAUUUACAGCAAUCUGUGUACUGAACAUAGUAGAUUGACAUCUAAUUCAAGAUUACAACAUCUGUUACAUUCUAAGUGUGUUCAGGCUUCUGAAGGUAAAGGGACACUGGAUCCAGAAGCUAUGGAACCAGCAGUUGAUUCUUGUAUUCCUGAUUAACCUACUUGUAAACUUGAAAGCAAGACCUUGAUUGCACCAACAGGUCCAGAGUAUGAGUGCAAGCAAAGCAGAACUCUCAUGCGUGACCUGAGCAGACAGGCUGGUAUUUAACAGGUGCCUCGUGUUGAGAUUACGCUGCCUUAAUGUAACACAGUCUGGCAGUUGCUAAAUUUGUGUUCCCAUUUUAAAUUGACCAAUUUUGGGGUGUGACACUUUUGAGCGGUUGAAUUGGGAGAAUGAAGAUAAGUAAUUUACCUGUCCAGGAUCAAAAGAAGCCUAGAAAAGAAGCAGUAAUCUACCUCUGCCGAUAACCUGUUUAAGAUGACUCAGCAGAACACCGCGUUUCAUUCUAUUGGUCAAUUCCAUGUGGCUGACUAGGUCAAUUUUUUUUCUGAACAAAAGCAGGUUUUUAUAUGUAAACAGUGAGAAAAGAAAGGCUAAACACUAUGUAAAUGUGAAUGGAAACUUGGAAAUACUCGUUUUUAUAAACUACAAAAACUUUUUGUUGUUUAUCAGGAAAUCCAUAUUUAUUUUGUAAUUAACUGUCAAGCCUGUGGAUGAUUUUUUUGAACUUGGUAGUUCAUAAAGGUUUACAGUGAAUAAAAGGAUAUCAUCUUGAGUAUAGCAAUAUCAAAAGGAAUUCAGUAGUUACUGCUGUUUAGGAAUAUAAGGUUAAGAUAUCAUAUGGGUCAGGUCAUUUUUUUUUUCUGUGCUGGUUGCCACAUCUUAGCAAGCACCAAAAAACUAAAGCAGUUUUUAAACCGAUAUUUACGUAAAGAAAAUCAUAAAAUCCAAUGCUUCUGCAUACUGUGUUAUGUUACAGUCCAGUUUUGUGUGCUUUACUACACAGUUUGGUUACAGGACUUCUGUGCAUUGUAAACAUAAACAGCAUGGAAAAGGUUAAAUACCUGUGUUCAGAUUGUAAGAUCUAGUCCGGACUUGCUGUGUAUAUUGUAACGUUAAAUGAAAAAAGAACCCCCCUUUGUAUUAUAGUCAUGCGGUCUUAUGUAUGAUAAACAGUUGAAUAAUUUGUCCUCAGACUCUUUACUAUGCUUUUUUAAAAAUUAAUUUAAGAAAAAUGUAAACAUAGUAAAAAUCUUCCUAUGCAAUUAAACUGGUCCAGGUCUGGUAGGUAUAGUAUCAAAGUUGAGUUAAAUGUGUAAAAAGGAAACUAUUUGAGAUACAUUGACAUAGGCAUCAGCAAUCUCUGAAAGUAAAAAUUGGAGGUUUAACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1371.72 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1469.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 1309.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((.((((((.((((.(((((((((...((.....(((........)))....))...))))............))))).)))).))))))..))))).))...((((((.(((((.(((((((((..(((...((((((((((((((.....(((((((.(.((((......((((.........)))).)))))))))))).......((.....)).(((.((((((((.....((..((((.....((((((((((..........))))..)).))))....)))).))....)))))))).))).......(((((((.((((((....)))......((((....))))(..(((((((...((((......(((((.(((......))).))))).(((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((....((((....((.((((.((.((((((((((((((((((((.......)))))))).....)))))))))....((((((..(((((((((..((((......)))))))((((..((((((((((..((((((((((.((....((((..((((((((((((((...(((((....)))))..............(((((((((.(((((..(((.......)))))))).))..)))))))...(((((......)))))((((...(((........)))))))..(((((((((........)))))))))..((((.((((((...(((((((..(((((.((...((((((..((.(((.((.....)).)))..))..)))))).........((((((.........((((((.....)))))).(((((((((((...((((((...(((...((((.(((((.....)))))))))...))).............))))))....))).)))))))).((((.....))))...(((((.....)))))))))))((((((.(((..(((((((.......(((((((((((((((((.....((((((.((((...((((((((......((((((((...(.(((.(.(((((((((((((....))))))))).)))).).))).)...))))))))....))))))))..))))............((((((..........)))))).((.(((......))).))))))))..............((((((((((((.(((....)))))))....)))))))))))))...))))))).((....)).....((((((((..