Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_152998.3
Sequence Length
2522 nt
GC Content
0.4516
GUUUGGCGCUCGGUCCGGUCGCGUCCGACACCCGGUGGGACUCAGAAGGCAGUGGAGCCCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCGCGGGGGCGACGCGCGGGAACAACGCGAGUCGGCGCGCGGGACGAAGAAUAAUCAUGGGCCAGACUGGGAAGAAAUCUGAGAAGGGACCAGUUUGUUGGCGGAAGCGUGUAAAAUCAGAGUACAUGCGACUGAGACAGCUCAAGAGGUUCAGACGAGCUGAUGAAGUAAAGAGUAUGUUUAGUUCCAAUCGUCAGAAAAUUUUGGAAAGAACGGAAAUCUUAAACCAAGAAUGGAAACAGCGAAGGAUACAGCCUGUGCACAUCCUGACUUCUGUGAGCUCAUUGCGCGGGACUAGGGAGGUGGAAGAUGAAACUGUUUUACAUAACAUUCCUUAUAUGGGAGAUGAAGUUUUAGAUCAGGAUGGUACUUUCAUUGAAGAACUAAUAAAAAAUUAUGAUGGGAAAGUACACGGGGAUAGAGAAUGUGGGUUUAUAAAUGAUGAAAUUUUUGUGGAGUUGGUGAAUGCCCUUGGUCAAUAUAAUGAUGAUGACGAUGAUGAUGAUGGAGACGAUCCUGAAGAAAGAGAAGAAAAGCAGAAAGAUCUGGAGGAUCACCGAGAUGAUAAAGAAAGCCGCCCACCUCGGAAAUUUCCUUCUGAUAAAAUUUUUGAAGCCAUUUCCUCAAUGUUUCCAGAUAAGGGCACAGCAGAAGAACUAAAGGAAAAAUAUAAAGAACUCACCGAACAGCAGCUCCCAGGCGCACUUCCUCCUGAAUGUACCCCCAACAUAGAUGGACCAAAUGCUAAAUCUGUUCAGAGAGAGCAAAGCUUACACUCCUUUCAUACGCUUUUCUGUAGGCGAUGUUUUAAAUAUGACUGCUUCCUACAUCCUUUUCAUGCAACACCCAACACUUAUAAGCGGAAGAACACAGAAACAGCUCUAGACAACAAACCUUGUGGACCACAGUGUUACCAGCAUUUGGAGGGAGCAAAGGAGUUUGCUGCUGCUCUCACCGCUGAGCGGAUAAAGACCCCACCAAAACGUCCAGGAGGCCGCAGAAGAGGACGGCUUCCCAAUAACAGUAGCAGGCCCAGCACCCCCACCAUUAAUGUGCUGGAAUCAAAGGAUACAGACAGUGAUAGGGAAGCAGGGACUGAAACGGGGGGAGAGAACAAUGAUAAAGAAGAAGAAGAGAAGAAAGAUGAAACUUCGAGCUCCUCUGAAGCAAAUUCUCGGUGUCAAACACCAAUAAAGAUGAAGCCAAAUAUUGAACCUCCUGAGAAUGUGGAGUGGAGUGGUGCUGAAGCCUCAAUGUUUAGAGUCCUCAUUGGCACUUACUAUGACAAUUUCUGUGCCAUUGCUAGGUUAAUUGGGACCAAAACAUGUAGACAGGUGUAUGAGUUUAGAGUCAAAGAAUCUAGCAUCAUAGCUCCAGCUCCCGCUGAGGAUGUGGAUACUCCUCCAAGGAAAAAGAAGAGGAAACACCGGUUGUGGGCUGCACACUGCAGAAAGAUACAGCUGAAAAAGGACGGCUCCUCUAACCAUGUUUACAACUAUCAACCCUGUGAUCAUCCACGGCAGCCUUGUGACAGUUCGUGCCCUUGUGUGAUAGCACAAAAUUUUUGUGAAAAGUUUUGUCAAUGUAGUUCAGAGUGUCAAAACCGCUUUCCGGGAUGCCGCUGCAAAGCACAGUGCAACACCAAGCAGUGCCCGUGCUACCUGGCUGUCCGAGAGUGUGACCCUGACCUCUGUCUUACUUGUGGAGCCGCUGACCAUUGGGACAGUAAAAAUGUGUCCUGCAAGAACUGCAGUAUUCAGCGGGGCUCCAAAAAGCAUCUAUUGCUGGCACCAUCUGACGUGGCAGGCUGGGGGAUUUUUAUCAAAGAUCCUGUGCAGAAAAAUGAAUUCAUCUCAGAAUACUGUGGAGAGAUUAUUUCUCAAGAUGAAGCUGACAGAAGAGGGAAAGUGUAUGAUAAAUACAUGUGCAGCUUUCUGUUCAACUUGAACAAUGAUUUUGUGGUGGAUGCAACCCGCAAGGGUAACAAAAUUCGUUUUGCAAAUCAUUCGGUAAAUCCAAACUGCUAUGCAAAAGUUAUGAUGGUUAACGGUGAUCACAGGAUAGGUAUUUUUGCCAAGAGAGCCAUCCAGACUGGCGAAGAGCUGUUUUUUGAUUACAGAUACAGCCAGGCUGAUGCCCUGAAGUAUGUCGGCAUCGAAAGAGAAAUGGAAAUCCCUUGACAUCUGCUACCUCCUCCCCCCUCCUCUGAAACAGCUGCCUUAGCUUCAGGAACCUCGAGUACUGUGGGCAAUUUAGAAAAAGAACAUGCAGUUUGAAAUUCUGAAUUUGCAAAGUACUGUAAGAAUAAUUUAUAGUAAUGAGUUUAAAAAUCAACUUUUUAUUGCCUUCUCACCAGCUGCAAAGUGUUUUGUACCAGUGAAUUUUUGCAAUAAUGCAGUAUGGUACAUUUUUCAACUUUGAAUAAAGAAUACUUGAACUUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-726.