Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_139350.3
Sequence Length
2025 nt
GC Content
0.6123
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGUCCGGCGCACGCUCCGCCUCCGUCAGUUGGCUCCGCUGUCGGGUGCGCGGCGUGGAGCGGCAGCCGGUCUGGACGCGCGGCCGGGGCUGGGGGCUGGGAGCGCGGCGCGCAAGAUCUCCCCGCGCGAGAGCGGCCCCUGCCACCGGGCGAGGCCUGCGCCGCGAUGGCAGAGAUGGGCAGUAAAGGGGUGACGGCGGGAAAGAUCGCCAGCAACGUGCAGAAGAAGCUCACCCGCGCGCAGGAGAAGGUUCUCCAGAAGCUGGGGAAGGCAGAUGAGACCAAGGAUGAGCAGUUUGAGCAGUGCGUCCAGAAUUUCAACAAGCAGCUGACGGAGGGCACCCGGCUGCAGAAGGAUCUCCGGACCUACCUGGCCUCCGUCAAAGCCAUGCACGAGGCUUCCAAGAAGCUGAAUGAGUGUCUGCAGGAGGUGUAUGAGCCCGAUUGGCCCGGCAGGGAUGAGGCAAACAAGAUCGCAGAGAACAACGACCUGCUGUGGAUGGAUUACCACCAGAAGCUGGUGGACCAGGCGCUGCUGACCAUGGACACGUACCUGGGCCAGUUCCCCGACAUCAAGUCACGCAUUGCCAAGCGGGGGCGCAAGCUGGUGGACUACGACAGUGCCCGGCACCACUACGAGUCCCUUCAAACUGCCAAAAAGAAGGAUGAAGCCAAAAUUGCCAAGGCCGAGGAGGAGCUCAUCAAAGCCCAGAAGGUGUUUGAGGAGAUGAAUGUGGAUCUGCAGGAGGAGCUGCCGUCCCUGUGGAACAGCCGCGUAGGUUUCUACGUCAACACGUUCCAGAGCAUCGCGGGCCUGGAGGAAAACUUCCACAAGGAGAUGAGCAAGCUCAACCAGAACCUCAAUGAUGUGCUGGUCGGCCUGGAGAAGCAACACGGGAGCAACACCUUCACGGUCAAGGCCCAGCCCAGUGACAACGCGCCUGCAAAAGGGAACAAGAGCCCUUCGCCUCCAGAUGGCUCCCCUGCCGCCACCCCCGAGAUCAGAGUCAACCACGAGCCAGAGCCGGCCGGCGGGGCCACGCCCGGGGCCACCCUCCCCAAGUCCCCAUCUCAGCCAGCAGAGGCCUCGGAGGUGGCGGGUGGGACCCAACCUGCGGCUGGAGCCCAGGAGCCAGGGGAGACGGCGGCAAGUGAAGCAGCCUCCAGCUCUCUUCCUGCUGUCGUGGUGGAGACCUUCCCAGCAACUGUGAAUGGCACCGUGGAGGGCGGCAGUGGGGCCGGGCGCUUGGACCUGCCCCCAGGUUUCAUGUUCAAGGUACAGGCCCAGCACGACUACACGGCCACUGACACAGACGAGCUGCAGCUCAAGGCUGGUGAUGUGGUGCUGGUGAUCCCCUUCCAGAACCCUGAAGAGCAGGAUGAAGGCUGGCUCAUGGGCGUGAAGGAGAGCGACUGGAACCAGCACAAGGAGCUGGAGAAGUGCCGUGGCGUCUUCCCCGAGAACUUCACUGAGAGGGUCCCAUGACGGCGGGGCCCAGGCAGCCUCCGGGCGUGUGAAGAACACCUCCUCCCGAAAAAUGUGUGGUUCUUUUUUUUGUUUUGUUUUCGUUUUUCAUCUUUUGAAGAGCAAAGGGAAAUCAAGAGGAGACCCCCAGGCAGAGGGGCGUUCUCCCAAAGAUUAGGUCGUUUUCCAAAGAGCCGCGUCCCGGCAAGUCCGGCGGAAUUCACCAGUGUUCCUGAAGCUGCUGUGUCCUCUAGUUGAGUUUCUGGCGCCCCUGCCUGUGCCCGCAUGUGUGCCUGGCCGCAGGGCGGGGCUGGGGGCUGCCGAGCCACCAUGCUUGCCUGAAGCUUCGGCCGCGCCACCCGGGCAAGGGUCCUCUUUUCCUGGCAGCUGCUGUGGGUGGGGCCCAGACACCAGCCUAGCCUGGCUCUGCCCCGCAGACGGUCUGUGUGCUGUUUGAAAAUAAAUCUUAGUGUUCAAAACAAAAUGAAACAAAAAAAAAAUGAUAAAAACUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-836.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -870.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 783.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((((((.(((.(((.(((((.(((.((((.(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).))))))))(((.((((((((...((((((.(.(......).).)))))).....)))))))))))..(((((...))))).(((.....))).))).))).))))....))))))).))))).....((.(((((..(((((.(..((...))..).)))))..(((((....)))))....))))).)).))))))(((((....(((((.((.((....)).)).)))))..........(((((((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).))))))))).......(((((.((((((...))))))....((.(((((((.((.(((((....(((((..((((.((((.((((...(((.........(((((((.........)).))))).........(((((((...))))))).(((((.((((((......)).)).)).))))))))...)))).(((.....))).(((........)))(((((((((((((((((.((.((.((((.((((((.......((((((((.((..((((((.....(((((.((..(((....((((..(((((((.....(((.(((((((((((....)).))))((((((((........))))...((..((((((((((((((((((((...((((((((....))))))........(((((.((.......))))))))).....)))))).))).)))).)).)))))..))