Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_138625.4
Sequence Length
4944 nt
GC Content
0.4519
ACUUCGCUCCGCGCAGCCGCCUGGUCUGCAGUUUGUUGGAGCUCUGCGUCCAGCGCCGCUGCCGCUGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCACUACCACCACUUGAUUCUUGCAGCCACCCUGCGAACCCUGCCACACUGCGAUCGCAUCAUCGCGGUAUUCGGUUCGCUGCGUUCCCGCCGCCACCGCCUCGGCGCCCUUUCUUGGCCCUUGUUCCCCCAAAUGUCUGACUCUGACUCUCGGACUGAGAAACGCAAGAAAAAAAGACCAAAUGGCAAAGCAACCUUCUGAUGUAAGUUCUGAGUGUGACCGAGAAGGUAGACAAUUGCAGCCUGCGGAGAGGCCUCCCCAGCUCAGACCUGGGGCCCCUACCUCCCUACAGACAGAGCCACAAGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCACUGGUGCGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCAACUCCCAAGUUCAAGCGGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGCUUCCAUGAGGCAGGCUGAACCUGCAGAUAUGCGCCCAGAGAUAUGGAUCGCCCAAGAGUUGCGGCGUAUUGGAGACGAGUUUAACGCUUACUAUGCAAGGAGGGUAUUUUUGAAUAAUUACCAAGCAGCCGAAGACCACCCACGAAUGGUUAUCUUACGACUGUUACGUUACAUUGUCCGCCUGGUGUGGAGAAUGCAUUGACAGGUUCUUUGCGGAGCCGAGAUACCAUGCAGACAUUUUGCUUGUUCAAACCAACAAGACCCAGCACCGCGGUCUCCUGGUGCCAUUAUUAUGCAGCCAGCGGUUCUCUUGUGGAGGGGGCAGGUGACGUUUCAGAAGACACCGAGCUGGAUGGGACUACCUUUCUGUUCAUCACCACACAGCAGAAUUUCUAAUGGAAGUUUGUUGUGAAUGUAAAGGAGGGAGCAUUCUUUGCUUUUUAAUAUACAAACCAUGGUUUUUUGGAGCAGGAUUUUGUGUAAGAAUGGUGUUUACAUGCAGUGUGUUUUCCCCCUCACCUUCAAUAAGGUUUUUCAAAAAGGAAAUGGAAACUUUUUAACCAAUUUGUGAAUAACUUUUGUAUUAAAAUUUUAAGAACCUACGGCCUAUUCUCAGAGGAUUAUGUAACCCCUGCAGUGGAAACUGAGCCAGCUAACUUAAAAAGCUGCCUUAGUUUAUUUUUAGAGAUUACAGAAUUUUUAAACAGGGAGACGUGUGAUAUACUCCCUCCCUUCCCUACUAUUGCCUCUCUGACCUUUUUAAAUUAUUUUUAAUACCAAAAGAGUUCUUUUGAAAUGGAACUGAUUAAAAGGGCAGAGGGUCUGUUGCCAGCCUGCAUUGAUAUACCAGUCCCAUUUGUAAAUAUUUACGUACCUUUAUAAAUUCAGUUGCAUCUGUGGCAAAAUUUCAGACUAUUUUUGCGUCUUUCCUCAUCACUUUUUGUGAUGCAACUCCAGUCUGGACUCAGAUGCAUAGAUUUGGUCCAGUGUAUUUUCAUGAUAAAGUGAAAUUGAGUCAGAACAAGAGUUAAUAUCUGCCUGUAUCUUGCACAGUUCGAGCGAUCUGUUAUUAACUGGGAAGCAUUUGGUGUUGGUUUUCAUUCCAUUUCGACGAGCAUGUUAUUGGGAAGUAUUCUGAAGAGGCAAUAGCAGUAAUAACAACAGACUUAAGUGCUACGCCCCUUUGUGCUGCUGGCUUUUCUGGUUGCAGGCUUUCCCAUGGUCACAGGAUGCACUGUCAGCAUCAGGUCCCAGAGGGCCACCGUGUCCAUUACAGCAGAGUCCAGCUGCAGCAUCCAGCUCACGCCCUCAUGGGAAUUGGCACAGGCCUGGGGCAGGGCUUCUGAUGGCCAUUUGCUUGGCCUCCUGCAUUUUAGUCCAACUCACAGUCCACUAGCUUCACUCCUUUAAAUUCACUUUGAAACAGGCCUCAUCCCACUUCCACCAGCACCAUAGAAGAAUAAUUCUGGGCAGAAGUCUGUUUUUUUUCAUUUUUCCAGGACAGUUGGAUAUUGUCAGGCCACUUGUGACCCCAGCCAUGUAGUGAGGGUGCUCUUUCUCUGUGCCUGCUCCUUAUGAGUGCAGUGGAAGGAAGCCACACACUGGUCAGUCAUUUCAGAGGCAGCAGAUGCCCAGGGAGACCCAAGAAAGAGUCAGGUUAGGGAGCAGUGAAAGUGAGGAGGGAAGACAAUUCUGUGAACUCUGUAACUCUUAAAAUUUUUGAAAACUCCAUCGUUAAACAACUUUUAAAAGAAAUAACUAAAUUUUCAAAUGAGUAAGCAGUGCCACCAACUAGUGUUUUGCCCGAUAGAAGAGCCAGCAUGUUCACGUUAUUUAAAUUAGGUGGAAAAAUCUAAACAUUUUUAUCUUCAUAAUUUAAAAAAUAUAUAUGUAUAUAUUGCAUAUUCACUUUUUCCUUUAGGUAGAGAUGAUUUCAAUCCAAAUACUCUUACUUUAAAAAAUUUCCUUUCCCCAAGAAUCUCCUUGGGACUUUGACUUAUUUUUAAAGCUGUGUUGGAGCUCAUCUUGUUCCCUGAUGUGUCUCGAGCCCAUUGGUAGGGUCAUACAAAGCCCACGGUUACAAGCAGUGGUAGGAUUGCAGCCGUGGGCCUGCUGGACACACACAUACACCAAAGAUGUAUUUGGAUCUGGGCACCCCCUCCCAGGAUCCCUGUACUCACGUGCCAGUCUCCUGACUAGAGCACUUUACUCUGUUUCCUCAGCCCUGCAGCCCCUGGGAGCACACACUGGGUGCAGCCCUGGGCCAGGCACGGGAGGCCCUGCCCUGUGCUGCCCAGGGGCUGUGUGCACCACAUGAGCACAUUUCCCUCUGGCCUGGCGGCCUCCAGGCUGGCUGUGGAAACAGUUCCUGAGGAAAUUAGAGAUUCUAUGAAUUGUAGGAGUAUUAAAGACCAGGCUGUUGGCACCAGAACUUAAAGCGAUGACUGGAUGUCUCUGUACUGUAUGUAUCUGGUUAUCAAGAUGCCUCUGUGCAGAAAGUAUGCCUCCCGUGGGUAUACGUUUUUACCUUUUUUAAAAAACAUUUUUGUAGAAAAAAUAAUUAAAUCCCCUUUUUGGAAACUUACUGCAGGUUUUGUGCCUUGACAACCUCUCCCUAUGUGAGGUUUGUAAAAAGUGUCCUGUGACUUAACACAGAAACGCAAUAAACACACACAAAAUAGUUUCAUGAGUGAUUCUUCAGAUGCCCUUCCCAACUGGUUAGUUGAUCAAGAAUUUUGGGGGUGGGGGUUGCGGAGAAAUCAAGUUUAAAAUUCCUUCUGAUUAAAAAAAUAUAGUGGAAUACAAUUGUCUGCCGUUUCCCCUUCUUAAUGUAUAUAUUGUGAGUAUUUAUUAGAUUCGUAGGUCAUAUUACUUAUCAACUGAGCCAAAUGUCUGUGUGCAAUUGUGUUUCCUUUACCUUGUAAAAUUUUGUACAGCAUAAAUAAGUAAAAAAAUCACUGUUUUUCUCAACUUUUUCAAAAUCAAGGAUUGUAAAUAUUGUAGAUUCUUUUUCUGUGUGAUGUGUCCUACUGUUUCAUAAUGCUGUAACUUGUAGAAAUAUUGUAUAUUUAUUUUCUGCUUAUUUAAUGUCUUAAUUUCUGAAAAGUAUUAACAUCCCUGUCUCCCACUCCCCUGCCGUCCCAUGAAGUUAACUCCUGAGAGUUGUCGGGGGUGACUGGAGAGCUCAUUGCAGACCACGUGGUCCUCCAGGGUGGCUCUCCACCUUCGGGUCCUGGUAUUUCCAGUCAAGUGGGUUUCAAUUCUUGGGCUUUGCCGCCCUUAUGAUGAAGUGUGUGUUUGAUGCCAGUGAGAAACUCAGUCUGGCAGGCUACAAAAUUCUACUCCAAGAAAUACCCAGCAACCUUCUGUUUGUUCCAAAGCAACUAGCUUAUCAUGCAAGCAAAUUUUGCUGACUCCAGGCUUUAUCUUUAGGAAAACAAAAAAACCAAAGUAUUAUCAGCAGGUGGGAAAGAUUUUUCUAUUGAAAAUUUAUCCCUGACAACUCAGCGUUUAGAAAAGAAAUAAAAUGUGCCACUUCCAGAGGUGCUGCAUUGCAGUUGUUCAGGGCUAGGGCCAGGCAGGACAAGUGAAUGGGUGGGACAGGUGGCUCCUGCCUAAGGACCACCUCAGGCCACUAACCCCUUGUGGACAACUGUGAGUAGCUGGGUUUUCCCCCACCUGCUGUGCAACUUCCUGUGCUUUGAGGUUGGACUAACUUGUCUUCAGGAGCUAAUUAACUGUACAGCCCUCCCCACGCCCCACCCAUACGGUCACUGCAUUUGGUCAGCCUGCUUCUUCAGGUCGAUGCCCUCCUUCUGAUACUCCAUCUCCUUCAGGGGAGGUUGGGGCCCCACUGGACUGGGUGUCAAGAUGUGAAAGCUUAUGGGAGCUUUAAGGAGACUUCAUGGUGGUUCCAUGCAGGUGGUUCUGCCAUCCCUGCUGAUUUAGCCUGGUGCCUGUGUGUGUCCACUCACGUACACGUGGGGUGGGGGAAACGUGUCUACAGAUGACGCUAAAUCAGUUGGGGUCUACUCUAAACAGCAUUGUGUGUAAGAAGCAUCCUCAAGCUCCCAGUUAAGUAACUUGACUACUUUUAUUUGGGAAUUUCAGACUAUAGAAGCUCUCUUAUGUUUUAUGUCCAGAUUCUGUGACCACUAGUUACUGUAUCAGAACUCAUCAGGUACCCACUUAUAAAUAGCACUGAUCUGGCUGUAUACUGAUCCAUCACUAACCUGUUUUCUAGGACCCAGCGUAUGUAGCAUUUGUAUUGCAGUUUCCCUGGCUUACUUGUGUUUUGCACUGAUGAAUUUUGACAGGGUAAUUGCCACUUUACUUGUGCAAUACUGCUGUAAAUAACUGCAGAUUUUUAAACAAUCUUUUAUGUUAAUUUUAUAAAAAUAAAACUUUCAACUAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1519.