Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_174912.4
Sequence Length
1980 nt
GC Content
0.4586
AGACACUGGACUUGUAAACGAAAAGCUUCAUAAGUCCCUCUUUGCUUAGUACUUUUCUCGUCCUUUCCCCAGGGUGCACGUAACCCUCAAGCACUAGGACCGUGCGGAAUCCAGGCUGCGAUGGCACCUUCAUUUACCGCCCGCAUUCAGUUGUUCCUCUUGCGGGCGCUAGGCUUUCUCAUAGGCUUAGUAGGCCGAGCAGCUUUAGUCUUAGGGGGUCCAAAGUUUGCCUCAAAGACCCCUCGGCCGGUGACUGAACCAUUGCUUCUGCUUUCGGGGAUGCAGCUGGCCAAGCUGAUCCGACAGAGAAAGGUGAAAUGUAUAGAUGUUGUUCAGGCUUAUAUCAACAGAAUCAAGGACGUGAACCCAAUGAUCAAUGGAAUUGUCAAGUACAGGUUUGAGGAAGCGAUGAAGGAGGCUCAUGCUGUAGAUCAAAAGCUUGCAGAGAAGCAGGAAGAUGAAGCCACCCUGGAAAAUAAAUGGCCCUUCCUUGGGGUUCCUUUGACAGUCAAGGAAGCUUUCCAGCUACAAGGAAUGCCCAAUUCUUCUGGACUCAUGAACCGUCGUGAUGCCAUUGCCAAAACAGAUGCCACUGUGGUGGCAUUACUGAAGGGAGCUGGUGCCAUUCCUCUUGGCAUAACCAACUGUAGUGAGUUGUGUAUGUGGUAUGAAUCCAGUAACAAGAUCUAUGGCCGAUCAAACAACCCAUAUGAUUUACAGCAUAUUGUAGGUGGAAGUUCUGGUGGUGAGGGCUGCACACUGGCAGCUGCCUGCUCAGUUAUUGGUGUGGGCUCUGAUAUUGGUGGUAGCAUUCGAAUGCCUGCUUUCUUCAAUGGUAUAUUUGGACACAAGCCUUCUCCAGGUGUGGUUCCCAACAAAGGUCAGUUUCCCUUGGCUGUGGGAGCCCAGGAGUUGUUUCUGUGCACUGGUCCUAUGUGCCGUUAUGCUGAAGACCUGGCCCCCAUGUUGAAGGUCAUGGCAGGACCUGGGAUCAAAAGGUUAAAACUAGACACAAAGGUACAUUUAAAAGACUUAAAAUUUUACUGGAUGGAACAUGAUGGAGGCUCAUUUUUAAUGUCCAAAGUGGACCAAGAUCUCAUUAUGACUCAGAAAAAGGUUGUGGUUCACCUUGAAACUAUUCUAGGAGCCUCAGUUCAACAUGUUAAACUGAAGAAAAUGAAGUACUCUUUUCAGUUGUGGAUCGCAAUGAUGUCAGCAAAGGGACAUGAUGGGAAGGAACCUGUGAAAUUUGUAGAUUUGCUUGGUGACCAUGGGAAACAUGUCAGUCCUCUGUGGGAGUUGAUCAAAUGGUGCCUGGGUCUGUCAGUGUACACCAUCCCUUCCAUUGGACUGGCUUUGUUGGAAGAAAAGCUCAGAUAUAGCAAUGAGAAAUACCAAAAGUUUAAGGCAGUGGAAGAAAGCCUGCGUAAAGAGCUGGUGGAUAUGCUAGGUGAUGAUGGUGUGUUCUUAUAUCCCUCACAUCCCACAGUGGCACCUAAGCAUCAUGUCCCUCUAACACGGCCUUUCAACUUUGCUUACACAGGUGUCUUCAGUGCCCUGGGUUUGCCUGUGACCCAAUGCCCACUGGGACUGAAUGCCAAAGGACUCCCUUUAGGCAUCCAGGUUGUGGCUGGACCCUUUAAUGAUCAUCUGACCCUGGCUGUGGCCCAGUACUUGGAGAAAACUUUUGGGGGCUGGGUCUGUCCAGGAAAGUUUUAGGAGGACCUUCUGCAAGGUUAAUGUGUGUGUGUGUUUGUGUUCGUGUGGUGGUGUUUCUAUUAAUUGGGUGAAAUCAAGCACCAGCAGACAAGCAGAGAAACAACUGGGGAAUUUAUUGACUCAUUUAGUUAUUCUUUCUACUUUUAUUUCCUUCUCUAACUGUUGGUCUUACUAAAAUGGUAAUAUUUGCUUCUUGCUUUUAUGUUACUGGAAAAUUAGGACAUGUAAAUGGAUAAGUGCAAUAAAGUUUCCUAAAUGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-631.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -669.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 506.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((((....(((....))))))))))).(((.(((....(((((((((((((...((((((((((.......)))))...((((.......)))).(((..((((..(((((((....((((.((((((((((((...............)))))))(((((((((......))))))))).(((((((........(((((.((((............)))).)))))..)))))))))))).))))))))))).))))..))))))))..(((((.....)))))....))).))))))))))....))).)))....(((((.((((...((....))....))).).)))))(((........)))...)))).....(((.....(((((((..((.((((((((..((((((((.........)))))).((((((((..((((..((((((((((((...........(((((((((.(((.....)))..))))))))).((((((.(((((((((((.....)))))..(((..((((((....))))))..)))...((....((((((((((....)))))))..)))...)).((((((((((.......))))))...(((((......)))))(((...(((.......)))...)))((((((((((.............))))).))))).))))...)))))).))))))))))))..((.((((((.((((((((.(((((......))))).)))))))))))))).))...))))))..))))......)))))))).(((((........)))))))..)))))))).))