(((((..((((((.........))))))....)).)).)..)))))))))))))))))))).((((..(((((((.((((..(((((......)).)))..)))).....(((((....))))).))))))).....))))..............))).)))))))).)))))...)))))))))))))..)))).(((((((..............)))))))....(((((((((.(((((((.....(((....)))(((((((..(((..........))).))))).))..........)))))))...))).)))...)))......))))).)))).))))).))))......)).))))))))))....)))))))......)))..))))....((((...)))).....(((((((...........................................)))))))........((((((....((......))))))))))))))..))))))......................(((..((((((((.((((....)))).).)))))))..)))))).))))))))...))))......)))...)))))))......(((((.....((((......)))))))))......(((((...(((((.(..(((((....(((...((.(((((...(((((((((...))).))))))))))).)).))))))))..).)))))..)))))....((((...((((((..((((........((((.((.......)).))))((((((((...(((.(((.(((((((((((..........)))))).....((((((.(((((.....))))).))))))(((.((((((................)))))).)))(((((((((.(((......((((((...((((((((.......((((((...)).))))......))))))))...)).))))))).))).))))))(((((((((.(((((((((........)))))))))))....((((((....))))))....((((..((((((............))))))))))(((((...))))).)))))))............))))).)))((((.......)))))))....))))))))((((.(((....)))))))..)))).)))))).)))).....((((.(((........)))....)))).((((.......)))).....)))))..))..)))))))))....))))))))).((((.(((.(((((((............................))).))))))).)))).......)))))))))))..)...........)))))))))).((((....)))).(((((..((....))..)))))((((((..((((..(((((((.........))))))).))))..)))))).)))).)))).)))))).))))))))))((.(((((.........))))).))..(((((((.(((((((((...((((((((((((((((((.(((........)))))))))))..(((((((((((((((...((((......)))).((((..(((...((..((((((((((((((.(.(((((((...(((((((((((((((((((((...((.....))...))))..........((.(((..........))))).)))).)))))))....(((((((..(((((((....(((((..(.((((((((((....(((...((..(((((....((((((.....(((........)))))))))..)))))))...)))..)))))))..))).)..))))))))))))..)))).))))))))).)))))..(((((.(((((..(((((.((((.(......).)))).)))))..)))))..)))))(((((((((.((.(((((((((.....((((((((((.((((((((((((.....(((((((.............((((((...))))))...........))))))).....(((((..((......)).)))))....(((.(((((((.(.((((((..........))))))).))))))).))).....(((((....))))).......(((((((........(((((..((((((((((((((...)))))).(((((.(((.(((....))))))))))).........((((((((..((((.........(((((.((((((.((..((((((((.........(((((....)))))..(((((((((.((((.((((((((......)))..........)))))...))))..)))))))))..(((((..(((..((.....))..))))))))))))))))..))((((((((.((((((.(((..(.((.((......)).)))..))).))))))..))))))))..)))))).)))))))))..))))).)))...))))))))....))))).......))))))))).)))........))))))).))))))))))....((((((....(((...)))....))))))((((...(((((.((((((.(((((.(((..(((.....(((((...))))))))..)))))))).)))))).)))))....)))).....(((....)))..)))))))))...))..))))))))).......)).).)))))...))))))...)))..))...)))..))))))))))))))))))).....)))))))))))))).)).((((..((((((((((.(......(((.((....)).)))......).))))))))))))))...