Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_152272.5
Sequence Length
3410 nt
GC Content
0.5393
GCUGCCUCCUCUGACUGUUAUGCAGCAGGCCGGCAGGUCAAUAAACUUGCUUGCCUGACUUUGAGUAUACUCGUCUUUUCUCUUGGCCAACCUUACGGUAGCUGUACCAGUUUGCAUUUCCACCAGCAAUGAAUGAGAGUUCCUGUUGCUCUGCAUCCUCACCAGCAUUUGGUGUGGUCAGUAUUUUGGAUUUUCACCAUUCUAAUAGAGAUUCACGGAUCCAUCCGGGUGGUCCGGGCACCACUGGCGCCCCUCUGCGGCUAUUCCCCAGUUCCAUUUUCUGAAGCCACAGGUCAGAAGCCGCUGUACAACGCUUUGCCGAACUCCAGAAUCUUGAAGGAGACGUAAGGUGCAGCCACCUGCCGCGCAGGCGCAAGCCUUUCUUUCGGCACAAAGACCGUGGGAGGAGGGGUCGGCGCAAGCGCUCGGUGUCUCUCUGAAAAGAACUUCAUCAUACUGCCUCCUGGCUGACGGAGCGCAGCGCAACGCAUGCGCCUUGAAGACUUAUGGAACUUAUUUCACGCUCAGGGCGGCGGUGACGUGUGAACGAGAAGGAGGUGGUCAAGGAACGGAAGCCGGGAGGGAACGAGGGCGGAAGCGGACCAGGGCCAGGCUUGUGUUCGCAGCCUUGCCGGGGCUGGGGUUCCGAUGUGGUCCCCGGAGCGGGAGGCCGAGGCCCCAGCCGGGGGAGACCCGGCGGGCCUUCUGCCCCCCGAGUGGGAGGAGGACGAGGAGCGCAUGUCCUUCCUGUUCUCCGCUUUCAAGAGGAGUCGCGAGGUGAACAGCACCGACUGGGACAGCAAGAUGGGCUUCUGGGCGCCGUUGGUGCUGAGCCACAGCCGCCGCCAGGGGGUGGUGCGCCUGCGUCUGCGGGACUUGCAGGAGGCCUUUCAGCGCAAGGGGAGCGUCCCGCUGGGGCUGGCCACGGUGCUGCAGGACCUGCUGCGUCGAGGGGAGCUGCAGCGGGAGUCAGACUUCAUGGCCAGUGUAGACAGCAGCUGGAUCUCCUGGGGGGUUGGGGUCUUCCUGCUGAAGCCUCUCAAGUGGACUCUUUCUAACAUGCUGGGAGAUAAUAAGGUUCCAGCUGAGGAGGUCCUUGUCGCUGUGGAGCUGUUGAAGGAAAAGGCUGAGGAGGUGUAUCGUCUGUAUCAGAACUCGCCCCUCUCCUCCCACCCCGUGGUGGCCCUGUCAGAGCUCAGCACCCUCUGUGCUAACUCCUGCCCAGAUGAGAGGACCUUCUACUUGGUGUUGCUGCAGCUGCAGAAGGAGAAGAGGGUCACAGUCCUCGAGCAGAACGGGGAGAAGAUUGUGAAGUUUGCCCGAGGGCCACGUGCCAAGGUCUCUCCAGUCAAUGACGUAGAUGUUGGGGUGUACCAGCUGAUGCAGAGUGAACAGCUUCUCUCACGCAAAGUGGAGUCCUUAUCCCAGGAAGCAGAGAGGUGUAAAGAAGAAGCCCGCCGGGCAUGCCGAGCAGGAAAGAAGCAGCUGGCACUGAGGUCUCUCAAGGCCAAGCAACGGACAGAGAAGCGCAUCGAGGCCUUGCAUGCCAAGCUGGACACUGUUCAAGGCAUCCUGGACCGGAUCUAUGCCUCCCAGACAGAUCAGAUGGUUUUUAACGCCUACCAGGCUGGGGUAGGAGCACUCAAACUCUCCAUGAAGGAUGUCACAGUGGAGAAGGCAGAGAGCCUCGUGGAUCAGAUCCAAGAGCUCUGUGACACCCAGGAUGAAGUUUCUCAGACUCUGGCUGGUGGGGUAACAAAUGGCUUAGAUUUUGACAGUGAAGAACUGGAGAAGGAAUUGGACAUCCUCCUUCAGGAUACCACCAAAGAACCUUUGGAUCUGCCUGACAACCCCCGCAAUAGGCAUUUUACCAACAGCGUGCCUAACCCUAGGAUCUCAGAUGCUGAACUUGAAGCUGAACUUGAGAAACUGUCCUUAUCAGAGGGAGGUUUGGUCCCAAGCAGUAAAUCUCCAAAAAGGCAAUUGGAACCGACUCUAAAGCCAUUGUAGGACCCUCAAGUGAAGGACCCUCAUGUAAAAGAGAGACCAGGCUUGCUGGGUGUGUACAUAGUUAUUUAAACAAGAAACUCUCAGAAUGUGUUUGGAAGAGGAGAAAGGAGAACCACUGAUUUUAUCUGGAUGCUACUACUUACUACAGGACAGAUAGAAUUUCUGGAAGCGAUGCUCCAAAGGCUUGCUCCCAGCUGUAUCAUGGACCUGCCUUCUCAUCUUUAUAGUGCCACGAUUUAUACAGUCCUGUGUCUGACCUGUCAUUUCAUAGCCUGCAGUUCUUGCCAUUGGCACACUUAGAUUUGUCUUCACCCACCAGCUUCGUUCCAGCCCAUGAAGGGGAAAGAUUUGCAGCUUUGCCAAAUCUGAAUCAGUUCCCACUCCCCCCUGCGGUUUUUUAGAGGGGUUUAUCCUGUCGCUAAUGUCAGUUAAAUAGCUUAUUCCUGUCCCACUUGAUUUCACUGGUAAGAAUGAGAAUGAAAUACUUAAAGGUUUUAUUUGAGGGGACUUAGCUGCCAUUUUAUGGAAAAACAUGUAGUAUAAAAGGUUUUUCUCCAGGGUCAUUUGACAGAAUUCUCCAGGUGUUCAGAGAAAGAGGUCGCCCCAAGUGGCCCAGAGUCGUGACAGUCCGGAGGGGCUGGUGUGGCCGGUGGGCGCUGCCUCUUCAUCUGAUGGAGCCAGGAGGUCCGCCGGUGGGGGAAAGGCUUCUUCCGAGGCUUCUGCACUCGCCUGGGAAGAGGCCCAGUCACUACAGGACCCUGAGAUGUCCAGACCCCUUAUGCAAAGAGGCAAAAUUGUUGCCUUGGCCCCAUCAUGGAGUAACUUAAAAAUACAUAUCUAUCUUCCAGAACAAGCCACACAACAACACACCUCCCCUCCUUGAGCCUGGCACACAGCACCGGGCUCUCUGAAUUUGGAAAGUGUUUCAUUUUGUGGCCUACUGCUCGGGGCAGGGGGGCUGAGCCAGGAUGUGCAAUAGAAGCAGGGGUUGUCCCCUCUGCCAGAUCUGUGGGGAGCUGCCCAGGCCACCCGUGCACCUGUCCUGCUUCCUGCAGUCCCCACUCCCUGCCUCCUUUGAGGGACUGGGGGACUUGGGGUAGGGGGACAGACGGGAAAGGGUCUGAAUGCUCUGGCAAUGGCGAGAAGAAGCGAUCGCCACACUGCCACUCUGCUGCCCAGCCACCAGGAUUUCUGCCUGGAGCCCUUUGCCCUGUCCCUGCUGCCUGAGGUGGCGUAGAGCAGAGGAGAAGAAUUUGCUCCAGGCCAGGAGCACAAAUCGUUGUUCAAUGAAUUUCUCUCCAACUCGACCUUGGUAAACGGAAAUGUUGGGGGUGAAGAGAAACAAUCACUAUUUUUUUCUUUUUUAUCUGGUAAAUAAUUAAAAGAAAAACCGAACACUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1296.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1359.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 772.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((.((((...))))(((((.(((((((......))))))).))))).....(((....))).......((((..((((.(((((.((((((((((......))))........((((((((((....))))..))))))(((...((.(((((.....))))).)).))).....(((((((......((((...))))......)))))))..(((((((((.(((((......((.((((.(((((((((..................(((((..((((((((((.((.((((((...(((((..(((..((((((.((..((((((((((...(((((....)))))(((((((..((((..(((((((((((.((.........)).)))))))))))..))))..))))..))))))))(((....))).)))))..)).)))((((((((((..((..((((((((...))).)))))(((((..((((......(((..((((((((((.........))).))))))).)))....))))..)))))...))..))))))))))....)))..))))))))..((..(((.(((((.((....))))))).)))..))((((((..((.....)).))))))..((((.(((.(((((((..((((((.....)))))))))))))..))).)))).((((...(((((.((((((.(((.(((((((((.((((((.(((((((((((.(((....((((.....))))..((((((..(((((((((((((((..(((((...(((((((((((((((..(((((((.(((((((..(.((((((.(((.(((.(((....))).)))..)))))).))).).(..((((((((.((((..((.((((((.((((...)))).)))))).))..)))).))))))))..)...(((((....((((....(((((.((.(((((((((((((((((..(((......)))..))))))))...((((.....)))).((.(((((((..........))))))))))))))))))..)).)))))...)))).)))))....(((..((((.((((.....((((...))))...)))))))).))).))))))).))))))).))))..).)))))))))).(((.((((...(((((....(((..((((((..(((((((.((((..((((....))))..(((((....((.(((.(((((((.(((((...(.((.....)).)....))))).)))))))...)))))......))))).(((...)))(((...(((((......)))))...))).(((.(((....))).))))))).)))))))))))))))).))))))))).)))))))).....)))))))).(((((.(((((((((((........(((((((((.(((((((((.....((....(........)....)).....)))))))))..)))).)))))....))))))