..((.((((((((...((((........)))).....))))))))))..((((((((((.(((..((((((((.((.(.((((((((...(((.(((...))).)))...)).)))))).).)).))))))))...(((....))).((((((((.((((((........((((((((((..((((((((((((((.(((((((((............(((.((((((((.(((((.....((...)).....))))).)))))))).)))............)))))))....)).)))))).(((((((((.............)))))))))....(((.....)))..((((..((((.((.((((((((((.(((....(((((....)))))....)))...((((.....))))((((((((..(((((.((((.....(((((((((((.....)))).)..))))))...((((((((..((((((((.........))))).)))......))))).)))......((((((.(((((.(((..(((..(((.((.......)).)))((((((((((((((.(.((((((((.............)))))).....)).)))))).)))))...)))).)))..))).)))))..)))))).....(((((((...(((((....)))))...)))))))...)))).))))).))))))))((((((((((....))))).)))))((((.......))))..))))).....))))))).)))).))))..(((((((.(((.((((....)))).))))))))))))))))))..))))))))))..((((((....)))))).......)))))).)))))))).((.((.(((((((((((.....))))........))))))).)).))..))).))))))))))..((((.....(((((.....)))))....))))...((((((.((((.((((.......((((((......(((((((((..((.....))....)))))))))......)))))).......)))).))).).))))))))))))).....)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((..((((((((.{,,,....,.)).)))))))).(((.(((....(((((((((((((...{(((((((((.......)))))...((((.......)))).(((..((((..(((((((....((((.((((((((((((...,{..........)))))))(((((((((......))))))))).(((((((........(((((.{((({,.........})))).)))))..)))))))))))).))))))))))).))))..)))))))}..(((((.....)))))....))).))))))))))....))).)))....(((((.((((...((....)}....))).).)))))(((........)))...)))).....(((,,{{.(((((((...(,((((((({..{{{({({{.,.....,||||,||((((({(((,{(({{..{({{,,.,{{..{{{{{{{.,((({.,{{.|||||((((..,({{{|||||||{(((,{(((.{{{{{((((((.....})))}},{((..((((((....)))))).,|||.{{(({..,{{(,{{{{{|,,,.})))))}}..{|{{{|{{((,{({{{((,...,..||||||,,{(((((......))))),|},}}|{{..,,...))},...,,|{{{({{{|{,,,,,,......,||||}.}||||,||}}...}))))),)))}}}}},}}}|,{(.(({(((,({((((((,(({{(,,,,|.}}}},.}))))))))))})),}}.,,))))))}})}})}....,))})))))))}))}}))),..,|||||},{,,||||,,}.,)}}|{,||||||{,.,...||,,|}}}},}})))))))))))))))))}}((((((((((.(((..((((((((.((.(,((((((((...(((.(((...))).)))...)).)))))).),)).))))))))...{,,....|}}.((((((((.((((((........((((((((((..((((((((((((((.(((((((((.........,{.(((.((((((((.(((((..,,.((...))..,..))))).)))))))).)))..,,........)))))))....)).)))))).{((((((((.............))))))))),{{.{{{|,...}}}.,{{{{..((((,(({(((({{{(((.(((.{{,(((({....}))))}}..))),..((((.....))))|((((((,,.(((((,{{((,....{{(((((((((.....)))).},,}}}})}..{((((((((..{{{(((({.,{,{....,,,,|{||,......,,,))}),....,},|{{{{{.{{{((,{{(..|{{..(((,((.......)).}}}(((((((((({({{.,,,|{{|{{{,...........,))}}}}}}},,},}}))))),,)))},,))))),)}}..|||,|||}}..}}}}}}.....{{((((({,,{((((,.,,}||||,.,}}}}}})...))),,))))}.)))))))){(((((((((....))))).))))|((((.......))))}.))}}}....,})))})).)))),)))),|(((((((.(((,((({....)))),))})))))))))))))))..))))))))))..((((((....))))))..,.}}.}))))).)))))))).((.((.((((((((,,,.....,}},.......}))))))).)).))..))).))))))))))}||{,|}}}}}|{{||.....})))}.}}))))).},|||{{|,||||,{{{{.......((((((......(((((((((..((.....))....)))))))))......))))))..,,,..}))}.})).),)}}},,))))))),}},.)))
Back