Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_133457.5
Sequence Length
2972 nt
GC Content
0.6423
GCCCCCCACACAUUUCCAGCUCGCACCCGGGCUCCGACCGCUCGCCCCGCUCCUCUCGCUGUGCUCCCGGCCGGUGCCGCGGGUUCGGUCCGGGCGCCGGUGCGCUCCUGCCGGUCCUCGUGCCCGGGACUCCGGGUCCCCGCGGGCUGCUGCGCACGAUGAAGCUGGCCCUGCUCCUGCCCUGGGCGUGUUGCUGCCUCUGCGGGUCGGCGCUGGCCACCGGCUUCCUCUAUCCCUUCUCGGCCGCAGCUCUGCAGCAGCACGGCUACCCCGAGCCCGGCGCCGGCUCCCCUGGCAGCGGCUACGCGAGCCGCCGGCACUGGUGCCAUCACACAGUGACACGGACGGUGUCCUGCCAGGUGCAGAAUGGCUCGGAGACGGUGGUCCAGCGCGUGUACCAGAGCUGCCGGUGGCCGGGGCCCUGCGCCAACCUCGUAAGGACUCUGAUCAGACCCACCUACAGAGUGUCCUACCGCACGGUGACGGUGCUGGAGUGGAGAUGCUGCCCUGGCUUCACCGGGAGCAACUGUGAUGAGGAAUGCAUGAACUGCACCCGGCUCAGUGACAUGAGUGAGCGACUGACCACACUGGAGGCCAAGGUCCUCCUGCUAGAAGCAGCAGAACGGCCCUCCAGCCCGGACAACGACCUGCCAGCCCCCGAGAGCACUCCGCCGACCUGGAAUGAGGACUUCCUCCCCGACGCCAUCCCUCUUGCUCACCCUGUGCCACGACAGAGAAGGCCCACGGGCCCAGCCGGGCCCCCGGGGCAGACAGGACCACCAGGGCCUGCAGGCCCCCCCGGGUCUAAAGGUGACCGAGGCCAGACAGGAGAGAAGGGUCCAGCGGGGCCGCCUGGGCUCCUGGGGCCUCCAGGGCCCCGUGGGCUUCCUGGAGAGAUGGGGCGCCCCGGCCCCCCAGGACCACCCGGCCCAGCAGGCAACCCAGGCCCCUCACCAAACAGCCCCCAGGGCGCCCUCUACUCCCUGCAGCCGCCUACAGACAAAGACAAUGGAGACUCAAGGCUGGCCUCUGCCAUCGUGGACACAGUGCUGGCAGGUGUCCCAGGACCCCGGGGUCCCCCUGGUCCACCAGGUCCCCCUGGGCCUCGAGGUCCCCCAGGACCCCCAGGAACACCUGGAUCCCAGGGCCUGGCUGGAGAGCGAGGCACAGUGGGGCCGUCCGGUGAACCUGGCGUGAAGGGGGAAGAAGGAGAGAAAGCCGCCACUGCAGAGGGCGAGGGGGUGCAGCAGCUGAGAGAGGCCCUGAAGAUCCUGGCAGAGCGAGUCCUCAUCCUGGAGCACAUGAUUGGGAUCCACGAUCCCCUGGCCUCCCCAGAGGGAGGUUCUGGCCAGGAUGCUGCCCUGAGAGCCAACCUCAAGAUGAAGAGGGGUGGCGCCCAACCCGAUGGGGUCCUUGCUGCCCUGCUUGGGCCCGACCCUGGACAGAAGAGCGUGGACCAGGCCAGCAGCAGGAAGUGAGAGCCCACUGCUCCAGGACACCCUGUCCUGGCUAGAGACCCAGCCCCAGAGGCCUGAGCCGCCGCUGUUUCCUAAAGAUGCCCCCAGGGGAACUGGGCUCCAGGCAUGGAUGAUUGUGAGGACAUGGGGGGCUUUGGGGACAGAUAAUGUCUCCAGGGGCAGGGUCUGGAGGGGCCAACACCCUCAUCAGAGCCCUCCUCUGGCCUGUCCCCUCCCCUACCCCCACUCCCGGCUGGAGACGGGGUCUGGGUGGGCUGGGUGCUGGGAAUGAGAAUAAUCCUAAUACCCAUCAUUUAUUGAGUCCCUGCUGUAACUGGCCCUGUCCAGGGAACUUUCGUUACGUUGUCUCAUUAUUUAACCCUUAGGAGGUAAGCUUAUUAUCCCCACUUCACAAGGGGACCGAGGCUCAGACGGUAGAAAUAACCCUCUCUUGGCCACCAGAUCACGGGUGGCAGGGGCAGGAUUUGAACCCAGGACCCUCAGUUCCUGAAGCCAUGUUCUCUCGACCCUGCCAGCUUCCCCUCUUCGAGAGAAAACUCAGACAGGGAGGGCGCAGGGCCAGAACGGCUCCUUAAGGCAGGCAGGGCUGCGGGGAGGCUGGGCCAGCCAGCCUGAGGGGGUAGGCAGGGUCCUGCAGGGCCUGGGGCUUCCCUUCCUCAUCCCCCUUCCCCACUGGCUGGGGGAGCAGCCUGGACUGCAGCUCUCAGAGGCCAGGGAGACCCUGAAUAAAUCACUGCCAGCCAUACGGACUUGAGGACCUUGAGAGAGAAGCAUUGGGGGUGCAAGUGUCCACCAAACCAGAUAGGCAUCCCUGGCCACUGCCUCCCAGUCUUGCUGAGCCCACCCGCUCUCUCUGGGUCCAUCCCAUCCCUGAGCCAGGGGAGGCAGCAUUUCAUGGGCAUGUCUAUCAGAGGUGGGACUUGCAGCCUCUGCCCCACGAGUUUGUCUCUCAGUGGACUCUAUAGGUUUGCUACUUUUGCAUGACACAGCAAGCCCAGUGUCCCCUUUGCAAGCUGCAGAGAGGGAAACAGAGUCCCAGGCCUGCUGGGAAGAGAUGCUCCUGCCUCCCACCUUCCAGAGUUGGGGGCCUGGCAGGCUCCAUGGCAGGCACCAGGUCCCUAGCAGCCCAGAACAGCUCUGACUGGAGCCCUCAAGGCCUCUGGGGCCAGGGUCUCCGUGAUCAGCUCAGCCCUGGUGUUCCUCUCUUGCUGGGCUGGGACCUGGGACACAGCCACGGCAGCAAACUCAGAGAAUUGAAGGUGCUGGCGCCACCCUGGGGCACUCUGUCUUCACAGCAGGAGUGACUGUCUCCAGUGCUCUUGGUACUCCUGUUUGGCUGUGGCCUGGUCCCUCUGGGCCCUGGGAUCUUCUUCUGGCCCUUGAGGCAGGUCUGGAGAGGCAGUCUCUGUCUUCAUGGAGGGGUGGUCAGAGGCGGGCGGGACCACCAGCCUGUAGCGUUAUUAUUAUAUGUGACAAUAAAGGUGCUCUCCCCAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1402.