(((.........))).((((((((..(......)..)))))))).((((((.....((((((((((((..((((((.((((...(((((((........(((((.((((((..............((((((....))))))...)))))))))))))))))).))))....))))))....)))))...)))))))......))))))...(((((((...(((((((((..............(((...(((....(((((((((.(((((.((((........)))).)))))..(((((((.....)))))))..............((((((.....((((((((...((((....))))((((((......))))))...))))))))..))))))((((((((..((((...((((((((((((..(((........))))))))))..((((.....))))......(((((....)))))))))).)))).))))))))................))))))))))))))))))))))))...((((((((......)))))))))))))))........))))))))))....(((((((((.(((((((((......)))))))))........)))))))))....(((((.(((((((.((((....(((.(.(((((.......))))).).))))))).))).))))...)))))(((.((.(((((...((((........))))..))))).)).)))......)).))))).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{,,,.,{.(((((.((((((.((((.(((((,,{,...,,.....,,,}}.,,.,,||,..,{|,...,)))......,,,...))))).)))).))))))..))))),},.,{(((({,.(((({{((.{{{.{{,,,{{....}||{|||,||||..}}}}})|||||.,.(((({{((((((((((...((((.(((((...{.((((((........((((({...(((.((((((((....,{,..((((.,...((((((((((..........))))..))}})))..,,)))).),....)))))))).))),,,{(((((((((..((,(((....))).(((((.(......{(((((((..,{,.{{...........(((((.(((......))).)))))...........}}...,..)))))))}}))))).(((.......))).......)}.)))))))))|(((((({((((((((.......)))))))).},,.}}))))},{(((((((((((((.((((((...{,,(,{{,,.,||,.{(({...|||({{{{{.{,||||{({{((((((((..(((({.,{,,{{{{{{{{{(,..(((((....))))}...........,..(((((((((.((((({.,({.......))}})))).))..))))))).,}|((((......))))}{{{,....{{,{,.{{{{,{|||||..(((((((((........)))))))))..}},,,}))),}})}.}}},|.}}}}),,,.}}})}))},...|,,,,,..({(({{{{{{...,|||{,(((({(,{{{{|..,,,,,,......}},{{,(((,...{||||||.((({((((,{{,..{{((((.,.(((...((((.(((((.....)))))))))...)))......,,.,,..}||},,...,|}}.}}}}}))}.{(((.....))))..,{((((,...,))))}}|,}|||{||,||||||.{{{{.{{.{{{{,,||,,,.(((((((((({((((,{...,,.))))}..{(((((((.....,((((((((...(.(((.{,(((((((((((((....))))))))).)))).).))).)...))))))))}...)))))))))))).))))))....||.,|||}.},.}}}}|}}}})}..}))))}.......((((((((.(((({..(((((....((((((((((((,{(((....)))))))....))))))))}.....(((((((.....(((((({....((((((((..(((,,..((((((.........))))))....,,.)).)..)))))))){{{{.(((((({(({((..((({{{,.((((..(((((......))}}))..)))).,,,.,((((,.,,}||||.|}||},,.,.....,}}}...},.}}}}}..,})}}}}.||||}}.{(((((...))))),,.||||{((.(((((((..,,..........))))))).,..((((.,...,{(({....)}}.,....,))))..|||||}}|||}}.}}}}...}}}.}|||||}}}})),....,,||{,(((((((..{((((((|.......,|{{{{..{{{|,...}))}|{,..,,|,,(((({(((((.......,,||{.{{{,{,,..,,.,,,|||,((.{{||||.......(((((.............,},,,.......,,.,,........,....,|{{|||.......,.((((((((...(((,{{{{{{...)))))...((((......)))).}.}}}..)))))))).....(((((({.((((....)))).}.))))))((({....}))).........(((,,(((,,((...{{{,{(({((({..(((((,....{(((......)))))))))....,,(((((,,,(((((.{..(((((....{((...((.(((((...(((((((({...})),})))))))))).)).)}))))))..}.)))))..}}}||....................{{{......