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1614.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1185.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((...))).))......((((((((((((((((((((...)).)))))))..((.((.((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).))...................(((((((......(((((((.......((((((((......))))))))....))))))).(((....))).(((........)))(((.......)))................((((((.........))))))...(((((((((.......((((....((((..((............((((((....(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((...((((((.......))))))..)))..)))).....(((((((............)))))))...)))))))..((((....))))((.(((((.((.((((((((((((.(((((((((((..(((((((.(((((((((...........(((((......)))))....)))))))))..))))).))....((((((((((.....(((.....)))....))).)))))))((.(...((((.....))))....).)).((((((((((..((((.((((((..(((((.((((((..(((.......)))..)))).)).)))))..((((((((.(((((.....))))).))))...)))).((((((....)))))).......((((.((((((((((((((((......))))))..((((((.((((((...(((((((((.......((((((...((((.(((((.((((((((..(((((.((((....))))...((((.(((.((.....)).))).)))).))))).(((((((((.((((....)))).)))))))))..((((.(..((((((((.....))))))))..).))))(((.((((..((((.(((...(((((....(((((((((.(((((((.(.(((.(((((((((((((((.((((....((((....((((((..........))))))))))..((((.(((((....(((((.................)))))..))))).))))(((.(((((.(((((((......((((((((.(((((.........))))).))))))))...((((((((((....)))))))))))))))......)).))))).)))((((((..((((((.....(((((((.(((((((((.(((.(((((....((((((....))))))...))))).)))))))))))))))))))(((((((((...(((...((((..((((((...(((((((((............))))))))).(((.(((.((....((((((...........)))))).........((((((.....)))))).....(((((((((((.(((((......))))))))))).....((((((......))))))..((..(((....(((.......)))..)))..))....((((.((....)).)))).....))))))).))).)))((((.(((((((.((((((((((..(((((.((....((((((((((((((((.(((..(((((.(................).))))).))).))))..((((((((((.....(((((((((.......((((.(((..(((((.......))))).(((((....)))))...))).)))).....((((((((.(((.(((...((.(((....(((....)))....)))...)).))).))).)))).))))..(((((......))))).((((((.....((((((((...(((......)))....((((..(((........(((((((((.((..((((((((.............))))........))))..)).)))))))))........)))..)))).))))))))..)).))))...)))))))))..))))).))))).))))))))...))))...)).)))))....)))....))))))))))))))))))))))))..))))...))).)))))))))......(((...))).......))).)))..))))))...)))).)))))).)))))))))))))))))))).))))...))))))))))))).))))..)))).))).....((((......