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1446.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 955.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......................(((((((((((....(((((((((....(((((((((.((((((((((.(((((((.((((.....)))))))))))((((((......((((((.((.((((((....))))))...)).))))))..))))))..((((((((((((((((((.(((((.(.(((((.....(((.(((((((.(((((.((((.((((((.((......((.....))..(((((((((..(((((.(((((((((((((((..((((((((.((..((.(.((((((.....)))))).).))..)).)))......(((.(((((.....))))))))...))))).....)))))))....))))).)).).)).)))..))))))))).)).))))))))))..))))).))).)))))))((((((...((......)).))))))........))))).).).)).)).))))))).).....)))..))))))))))))))).)).)))).))))).((((.....))))....(((((.(......).)))))..((((((((...((((((....).)))))((((......))))......(((((((....(((((..(((.((((.((........)).(((((..((((((....((((....))))(((((.((((...............((((......))))((((((((((.((((((((..((((((((((((......((....)).(((((....)))))))))))).....((((.((...(((((((((((((....(((((((.(((((((....((((((...))))))....)))))))))))))).(((..(((((((((.((((((((..((((((....((((((((((((((.((((((((((((((........((((...))))(((((((.((((((....((.(((.((...........(((.(((.(...((((((((.(((((...))).)).)).))))))..).))))))(((((....))))).((.(((.((((.((((((.(((.((((((...(((.(((((.((((((((....)))))......))))))))..)))...)))))).))).))))))....)))).))).))..)).))).))....))).)))......((....)))))))))))))))..((.(.((((((..(((((((((.(((((((((((((.((.((.(((......))).)).))...((((((...))))))...(((((((....)))))))))).)))))))).))((((((((.((((.((((........))))..)))).....((((....))))((((((.(((((((((..(((...((((((((((..............(((((((((((((.......(((((.(((..((((((((...)))))))).)))..((((((((((...(((....)))((..((.........))..)).(((((.....)))))((((((.(..(((.....(((.((...(((((((....((((((((.........(((((((.(((((((((((((.......)))))..)))).))))))))))).))))))))))))))).)).)))))).).))))))..)))).)))))))))))(((((.(((((..........))))).))))).(((.....)))...)))))))...)))))))))))))))).((((((.....((((..........)))).....)))))).(((((....(((((.........)))))...))))).....(((..((((...(((((((((.(((((........))))))))))).)))))))..)))(((((........))))).((((..(((((...(.((((((..((((.((((.((.(((......))).)).)))).))))))))))).)))))))))......)))))))))))).))))))(((((((.....)))))))(((((((.(((((((((((((((((.((((((((((...((((((.((((((..((.....))..))))))..........((((((((..((((((.(((((...))))).......(((((..((((....)).)).(((..(.((((((((.((((.((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((...(((((((((...((.(((((((......))))....((((.....))))......))).)))))))))))....))).))).)))))))))...)))))))))))).......))))).))))))).)))))))).)..)))....((((((((...............)))))))))))))...))))))..)))))))).))))))....))))))))))))))).))))........))))))))))).)))).....(((((((((((((...(((........))).))))))))))))).(((..((...(((((....)))))..))..)))))).)))))))))))))).....))))))).))))))).))).....)))))))))))))).)))))).....))).((.(((((...(((......)))...))))).)).......))))).)))))))))..)))(((((((.((((....)))))))))))...))))))))))))))).)))))))))..)))))))))))).))))))..))))..))).))))))))))))).)))))))..)))))