Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_172212.3
Sequence Length
2535 nt
GC Content
0.5712
GAGGCUCGGCCCGGGGAAAGUGAAAGUUUGCCUGGGUCCUCUCGGCGCCAGAGCCGCUCUCCGCAUCCCAGGACAGCGGUGCGGCCCUCGGCCGGGGCGCCCACUCCGCAGCAGCCAGCGAGCGAGCGAGCGAGCGAGGGCGGCCGACGCGCCCGGCCGGGACCCAGCUGCCCGUAUGACCGCGCCGGGCGCCGCCGGGCGCUGCCCUCCCACGACAUGGCUGGGCUCCCUGCUGUUGUUGGUCUGUCUCCUGGCGAGCAGGAGUAUCACCGAGGAGGUGUCGGAGUACUGUAGCCACAUGAUUGGGAGUGGACACCUGCAGUCUCUGCAGCGGCUGAUUGACAGUCAGAUGGAGACCUCGUGCCAAAUUACAUUUGAGUUUGUAGACCAGGAACAGUUGAAAGAUCCAGUGUGCUACCUUAAGAAGGCAUUUCUCCUGGUACAAGACAUAAUGGAGGACACCAUGCGCUUCAGAGAUAACACCCCCAAUGCCAUCGCCAUUGUGCAGCUGCAGGAACUCUCUUUGAGGCUGAAGAGCUGCUUCACCAAGGAUUAUGAAGAGCAUGACAAGGCCUGCGUCCGAACUUUCUAUGAGACACCUCUCCAGUUGCUGGAGAAGGUCAAGAAUGUCUUUAAUGAAACAAAGAAUCUCCUUGACAAGGACUGGAAUAUUUUCAGCAAGAACUGCAACAACAGCUUUGCUGAAUGCUCCAGCCAAGAUGUGGUGACCAAGCCUGAUUGCAACUGCCUGUACCCCAAAGCCAUCCCUAGCAGUGACCCGGCCUCUGUCUCCCCUCAUCAGCCCCUCGCCCCCUCCAUGGCCCCUGUGGCUGGCUUGACCUGGGAGGACUCUGAGGGAACUGAGGGCAGCUCCCUCUUGCCUGGUGAGCAGCCCCUGCACACAGUGGAUCCAGGCAGUGCCAAGCAGCGGCCACCCAGGAGCACCUGCCAGAGCUUUGAGCCGCCAGAGACCCCAGUUGUCAAGGACAGCACCAUCGGUGGCUCACCACAGCCUCGCCCCUCUGUCGGGGCCUUCAACCCCGGGAUGGAGGAUAUUCUUGACUCUGCAAUGGGCACUAAUUGGGUCCCAGAAGAAGCCUCUGGAGAGGCCAGUGAGAUUCCCGUACCCCAAGGGACAGAGCUUUCCCCCUCCAGGCCAGGAGGGGGCAGCAUGCAGACAGAGCCCGCCAGACCCAGCAACUUCCUCUCAGCAUCUUCUCCACUCCCUGCAUCAGCAAAGGGCCAACAGCCGGCAGAUGUAACUGGUACCGCCUUGCCCAGGGUGGGCCCCGUGAGGCCCACUGGCCAGGACUGGAAUCACACCCCCCAGAAGACAGACCAUCCAUCUGCCCUGCUCAGAGACCCCCCGGAGCCAGGCUCUCCCAGGAUCUCAUCACUGCGCCCCCAGGGCCUCAGCAACCCCUCCACCCUCUCUGCUCAGCCACAGCUUUCCAGAAGCCACUCCUCGGGCAGCGUGCUGCCCCUUGGGGAGCUGGAGGGCAGGAGGAGCACCAGGGAUCGGAGGAGCCCCGCAGAGCCAGAAGGAGGACCAGCAAGUGAAGGGGCAGCCAGGCCCCUGCCCCGUUUUAACUCCGUUCCUUUGACUGACACAGGCCAUGAGAGGCAGUCCGAGGGAUCCUUCAGCCCGCAGCUCCAGGAGUCUGUCUUCCACCUGCUGGUGCCCAGUGUCAUCCUGGUCUUGCUGGCCGUCGGAGGCCUCUUGUUCUACAGGUGGAGGCGGCGGAGCCAUCAAGAGCCUCAGAGAGCGGAUUCUCCCUUGGAGCAACCAGAGGGCAGCCCCCUGACUCAGGAUGACAGACAGGUGGAACUGCCAGUGUAGAGGGAAUUCUAAGACCCCUCACCAUCCUGGACACACUCGUUUGUCAAUGUCCCUCUGAAAAUGUGACGCCCAGCCCCGGACACAGUACUCCAGAUGUUGUCUGACCAGCUCAGAGAGAGUACAGUGGGACUGUUACCUUCCUUGAUAUGGACAGUAUUCUUCUAUUUGUGCAGAUUAAGAUUGCAUUAGUUUUUUUCUUAACAACUGCAUCAUACUGUUGUCAUAUGUUGAGCCUGUGGUCUAUUAAAACCCCUAGUUCCAUUUCCCAUAAACUUCUGUCAAGCCAGACCAUCUCUACCCUGUACUUGGACAACUUAACUUUUUUAACCAAAGUGCAGUUUAUGUUCACCUUUGUUAAAGCCACCUUGUUGGUUUCUGCCCAUCACCUGAACCUACUGAAGUUGUGUGAAAUCCUAAUUCUGUCAUCUCCGUAGCCCUCCCAGUUGUGCCUCCUGCACAUUGAUGAGUGCCUGCUGUUGUCUUUGCCCAUGUUGUUGAUGUAGCUGUGACCCUAUUGUUCCUCACCCCUGCCCCCCGCCAACCCCAGCUGGCCCACCUCUUCCCCCUCCCACCCAAGCCCACAGCCAGCCCAUCAGGAAGCCUUCCUGGCUUCUCCACAACCUUCUGACUGCUCUUUUCAGUCAUGCUCCUCCUGCUCUUUUGUAUUUGGCUAAUAGUAUAUCAAUUUGCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-913.