(((((......))))).....))))(((((.((........)).)))))((((((......((((......))))............((((((......)))))).(((((((((((.........(((((....(((((((.....)))))))....))))).....)))))))))))......((((((((((((((.(((((((((...((.....((((((......)))))).....))....))))))))).(((((((((((.......))))).((.((((.(((..(((....))).))).))))))..((((((((((....(((((......)))))))))))))))......))))))...........)))).)))))))))).))))))))))))))))))).....((((((..(((((((((....)))).).))))....((((((((((((((..((((((((((((((((((((....((((...)))).((((..(((.(....))))..)))))))))).)))))))))))(((((.........)))))((((((.(((((((((......)))))))))..).))))))))...))))))))).)))))...((((.....))))))))))....)))).))))))))))))))).)))....))).)).)))).....(((((((.....((((((........))))))....)))))))..((((((((.....))))))))((((((..........))))))((((((.....))))))..........((.....))...........((((.....))))..((((((((.........)))).)))).....((((.(((((......)))))..))))............)))))).)))))))).)))))).)))))))))))))).(((((....))))).....))).)))))))))))))))))))).))..))))).))...(((((..((((((.....))).))).))))).)))))))))))).))))......((((((.((((.......)))).)))))).......)))))))))))))))...))..))))...))))........)))))))))...(((((((((((((((((((.(((((((.((((............(((((((((..(((((((..((((..(((((..((((((..(((((.........((((((((((...((((.(((.((......)).)))..))))..)))))))))).......))))).))))))..))))).))))..)))))))...........((...((((((((((((..............((((((....)))))).))))))((((((((((((.....))..((((...((.(((..(((((((....))))))).))).)))))).))))))))))))))))...))......((((......))))....((((((((.(((((....((((((((((...))))..))))))....)))...((((......)))).....((((((..((.(((((((....((((.....)))).....)))))))))..))))))....)).))))))))...))))))))).....(((...((.......)).)))((((.((((((((.....)))))))).))))(((....)))((((((............)))))).......((((.((.((((((.(((((.((((((..(((.((((((((((((...((((((((((((((..((((((.((((.....))))))))))((((((((.........)))).)..)))..(((((.((((......)))).)))))(((.......((((((.....((((((.((..((((....))))))))))))....)))))).......)))..)))))))))..((((((.(.((((((.((....((((..(((.(((((((((((((...((...(((((((((((....)))))).)))))...))..)))..)))))))..))).)))))))....((((((((..((((..(((((((((((..((((....))))..)))))))(((.((((((((((((((..((.(((...(.((((((((((....))).))))))).)..))).))...))).....))))))))))).)))...........(((......)))....))))..)))).))))))))(((((((...))))))).....(((..((((.((((........)))).))))..))).....)).)))))).).)))))).........((.(((((....((((((((.....((.......)).....)))))).))....))))).)))))))..)))))))....)).))))))...)).)))).))))).))))))..)))))))))).))))))).)))).....))))))).))))))))