...))))))))))))))).))))))))).......))))))....(((((........)))))......))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{.{,..........{({(((....||||||..,.,(((((((,..,.(((((((((.((((((((((.(((((((.((((.....}))))))))))((((((....(,((((((.((.((((((....))))))...)).))))))}.))))))..(((((((((({(((((((.((((.{((({,,,.,.,}|||.(((((((.(((((.((((.((((((.{{......{,.....}|,,(((((((((..(((((.(((((((((((((((,,((((((((.{{,,(({(,((((({.....})))||,||||{{||{|}}..,,,.|||,|{{{|,,.,,)))))))),,,))})).,...)))))))....)))))}),.).)).)))..))))))))).)),))))))))))..))))).))).))))|||((((((...((......)).)))))},}}}},{{|,,,)}),}})).)).))))))).).....)))..)))))))))))))))},).)))).))))).{(((,,..,||},....|{{{|,|..,,}}}})))))}.((((((((...((((((....).))))|((((...,,,))}),.....(((((((....(((({..(({{((((.{{....,.|.}}.{((({..(((((({...((((....)))).,,,..{{,...,{{{,,{,,{{,,{{{{|,,,.,}|||{{{(((((({.(((((({{..||||||,,(((({...((((.((....|)|))))..,))))),}})))}}...,|||}|{|,,((((((({(((((,..,((((((({{((((((..,,((((((.,,||||||.,.|))))))}}))))}||(((,.{{{{{((((.{{{{{{||,,||||||,...(((((((((({(((.{{{((((((({{{(.....,,.((((,{{||||((({(((.((((((,{,{((,(((.,,...........{((.{{{.,..,((((((((,(((({...}|}.}},)}.)})))).,).))))}}(((((..(((|,,,}|||||},|.||,(({(({,(((,((((((...(((.(({{{.({{(((((..,,||}||.,,,,,}}||||}|,,}}}.,,)})))).)}},))))}}}}},})))..))})),}}}.}))}))..},,)),}}}...},}||}.}}),,),)))))))))),,{{.{.{(((((.,(((((((({..,(((((((((((((..,({({{.....||||..|,.|...((((((...)))))).,|{{{{{{{..,.))))})))))|}))))))){||{,{{((,{,({{,.((((........)))){{||||{{{,.{(((....))}|{{{((({(({(((((,(({,,,..|||{||,|||..,.|||,|,.|||(|{{{(({{((({,,{,{,,{{{{{||||||((((((({...})))))))..,||{{(((,(((((((((((({,(({,,{,|||(((((({...,..,,,{{{{|,,,,,)}})}{(((({,{,,{{|....,({(,(({{{(((((((,,..((((((((.........(((((((.(((((((((((((.......)))))..)))).))))))))))).)))))))),}}||||{||,}|||||,|.,,}}}}.,))))}||)))}))}|{(((((.(((((.{........))))).)))))}{{{.....}}),,|)||||||{..|||||||||||||||},{{,,,,,,,..|||{,,,.......,,,|{{{,.||||||.{{{{{....{{{{{.,,,,....))))),.}})))},,,,,|{{..{{{{...((((((((,{(((((........))))))))))).)))}))}..))){{{{{.,.,..}.))))).||||,,|||||,..|.((((((,.((((,((((,{(,(((......))).)).}))),)))}))))))},}}}}})))}}},..,))}}))}}|||||||}|||({(((((,,,..|||||||(((((((.((((((((((((((((((((((((((((,,,((((((.((((((..((.....))..)))))).......,..((((((((..((((((.(((((...))))).......({(({,.{{((....)).}}.|||..{.((((((((.((((.((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((...(((((((((.,.,,.|||((((......))))....((((.....}}}}.....})}},)))))))))))....))).))).))))))))).,.)))))))))))),......})))).))))))).)))))))).|{,|}|,...((((((((...,......},...)))))))),))})}},))))))..)))))))).))))))....})))))))))))))).))))........))))))))))).)))},,},.||{{((((((({{,.,|||,,..})).})).))))})))))})),|}}}.{,.,.|||||,.,,)))))}}}}.,))))))))))))}}))))))).....}}}))},,))}}))).)))}},,.}})))))))))))).)))))}.,,,.}}}.{|,||||{..,(((,....,))).,.))))),)),,,,,}}))))).))))}))}}..}})(((((((.((((....)))))))))))...))))))))))))))}}))))))})),.)))))))))}}}.)))))))))))}},,}),))))))))}))}}.)))}))).,)))))...))))))))))))))).)),))))||{{.,,,,.|||||{.,,(((((......,,))}))......))))...}}}}...
Back