|||(((((.({{{,...}}}..}).)))))..,,,.....))))..})))).,},,.))))))))))..}}}}}((((((.(((((.....))))).)))))).,{,{,,|,|,{{{,{((,.(((((........))))).,)))}}}|....,,}.,}}}}||{{(((,,,..,}}},,..,||||},.)),,)))))}.})))))))).,,,}},..)))}})))...))))))))}}..((.(((((((((........)))))))))))....((((((....)))))}....((((..((((((............))))))))))(((((...))))).,.)))))))))))))}..)))))...{(((((.,...,.)))))}..,,,{({{{...,,,,.|||,,,,)}},}}}...}}}},)))))))))))))..{{{{.{||........))}....)))).||||}}}...}))),,}}}))))))).}),})))))))))}.....,,.}}}))),,,..))))))..|}))))))))))))},,,((((((((((((.((((((.((((((((.....(((((((...((((((......((({{|{{({......(((..((((((..(((((..((....))..)))))((((((..((((..(((((((.,.......))))))).))))..)))))).....)))))).)))))))})))),.)))))).)))))))))))))))...)))))).}}))))))))))).}},..,.}}}}.(((((((((.(((........)))))))))))).{((((((((((((((,..((((......)))).{(((..(((,,.,{,.{({(((((((((((.{.(((((((...((((((((((((((((((({(,,,{{,....)}...||||....,,.,,,{{.{{|,,,.,...,}))))),))))}}})))))....{{(((((..(((((((....(((((..(.((((((((((....{{(,,,{{..(((((....((((((..,,.{,,........}},))))))..)))))}}...)))..)))))),.,))).)..))))))))))))..))))},)))))))).))))),.(((((.(((((..(((((.((((.(......).)))).)))))..)))))..)))))(((((((({.{{.((((({{{({{{{,((((((((((.((((((({{(((.....(((((({...{{,.,...,,{(((({...})))))...........})))))}.....(((((..((......)).})))}....{{{,{(({{{{.{,((((((...,......}}}}})),)))))}),))).....(((((....))))),,,,,,.{((((((...,,...((({({.((((((((((((((...)))))).(((((.(({,(({....})))))))))).........((((((((..((((.........(((({.((((((.{(..(((((({,.........{((({....))))),.(((((((((.((((.(({{({{{......}|||.........))))},,.)))}..))))))))),{(((((..(((..((.....))..))))))))))))))))..)}((((((((.((((((.(((..(.((,,{......))}).)..))).))))))..))))))))..)))))).}))))))))..)))))},))...)))))))),,,,)))))....,}.))))))))).))),.......))))))).))))))))))....((((((....(((...)))....))))))((((...(((((.{(((((.((({,,{((.,({,....{(((((...))))))})..}))))))).)))))}.)))))..,.}))}.....|{|,,,.))),.}}}}))))),..)),,))))))))).......}}.}.))))}..,))))))...)}),.))}.,)))..)))))))))))))))))))))))).....,,,)))))).}..))))}.{(((((((((.(......(((.{{....},.)))......).)))))))))|{......,.},.}))).)))))))))).,{{,{({{....|..}}}},,,..((((((..,..((((((((((((..((((((.((((...(((((((........(((((.((((((.,,,,......,..((((((....)))))).,.)))))))))))))))))).))))....))))))....)))))},.,)))))}..,,..))))))...|,(((,(({{{{.,,,,{({...,,,||,,,,,(((,..(({,.,,(({((({{{,(((((.((((........}))).)))))..(((((((.....)))))))..............((((((.....((((((((...((((....))))((((((......))))))...))))))))..))))))((((((((..((((.,.((((((((((((..(((........)))))))))),.((((.....))))......(((((....)))))})))),)))).))))))))....,.........,.}}}}}}||,}}}.}})}}}}}}}}.,.((((((((......))))))))..}}}},.},...,.,}|||}},,)}},.(((((((((.(((((((((......)))))))))........)))))))))....}}}}}},}|},,,,.||{,,,}}}))}.|||||,}},,},}}|||....}},((({{{(((((..{{({....,,.)))...))))))))))...))))))})}|{{{{{|||,,,,.....,))}))))),)))),,
Back