(((((.((.......)))))))...)))))))..)))))))))))...........(((((((.......)))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((..,(,(((({.{{((((,{{(((({{,,,,,||||.,}))}.)))),)}.||}||}|{.||.((.((.((.((.{{.||.,,.)).)).)).)).)).)).............,|....{((((({....,,{{(((((..,....((((((((......))))))))....)))))}}.(((....))),||{..,,....}))|,{.......))}..,,{......}},..((((((.........)))))).,.(((((((((.......((((....((((..((........,{.,((((((....(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(({((((...((((((.......))))))..}}}.,)))).....(((((((............})))))).,,))))))),.||((|...})))||.{(((|,{{.(((((((((((,,(((((((((((..(((((((.(((((((((...........(((((......)))))....)))))))))..))))).))....{(((((((((.....{((.....))}....))).))))))|{{.{..,{,,,.....||},.....})..((((((((({.,((((.((((((,,(((((.((((((..(((.......)))..)))).)).)))))..((((((((.(((((.....))))).))))...)))).((((((....)))))),,,,.,,({((,((({{{{{{{((((((......))))))..((((((.((({{{...(((((((((.......((((((...((({.(((((.((((((((.{(((((.{.....((((((((...((((.((({{({.{((.{(((,,,,.......(((((((((,((((,...))))})))))))))..,{{{,{,,(({{({{{.,,,,)))))}}}..{{((((({({.{{,(({...,)),)}))..}})))))}}))}.))))|}|.))).))))))))))))..||}))))|,,,..,(((((,((((,{{{{,...,{{,..,,}}}},.}}..,}}.}}}}.}}}}}},,}.,,{{{{{{{{{{{{.,|,..,,.(((({..(((.((.,.......,)}))).}))))((((((((.(((((.........))))).))))))))...,,(((((,(({{{{{|||,||,...{(((((..,,,....,,,))))))|(({(((,(((({(((,((((((({((({(((,{((((.{(({|,,..((((({.,,,|}}}}}...})))).)}}))}}}}|||||,.,,{(((((((((...(((.,.((((..((((((,,,({{((((({..,.,,.,,,..}}}}}}}}}.{{{{(((,,({{,{{{{{,{...{{{{,,,.|}||||,{{,.....{{((((.....||))))||,....|||((((((.(((((......))))))))))),,,,.,{{(({.,....))))}}.}|||,,{||.|,{||,|.....}}}}.}}},.)}},}}||||.{{..,,)).)))}.....}})))),........((({{(((((((.(((((((,{{..(((((.({,,,.(((((({,,{{{((((.(((..(((((.(..............,.}.))))).))).)))).,(({(((((((,,.{{({{{{||{(,..,,,.{(((.{((.{(((((.......))))).({(((,,,,)))))...}}}.}},,..|||{||}}.||,})|)}|{|,,,,.}|||,,|{,{|{{{|||,...|{(({{(({{{({|((({((|,.,,,..(((((......)))))}}|}||,.....((((((((...,((,,....},,....{{{{..{{{........(((((((((.((..((((((((.............))))........))))..)).)))))))))........,,,..}))),))))))))..,}})))))).,,))))}))..}}))}.),,))}}))))))}.,,)))),}))),})))),,..}))}.},})))))))))))))))))))))))..)))).,.))).)))))))))))))).(((...)))......,,},})))))))))))}}))},.}))),))})))},}},)))))))))).)}))),...))))))))))}}|||,{{,......|||.....,{{{......{{{{,.......,)))}....}}}},{{{{,{{.,,,....},,)))}}{(((({......((((......))))..,,,.{{{,,,((({({,,,,,,|}}},,.