Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_139346.3
Sequence Length
2199 nt
GC Content
0.6085
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGUCCGGCGCACGCUCCGCCUCCGUCAGUUGGCUCCGCUGUCGGGUGCGCGGCGUGGAGCGGCAGCCGGUCUGGACGCGCGGCCGGGGCUGGGGGCUGGGAGCGCGGCGCGCAAGAUCUCCCCGCGCGAGAGCGGCCCCUGCCACCGGGCGAGGCCUGCGCCGCGAUGGCAGAGAUGGGCAGUAAAGGGGUGACGGCGGGAAAGAUCGCCAGCAACGUGCAGAAGAAGCUCACCCGCGCGCAGGAGAAGGUUCUCCAGAAGCUGGGGAAGGCAGAUGAGACCAAGGAUGAGCAGUUUGAGCAGUGCGUCCAGAAUUUCAACAAGCAGCUGACGGAGGGCACCCGGCUGCAGAAGGAUCUCCGGACCUACCUGGCCUCCGUCAAAGCCAUGCACGAGGCUUCCAAGAAGCUGAAUGAGUGUCUGCAGGAGGUGUAUGAGCCCGAUUGGCCCGGCAGGGAUGAGGCAAACAAGAUCGCAGAGAACAACGACCUGCUGUGGAUGGAUUACCACCAGAAGCUGGUGGACCAGGCGCUGCUGACCAUGGACACGUACCUGGGCCAGUUCCCCGACAUCAAGUCACGCAUUGCCAAGCGGGGGCGCAAGCUGGUGGACUACGACAGUGCCCGGCACCACUACGAGUCCCUUCAAACUGCCAAAAAGAAGGAUGAAGCCAAAAUUGCCAAGGCCGAGGAGGAGCUCAUCAAAGCCCAGAAGGUGUUUGAGGAGAUGAAUGUGGAUCUGCAGGAGGAGCUGCCGUCCCUGUGGAACAGCCGCGUAGGUUUCUACGUCAACACGUUCCAGAGCAUCGCGGGCCUGGAGGAAAACUUCCACAAGGAGAUGAGCAAGCUCAACCAGAACCUCAAUGAUGUGCUGGUCGGCCUGGAGAAGCAACACGGGAGCAACACCUUCACGGUCAAGGCCCAGCCCAGAAAGAAAAGUAAACUGUUUUCGCGGCUGCGCAGAAAGAAGAACAGUGACAACGCGCCUGCAAAAGGGAACAAGAGCCCUUCGCCUCCAGAUGGCUCCCCUGCCGCCACCCCCGAGAUCAGAGUCAACCACGAGCCAGAGCCGGCCGGCGGGGCCACGCCCGGGGCCACCCUCCCCAAGUCCCCAUCUCAGCUCCGGAAAGGCCCACCAGUCCCUCCGCCUCCCAAACACACCCCGUCCAAGGAAGUCAAGCAGGAGCAGAUCCUCAGCCUGUUUGAGGACACGUUUGUCCCUGAGAUCAGCGUGACCACCCCCUCCCAGCCAGCAGAGGCCUCGGAGGUGGCGGGUGGGACCCAACCUGCGGCUGGAGCCCAGGAGCCAGGGGAGACGGCGGCAAGUGAAGCAGCCUCCAGCUCUCUUCCUGCUGUCGUGGUGGAGACCUUCCCAGCAACUGUGAAUGGCACCGUGGAGGGCGGCAGUGGGGCCGGGCGCUUGGACCUGCCCCCAGGUUUCAUGUUCAAGGUACAGGCCCAGCACGACUACACGGCCACUGACACAGACGAGCUGCAGCUCAAGGCUGGUGAUGUGGUGCUGGUGAUCCCCUUCCAGAACCCUGAAGAGCAGGAUGAAGGCUGGCUCAUGGGCGUGAAGGAGAGCGACUGGAACCAGCACAAGGAGCUGGAGAAGUGCCGUGGCGUCUUCCCCGAGAACUUCACUGAGAGGGUCCCAUGACGGCGGGGCCCAGGCAGCCUCCGGGCGUGUGAAGAACACCUCCUCCCGAAAAAUGUGUGGUUCUUUUUUUUGUUUUGUUUUCGUUUUUCAUCUUUUGAAGAGCAAAGGGAAAUCAAGAGGAGACCCCCAGGCAGAGGGGCGUUCUCCCAAAGAUUAGGUCGUUUUCCAAAGAGCCGCGUCCCGGCAAGUCCGGCGGAAUUCACCAGUGUUCCUGAAGCUGCUGUGUCCUCUAGUUGAGUUUCUGGCGCCCCUGCCUGUGCCCGCAUGUGUGCCUGGCCGCAGGGCGGGGCUGGGGGCUGCCGAGCCACCAUGCUUGCCUGAAGCUUCGGCCGCGCCACCCGGGCAAGGGUCCUCUUUUCCUGGCAGCUGCUGUGGGUGGGGCCCAGACACCAGCCUAGCCUGGCUCUGCCCCGCAGACGGUCUGUGUGCUGUUUGAAAAUAAAUCUUAGUGUUCAAAACAAAAUGAAACAAAAAAAAAAUGAUAAAAACUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-894.14 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -928.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 752.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....(((((.(((.((((.((((((((((.(((.((((.(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).))))))))(((.((((((((...((((((.(.(......).).)))))).....)))))))))))..)))))..)))).)))..)))))))))))).((((.(((....((((((.(((((......))))).(((...))).........))))))(((((((((......((((((((...))))))))(((((((((((....(((((.((.((....)).)).)))))....))))).((..(((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).)))))))).(((((........)))))......)))))..)).(((((((..((((((((.((..(((((((.((((((((((................................))))))).)).).)))..(((((((...))))))).(((((.((((((......)).)).)).)))))((((((((((((((.....))).(((........)))))))....)))))))(((((.((...((((...)))).....)))))))(((((..((..........))..))))).........(((.((((((.....(((.(((((((((((....)).))))((((((((........))))...((..((((((((((((((((((((...((((((((....))))))........(((((.((.......))))))))).....)))))).))).)))).)).)))))..))....))))..))))).)))..)))))))))..........))))..))))))))))........(((((.(((((.(..