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -957.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 703.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...((((((((.(((.......))).)))))))).))))((((((...((((((.(((........))).)))))).(((((...))))).))))))...........((((((((((.(((((((.(((((((((.(((.((.((((((((((((...................))).)))))))))....(((.((((.........((((.(((((((.((.((((((...(((((....((((((.....))))))....)))))((((((...((.((((.((((......(((((((..(((.((((.(((.(((((.(((((((((...((.((((.((((.((.(((((((((((((...))))).((((....((((((((((.(.((....)).).)))....((((...))))......)))))))...))))...((((......))))..((((((((((.....((..((.(((((.......)).)))..))..)).....))))))))))(((((.....)))))................))))))...)).)).)))).).))).))...((((....))))))))))))).)))..((((((....(((((........))))).....))))))..((.(((((.....(((((((((..(((......))).)))))))))...)))))))..))))))))).)))..)))))))....))))..)))).))...))).))).)))))).)))))))))..)))).........)))))))))))))))))...(((..((((((...(((((...(((((((.....((((((.(((....))).))))))((((((((.......((.(((....))).))..))))))))......((((.((......(((((((...((....))..(((((((((.((.......((((((...))))))....))))))))))).((((((...(((((......)))))..........(((((((((((..........(((((((((((..((.(((((.(((((((.......))))).))..))))).))...))))).(((...))).....(((..((((((((......)))))))).))).)))))).((((...((........))......)))).......))))))).))))(((((((((((.(((((((((((.((((((((....((((....(((.(((...((((((((......))))))))))).))).((((...........)))).......))))..))))))))((......)).......(((((...)))))...(((..((((((((((.((((...))))..)))...........((((...(((((..((...(((((((((......((((((((((((....))))))...))))))))))))))).))..)))))..))))...(((((.((..((.((((.(((((..((((((((((((((..(((((((........)))))))((((((((........(((((..(((((((((((((.((.(((((.(((((((.....((((((((.(((((((((((((((.(((((((((.(((.((..((.(((.((((((((.....)))))..))))))))...)).)))))))))(((((....((....))....))))).))).)))))))))....))))))...(((((((((....((((...)))).((((((((.((((....((((((((..(((((...........)))))..))..)))).)))))).)))))))).)).)))))))....((((.((........))..))))((((((.......(.(((((.....))))).))))))).))))).))).....)))))))..(((((.((....)))))))..((((((.((((((...............))))))...))))))...)))))..)).))))....)))))).)))..)))))..................((((((((((((......)))).............((((((((..................)).)))))))))))))).........)))))))))).))))))))).........((((...(((........)))..))))...)))..))))).).))).))..)))))))....(((((.....))))).)))))))..)))))))))).....))))...))))))))))))))))).......)))))))...)))))).....((((........))))............)))))))..)))))))))))...))).....