..)))))))))).....)))).))).)))))).((((((.((.(((((((.((.((((((((.(((((((..(((.....(((((((((.((..((.((((((((.(.....(((.....)))((.(((((...))))).)).).))))))))))))))).).))))))))..)))))))))))))))))..((((..........))))...(((.....((((((.((((........)))).)))))).....)))..))))))).)).)))))).((((...((.......(((((((.((......)).)))))))......))...))))..(((........)))...((((((((((((.(((((....))))).)))))(((((...(((((.............(((..(((((......))))).)))))))).))))))))))))....)))))))........(((((.((((.....))))(((....))).(((.....)))......))))).........))))))).))))))))))).......(((((((((((..((.((........))))...))))))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).)))).........)))).))))))))).)))))......))))......))))))...)).))))))))))..)))))))))).))))....((((...))))....((((((((((((..(((..(((((.......)))...))..)))..))))...((..((((((((..((((..(((((((((.((.((((..(((((......((.(((.....))).))...((((.(((((((.............(((((.(((((....(((..((((.((.........)).))))..))).....))))))))))))))))).))))...(((((....(((((((((((..(((((.((((.((((((...((((.....(((((.(((..(((((..(((((((.((((((..(((((((.........((((((....)))))).)).))))).)))).)).)))))))..)))))....))).)))))(((.((...)).)))..((((((((((.((((..........)))).))))))))))..))))......)))))))))).....)))))..))))))...(((((((.....))))))).((.(((...))).))..........))))).......)))))......((((((.((.(((((...(((..((...((((((((.........))))))))...))....)))..)))))...)).))))))..)))))..)))).)))))))))))..)))).)).)))).))..))(((((....)))))....)))))))).)))).))))))).))))))))).....(((((((.((.(((..(((((((..(((((..........)))))...)))))))..))).)).)))))))..((((.(((((..((..(((((((((.((((((..........))))))...)))))....(((....)))...((((.......))))))))..)).))))).)))).)))))))))))))))..)))))))))))).......((((((......))))))........(((((..(((.(((((((.((.((((((.((.(....).))...))))))..)).)))))))...))).....((((((((((.................))))))))))..)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,..((((((((.((((...))))(((((.(((((((......))))))).)))))....,(((....)))}......((((..(((,,(((((.((((((,{{,,,,.,,|||,.,{{{{{,.....||..((((((...((((((((((((((({.(((((,...,))))).}{((,.,....{(({,...,,,,..||{...,,})},,,.{(((.{{,|}}},|}}}}}}((((.({..,||,||||.(((((((((....(((((({....,(((((,.|({...))))))))|..(((((....((((((({,(,{((((....(((({{(((((((...(((((....))))){((((((..((((..(((((((((((.((.........)).)))))))))))..))))..))))..))))))))|||,,..}}}..})),......{.((((((((((..((..{(((((((...))).))))|(((((..((((......(((..((((((((((.,....,..))).))))))).)))....))))..))))),..))..)))))))))).}..{{((((((({(((({{{,,({{.{{{||||,,,,,))}}))}.)}}({{{({{(,({{((..,,{}},||||,|..((((.(((.(((((((..((((((.....)))))))))))))).))).))))..|,)).|||{{|||.|||}}.}..)))))