{{{||||{|||...,}},,,|||{|.,..(((((((.....))))))),,,.|||},,,...}))}))))})),.....((((((((((((((.(((((((((...{{.....((((((......)))))).....)}....))))))))).,((({.(((((.......))))).,{.(((((((,,,((({.......)))},...,...((((((((((....(((((......)))))))))))))))..,,.})))))))},,.......)))).)))))))))).}))))}))))))))))))).....((((((..(((((((((....)))).).))))....((((((((((((((..((((((((((((((((((((....((((...)))).((((..(({.{....)))).,)))))))))).))))))))))){((((.........))))}{(((((.(((((((((......)))))))))..).))))})))...))))))))),}))))...((((.....))))))))))....)))).))))))))))))))).}}}....))).)).))))..,,.(((((((.{...((((((........))))))..,.)))))))..((((((((.....)))))))){({{({....,,,,,,}|||}},,{|||.,,,}))),,,.........,{,.....)),......,,}}||||,{{{{|,,,,.((((((((.......,.)))))}})).....((((.(((((......)))))..))))..........,,)))))}.))))),)).)))))).)))))))))))))).(((((....))))).....)))))))))))))))))))))))).}}..})))).,....(((((..(({(((.....})).})).))))).)))))))))))).))))....{{{{((((.((((.......)))).))))))}......))))))))))))))}}}.)}..))))...))))........))))))))),.,((((((((((((((({{({.{(((,{{{((((({,.........(((((((((..(({(((({{{(({..(((({..((((((..(((((.........(((({(((((.,.((((.(((.((......}).}))..)))),.)))))})))).......))))).))))))..})))}.}})).})))))))...........{(...((((((((((((.,,,{.{,.{,.,.,,{{|{.||.)},,,},)))))){(((((((((((.....}}.,((({...||,|{{,,{((((((....))))))).))).}}}))}.}))))))))}))))))...}}......((((......))))....((((((((.(((((....((((((((((...))))..))))))....)))...((((......)))).....((((((..,,.(((((((....((((.....)))).....))))))),}..))))))....)).))))))))...))))))))}.....,{{...||.......}},)}}((((.(((((((((....)))))))).)))){{{,...}}}{{{{{{,.........,.,}}}}}.......((((.((.((((((.(((((.((((((,.(((.((((((((((((...((((((((((((((..((((((.((((.....)))))))))).,{,((((.........)))).}...,|,.(((((.((((......)))).)))))(({((,,,,,.,,.{{.,,|||||||{||.....,|}},.}|||}|||........}}}}))},,,...,,,,.)))))))))..((((((.{.((((((.((....(((..,(((.(((((((((((((...,{...(((((((((((....)))))),}))))...},..)))..)))))))..))).)))))))...,((((((((..((((..(((({((((((..((((....))))..))))))|(((.((((((((((({({,.{{,(((,,.{.((((((((((....))))))))))).}..))).},..,))).....))))))))))).))),..........{{{......}}}}}..))))..)))).))))))))|((((((...))))))}.....,{(..((((.{(((........)))).))))..}}}.....)).)))))).).))))))...,{{{.{((,,{|||}}},.(((((((,....,........{|{.|.,},.,))}))}}},)))}}...)))))..)))))},.,,.)).)))))).,.)).)))).))))).))))))..)))))),)))}))))}},.))),.....))))))),}))))))){((({{((.......))))))}.,,||}||},...)),)))),,.....,,,{...,,,,,||},..,,,|||,,,.}}}},,.........}},
Back