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -777.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 522.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((.(((..((((.((.(((.....))))).)))).((((((((((((((((((.(((((.((....)).)).))).)))))(((.((((.......)))).))).((.(((((...............(((.((...((.(((.....))).))...)).)))...((((..(((..(((((((.........)))))))..))).))))((((..(((((((.(((((..((..(((.((((.......)))).))))).)))))......((((((.((((.......))))...)))))).((....))(((.(((......))).))).((((((((..((((.(((((((((.(.((....((((((((((..((((......))))..)))....)))))))..)).).)))).)))))))))))))))))((.((((....)))).))...........((((.((((...(((((((((...((.(((.(((.((..................(((.(((((((.((..((((((((((((.(((....))).))))...........((((((((....(((.((((..(..(((((........(((.((((((...(((((.((...............)).))))).....)))))).)))....)))))....)..)))).))).))))))))..))))))))................((..................))...)).)))))))))))).))))))))))))..))))).)))).))))..(((((......((..((((((((((.(((((((.(((....(((((((.(((.(((((......)))))))).............((((((((......(((((.(((..................)))))))).(((((......................)))))..(((.((((((...))))))))))))))))))))))))..)))..)))))))....))))))))))..)).............)))))(((((((((.......).))))))))........((..(((.(((.((..(((...(((...(((.(((..(((....))).)))))))))...)))..)).))).)))..))((((((((.((...............................(((..((((.((((((((((...((.(((((((((((...)))))..............(((...)))........)))))).))...))))).)).)))))))..)))((((((.(.(((((((.((((((.................)))))).))...........)))))).))))))((((.(((((((((((..(((((.((...)).)))))..))))...((((..(((......)))..))))...(((((.............))))).....((((((((..(((((...))))).....)))))))).....(((.(((((.(((......................(((((((((((...((..(((((((((((......((((((((((.(.....(((((((((((...)))))))))))(((.((((..(((((.((((...((((((((.(((..((((..(((..((((..(((........)))))))...)))....))))..)))))))))).)....)))))))))..)))))))((((((((((((.....((((((.........))))))(((.....))).....)))))..)))))))....(((((((((.(((.(((........))).)))((.(.(((((((((...))))))))).)))....((((((.(((.((.(((....))).)).))).)))))).(((((.(((.....(((((((...(...((((((.....))))))...)...)))))))))).)))))((((.....)))))))))))))...)))))))))))..........(((((((...((((.((.....)).)).))...)))))))))))))).))))..)))))))))))))...((((....)))).)))))))).)))...(((((......((((.........)))).....)))))..(((((((..((......))))))))).(((.((........)).))).))))))))))).))))))))))....((((...(((((...)))))))))))))))))))).))))).))(((((((((...((((.....))))....))))))))).......(((((((((.....)))))))))..(((((........)))))))))))))))))).)))))).)).