Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_172219.3
Sequence Length
1504 nt
GC Content
0.5944
AGCCCGGAGCCUGCAGCCCAGCCCCACCCAGACCCAUGGCUGGACCUGCCACCCAGAGCCCCAUGAAGCUGAUGGCCCUGCAGCUGCUGCUGUGGCACAGUGCACUCUGGACAGUGCAGGAAGCCACCCCCCUGGGCCCUGCCAGCUCCCUGCCCCAGAGCUUCCUGCUCAAGUGCUUAGAGCAAGUGAGGAAGAUCCAGGGCGAUGGCGCAGCGCUCCAGGAGAAGCUGUGUGCCACCUACAAGCUGUGCCACCCCGAGGAGCUGGUGCUGCUCGGACACUCUCUGGGCAUCCCCUGGGCUCCCCUGAGCAGCUGCCCCAGCCAGGCCCUGCAGCUGGCAGGCUGCUUGAGCCAACUCCAUAGCGGCCUUUUCCUCUACCAGGGGCUCCUGCAGGCCCUGGAAGGGAUCUCCCCCGAGUUGGGUCCCACCUUGGACACACUGCAGCUGGACGUCGCCGACUUUGCCACCACCAUCUGGCAGCAGAUGGAAGAACUGGGAAUGGCCCCUGCCCUGCAGCCCACCCAGGGUGCCAUGCCGGCCUUCGCCUCUGCUUUCCAGCGCCGGGCAGGAGGGGUCCUGGUUGCCUCCCAUCUGCAGAGCUUCCUGGAGGUGUCGUACCGCGUUCUACGCCACCUUGCCCAGCCCUGAGCCAAGCCCUCCCCAUCCCAUGUAUUUAUCUCUAUUUAAUAUUUAUGUCUAUUUAAGCCUCAUAUUUAAAGACAGGGAAGAGCAGAACGGAGCCCCAGGCCUCUGUGUCCUUCCCUGCAUUUCUGAGUUUCAUUCUCCUGCCUGUAGCAGUGAGAAAAAGCUCCUGUCCUCCCAUCCCCUGGACUGGGAGGUAGAUAGGUAAAUACCAAGUAUUUAUUACUAUGACUGCUCCCCAGCCCUGGCUCUGCAAUGGGCACUGGGAUGAGCCGCUGUGAGCCCCUGGUCCUGAGGGUCCCCACCUGGGACCCUUGAGAGUAUCAGGUCUCCCACGUGGGAGACAAGAAAUCCCUGUUUAAUAUUUAAACAGCAGUGUUCCCCAUCUGGGUCCUUGCACCCCUCACUCUGGCCUCAGCCGACUGCACAGCGGCCCCUGCAUCCCCUUGGCUGUGAGGCCCCUGGACAAGCAGAGGUGGCCAGAGCUGGGAGGCAUGGCCCUGGGGUCCCACGAAUUUGCUGGGGAAUCUCGUUUUUCUUCUUAAGACUUUUGGGACAUGGUUUGACUCCCGAACAUCACCGACGCGUCUCCUGUUUUUCUGGGUGGCCUCGGGACACCUGCCCUGCCCCCACGAGGGUCAGGACUGUGACUCUUUUUAGGGCCAGGCAGGUGCCUGGACAUUUGCCUUGCUGGACGGGGACUGGGGAUGUGGGAGGGAGCAGACAGGAGGAAUCAUGUCAGGCCUGUGUGUGAAAGGAAGCUCCACUGUCACCCUCCACCUCUUCACCCCCCACUCACCAGUGUCCCCUCCACUGUCACAUUGUAACUGAACUUCAGGAUAAUAAAGUGUUUGCCUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-623.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -646.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 363.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.((((((((...((((((.(((((.....(((((...(((((.((((((((.....((..((((...(((..(((((....)))))))).)))).))))))))...))))))).))))).....)))))....(((((((((.(((((..((.(((((((((....((((...))))))).)))))).))..))))).(((((((((.....(((....((.....))..)))....)))))))))......)))))))))(((((((((.....(((.(((....))).))).....))))))))).......(((((.........)))))((((((((.(((....)))...))))))))............)))))).)))))))).(((((((((....)))(((((.(((...))).))))).......((((..((.((..((((.(..((.((((.(((((((....))))))).....(((((..(((...((((...)))).)))))))))))).)).).))))...)))).)))).))))))..)))))).(((((((.(((((((((.........)))(((((((((.((((((.((((........)))).))))))((.((....)).))....(((((((((((((..((((((((((........((..((((.............))))..))....((((((((.((...((((((((...)).)))))))).)))))))).......((((((..(((((((((.....)))).))))).))))))(((.((((((((((...))).))))))))))..))))))))))((((((.....)))).)).....((((((((...(((((.(((...(((.(......).)))..)))))))).(((((((((((((((((.....))))))))).)).).)))))(((((((....))))))).........((((((((...))))))))..(((..(((((...(((.((.(((..(((...((((((((...(((..((((.(((.((((.(.(((.((....)).)))).)))).))).....)))).)))))))))))..)))..))).))))))))))...)))......)))))))).....(((((.......))))).(((((((((.....))..)))))))............(((.(((((((....((((((..(((((.((((((((..((((....((((((((......))))))))....))))..)))))))))))))....))))))....))))))))))..)))))).))))))).(((.(((((..((......))...))))).)))...))))))))).................................))))).).))))))).....(((.((((..((((...))))....)))).)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.((((((((...((((((.(((((.....(((((...((((({((((((((.....{(..((((.,,(((..(((((....)))))))).)))).}}))))))...))))))).))))).....)))))....(((((((((,,((((..((.(((((({{({,..{(({...)))).,},)))))).))..))))}.(((((((((,,.,,(({.,..{|,,.,.))..}}}....)))))))))....,.)))))))))(((((((((.....(((.(((....))).))).....)))))))))....,,,((((({{...|,.}))))}((((((((.(((....)))...))))))))............)))))).)))))))).((((({(((....})){{(((.(({,,,})}.}}})).......((((..((.((..((((.{..((,((((.(((((((....))))))).....(((((..(((...((((...)))).))}))))))))),)).,.))))...)))).)))).}))))).,)))))).(((((((.((((({.,(((((..(((((.{.((({.(((((((((.((((........)))).)))))...}}))....)}))}...(((((((((((((..((((((((((........,{..{{{(.,,.....,,...}}}}..}},{{.((((((((.((,..{(((((((...)),}))))))).)))))))).......((((((..(((((((((.....)))).))))).))))))(((.((((((((((...))).)))))))))),.))))))))))..((((.....)})),}},..|,{(((((((...{((({.{{{.,}||{.{.,,,..}.)))|,)))))))}.((((({(((((((((((.....))))))))).}).).)))))(((((((....))))))).........((((((({...})))))))..(((..(((((...(((,({.(((..(((...((((((((...(((,.((({.(((.((((,{,(({.((....}),)))}.)))).))).....)))).))}))))))))..)))..))).))))))))))...)))......)))))))}.....{{,,{.,,....}))),.{((((({{,..,..||..})))))),......,.,|.(((.(({(({{..,.{(({||..(((((.((((((((..((((....((((((((......))))))))....))))..)))))))))))))....,})))}.,..))))))))))||)))))).))))))).})))}..))))).......,,{{(,..,.|,{|||.,({,..,,}}.,,,)},}}},,},},},,.},,.,,,,....})))).).))))))).,...(((,((((..((((...)))).,,,))},.)))...,......
Back