(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).)))))))..)))).)))))...)))))....(((........))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((...((((((((.(((.,...,.))).)))))))).))))((((((...((((((.(((........))).)))))).(((((...))))).))))))..((((((((((({{((.((((.(((.((((.(.(((((((((,,.,((((((((((((..{{{.({.{{..,.....},),)),)))},)))})))}}))))))))).}.)).}.).))).,)))).)))))))))){(((....((((((.....))))))....)))).))))((({.{((((((((((((((.(((...(((((((({...((((((...)))))).((((((,,((((((((((((((({.,,,{.({({,,,..,},,}}.|{{{{{,.{(((((({{{.{.(,....}}.},}||{{{.,{,...,,}))}.....)))))))}},}},}...(((((((.........((((((((((.....((..((.(((((.......)).)))..})..)).....))))))))))(((((.....))))}...(((....(((.(((...(((((((((.(.(((....,{{,,...}}},,.{{(((((((...))))))).}((((((....(((((........))))).....))))))..((.(((((.{{,.{((((((((..(((......))).)))))))))}}.)))))))..,,,..(((......}}}..,,,,,.(((((..{...................))))))))}.))))).))))....))).)))...))).,...)))))))|||.{((({((((((((((..,(((((((.....(((({,.,.(,((({,{{{|||,,.,,{,,||.|}||.|||,||{,...}}}.||..|||||}||,{{{..((((.{(,.....{((,||,.}}||..|.||,.(((((((((.((.......((((((...))))))....))))))))))).{{{{|{...(((((......)))))..........(((({((((({..,.,,{{..{(({{,,{(((,|{{.{{{((,(((((({.{....|))))}.)},,)}}}|.||..,|||}}.,{{...)))}....(((..((((((((......)))))))).))).|||}||..{{{...((........))....,..}})},),}}.))))))).}}}|(((((((((((.(((((((((((.((((((((..,{((((,{{,(((.(((...((((((((......))))))))))).))).{(((...........))}|{,{{{{{||,,,,|,||||},,,{{,|,||{.......{((({..||||,....(((,|(((,({{((({{(((.,.}|||,,|,|,....(((((.((((...(((((..((...(((((((((......((((((((((((....))))))...))))))))))))))).))..)))))..))))...|||||.{{..,|,{|{|.((({,{{((((,{{({,{({(..(((((((........))))))){|||{,||},,|,|}}|||{,}}|,{,{|||||,||,|,|||}||.,||}|||}}}}..||||.|,.|}}|||||||}|||}}}}}{{{{...,)))),}}})},,}}}}||({(({,{,{|||||{{||||||||{{{{{.,,}|||||||,{{|||||{{||||.}|||,|}}}|,|||||,|||,,||||..,)))),...(((((((((....((((...)))).((((((((.((((....{,(((({(..(((((...........)))))..})..)))).},)))).)))))))).}).)))))))....{{{{|||.,,,|,..,|||||||{,,{{{,,{{||.,|||||..,,,.||||,{{|}||||{||||||}}|,,||.,}},,|}{{{{|{(((((({..........((((((.((((((..{,....}}.....))))))...)))))}.)))))))},})})}},..{{||..{|(((,.......}},.,.,}}},.,,.,,.{{{,{|||{{,{|,....,}))},,,.......((((((((((..................))}})))))))..,,.||||,....,}},,||}}||.}))),))))}},,,,.,.||||,}}|||.,,..|,,)}}},),)},.,,,,..}))}}.},,)).,),,)),|)))||,,|((((.....))))),)),,)))}})),))))))).....))))...))))))))))))))))).......,)}}}))...,.}})).....((((........))))...}}}}.....))))))}..}}}),,}}.))))))))...}})){((((.....))))))))))......)))))))).}}...)))))),.},,..}}),))))))...))).))))),,)))))).}}.....))))...
Back