(((((........)))))((((((((.(((..((((((.......(((.((((((((..(((((........))))).))........((((((.((((((((........(((....)))..(((((.((((..((.((((..((((......)))).))))...((((((...(((...((.(((((.(((...((((((((.(((((((((((((...........((......))...(((((((((...((...))...)))))))))((.((((((.(((.....))).)))))).))..................)))))...))))).))).)))))).))....))).))))))).....)))....))))))(((((((((.(.((((.(((.....)))..))))))))))))))(.(((........))).)....))...))))..)))))..)))))))).)))))))))))))))...((((..((((((..(((((....((((((((((((((((.(((((.(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).)))))))(((.(((((((......((((.....))))..)))))..)).))).((((((..(((((..(((((((((((((((......((((((....(((((.((((((((....((((((..(.((((..(((((((........)))))))..((((((....))).)))..(((((.((.((((........(((.(((.(((((((((.(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))).)))))))))...))).))))))))).)))))........)))))..))))))....)))..))))).)))))..))))))(((((........)))))......))))).))..))))))))..))))).))))))..))))))))).)))))...))))))..))))((((.(((((((((((....)))).))..((((.....))))..))))).))))((((......))))..)))))).)))))))))))).))))).))))))))))))..(((......)))))))))(((....))))))))))))((((((((.((........)).))).)))))...........................)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((,,(((((((({((({((((,{((({(((((.(((.((((,(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).))))))||(((.((((((((...((((((.(.(......,.}.)))))).....))))))))))).,)}))),.}})).)))}}))).,))))))).|||{}|||....|||||||{{|||,.....||}||,((..{,|||.,..,....))}})}|||||{,(((((....})))},,..|))))|)},|||||,{((((....(((({.((.{{....||,|},||}||,,,,,||||.{,{((((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).))))))))}.{{{{..,{,...|||||{...||}}}}...,{|||{|||({,((((((((,((,{((({.(({(((,(((((,..,,.(({........{{{{{{.{........}))})}}|}|.|,,....(((((((...))))))).(((((.((((((......}).)).)).)))))((((((((((((((.....))).(((........)))))))....}))))))(((((.((..,((({...)}}},,,,.))))))){((((..({.,......,.))..)))})}}....}}}||..||||||...}},||}|||{,..(((,.,,,}|{||||({({((((...,,,,,}|||,{,((..({({{{{{{{{|(({(((({...||{(({{{....))}))).....,.}||{{{.|{.,,,,,.|||||||||.....}||}}}..)),)}}|,|}..})))..||{{..|||}..,}}||{|||||||,||}}},....,}....}}|}.,|}}}}|||||,,{,{{,.(((((,((({{.,..{{{{{....,,,,|||||((({{{{|,|{{,.,{{{||,},||..{,|,(((((({{..{((((........))))}.||,.......||||(({((((((((..,,.,{.{,{....}||..,{,{{.(({,..,|.||||},||(({{...|}|||{||||.,,((((((..{(,({..{(,(((((.{((..,((((((((.((((((((((({{...........((......))...(((((((((...,{...}}...)))))))))((.((((((.(((.....))).)))))).))....,{{,,..{{{....,,)))...))))).))),))}))),)}...||||.}}|}||},.,,,)),}}..))))}}(((((((({{(.((((.(((.....)))..))))))))))))))|}|||.|.}}}}|)}||,..}}),)}.}))}.,}),)).,)))))))).)))|||})))}},,|{,(((((,.,((((||{({(({...,(({{{{((((((((((.((,,(,(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).))))))){{{.{{||||{,,,,,.||||..,.,))))..}}})),,)).)),,||{|||,||||{{.,|{{||{{{{|||||||,|||.{||||,{{,,({(((.(({{{{{{,..,|{{{||,,|.(((,..(((((((........)))))))..,|||||,,,,))).)))|,{((((.((,((((........(((.(((.(((((((((.(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))}.)))))))))...))).))))))))).))))),}......,}})}..))))))..,,)))}})))}}|||}},..})))))|{{{|.|.,}.,.}}))),...},))))).))..}))}))))..))))).))))))..))))))|||,|}}}|.|,||}}|||||}}|((((,({(((({((((....}))).}},.|)))),,,..})),,))))),)))),},})))),.})))}})))))),)))))}||||||,||}||,|||}}|||}}.,.{{{{....,}))))}})})}}))}},))}}))))))))||||||{,.,,.....,,.,|,||||...,,...,,,..,..................,,))))}
Back