(((((((((((((((........(((((....)))))..))))))....((((....))))...))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.((,,((((.(.((((.(((((.,{(,.,}}}.{{,....,{,.(((..(((((.(((((.((....)).)).))).)))))..)}|(((.......)))}.)))))))))).))))},........,..).))))))){{(.........((((((((..{{{{.,,{||,,(((..(((((((.........)))))))..))).|||||}}|..(((((((.(((((..((..(((.((((.{...,.)))).)))}}.)))))......{(((((.((((.......))))...)))))}.|{,...,,{{,.(((......))){{||.((((((((..((((.(((((((((.(.((....((((((((((..({(({.....})))}.)})..,.)))))))..)).).))))},))))))))))))))))}}}}{{{{...,,,}.,...........,((((.((((...((((({((({..,(.(((.(((.(({,...,,,......,,,,{{(.(((((((.((..((((((({((({.{{{....||}.}}}}.,,.,,.,,..((((((({....(((.((((..{..,,{{{.,,,,,..(((.((((((...(((((.((...............)).))))).....)))))).)))....})))),...}..)))).))).))))))))..))))))))...........,,...{,...............,,.,,...)).)))))))))))).))))))))))))..))))).)))).)))),.(((((....,{((..((((((((((.(((((((.(((....(((((((,{{{.(((((......)))))}}|,,........,,.{(((((((......(((((.(((..................))}))))}....(({......}}}...,........}}}}},.{{{.{{{|||...}))))}))))))))))))))))))..)))..)))))))....))))))))))..)).......,.....)))))(((((((((.......}.))))))))........((..(((.(((.((..(((...,(({..(((.(((..(((....))).))))))})),}.)))..)).))).)))..))(((((((({(,....................{,{.,,...,.,,,..||||.,{|||||||{.,.{,..|||{{(((((...)))))........,,....,,..,,||,..,.{{{{,||,,|,,|{{{|||||{||{|||||,|.{||,{{{{{{.|,|{{{||{.((((((.....,{..........)))))).||,,|||||..|.}}||||.||||}|((({.,{{{{{||||{|}||,|,.||...,},)))))),}))}.}}||||,}|||,,}}.}))).})}}}...(((((.............))))).....((((((((..(((({...})))).....)))))))).....(((.(((({{(((......,,..............(((((((((((,..{(..(((((((((((.....(((((,{((((,....}}||(((((((({...}))))))))}}{{{.((((..(((((.((((...{(((((((,(((..((((..(((..((((..(((........)))))))...)))....))))..)))))))))).)....)))))))))..))))}}}((((((((((((.....{(((((.........)))))|(((.....)))},...)))))..)))))))...{(((,,,,,}}|||}|||....{{.{|||{|||.,{({(((((((({...})))))))).|{|{{,.,,{(((,((({((.(((,,,.}}},}|{|{{{,,,}))}||,,{.{{({{.{((((((((..,....((((((.....)))))).,.)..)))))))}})).)))})|||,.,}}}))),))))))}}}.{{{|,,,,))))..,....,,,,|||||||.,,{,...||,....))}..)))})})))),,.))))))).))))..)))))))))))))...((((....)))).)))))))).))).,.(((((......((((.........)))).....))))).}|((((((..,,......,})))))),...{,,,...{{....}}}}}.,)))))}}},}})}))))))))....((((...{((({...)))))))))))))))).{|{{||.,..(((((((((((...((((.....))))....))))))))))))..}}||||{{{{,.....,}}}|||||{.(((((........))))).))))),))))))))}}},,..{,(((((((((((((((........(((((....)))))..))))))}...{(({....)))}...,)))))))).........
Back