....))))..))))).)))..)))))))......)))).....).))..)))))))...((((.(((...)))...))))......(((.....)))........(((((((((((((...(((((((....((((((((.(((((..............((.(((......)))))...((((...))))(((((............))))).......(((......)))))))).)))))))).((((..(((.((...)).)))..)))))))))))..))))(((((((((.(.((((.(((.....)))..))))))))))))))((((....(((((.(((...))).))).)))))))))))))))))))))..))..))).)))))..(((((((((((((..(((((....((((((((((((((((.(((((.(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).)))))))(((.(((((((......((((.....))))..)))))..)).))).((((((..(((((..(((((((((((((((......((((((....(((((.((((((((....((((((..(.((((..(((((((........)))))))..((((((....))).)))..(((((.((.((((........(((.(((.(((((((((.(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))).)))))))))...))).))))))))).)))))........)))))..))))))....)))..))))).)))))..))))))(((((........)))))......))))).))..))))))))..))))).))))))..))))))))).)))))...)))))).....))))))))))))).)))).)))))))))).)))))).....))))).)))).))))..)))))..(((((((....(((((((....)))).))).)))))))..)))))((((......))))....)).))))))).))))))))))))))).............((.((((........))))))....................)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((({,(((((((({((({({((,{((({(((((.(((.((((,(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).)))))}||(((.((((((((...((((((.(.(......,.}.)))))).....)))))))}))).,)}))),.}})}.)))}}))).,))))))).|||{}|||....||||||}{{|||,.....||}||{((..{,|||.,..,....))}})}|||||{,(((((....})))}.,..|))))|)},|||||}{((((.,..(((({.{(.{{....||,|},||}||,{{,,{{|{,(,{((((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).))))))))}.{{{{..,{,...|||||{...||}|||....||}|||||{{,((((((({,((,{((({.(({(((,((({({,.{,.(((........{{{{{{.{........|))})}}|||.|,,....(((((((...))))))).(((((.((((((,.....}}.)).)}.)))))((((((((((((((.....))).(((........)))))))....}))))))(((((.{{..{((({,..}},}|||}.}}}))}}(((((..{(.,,.....,.}),.}}}}}|}....|||||..||||||...,,{||}|||{,..((({.,,,}|{||||({({((((...,,,,,}|||,{,((..({({{{{{{{{{(({(((({...||{(({{{....))}))).....,.}||{{{.|{.,,,,,.|||||||||.....}}|}}}..)).)}}|,|}..})))..||,{..|||},.,}}||{|||,,||}|}}}},....,},...|||}.,|,,}}|||||,,{,((,.(((((,((({,.,..{,,.((({((({..,((((,,..,{.{|||||.{{({...,.{((({(({{,,((((({((.(((((......,,,...,.{{.(((...,,.|||||{,{((({...}}}}((({,,...,,||||..}|}}}}.,|,,.{{{.,,...)))))))).)))))))),,}}},,,,..,|,||||||||{||,||||.||{{{{||||{{(({(((..(.{,,({((({,{{,|||{,|}||||||}|||||({({{..}}},||}||{}..}}}.},.,|||||||||}.|||||||||.}|||||||||}||||{.((((({..(({{,{{(.((,..{{((..,,{({(((((((.((,,(,(((((.(((...)))..((((....))))..)))))}))..)).))))))),|..,,}|||,}}}}}.||||..}.})))).,,}})))))),)).,||{|||,}|||{{.,|{{|||{{{|||||||,|||.{||||,{{{,({(((,(({{{,{{,.,,|{|{||,}|.(((...(((((((........)))))))..{|||||,,,,))).)))|,,{{||,||,|||{........{{(,(((,(((((((((,(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))},))))|||||,,,||}.}}}}})))).)))))}}......,,,)),,)))))),.,,)))}})))}}||})},..})))))|{{||.}.,},,.}}))),..,}}))))}.)}..}}}})))),,})))),)))))}}})))|,||||||}}}|.|}||}||||{|}}|||{|||}}|||}||||}}}.}))).)),.,)))))))}..}))}))))))})))),.})))))})))),))}})))))),))||{||||||||||{||||||{|,}.,.,{{,....}})))))))})}})))),))}}))))))))||||||{,.,,.....,..,|,||||...,,...,},..,..................,,))))}
Back