}}))))),)))))))))}}}})))))))))))))).)))))...))))))).(({({{..{((((....,(((((.(..(((((((((((((((..(((((((.(((((((.,{.((((({.{{|,|||.{{{{{,{|||||||..||||}|..}|{|,(,,((((((((.((((..((.((((((.((((...|))).))}})).})..)))).)))))))},,},..|{{{,,}|}||||....{{{{|.||.||{{|||||{{{|{|||}||||,..}},)),..})}}}}}},..((((..,,,|||,.{{.(((((({.......,..)))))))}}))))))))),.}}.)))}}..,))}).}}))),...(((..((((.((((.....((((...))))...)))))))).))).))))))).))))))).))))..).))))))))))..).))))).......))))},,.,,,,{,(((,|||.||,,}}.}}}}}}.})))))))}.{|{{{,||,{(,(((.(((((((.(((((.{,{.,{.....}).)....))))).)))))))...)))))...,}})))}}.{{{...)))...,,,{|{||,,....))))).)))))))))).)))))...)))))).})),,})))}..{((((((((((((((((((.(((((((..,.,{,..,({((((((.(((((((((((........(((((((((.,((((((((.....((...,{........,....)),,...)))))))),..)))),,))))....))))))..))))))))))..})).}}}..({{((((..(((((((...((((.......((((...}))){((({(.(((((.......,(((((((...,,...,}...))))))).{{((.(((({{((.(((((...))))).))))))).)).,..,,{(..{{{......)))..)),,|(((((((((,..{{{{((((((..({...(({(((,..,,,,||((((|{{({...{,,,.}|||,}}||||(,,....((((((...))))))...{{||||,....,,..|,,.(((((((.,,......}}.)))))))....,{|,.((((({..(((........})),..,{||||||,,||,{{{{{....})))},))|||({{{{.,.{{{{{...,,|||.....(((..(((((......))))).)))}}}||,}}||||}|||||..|||.{.(((........))),}.||{{||,}}}|}}||{|{|{{,..{,,...,.|||,,,,,,|,,.,,|...,|}}))}{((((.((({{,((((..(((.{(((((((((((..({.,,........,,}}...))))))))}}..((((.(((((.(((.....)))))))).))))....,}}})))..)).))))))).)))))...}}}}}}},,,.....,|}}}}}}}})))..,))))))..})..)))),|,{{{..,((((...)))).,,,.,,)}))))...,.)))))))))}..)))))},))),.|.{(((((.,,.(((((..(((((({{..((((..(((((((((.((.((((..(((((......((((((({...,{|,,|,..,,{|.|||{{{{.,{{{,.......(((((.(((((....(((..((((.{{........,}}.))}}..)))...,,)))))))))),,))))),|||,.,{||,.....}}},..((((((..(((({.{(({(((((((...((((.....{((((.(((..(((((..(((((((.((((({..(((((({......,..((((((....)))))).}}.))))).)))).)).)))))))..)))))....))).))))}(((.((...)).)))..((((((((((.((((..........)))).))))))))))..))))......)))))))})).....}))))..))))))...(((((((.....))))))),))}}}.||.{((({.......................}})))},....((((((.{{.{{{((,{.(((..((...((((((((.........))))))))...))....)))..))))}...}}.))))))..)))))..)))).)))))))))))..)))).)).)))).))..))))}.....)))))),.))))))))))).)))))}.||...}))...,..))))))).),})))))))}..((((((({.(((((..........))))).}}))))))),))))))))|((((((..((.((((((({{{...{,..(((((.((((((..........))))))...)))))....||,...,)),..(((((.......))))).))))))).))))))))}.)))))))))))))))..)))))))))))).,|....((((((......))))))....,.,.{((((..{{{.(((((((,((.((((((.((.,....},),...))))))..}).)))))))...}},.....{(((((((((,{{{.......,,,,..)))))))))}..))))),..
Back